<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248414.5	1	GAATTCACAGGATTTACTGACAAGCCTTTGCGAGAGCACTCTGGATGTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113004	GAATTCACAGGATTTACTGACAAGCCTTTGCGAGAGCACTCTGGATGTGT	113053

BX248414.5	51	AATTGAGTATTACATACAAAAATCTACCGCACACCGCCTGAACTGAAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113054	AATTGAGTATTACATACAAAAATCTACCGCACACCGCCTGAACTGAAGAA	113103

BX248414.5	101	TGTCAGAAGAAGTACAAAATAAAAATCCTAAAATGGATTAATTTAGAAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113104	TGTCAGAAGAAGTACAAAATAAAAATCCTAAAATGGATTAATTTAGAAAC	113153

BX248414.5	151	ATGACAAATGAATAACGTCAAGGAGTAACCATCGGGGAGTTATCTGCTGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113154	ATGACAAATGAATAACGTCAAGGAGTAACCATCGGGGAGTTATCTGCTGC	113203

BX248414.5	201	TTCTGAGCTGCTTATTATTTTCTTTTTCAAAAGCTAACTGACCTATCAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113204	TTCTGAGCTGCTTATTATTTTCTTTTTCAAAAGCTAACTGACCTATCAGA	113253

BX248414.5	251	ACTACATATACATTGAGCATGTTATAAAATGGATTATTGGTGATGGTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113254	ACTACATATACATTGAGCATGTTATAAAATGGATTATTGGTGATGGTAAA	113303

BX248414.5	301	GACTCCAAGGAGAAGACTAACTCTGTGTTCCTATAATCCCTCCCCTCCCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113304	GACTCCAAGGAGAAGACTAACTCTGTGTTCCTATAATCCCTCCCCTCCCC	113353

BX248414.5	351	TACAGAGTGTTTGGAGACAGATATTGAGTTCTGCCATGTTGAGGAGGAGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113354	TACAGAGTGTTTGGAGACAGATATTGAGTTCTGCCATGTTGAGGAGGAGG	113403

BX248414.5	401	TGGAGGGTCCACAAGGGGATGAAGCTAGTGATGTTGGGACACAGCCTGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113404	TGGAGGGTCCACAAGGGGATGAAGCTAGTGATGTTGGGACACAGCCTGAC	113453

BX248414.5	451	TGGTTGTCCCTGAAACAGTGGAATGTGCCCAAAGAGGAAGGAACAGTGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113454	TGGTTGTCCCTGAAACAGTGGAATGTGCCCAAAGAGGAAGGAACAGTGCC	113503

BX248414.5	501	AGAATTCATGGAAAGTTGTGGCCCACGGCATATAATGACCAGGAATCATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113504	AGAATTCATGGAAAGTTGTGGCCCACGGCATATAATGACCAGGAATCATG	113553

BX248414.5	551	ATGTCCTCGACTACTTCCAGGTTCTGTTTCCTGATGCCCTCTTTGAGCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113554	ATGTCCTCGACTACTTCCAGGTTCTGTTTCCTGATGCCCTCTTTGAGCTG	113603

BX248414.5	601	ATTGTTTGTGAGACCAACGCCTATGCCACTTATTGCTGCTCTTCAGGGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113604	ATTGTTTGTGAGACCAACGCCTATGCCACTTATTGCTGCTCTTCAGGGCA	113653

BX248414.5	651	GGGGGACACATCTTGGCACCCTGTGTCTGTACAGGAAATCAAAGGCTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113654	GGGGGACACATCTTGGCACCCTGTGTCTGTACAGGAAATCAAAGGCTTTT	113703

BX248414.5	701	TTGGTCTCTCTATCCTCATGGGGCTTCAAAACCTGGTGGAACCGGACTCG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113704	TTGGTCTCTCTATCCTCATGGGGCTTCAAAACCTGGTGGAACCGGACTCG	113753

BX248414.5	751	TACTGGACCTGGGAACAACACCAAGGCCGCTATGGCTCTAGAACATGGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113754	TACTGGACCTGGGAACAACACCAAGGCCGCTATGGCTCTAGAACATGGGA	113803

BX248414.5	801	GCTGGTTTACAGGACCATGTCAGTGAATCGTTTTAAGCAGATCAGCACTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113804	GCTGGTTTACAGGACCATGTCAGTGAATCGTTTTAAGCAGATCAGCACTT	113853

BX248414.5	851	ACATCCGAATGAGCAGTATGCTTGTGGAGAATGACAGCCAGAGTGCTGAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113854	ACATCCGAATGAGCAGTATGCTTGTGGAGAATGACAGCCAGAGTGCTGAC	113903

BX248414.5	901	AAGTTGTCATTTTTTCAGCCGATGCTGAGCATCCTGGAGAAAAGCATGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113904	AAGTTGTCATTTTTTCAGCCGATGCTGAGCATCCTGGAGAAAAGCATGCA	113953

BX248414.5	951	AGAGGCCTACAGTCCAAACAAGTGCTTGACAATTGATCAAGCTTTCCTAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	113954	AGAGGCCTACAGTCCAAACAAGTGCTTGACAATTGATCAAGCTTTCCTAC	114003

BX248414.5	1001	CGAGCCATGATAAGGGAACGGCTCAGGAGAAGAGTAAAAATTCTCAGCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114004	CGAGCCATGATAAGGGAACGGCTCAGGAGAAGAGTAAAAATTCTCAGCCA	114053

BX248414.5	1051	AGGATATGGCTACTGTGTGACTCAAAGTCAGGCTTTTGCCATAAATTGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114054	AGGATATGGCTACTGTGTGACTCAAAGTCAGGCTTTTGCCATAAATTGCT	114103

