<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX571838.9	2000	GAATTCCATTTAATTGAATGGATCTGAAATAGCTCAGCTTAAAAGTGCTG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1	GAATTCCATTTAATTGAATGGATCTGAAATAGCTCAGCTTAAAAGTGCTG	50

C  BX571838.9	1950	CATGTACGTTTGTAATTCTTCTAACTCTTTTCTAGAGTCTTTTAACTCGT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	51	CATGTACGTTTGTAATTCTTCTAACTCTTTTCTAGAGTCTTTTAACTCGT	100

C  BX571838.9	1900	CTTTTAAAGCATAAAAATACATGCATTTATTTGCAAACTTACAAAGTGAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	101	CTTTTAAAGCATAAAAATACATGCATTTATTTGCAAACTTACAAAGTGAA	150

C  BX571838.9	1850	CATGAGATGCCAGTCAATAGTTTAGAGTCAGTTTGGTTTTTAAAAATATT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	151	CATGAGATGCCAGTCAATAGTTTAGAGTCAGTTTGGTTTTTAAAAATATT	200

C  BX571838.9	1800	TTGTAATAAGCCTTTTTGTAATCTGCTCACAAAAGCTGTGTTTATTTAAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	201	TTGTAATAAGCCTTTTTGTAATCTGCTCACAAAAGCTGTGTTTATTTAAT	250

C  BX571838.9	1750	AGGAAATACAGTAAAAACTGTGAATATGTGAAATGTTATTGCAATCTTAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	251	AGGAAATACAGTAAAAACTGTGAATATGTGAAATGTTATTGCAATCTTAA	300

C  BX571838.9	1700	GCAACGTACATTATTAAATACATTCCTTCATTCATTCATTCATTTTCTTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	301	GCAACGTACATTATTAAATACATTCCTTCATTCATTCATTCATTTTCTTT	350

C  BX571838.9	1650	CTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACTGCGAAATGAACCGC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	351	CTGGCTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACTGCGAAATGAACCGC	400

C  BX571838.9	1600	CAACTTATCCAGCATGTTTTACGCAGCGCGTGCCCTTCCAGCCAAAACCC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	401	CAACTTATCCAGCATGTTTTACGCAGCGCGTGCCCTTCCAGCCAAAACCC	450

C  BX571838.9	1550	AATGCACACACTCATTCACACACTTATACCCTACGGTCAATGTTAGCATA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	451	AATGCACACACTCATTCACACACTTATACCCTACGGTCAATGTTAGCATA	500

C  BX571838.9	1500	CCCAATTCACCTATAGCGCATGTCTTTAGACCTGTGGGGGAAACAGGAGC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	501	CCCAATTCACCTATAGCGCATGTCTTTAGACCTGTGGGGGAAACAGGAGC	550

C  BX571838.9	1450	ACACCCCACGCGAACAGGGGGAGAACAAACAAACTCCAAAGAGAAATGCC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	551	ACACCCCACGCGAACAGGGGGAGAACAAACAAACTCCAAAGAGAAATGCC	600

C  BX571838.9	1400	AACTGATCCAGCCGAGGCTTAAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGTCGAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	601	AACTGATCCAGCCGAGGCTTAAACCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGTCGAA	650

C  BX571838.9	1350	CGTGCTACCCACTGCGCCACTGCGTCACCAAATTATGAAATACATTTAAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	651	CGTGCTACCCACTGCGCCACTGCGTCACCAAATTATGAAATACATTTAAA	700

C  BX571838.9	1300	AGTGAAATAAATTCTTGTAGTTCATTGATAATTTTAAGCATGTTTAGTTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	701	AGTGAAATAAATTCTTGTAGTTCATTGATAATTTTAAGCATGTTTAGTTT	750

C  BX571838.9	1250	CCAGTGTCACATAATCCATTAAATATTGTAGTATCGTAATCTGCTTAAGA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	751	CCAGTGTCACATAATCCATTAAATATTGTAGTATCGTAATCTGCTTAAGA	800

C  BX571838.9	1200	AGAAACACTAACAAATTCTATTGCTGTTGCTGTCAGTTGTTGTTGTCGTT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	801	AGAAACACTAACAAATTCTATTGCTGTTGCTGTCAGTTGTTGTTGTCGTT	850

C  BX571838.9	1150	AGTTTTGAAAAACTGATACAGTACCATAAAAATGCATTTACTTTCTTCAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	851	AGTTTTGAAAAACTGATACAGTACCATAAAAATGCATTTACTTTCTTCAT	900

C  BX571838.9	1100	TATGACAATAAATTAGGGCTGGGGGATCTGGCCTAAAATCAAAATCTTAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	901	TATGACAATAAATTAGGGCTGGGGGATCTGGCCTAAAATCAAAATCTTAA	950

C  BX571838.9	1050	TTAATTGAACATTTTTACTTGATTACGATTAATTAATTATTTTATTTATT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	951	TTAATTGAACATTTTTACTTGATTACGATTAATTAATTATTTTATTTATT	1000

C  BX571838.9	1000	TTTATTTATTTATTTATTACTCTCCGCGCTGCTCACACTTGCCAATGCTA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1001	TTTATTTATTTATTTATTACTCTCCGCGCTGCTCACACTTGCCAATGCTA	1050

C  BX571838.9	950	CCATGCTGACCAATCACAAAGCTTGCACTATGTGTTGTCGCGACATGTAG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1051	CCATGCTGACCAATCACAAAGCTTGCACTATGTGTTGTCGCGACATGTAG	1100

