<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX088692.7	208075	GAACTTCTCACCATGCGTTTGCTGTCATATCAACACAGATGGATGTAATA	208124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1	GAACTTCTCACCATGCGTTTGCTGTCATATCAACACAGATGGATGTAATA	50

BX088692.7	208125	ACATTAACAAATATGAGGGTTTTATATATTCAATCGCGCCAGCTCTGGGC	208174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	51	ACATTAACAAATATGAGGGTTTTATATATTCAATCGCGCCAGCTCTGGGC	100

BX088692.7	208175	CGCAGCACATAACCTACTCGCGGCGTCGCGGGCTGATTCCGGCTCGCATG	208224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	101	CGCAGCACATAACCTACTCGCGGCGTCGCGGGCTGATTCCGGCTCGCATG	150

BX088692.7	208225	AGGCAGCGTCGGCTCGCTCGGCCGCCGCATCTGGCTCGATTGACTCGGGC	208274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	151	AGGCAGCGTCGGCTCGCTCGGCCGCCGCATCTGGCTCGATTGACTCGGGC	200

BX088692.7	208275	TGGAATCGGGCAGTGAGTCCAGGCATCCGGAGTAGGTCCAGCAGAAGTAG	208324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	201	TGGAATCGGGCAGTGAGTCCAGGCATCCGGAGTAGGTCCAGCAGAAGTAG	250

BX088692.7	208325	TCAGTCTGAGCGCTGAGGGGTAAGTCTCCGGCAGGCGAGAATCTAGCTGG	208374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	251	TCAGTCTGAGCGCTGAGGGGTAAGTCTCCGGCAGGCGAGAATCTAGCTGG	300

BX088692.7	208375	AACTGGCCTGAGTGTATTTTGCTATCTGGGTGGCTAGGCGTGTATCAGCA	208424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	301	AACTGGCCTGAGTGTATTTTGCTATCTGGGTGGCTAGGCGTGTATCAGCA	350

BX088692.7	208425	AACTAATAAAGCCCGAAAAAAGCCCTGACCTTTGCGAATAAACAGTGTTC	208474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	351	AACTAATAAAGCCCGAAAAAAGCCCTGACCTTTGCGAATAAACAGTGTTC	400

BX088692.7	208475	CACCAGGATCATGTATGTCAGAAACTATAGTTTACTGCTGAACTCATTTT	208524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	401	CACCAGGATCATGTATGTCAGAAACTATAGTTTACTGCTGAACTCATTTT	450

BX088692.7	208525	GTCATGGTAAAATAACACAGATATCGAATAATAACACTTCAGTCTCCTGC	208574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	451	GTCATGGTAAAATAACACAGATATCGAATAATAACACTTCAGTCTCCTGC	500

BX088692.7	208575	CGAAGCTCAGACGCGCTGCTTTGAGAAACTGTCAATCACAGCTGTCAATC	208624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	501	CGAAGCTCAGACGCGCTGCTTTGAGAAACTGTCAATCACAGCTGTCAATC	550

BX088692.7	208625	ACGATGACACGCCCAGCATTAAATTACTGCTAAAAACAAACTGTTTACAA	208674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	551	ACGATGACACGCCCAGCATTAAATTACTGCTAAAAACAAACTGTTTACAA	600

BX088692.7	208675	AAATGAAGATCTGCACCCATTTCAGCACAATAACCAGTGCCTTAATCGAC	208724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	601	AAATGAAGATCTGCACCCATTTCAGCACAATAACCAGTGCCTTAATCGAC	650

BX088692.7	208725	CTGAACCATCTTTCGTGACATTTTATTGCAAGTGTAATTAATTTTTTTAT	208774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	651	CTGAACCATCTTTCGTGACATTTTATTGCAAGTGTAATTAATTTTTTTAT	700

BX088692.7	208775	TTGGGCTCAAGTCTCCTTCATTAACACGGAGGAGGCGGGCTTTATGACTT	208824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	701	TTGGGCTCAAGTCTCCTTCATTAACACGGAGGAGGCGGGCTTTATGACTT	750

BX088692.7	208825	GTACTGCAGCCAGCCCCCAGGGGGCGATCTAACGGCCGAGACCTTCACTC	208874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	751	GTACTGCAGCCAGCCCCCAGGGGGCGATCTAACGGCCGAGACCTTCACTC	800

BX088692.7	208875	AAATGCAGGCTTGCGGCACACTTGGTTTAAACTATCACACACCAAATGCG	208924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	801	AAATGCAGGCTTGCGGCACACTTGGTTTAAACTATCACACACCAAATGCG	850

BX088692.7	208925	CACATTCGCATGATATTTAACATGAAACTAATCTGATGCCGATCTGTGGG	208974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	851	CACATTCGCATGATATTTAACATGAAACTAATCTGATGCCGATCTGTGGG	900

BX088692.7	208975	CCGGCTGAAATATGAACTGCTCGTGAATCGTGGCTGGGCGGCACCGGTGT	209024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	901	CCGGCTGAAATATGAACTGCTCGTGAATCGTGGCTGGGCGGCACCGGTGT	950

BX088692.7	209025	GTGTATAGAAACTGTTTAGAGTTCTAAAATCCATGGCGCTGCGTGGTGGA	209074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	951	GTGTATAGAAACTGTTTAGAGTTCTAAAATCCATGGCGCTGCGTGGTGGA	1000

BX088692.7	209075	GAGGCGCTTCTGGTGTGCTTCCTGCCATTATATTAGTGCCATTATAATGT	209124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1001	GAGGCGCTTCTGGTGTGCTTCCTGCCATTATATTAGTGCCATTATAATGT	1050

