<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1995 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

BX001025.23	177481	AATGTCAAGTATGAGATTATTGTTGACCAGAAGCTTGTAGATTAATGACA	177530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1	AATGTCAAGTATGAGATTATTGTTGACCAGAAGCTTGTAGATTAATGACA	50

BX001025.23	177531	ATTTAAAGTTTAGCAACTGCATTTATTTTTTTTCTGTAAAACACTGTAAA	177580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	51	ATTTAAAGTTTAGCAACTGCATTTATTTTTTTTCTGTAAAACACTGTAAA	100

BX001025.23	177581	AAGTGATTTGTTGACTTTACTAAAAAAAGAGAGAGTGAACTCATTGCCTT	177630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	101	AAGTGATTTGTTGACTTTACTAAAAAAAGAGAGAGTGAACTCATTGCCTT	150

BX001025.23	177631	ATAATTAAGTAAATAAACTATGTGCATAATTATAAAAGTTAAGTTGATGG	177680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	151	ATAATTAAGTAAATAAACTATGTGCATAATTATAAAAGTTAAGTTGATGG	200

BX001025.23	177681	GTTTACTGACTTTTTAAAAATAAAATCAATGTTTTGCTTTCAAGGCAACA	177730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	201	GTTTACTGACTTTTTAAAAATAAAATCAATGTTTTGCTTTCAAGGCAACA	250

BX001025.23	177731	GGTTTATTCACCAATTTAAAATTCATTAATTTTCTTTTCGGTTTAGTCCC	177780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	251	GGTTTATTCACCAATTTAAAATTCATTAATTTTCTTTTCGGTTTAGTCCC	300

BX001025.23	177781	TTCATTCATCAGGGCTCATCACAGCGGAATCAACCGCCAACTTATCCAGC	177830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	301	TTCATTCATCAGGGCTCATCACAGCGGAATCAACCGCCAACTTATCCAGC	350

BX001025.23	177831	ATATGCTTTACGCAGCGAATGTCCTTCCAGCTGCAACCCATAACTGAGAA	177880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	351	ATATGCTTTACGCAGCGAATGTCCTTCCAGCTGCAACCCATAACTGAGAA	400

BX001025.23	177881	ACACCCATACACTCTTACATTCACAAACATACACTACGGACAATTTAGCT	177930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	401	ACACCCATACACTCTTACATTCACAAACATACACTACGGACAATTTAGCT	450

BX001025.23	177931	TAACCAATTCACTTATGTCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAG	177980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	451	TAACCAATTCACTTATGTCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAG	500

BX001025.23	177981	CACCCAGAAGAAACACACACACACAAACACGGGGAGAACATGCAAACTGA	178030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	501	CACCCAGAAGAAACACACACACACAAACACGGGGAGAACATGCAAACTGA	550

BX001025.23	178031	AATGCCAACTGGCCCAGCTGGGGCTCGAACCAACGACCTTCTTGCTGTGA	178080
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	551	AATGCCAACTGGCCCAGCTGGGGCTCGAACCAACGACCTTCTTGCTGTGA	600

BX001025.23	178081	GGCAATCATGCTACCCACTGCGCTACCGTGCTGCCCACTTTTTAAAAATA	178130
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	601	GGCAATCATGCTACCCACTGCGCTACCGTGCTGCCCACTTTTTAAAAATA	650

BX001025.23	178131	AAGTAACTAATTCGTTTTTTTCCCAGTGTATCAAGTGAGTTTAAAGCATT	178180
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	651	AAGTAACTAATTCGTTTTTTTCCCAGTGTATCAAGTGAGTTTAAAGCATT	700

BX001025.23	178181	TAGGCACAAGAAATAATAGCATTTGTATCTTTAACAAAGATTGATTAAAT	178230
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	701	TAGGCACAAGAAATAATAGCATTTGTATCTTTAACAAAGATTGATTAAAT	750

