<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR925787.5	1	CCCAGAATTGGCACAGAAGGTACACGTCATGTTGTTACTAGTTTTATATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	146766	CCCAGAATTGGCACAGAAGGTACACGTCATGTTGTTACTAGTTTTATATA	146815

CR925787.5	51	GTAGTTTCTACGATGTCATATCTTCAATAAAATATATGTAGATTTACATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	146816	GTAGTTTCTACGATGTCATATCTTCAATAAAATATATGTAGATTTACATA	146865

CR925787.5	101	TGCCTATGACTTGTAGAATCATTTTCACCTACAACTTAAACCTTTACTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	146866	TGCCTATGACTTGTAGAATCATTTTCACCTACAACTTAAACCTTTACTTG	146915

CR925787.5	151	GATTGTATTTAGTTATTCAATCATTAAACTAAGTTGCAATGAATAGGTAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	146916	GATTGTATTTAGTTATTCAATCATTAAACTAAGTTGCAATGAATAGGTAG	146965

CR925787.5	201	CTGATTTAATGTTAAAATACTCACTTCGGCTTATTCCCTGGTTTATCAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	146966	CTGATTTAATGTTAAAATACTCACTTCGGCTTATTCCCTGGTTTATCAGG	147015

CR925787.5	251	GGTCGACACAGGAATTAATTGCTAATTTCACTGAAATTGTTCTGTTTGGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147016	GGTCGACACAGGAATTAATTGCTAATTTCACTGAAATTGTTCTGTTTGGT	147065

CR925787.5	301	TAATGTTTGACATTTTGTGCTATGCCAACTAATAGCAAAAGTGTATGTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147066	TAATGTTTGACATTTTGTGCTATGCCAACTAATAGCAAAAGTGTATGTGT	147115

CR925787.5	351	GTTTCTCATAAAAAATGTACTGCCTTATGTCTCTTCATCCTGCATGTTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147116	GTTTCTCATAAAAAATGTACTGCCTTATGTCTCTTCATCCTGCATGTTAC	147165

CR925787.5	401	AGGTTAAACATAAATCTACATGTTTTTAAGGTGGACATCTTCCACCATTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147166	AGGTTAAACATAAATCTACATGTTTTTAAGGTGGACATCTTCCACCATTT	147215

CR925787.5	451	TGTTTAATTATATACTGTCAAGGAGTGACTTGTTTTATTCTTTGAAGTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147216	TGTTTAATTATATACTGTCAAGGAGTGACTTGTTTTATTCTTTGAAGTAA	147265

CR925787.5	501	CACTGCATTAGCAGCATGGATATTAGAAGTAGTACCAAGTCAGGCCACTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147266	CACTGCATTAGCAGCATGGATATTAGAAGTAGTACCAAGTCAGGCCACTA	147315

CR925787.5	551	GAAAGGTAGCTAACAGCATGAAAGCATGAAATTGTATTAAGCCATTGGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147316	GAAAGGTAGCTAACAGCATGAAAGCATGAAATTGTATTAAGCCATTGGCT	147365

CR925787.5	601	TAATTATTTGCTTATTTAAGAAAAAAAAAAACATCAAAACAAAACTATAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147366	TAATTATTTGCTTATTTAAGAAAAAAAAAAACATCAAAACAAAACTATAT	147415

CR925787.5	651	ATATCTGACATAAAACTTCTAGAGAGTTTGAAGTAGTATTTAGTTCTACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147416	ATATCTGACATAAAACTTCTAGAGAGTTTGAAGTAGTATTTAGTTCTACT	147465

CR925787.5	701	TATAACATTAGCTAACACTTTAGAACAGGTTTTCATTTTAGTCTAATATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147466	TATAACATTAGCTAACACTTTAGAACAGGTTTTCATTTTAGTCTAATATT	147515

CR925787.5	751	TACAAAACAAAACAAAAGAGGAACACACATTAGCATTAATAATTACACCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147516	TACAAAACAAAACAAAAGAGGAACACACATTAGCATTAATAATTACACCT	147565

CR925787.5	801	GAAAAAAATGCTGGATTGTTGCTGACTTTGGGTCAAATATGGACAAACTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147566	GAAAAAAATGCTGGATTGTTGCTGACTTTGGGTCAAATATGGACAAACTT	147615

CR925787.5	851	ATTCTAAGGTCATTTTGTATTTTTATTTAATTAGCCTACATTTGTTACAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147616	ATTCTAAGGTCATTTTGTATTTTTATTTAATTAGCCTACATTTGTTACAA	147665

CR925787.5	901	TTGAAGAGTTTAGATGCAAAAGTGCCATCTGAAATTTTCATCTAAAATTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147666	TTGAAGAGTTTAGATGCAAAAGTGCCATCTGAAATTTTCATCTAAAATTA	147715

