<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR533574.5	1	CTATGCAAGATCAAACGCTTAAAACACACAGGATGTACAGCAATACACAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251423	CTATGCAAGATCAAACGCTTAAAACACACAGGATGTACAGCAATACACAA	251472

CR533574.5	51	ATATCTTTACAAAGGAAAAAAAATAAAGGATTAAAATATTATTAAAATTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251473	ATATCTTTACAAAGGAAAAAAAATAAAGGATTAAAATATTATTAAAATTA	251522

CR533574.5	101	TTATTTACTACATCAATAAAAAAACCACCACCTCCATGCCTTCTTCATTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251523	TTATTTACTACATCAATAAAAAAACCACCACCTCCATGCCTTCTTCATTT	251572

CR533574.5	151	GCGGGAGCTTTTTCAGTTTATTCATGACAATTTGAATTTGTATAATATTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251573	GCGGGAGCTTTTTCAGTTTATTCATGACAATTTGAATTTGTATAATATTA	251622

CR533574.5	201	TTATTAACAATATTAATTATTTCTTGCATATTTATATTTGTTTTAATAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251623	TTATTAACAATATTAATTATTTCTTGCATATTTATATTTGTTTTAATAAA	251672

CR533574.5	251	AACAAGTTTAGATTTGTCCACCTGTCAGGTTTTGGAGACGCTTGCATCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251673	AACAAGTTTAGATTTGTCCACCTGTCAGGTTTTGGAGACGCTTGCATCAC	251722

CR533574.5	301	CATATGGGGCATAAGAATAGGACGCGTGTTTGGATATAACCACACTTCAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251723	CATATGGGGCATAAGAATAGGACGCGTGTTTGGATATAACCACACTTCAT	251772

CR533574.5	351	TATTATTGTTTATTAATGCATTTGCTGGAAATTAGAACTGAATTTAAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251773	TATTATTGTTTATTAATGCATTTGCTGGAAATTAGAACTGAATTTAAAAA	251822

CR533574.5	401	TAGTTTTGTAACAAATCTTTGCACTTAAACAAAATTAACTATGTAGGCTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251823	TAGTTTTGTAACAAATCTTTGCACTTAAACAAAATTAACTATGTAGGCTA	251872

CR533574.5	451	AGGGGCCGATCACACTGAATGTGCTTTTTTGCGCTGAGGCGCCTTTTTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251873	AGGGGCCGATCACACTGAATGTGCTTTTTTGCGCTGAGGCGCCTTTTTTG	251922

CR533574.5	501	AATGATTTACTAACAGCAGCAAGCATTTTGCATGCTGCTCATGCAATCTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251923	AATGATTTACTAACAGCAGCAAGCATTTTGCATGCTGCTCATGCAATCTT	251972

CR533574.5	551	GCGTGCCTCGGGTTTTGACCCTTGCGCTGTGCGCTGGCAGTTGAAAAAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	251973	GCGTGCCTCGGGTTTTGACCCTTGCGCTGTGCGCTGGCAGTTGAAAAAAG	252022

CR533574.5	601	TCAACTCTAAGTGGAAAAAAGCGTGATACATCACTCACATGTTTTTCATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252023	TCAACTCTAAGTGGAAAAAAGCGTGATACATCACTCACATGTTTTTCATT	252072

CR533574.5	651	CTCCACTCAAATGAAAGTAGAGGTGGGGTTTCCGTTGAGGTGCCTGCAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252073	CTCCACTCAAATGAAAGTAGAGGTGGGGTTTCCGTTGAGGTGCCTGCAGT	252122

CR533574.5	701	GTTTGTGTTGTCAAGACAACTATGGAGACTTTTGAAGATGGAGGAGAGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252123	GTTTGTGTTGTCAAGACAACTATGGAGACTTTTGAAGATGGAGGAGAGAC	252172

CR533574.5	751	TTGTGGTTGCTGTTTTGAGTTATCCAGAGCTGTATGACTTTTCAAATCTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252173	TTGTGGTTGCTGTTTTGAGTTATCCAGAGCTGTATGACTTTTCAAATCTT	252222

CR533574.5	801	GAATTTCACAATATTATTAAATAATAAAGTTATATTTATATCAACAGCAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252223	GAATTTCACAATATTATTAAATAATAAAGTTATATTTATATCAACAGCAA	252272

CR533574.5	851	CACTCTCACAGAATACCAGCTGATTCAAATGTTGCCTAAAAACGTAAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252273	CACTCTCACAGAATACCAGCTGATTCAAATGTTGCCTAAAAACGTAAAAA	252322

CR533574.5	901	ATCCTACCACGCTTCTTTTTTCTTGTCAACAAAAAATGCAGTGTGGTGCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252323	ATCCTACCACGCTTCTTTTTTCTTGTCAACAAAAAATGCAGTGTGGTGCG	252372

CR533574.5	951	CCTCGTGTTTTTGGAACATAAATGCGCATTTAGGGTGATCGGCCCCTAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252373	CCTCGTGTTTTTGGAACATAAATGCGCATTTAGGGTGATCGGCCCCTAAA	252422

CR533574.5	1001	TGATGTATTCAGTGAAGTGCGTACAACACCGATTCCTTAACCACGAAAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252423	TGATGTATTCAGTGAAGTGCGTACAACACCGATTCCTTAACCACGAAAGT	252472