C  BX571838.9	900	TTACCTTTTTTGAGAGGTCAGCGTGGTCATCAGTCACGGTGAGGGGTGTA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1101	TTACCTTTTTTGAGAGGTCAGCGTGGTCATCAGTCACGGTGAGGGGTGTA	1150

C  BX571838.9	850	CGACTGCGTGAAGGCTGCACCTCATCATACGCTGTGCTCGATGCAGAAGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1151	CGACTGCGTGAAGGCTGCACCTCATCATACGCTGTGCTCGATGCAGAAGT	1200

C  BX571838.9	800	ATAAACAGAGCAGGGTCATGTGACTCCACAAGCGGTAGGGAAAGTTATTG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1201	ATAAACAGAGCAGGGTCATGTGACTCCACAAGCGGTAGGGAAAGTTATTG	1250

C  BX571838.9	750	AAAAACTTGATCTAGAAAAATTAGATCGATTACATCGATCTGAATGTCAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1251	AAAAACTTGATCTAGAAAAATTAGATCGATTACATCGATCTGAATGTCAA	1300

C  BX571838.9	700	TTTCAATTACTTTTCGATTAATCGTCCAGCCCTACTATGAATTATTTAGG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1301	TTTCAATTACTTTTCGATTAATCGTCCAGCCCTACTATGAATTATTTAGG	1350

C  BX571838.9	650	AGTAAAAGTAAATACATTTGTAATGTAAAAAAAAAGAAGAACACCGGGGC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1351	AGTAAAAGTAAATACATTTGTAATGTAAAAAAAAAGAAGAACACCGGGGC	1400

C  BX571838.9	600	ATAGAATATCAATGTTATGATTGGCTAAATCAAACGGCCCGATTTCACTA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1401	ATAGAATATCAATGTTATGATTGGCTAAATCAAACGGCCCGATTTCACTA	1450

C  BX571838.9	550	TTAACTGTGCTTTAATTCGTCACAGTTTATTAATCATAAAGTATTCTCTA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1451	TTAACTGTGCTTTAATTCGTCACAGTTTATTAATCATAAAGTATTCTCTA	1500

C  BX571838.9	500	AGCATTTCTGTTGCACAGAACGAAACGAAACCGCTGCAAAATACCAAGTT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1501	AGCATTTCTGTTGCACAGAACGAAACGAAACCGCTGCAAAATACCAAGTT	1550

C  BX571838.9	450	TCCTGTTTGCTAGTTTTAAGTTAGAAGTACACCGAGGGTAATACACATGC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1551	TCCTGTTTGCTAGTTTTAAGTTAGAAGTACACCGAGGGTAATACACATGC	1600

C  BX571838.9	400	ACACAGGATTAACTATAGCAGCGGCCGTTCCCATATCACGTCTTTTCCGG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1601	ACACAGGATTAACTATAGCAGCGGCCGTTCCCATATCACGTCTTTTCCGG	1650

C  BX571838.9	350	TTTTTCATGAACCGGCCCCATGACAAACTAATTGAATAGCCCTGAAATAC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1651	TTTTTCATGAACCGGCCCCATGACAAACTAATTGAATAGCCCTGAAATAC	1700

C  BX571838.9	300	AGTATCATTGTATTGTAACGATTGATGTGATACATATGATATTTAACATT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1701	AGTATCATTGTATTGTAACGATTGATGTGATACATATGATATTTAACATT	1750

C  BX571838.9	250	TTTGCATGTTTGTTAATAAGAAACCAATATTTTTTTTTTAATTATAAAGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1751	TTTGCATGTTTGTTAATAAGAAACCAATATTTTTTTTTTAATTATAAAGA	1800

C  BX571838.9	200	GTTTTATTTAAGAGTCTGATTTTAAGTAGCGTAGAAATAATGTGTATGTC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1801	GTTTTATTTAAGAGTCTGATTTTAAGTAGCGTAGAAATAATGTGTATGTC	1850

C  BX571838.9	150	TTGTTGAGTAATTAAATAACTTCAGACATAGTAATTAGAAAAGTCATTTA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1851	TTGTTGAGTAATTAAATAACTTCAGACATAGTAATTAGAAAAGTCATTTA	1900

C  BX571838.9	100	AATAATCAATCATTCATTTTCCTTTGGCTTAGTCCTTTTATTTATCAAAA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1901	AATAATCAATCATTCATTTTCCTTTGGCTTAGTCCTTTTATTTATCAAAA	1950

C  BX571838.9	50	GCCGCTACAGCGGGATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACACA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX004832.9	1951	GCCGCTACAGCGGGATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTACACA	2000

Overview

Query
BX571838.9 - 124398 bps
Hit
BX004832.9 - 190952 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001938200012000-1120001
283.242385956971870312-1296135451
387.7180308108317108624-1300233181
481.9640111096744068548-1527563831
587.252324584005040507-127879283331
689.452674544299643449-127879283331
788.81170272108303108574129811300961
885.662485424005140592-133920344491
987.542835384299743534-133920344491
1087.872965494004440592136364369071
1189.333205454299043534136364369071
1287.1518235699937100292136381367381
1387.16183322108303108624150508508421
1489.571993056340563709-161131614271
1586.32153892354423932177665780511
1686.973005676802168587-196590971491
1793.523714731431114783-11388411393341
1888.722243779687497250-11388411392391
1986.88189320974239774211583551586741
2094.12267343144411478311689601692991
2193.82262342969099725011689601692991
Short-link