<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005063.7	22459	AAGCTTGGTGTACTCTGACTTGCGAAAGCACATTATATGATTGCGTGAGA	22508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1	AAGCTTGGTGTACTCTGACTTGCGAAAGCACATTATATGATTGCGTGAGA	50

BX005063.7	22509	CCAATGGAGGATCAAAACATGACCTCTCTGAACAGAAATTTAAAACATGG	22558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	51	CCAATGGAGGATCAAAACATGACCTCTCTGAACAGAAATTTAAAACATGG	100

BX005063.7	22559	ACCAATCGCTCGCGTTTTTTAAAGTCTAATCATCTTGTTTAGTCTCGCCA	22608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	101	ACCAATCGCTCGCGTTTTTTAAAGTCTAATCATCTTGTTTAGTCTCGCCA	150

BX005063.7	22609	CTTTTTGTAGTCGTACTACAGAATTTTGCAGGCTTAAACTCTAGTGTGAC	22658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	151	CTTTTTGTAGTCGTACTACAGAATTTTGCAGGCTTAAACTCTAGTGTGAC	200

BX005063.7	22659	TGCGGCATTACTTTGGGATATTATTTAAATGAGTGAATCGCTAACGGGAG	22708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	201	TGCGGCATTACTTTGGGATATTATTTAAATGAGTGAATCGCTAACGGGAG	250

BX005063.7	22709	ACTCGTTTGACTGGATCATTTGAACCGGTGAGTTGTTAACTGGAGACTCA	22758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	251	ACTCGTTTGACTGGATCATTTGAACCGGTGAGTTGTTAACTGGAGACTCA	300

BX005063.7	22759	TTCTGGGTTAGTTCCATTCAGAAGGGCTCATGCTCTAGTCCTTATCCCTA	22808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	301	TTCTGGGTTAGTTCCATTCAGAAGGGCTCATGCTCTAGTCCTTATCCCTA	350

BX005063.7	22809	ATTCCAATTTCCCTGGTCGAAGATCATGGCCCAAGTTGTCCATTAGGTGT	22858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	351	ATTCCAATTTCCCTGGTCGAAGATCATGGCCCAAGTTGTCCATTAGGTGT	400

BX005063.7	22859	CTTTTTCAAAATCTTTTGTTCCAAAGGGCCAGTATTGAGCACCTCAGTTT	22908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	401	CTTTTTCAAAATCTTTTGTTCCAAAGGGCCAGTATTGAGCACCTCAGTTT	450

BX005063.7	22909	CAAACAAAGATTCAATATGGAGGCCATGATTTTTTTCTCTTCGAAGTGCC	22958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	451	CAAACAAAGATTCAATATGGAGGCCATGATTTTTTTCTCTTCGAAGTGCC	500

BX005063.7	22959	TTTCAGAAAGTGATTTATAGTATACCAATTTGGAACACAATCTGTTCCAT	23008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	501	TTTCAGAAAGTGATTTATAGTATACCAATTTGGAACACAATCTGTTCCAT	550

BX005063.7	23009	CAGTCTAGCTCATTTGAATCAATGAGTCACTACCTGGAGACCCTCTCTGA	23058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	551	CAGTCTAGCTCATTTGAATCAATGAGTCACTACCTGGAGACCCTCTCTGA	600

BX005063.7	23059	GAAGATCATTTGAATCAGTGAGTCATTAATTAGAGACAATCTCTGACTGA	23108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	601	GAAGATCATTTGAATCAGTGAGTCATTAATTAGAGACAATCTCTGACTGA	650

BX005063.7	23109	ATCATTTGAAACTGCTATTGACTTGAATTGCTAACTGAAATATAGCTCTG	23158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	651	ATCATTTGAAACTGCTATTGACTTGAATTGCTAACTGAAATATAGCTCTG	700