BX088692.7	209125	ATTAAATAATTTTCAATTTTTTTTATTAAATAATTTTTTTTTAAATCGCG	209174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1051	ATTAAATAATTTTCAATTTTTTTTATTAAATAATTTTTTTTTAAATCGCG	1100

BX088692.7	209175	ATTTCTCGATTTGATTCAAAATTAAATCGTCTTAAAATGTAAATTCGAAT	209224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1101	ATTTCTCGATTTGATTCAAAATTAAATCGTCTTAAAATGTAAATTCGAAT	1150

BX088692.7	209225	TAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGGAA	209274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1151	TAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCGGAA	1200

BX088692.7	209275	AAATCGCCCAGCCCTAATACAAGTATAATTAGCTCTATTTGGAAAGATTT	209324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1201	AAATCGCCCAGCCCTAATACAAGTATAATTAGCTCTATTTGGAAAGATTT	1250

BX088692.7	209325	CATCCATTTAGATGGATTGGAATGACCAAGACTTGTTCTATATAGTGCAT	209374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1251	CATCCATTTAGATGGATTGGAATGACCAAGACTTGTTCTATATAGTGCAT	1300

BX088692.7	209375	CTACATAAATGAAATAATTAAAAAAATAAATAAATAAATAAACAGTCTTT	209424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1301	CTACATAAATGAAATAATTAAAAAAATAAATAAATAAATAAACAGTCTTT	1350

BX088692.7	209425	TATGACTTTTTGAAAAGTCTAACAGTATTCAAGTACAGAAATTGAACAAT	209474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1351	TATGACTTTTTGAAAAGTCTAACAGTATTCAAGTACAGAAATTGAACAAT	1400

BX088692.7	209475	CAAATGTAAAATATCATGGTCATAAAAAATTCATAATATATTTTAATTTT	209524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1401	CAAATGTAAAATATCATGGTCATAAAAAATTCATAATATATTTTAATTTT	1450

BX088692.7	209525	GTAATGTGACTATTGCAGATACACACAATGCAATATCGATGCTCAAATGA	209574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1451	GTAATGTGACTATTGCAGATACACACAATGCAATATCGATGCTCAAATGA	1500

BX088692.7	209575	TACATTGTTAGGCCCTACTTCATAGCTTCATTTAAATCTCTCTATATAAC	209624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1501	TACATTGTTAGGCCCTACTTCATAGCTTCATTTAAATCTCTCTATATAAC	1550

BX088692.7	209625	ATCAAGTACATGATTTAATGCAAAATATTCAGTTTAACTCTGAATCCTTC	209674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1551	ATCAAGTACATGATTTAATGCAAAATATTCAGTTTAACTCTGAATCCTTC	1600

BX088692.7	209675	TACATTTCCATACTTCATGCTGTTATTTAAAAAAAAAATCAAAACATGAG	209724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1601	TACATTTCCATACTTCATGCTGTTATTTAAAAAAAAAATCAAAACATGAG	1650

BX088692.7	209725	TAATATTGCATGAAGAGTTTGCTGCCATTATTTAAAACAAAAGCAGAGAT	209774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1651	TAATATTGCATGAAGAGTTTGCTGCCATTATTTAAAACAAAAGCAGAGAT	1700

BX088692.7	209775	GAGTCCTCCCTGAAGCCATCATCACCTACGTCCAGAGGAGAGTTCATTTC	209824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1701	GAGTCCTCCCTGAAGCCATCATCACCTACGTCCAGAGGAGAGTTCATTTC	1750

BX088692.7	209825	TGACGTGTTTGGGCAAAGGCCTGGAATCCAACGGGTTAAAGAAACGGTGC	209874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1751	TGACGTGTTTGGGCAAAGGCCTGGAATCCAACGGGTTAAAGAAACGGTGC	1800

BX088692.7	209875	CAAAATCACAGAACCCTAGACTGCCCTCGCAAAAAAATATATATATTTAA	209924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1801	CAAAATCACAGAACCCTAGACTGCCCTCGCAAAAAAATATATATATTTAA	1850

BX088692.7	209925	ATCACCAGAACAACCCCACCCCGGCCCCCACGATTTTCACACACATTCTT	209974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1851	ATCACCAGAACAACCCCACCCCGGCCCCCACGATTTTCACACACATTCTT	1900

BX088692.7	209975	GCAGTATGATGGAGCGAGCTAGTGGTCCCTGCAACAGCGGAGAGCCATGC	210024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1901	GCAGTATGATGGAGCGAGCTAGTGGTCCCTGCAACAGCGGAGAGCCATGC	1950

BX088692.7	210025	TTTTCCCCTTTATCCTCCCCATACAGCGGTGACTAAGCCAGCTGGAATTC	210074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005221.7	1951	TTTTCCCCTTTATCCTCCCCATACAGCGGTGACTAAGCCAGCTGGAATTC	2000

Overview

Query
BX088692.7 - 210074 bps
Hit
BX005221.7 - 100694 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196920002080752100741120001
289.164297411811171818571841591521
388.312614201818951823141915495721
491.05136198180482180679-126353265531
586.581653083112731434126439267361
689.44291475187598188072-128755292181
788.64172275187050187324-129341296131
890.28369529100061100589137390379241
981.9352854108613109466138586394251
1082.7721251799498100014-139102396291
1184.71161321191711192031-147733480461
1285.3521543134563886-149084495201
1387.43245417108297108713149306497111
1485.02214396108742109137149708501011
1586.41170314117851118164-157674579821
1690.29370530100061100590-166835673701
1785.811462743154031813-179268795351
1887.171332328935089581179268794931
1991.771732483352233769179305795471
2092.182183005513155430179310796031
Short-link