BX248414.5	1101	GGTCTCAACACGACAGGAGAAGCACAAAGACTTGGGAAGATCAGTTGTGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114104	GGTCTCAACACGACAGGAGAAGCACAAAGACTTGGGAAGATCAGTTGTGC	114153

BX248414.5	1151	CACATCTCACAGAGGGTCTTGAGGGTAAACATCACAACATCTTCTTGTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114154	CACATCTCACAGAGGGTCTTGAGGGTAAACATCACAACATCTTCTTGTCC	114203

BX248414.5	1201	AGCTCACTTGCCTCTGTGCAACTCATGAAGGATCTCTATGATAGTGGTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114204	AGCTCACTTGCCTCTGTGCAACTCATGAAGGATCTCTATGATAGTGGTAT	114253

BX248414.5	1251	ATACTGCTCCAGCTCTGTCCTGCCACAAAGTGCAGTTTTGCCCAAGGAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114254	ATACTGCTCCAGCTCTGTCCTGCCACAAAGTGCAGTTTTGCCCAAGGAGT	114303

BX248414.5	1301	TTTGGGATGAACCTCCACTGGAAAATCCAGGCAATTTTAAACAGTATGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114304	TTTGGGATGAACCTCCACTGGAAAATCCAGGCAATTTTAAACAGTATGAG	114353

BX248414.5	1351	TTCCCCCCACTTCTTGCCACTAGATGGAAAGATACCAAAGAATTGGTATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114354	TTCCCCCCACTTCTTGCCACTAGATGGAAAGATACCAAAGAATTGGTATG	114403

BX248414.5	1401	CCTCTCCACAAATGCCAACGCAGGCCATGAAGATGTGGTGTGGAGGAGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114404	CCTCTCCACAAATGCCAACGCAGGCCATGAAGATGTGGTGTGGAGGAGGT	114453

BX248414.5	1451	CTCCCACTAAAATGGGTGAGCTTTATACTATTGAAAGGCCACAGGCCTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114454	CTCCCACTAAAATGGGTGAGCTTTATACTATTGAAAGGCCACAGGCCTTC	114503

BX248414.5	1501	AAGCTGCTCCAAGACAACATGAGAGGAGTCGATATCTGTAATCAGCTGCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114504	AAGCTGCTCCAAGACAACATGAGAGGAGTCGATATCTGTAATCAGCTGCT	114553

BX248414.5	1551	GACGTGCAACCAACTTGGTGGGCTAGATCTTGACACCAACTGGCGGCGTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114554	GACGTGCAACCAACTTGGTGGGCTAGATCTTGACACCAACTGGCGGCGTC	114603

BX248414.5	1601	TCTTCTGGTTCTTTGTCAACTTGAGCATCATCAACTCTTTTATTGTCTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114604	TCTTCTGGTTCTTTGTCAACTTGAGCATCATCAACTCTTTTATTGTCTTA	114653

BX248414.5	1651	CGAGAGACCCGCAAAGACAACCCACCAGTGTGGCTCCCAGGGGGTCACTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114654	CGAGAGACCCGCAAAGACAACCCACCAGTGTGGCTCCCAGGGGGTCACTT	114703

BX248414.5	1701	TTCCCAGGCCGTTTTCCGTAAACGTCTGGGCTACCAGCTTGCCAAGTGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114704	TTCCCAGGCCGTTTTCCGTAAACGTCTGGGCTACCAGCTTGCCAAGTGTG	114753

BX248414.5	1751	CTGAAAGACACACTCTCCAGAACCAAATCCACAATAGCATGATTGAGCAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114754	CTGAAAGACACACTCTCCAGAACCAAATCCACAATAGCATGATTGAGCAA	114803

BX248414.5	1801	CAGACTGTGAAAAAAGAAAGTCAAGAGGTGCAAGAAGAGGTCAGACATCG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114804	CAGACTGTGAAAAAAGAAAGTCAAGAGGTGCAAGAAGAGGTCAGACATCG	114853

BX248414.5	1851	ATTAGGCAAAATTACCAGAACGGCGAGGAGATGTAAAGTTTGCAACTTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114854	ATTAGGCAAAATTACCAGAACGGCGAGGAGATGTAAAGTTTGCAACTTGA	114903

BX248414.5	1901	AAAACATGCGTCATGAGAGCATGTATGGCTGCACCGCCTGCCATGCGAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114904	AAAACATGCGTCATGAGAGCATGTATGGCTGCACCGCCTGCCATGCGAAT	114953

BX248414.5	1951	CTGTGCAAGCGTTCTCGCTGCTTCTGGGAGTTCCATGGTTTCCCAACTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX005089.14	114954	CTGTGCAAGCGTTCTCGCTGCTTCTGGGAGTTCCATGGTTTCCCAACTAA	115003

Overview

Query
BX248414.5 - 149603 bps
Hit
BX005089.14 - 115003 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199420001200011130041150031
284.5413875128209129083-1701878881
386.87225400109658110057-1749678911
483.2551272450924635-111969120871
584.38154307140532140838113029133481
682.791483622450824869-138615389511
789.93931481658816735151502516501
881.96852391649716735-154568548111
984.072175236686067382-165660661741
1085.782335047332573828-165660661581
1184.082215147589776410-165660661741
1285.432345197825978777-165660661741
1385.242355218349784017-165660661741
1483.62085086941769924-165673661721
1585.82274935174352235165689661741
1689.892353582450824865180257806121
1794.2958702741227481185926859951
1890.71171692763927807186160863311
1985.15721777623476410-187259874331
2088.98691295176151889187307874331
2185.7619036210261610297711021681025391
Short-link