BX005063.7	23159	ACCAGATGAATTGGTGAGTCGTTTAAGTGGAGACTCTGTCTGATTGGATG	23208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	701	ACCAGATGAATTGGTGAGTCGTTTAAGTGGAGACTCTGTCTGATTGGATG	750

BX005063.7	23209	ATTTGAATCATCATTGAGTCTTTAAATGAAGAGTCTGTCTGACTCGACTC	23258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	751	ATTTGAATCATCATTGAGTCTTTAAATGAAGAGTCTGTCTGACTCGACTC	800

BX005063.7	23259	AAGTGAATCATCAACTGGAGACTCTTTCAGAGTGGATTATCTGAACCAGT	23308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	801	AAGTGAATCATCAACTGGAGACTCTTTCAGAGTGGATTATCTGAACCAGT	850

BX005063.7	23309	GAGTGTAATGGCACAGTCAGTTTGAATTTGCAAAATTCTGTAGAACGGCG	23358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	851	GAGTGTAATGGCACAGTCAGTTTGAATTTGCAAAATTCTGTAGAACGGCG	900

BX005063.7	23359	CTGAGAAAATGGGTGGGATTAAACAAGATGATTAGGCATAAAAAAAATGA	23408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	901	CTGAGAAAATGGGTGGGATTAAACAAGATGATTAGGCATAAAAAAAATGA	950

BX005063.7	23409	GCGATTGATCCATGTTTTAAATTTTTGTCCAGAGAGGTCATGTCTTGACC	23458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	951	GCGATTGATCCATGTTTTAAATTTTTGTCCAGAGAGGTCATGTCTTGACC	1000

BX005063.7	23459	CTCGATTTGTCTCACGCAGTCAAGTGATGCGATTTTGCATGTCAGAATTC	23508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1001	CTCGATTTGTCTCACGCAGTCAAGTGATGCGATTTTGCATGTCAGAATTC	1050

BX005063.7	23509	ACCAAGCTAGATCTTTCCAACACAGCGATCTGCGAAATTTGCTGCATGGA	23558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1051	ACCAAGCTAGATCTTTCCAACACAGCGATCTGCGAAATTTGCTGCATGGA	1100

BX005063.7	23559	ATGGAAGTCTATGGTGAGAAAAGTGCAGTGTGACCGCAGCTTTACTTGGA	23608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1101	ATGGAAGTCTATGGTGAGAAAAGTGCAGTGTGACCGCAGCTTTACTTGGA	1150

BX005063.7	23609	GACTCACTCTGTCCAGATCATTTGAACTAGTGAGTCGTTACCTGGACACT	23658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1151	GACTCACTCTGTCCAGATCATTTGAACTAGTGAGTCGTTACCTGGACACT	1200

BX005063.7	23659	CTGTCTGATTCTAATCTTTAACTTGACACTCTTTTGGACTAGATCATTTG	23708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1201	CTGTCTGATTCTAATCTTTAACTTGACACTCTTTTGGACTAGATCATTTG	1250

BX005063.7	23709	AATCAGTATATTGTTAATTAGAGACTTTTTTTTTGACTGGATTATTTGAA	23758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1251	AATCAGTATATTGTTAATTAGAGACTTTTTTTTTGACTGGATTATTTGAA	1300

BX005063.7	23759	CCAGTAAGTCGTTAACTGGAAACTCACTCTATCCAGATCATTTTAATCAG	23808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1301	CCAGTAAGTCGTTAACTGGAAACTCACTCTATCCAGATCATTTTAATCAG	1350

BX005063.7	23809	TAATTTGTTAACTAGAGACTGATTGAATCATTTGAATTAATGAGTCTTTC	23858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1351	TAATTTGTTAACTAGAGACTGATTGAATCATTTGAATTAATGAGTCTTTC	1400

BX005063.7	23859	ACTGGACACTATTTCAGACTGGTTCATTTGAATCAGTCAGTCATTAACTA	23908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1401	ACTGGACACTATTTCAGACTGGTTCATTTGAATCAGTCAGTCATTAACTA	1450