CR533574.5	1051	AAAGGAGTAAAGAGTATAAGTAAAGTAAAGAGAAAGTAAAGAAACTGAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252473	AAAGGAGTAAAGAGTATAAGTAAAGTAAAGAGAAAGTAAAGAAACTGAAT	252522

CR533574.5	1101	GGAGGAAGCTCATTGTTTATCCTCGTTTTCTCGCCAGTGAAGCGTGCAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252523	GGAGGAAGCTCATTGTTTATCCTCGTTTTCTCGCCAGTGAAGCGTGCAGT	252572

CR533574.5	1151	TTTTCCACTTACAAAGTCCGCCATGTAAATAGCAAATGTGCCATGGCGCG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252573	TTTTCCACTTACAAAGTCCGCCATGTAAATAGCAAATGTGCCATGGCGCG	252622

CR533574.5	1201	ACACAACTGACTCTTAAAGGGAATGGCAGATGAAACTCTGATTGGTTTAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252623	ACACAACTGACTCTTAAAGGGAATGGCAGATGAAACTCTGATTGGTTTAC	252672

CR533574.5	1251	GTTTTGCTCAAAACACACCCATAACTCATTAAGAGAATAAGCAACCCTCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252673	GTTTTGCTCAAAACACACCCATAACTCATTAAGAGAATAAGCAACCCTCT	252722

CR533574.5	1301	TAGACCATGTGCCAGTGTGCAAAGCATATTTTTCCATCTTTCAAATAGCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252723	TAGACCATGTGCCAGTGTGCAAAGCATATTTTTCCATCTTTCAAATAGCA	252772

CR533574.5	1351	AAAGTGGATTCAGACACACTCTTAGGGCTCTATTTTGACGGTCAATGCGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252773	AAAGTGGATTCAGACACACTCTTAGGGCTCTATTTTGACGGTCAATGCGC	252822

CR533574.5	1401	AAAGCGCAAAACGCAGGGCGCAAATGCTTTCAGGGCGTGTCAGGACGCGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252823	AAAGCGCAAAACGCAGGGCGCAAATGCTTTCAGGGCGTGTCAGGACGCGT	252872

CR533574.5	1451	TTTTGCTAATTTAAGGACGGGAAATCTGCCTTGCGCTTCGGCGCATGCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252873	TTTTGCTAATTTAAGGACGGGAAATCTGCCTTGCGCTTCGGCGCATGCTA	252922

CR533574.5	1501	AAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTAAGAATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252923	AAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAATGAGTTATAGGTGTGTTTTAAGAATA	252972

CR533574.5	1551	AACCAATTAGAGACTCATCTCCCATTCCCTTTAAGAGTCAGCTGCATCGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	252973	AACCAATTAGAGACTCATCTCCCATTCCCTTTAAGAGTCAGCTGCATCGT	253022

CR533574.5	1601	GCCAAGAGCGAATTCGCTATTTACAGGACGCAAAGTAAGTCTAAGTGGAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	253023	GCCAAGAGCGAATTCGCTATTTACAGGACGCAAAGTAAGTCTAAGTGGAA	253072

CR533574.5	1651	AAAATGAGCATTTCACAAGCAAATAGTTAACAGTTAACAGTTTTTTTTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	253073	AAAATGAGCATTTCACAAGCAAATAGTTAACAGTTAACAGTTTTTTTTTA	253122

CR533574.5	1701	ACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	253123	ACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCGTGAGAATGAGAGATAATG	253172

CR533574.5	1751	GATCACTTTCACTTTCGCTCTTGGATAGGGAAACTTTTACGCACAGACAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	253173	GATCACTTTCACTTTCGCTCTTGGATAGGGAAACTTTTACGCACAGACAT	253222

CR533574.5	1801	CAATTAGTCTATAAATAAATACTTTTGTTTGTAAAGCTCAAATATTCGTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	253223	CAATTAGTCTATAAATAAATACTTTTGTTTGTAAAGCTCAAATATTCGTT	253272

CR533574.5	1851	TCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACGAATAAATGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	253273	TCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAACGAATAAATGA	253322

CR533574.5	1901	ATAATAATAGCAAAATGTGCTCAAAAACCTGAGTTATATCCTAAAACACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	253323	ATAATAATAGCAAAATGTGCTCAAAAACCTGAGTTATATCCTAAAACACA	253372

CR533574.5	1951	TGCTTTGCCCCATATGGTCTAAAACCTGACAGGTGGGCAAATCTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX004889.8	253373	TGCTTTGCCCCATATGGTCTAAAACCTGACAGGTGGGCAAATCTAAGCTT	253422

Overview

Query
CR533574.5 - 7121 bps
Hit
BX004889.8 - 253422 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194820001200012514232534221
293.65146187478549711683270201
394.5513516546484812127787279511
490.48812511251249144192443161
590.0921532146474967-168004683161
690.6923533646244959171120714521
785.05571104710481911183121184181
883.56327448924965-11687921688641
983.976713146894819-11689441690741
1091.6871194848496611764031765211
1192.46755106015362595-12042632052971
1292.118512113681488-12053042054171
1387.9620534446224965-12430222433531
Short-link