BX001025.23	178231	TATGTTTTTTTAGTGTCATTTTACATTAAGACTCATCAGACAATTATAAA	178280
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	751	TATGTTTTTTTAGTGTCATTTTACATTAAGACTCATCAGACAATTATAAA	800

BX001025.23	178281	GCACTTTTTCCCTCTCGTTTGTATGTTTTACACCCTAAAAAATTTAGTTT	178330
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	801	GCACTTTTTCCCTCTCGTTTGTATGTTTTACACCCTAAAAAATTTAGTTT	850

BX001025.23	178331	AACATTATTTTAAATAATTTATGTAGATGCACTCCACTATAAAAATCCCC	178380
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	851	AACATTATTTTAAATAATTTATGTAGATGCACTCCACTATAAAAATCCCC	900

BX001025.23	178381	CCAAAATGTTCTGAAATACTGAATTCCTCACAGACAAAAAAAAAAAAAGT	178430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
BX005300.5	901	CCAAAATGTTCTGAAATACTGAATTCCTCACAGACAAAAAAAAAAAA-GT	949

BX001025.23	178431	TATTCAGTCCATCTGGTGAAGTATATTTTATATTGCAATGTATATCGATG	178480
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	950	TATTCAGTCCATCTGGTGAAGTATATTTTATATTGCAATGTATATCGATG	999

BX001025.23	178481	AAAATCAAATTATTGCAATGTCAGTTTTTTTTTTTTACAATATTATCCAG	178530
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1000	AAAATCAAATTATTGCAATGTCAGTTTTTTTTTTTTACAATATTATCCAG	1049

BX001025.23	178531	CGATAGTATCTATGTTTTGTTGGGACTGCATGACAGAATTTGCGTTGGCT	178580
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1050	CGATAGTATCTATGTTTTGTTGGGACTGCATGACAGAATTTGCGTTGGCT	1099

BX001025.23	178581	TAAGCCCAGCATGCAAAAATAAATAAATGCATAACTAAATAAATATATGA	178630
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1100	TAAGCCCAGCATGCAAAAATAAATAAATGCATAACTAAATAAATATATGA	1149

BX001025.23	178631	TAAAATAAGAAGTTTAAGTGTGCAACACAGGGGCGCAGTAGGTAGTGCTG	178680
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1150	TAAAATAAGAAGTTTAAGTGTGCAACACAGGGGCGCAGTAGGTAGTGCTG	1199

BX001025.23	178681	TCGCCTCACAGCAAAAAGGTCACTGATTCGAGCCTCAGCTGGGTCAGTTG	178730
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1200	TCGCCTCACAGCAAAAAGGTCACTGATTCGAGCCTCAGCTGGGTCAGTTG	1249

BX001025.23	178731	GCATTCCTGAGTGGAGTTTGCATGTTCTACCCGCATTCACGTGGGTTTCC	178780
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1250	GCATTCCTGAGTGGAGTTTGCATGTTCTACCCGCATTCACGTGGGTTTCC	1299

BX001025.23	178781	TCCAGGTGCTCCGGTTTCCACCACAAGTCTAAAATCATGTGGTACAGGTG	178830
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1300	TCCAGGTGCTCCGGTTTCCACCACAAGTCTAAAATCATGTGGTACAGGTG	1349

BX001025.23	178831	AATTGGGTAAGCTAAAGCTTAATTGTCCGTAGTGTATGTGTGTGAATGAG	178880
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1350	AATTGGGTAAGCTAAAGCTTAATTGTCCGTAGTGTATGTGTGTGAATGAG	1399

BX001025.23	178881	TGTGAATGGATGTTTCCCAGTGATGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATCTGCT	178930
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1400	TGTGAATGGATGTTTCCCAGTGATGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATCTGCT	1449

BX001025.23	178931	GCGTAAAAACATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGAGGTGACCC	178980
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1450	GCGTAAAAACATGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGAGGTGACCC	1499