BX005063.7	23909	GAGTCTCTCTGATTGGATCAGAACTGAAATATAGCTCTGACCAGATGATT	23958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1451	GAGTCTCTCTGATTGGATCAGAACTGAAATATAGCTCTGACCAGATGATT	1500

BX005063.7	23959	TAAGTCAGTGAGTCGTTAAGTGGAGACTCTGTCTGATTGGTTATTTGAAG	24008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1501	TAAGTCAGTGAGTCGTTAAGTGGAGACTCTGTCTGATTGGTTATTTGAAG	1550

BX005063.7	24009	TCAGTGAGTCCTTAACTAGAAACTCTGATTGGATGATTTGAATCAACGAG	24058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1551	TCAGTGAGTCCTTAACTAGAAACTCTGATTGGATGATTTGAATCAACGAG	1600

BX005063.7	24059	TCTGTAACTGAAGAGTCTTTCTGACTGGATAATTTAAATTAGTGAATCGT	24108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1601	TCTGTAACTGAAGAGTCTTTCTGACTGGATAATTTAAATTAGTGAATCGT	1650

BX005063.7	24109	CAACTGGAGACTTTTTTTGACCAGATTATGTGAACCAGTGAGTTTCACCC	24158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1651	CAACTGGAGACTTTTTTTGACCAGATTATGTGAACCAGTGAGTTTCACCC	1700

BX005063.7	24159	TGTTCAGATCATTTGAATTAGTGAGTCTTTAACTAGAGACTCTGTCTGAT	24208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1701	TGTTCAGATCATTTGAATTAGTGAGTCTTTAACTAGAGACTCTGTCTGAT	1750

BX005063.7	24209	TGTACCATTTGAGTCAGTTATTTGTTAATTAGAGACTTTTTTCTGACCAG	24258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1751	TGTACCATTTGAGTCAGTTATTTGTTAATTAGAGACTTTTTTCTGACCAG	1800

BX005063.7	24259	ATTATTTGAACCAATGAGTCGTTAACTGGAAACTCACTCTATCCAGATCA	24308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1801	ATTATTTGAACCAATGAGTCGTTAACTGGAAACTCACTCTATCCAGATCA	1850

BX005063.7	24309	TTTTAACCAGTCTCTGAATCATTTGAATGATTTTGTCTTTCACTGGACAC	24358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1851	TTTTAACCAGTCTCTGAATCATTTGAATGATTTTGTCTTTCACTGGACAC	1900

BX005063.7	24359	TCTTTTTAGACTGGTTCATTTGAATCAGTGAGTCATTAACTAAAGTATCT	24408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1901	TCTTTTTAGACTGGTTCATTTGAATCAGTGAGTCATTAACTAAAGTATCT	1950

BX005063.7	24409	CTGATAGGATAATTTGAAACAGTGAATCACTAATTGGAATCTTGCTCTGA	24458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004975.9	1951	CTGATAGGATAATTTGAAACAGTGAATCACTAATTGGAATCTTGCTCTGA	2000

Overview

Query
BX005063.7 - 24458 bps
Hit
BX004975.9 - 208909 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001951200022459244581120001
290.4719431819174194911691972331
386.83124245479150351704972911
487.362063461473815083-110706110531
585.761873301473815067-137191375201
688.961793181917419491146375466911
790.8614219840104207177514777101
892.191471924015420611009351011261
986.171893381473815075-11080011083401
1090.841962961381914114-11083561086501
1185.851873381473815075-11125961129341
1291.091972931381914111-11129531132441
1389.171772751473815012-11203081205841
1490.51932961381914114-11206001208941
1586.761963381473815075-11239781243171
1690.51922961381914114-11243331246271
1787.91903121473815049-11281541284671
1889.971852961381914114-11284831287811
1990.51922961381914114-11322131325071
2082.16143345147381508211408011411421
2185.682094671897719443-11541681546141
2284.7730959613341929-11929801935831
2390.761782961919619491-11966711969621
Short-link