BX001025.23	178981	CATATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAATATATATAAATATATATATATAT	179030
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1500	CATATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAATATATATAAATATATATATATAT	1549

BX001025.23	179031	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT--	179078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
BX005300.5	1550	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1599

BX001025.23	179079	----TGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGAATTATTACCC	179124
			    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1600	ATATTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGAATTATTACCC	1649

BX001025.23	179125	CCCCCCCCCCCTTTCTTTTTAAGGGAGAGATTTCTTTCCACCACATTTCT	179174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1650	CCCCCCCCCCCTTTCTTTTTAAGGGAGAGATTTCTTTCCACCACATTTCT	1699

BX001025.23	179175	AAACATAATACTTTTAATAACTCATTTCTAAAATTAGGCAAGTTATTTTA	179224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1700	AAACATAATACTTTTAATAACTCATTTCTAAAATTAGGCAAGTTATTTTA	1749

BX001025.23	179225	TAACGATGGGTTGTTCTGTTGACTATCGAAAACAAATACAGCTTAAAAGG	179274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1750	TAACGATGGGTTGTTCTGTTGACTATCGAAAACAAATACAGCTTAAAAGG	1799

BX001025.23	179275	GCTAATAATTTTGTCCTTAAATTGTGTTTAAATAATTAAAAACTGCTTTT	179324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1800	GCTAATAATTTTGTCCTTAAATTGTGTTTAAATAATTAAAAACTGCTTTT	1849

BX001025.23	179325	ATTCTAGATGAAAAAAAAAACCAAATAAGTCTTTCTCCAGAAGAAAAAAA	179374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1850	ATTCTAGATGAAAAAAAAAACCAAATAAGTCTTTCTCCAGAAGAAAAAAA	1899

BX001025.23	179375	TATTATCAGACATACTGTGAAAGTTTTCTTGCTCTGTTAAACTCTGGGAA	179424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1900	TATTATCAGACATACTGTGAAAGTTTTCTTGCTCTGTTAAACTCTGGGAA	1949

BX001025.23	179425	ATATTTAAAGAAGAAGAAAAAAATTCAAAGGGGGCTAATAAATCTGAATT	179474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1950	ATATTTAAAGAAGAAGAAAAAAATTCAAAGGGGGCTAATAAATCTGAATT	1999

BX001025.23	179475	C	179475
			|
BX005300.5	2000	C	2000

Compact alignment

skip 900 bps 100% identity alignment

BX001025.23	178381	CCAAAATGTTCTGAAATACTGAATTCCTCACAGACAAAAAAAAAAAAAGT	178430
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
BX005300.5	901	CCAAAATGTTCTGAAATACTGAATTCCTCACAGACAAAAAAAAAAAA-GT	949

skip 600 bps 100% identity alignment

BX001025.23	179031	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT--	179078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
BX005300.5	1550	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1599

BX001025.23	179079	----TGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGAATTATTACCC	179124
			    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005300.5	1600	ATATTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTGAATTATTAGAATTATTACCC	1649

skip 351 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX001025.23 - 179475 bps
Hit
BX005300.5 - 110022 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1995 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.65189719951774811794751120001
282.3810023711039911063512715141
381.8290220110529110748-1117714071
492.569312114738148581140615261
583.55149398157349157746129351297391
688.17109192161843162034136346365311
785144278152800153077-147232475111
888.74223357110399110755147236476081
981.13116313135367135679147236475531
1082.74112248177751177998147236474841
1192.44911195830458422-147236473541
1293279357110399110755-150444508001
1378.77104333177751178083-150476508001
1486.061282351464014874150558508011
1594.12971195830458422150682508001
1684.44158361157349157709176076764351
1782.35116318144687145004-176081764031
1886.39107227144779145005-183806840401
1987.05117230157480157709-187249874721
2081.7580238129566129803-187294875231
2185.72107234157506157739198143983801
2285.79102191122320122510-199757999461
Short-link