CR925787.5	951	GCATTTTTCTCAGACTGTGTGTAGTTTCAATAATTTTACTCTTAGTGTAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147716	GCATTTTTCTCAGACTGTGTGTAGTTTCAATAATTTTACTCTTAGTGTAA	147765

CR925787.5	1001	AGAATATGATATTTTCATTCCAATTAAAGTGAAATAACTGAACAAAAACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147766	AGAATATGATATTTTCATTCCAATTAAAGTGAAATAACTGAACAAAAACA	147815

CR925787.5	1051	TAGGGGCTGAGAAAAATGCAAATTTTAGAGAAAAATGTCAGGTGGCACTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147816	TAGGGGCTGAGAAAAATGCAAATTTTAGAGAAAAATGTCAGGTGGCACTT	147865

CR925787.5	1101	AGAGGTTTTTGCATCTAAACTCCTAAATTGTAACTCATTTGTTGGGTTAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147866	AGAGGTTTTTGCATCTAAACTCCTAAATTGTAACTCATTTGTTGGGTTAT	147915

CR925787.5	1151	GTCCCTATTTAATCCACCACTCAAGCCTTATTACAATCTTAATAAATCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147916	GTCCCTATTTAATCCACCACTCAAGCCTTATTACAATCTTAATAAATCAT	147965

CR925787.5	1201	TTGGCGGAATGGGGGTTTGACATTATGTTAAACATTTACTTTTAAAAATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	147966	TTGGCGGAATGGGGGTTTGACATTATGTTAAACATTTACTTTTAAAAATA	148015

CR925787.5	1251	AAAGCTATTTATTTGCAGGTAGGTTCCATTGAAACTTTCCATTTCACAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148016	AAAGCTATTTATTTGCAGGTAGGTTCCATTGAAACTTTCCATTTCACAAA	148065

CR925787.5	1301	AGATTCTTTAGATTTCTAATAGTTGCCTGCTTTTTAAAAGGGACTGTTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148066	AGATTCTTTAGATTTCTAATAGTTGCCTGCTTTTTAAAAGGGACTGTTTT	148115

CR925787.5	1351	ATGAACTACTGACTAATCTTTTTTGATGGGGAAAATGGGTTATTTAATGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148116	ATGAACTACTGACTAATCTTTTTTGATGGGGAAAATGGGTTATTTAATGA	148165

CR925787.5	1401	TATCCCATTAAATATCCCCTTTTCAACCTTTACTTTTAAAGATTACAGTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148166	TATCCCATTAAATATCCCCTTTTCAACCTTTACTTTTAAAGATTACAGTA	148215

CR925787.5	1451	TTAAAGTGCTGTACAGTTTGTTCTTTTATTCACTCTACCCTTGATTTAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148216	TTAAAGTGCTGTACAGTTTGTTCTTTTATTCACTCTACCCTTGATTTAGA	148265

CR925787.5	1501	AGCGTTTGTTTGGCGTTTAGCTTTTCTGCTGTTGGTGCGAGATTTGGTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148266	AGCGTTTGTTTGGCGTTTAGCTTTTCTGCTGTTGGTGCGAGATTTGGTTT	148315

CR925787.5	1551	CAGCACTCTGGACAGCGCCTGTTCTTGCTGCTCCACCGTTGAGCGACTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148316	CAGCACTCTGGACAGCGCCTGTTCTTGCTGCTCCACCGTTGAGCGACTGC	148365

CR925787.5	1601	GCTTATACTCACAGAGACTGCCATAAAACACCAGTCAAGAGTATATAAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148366	GCTTATACTCACAGAGACTGCCATAAAACACCAGTCAAGAGTATATAAAT	148415

CR925787.5	1651	AAATAAAAAACATGAATGGAACCAATATCTTGCTCTACTCTTGATTTACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148416	AAATAAAAAACATGAATGGAACCAATATCTTGCTCTACTCTTGATTTACA	148465

CR925787.5	1701	GCCTCTTTCCCCCCGTCTCGCGATTTTCAGTTGACTTGATAACCCCGAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148466	GCCTCTTTCCCCCCGTCTCGCGATTTTCAGTTGACTTGATAACCCCGAGT	148515

CR925787.5	1751	GACGCGCGGCTCATTTGCACGATCTGACATCTTTATTCATAAATAGCCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148516	GACGCGCGGCTCATTTGCACGATCTGACATCTTTATTCATAAATAGCCCC	148565

CR925787.5	1801	CATTCACATCTCTCTGACGTCCATCGACCCTCTGACGAAACCTGCTCTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148566	CATTCACATCTCTCTGACGTCCATCGACCCTCTGACGAAACCTGCTCTTA	148615

CR925787.5	1851	TAAGATTCACAGTAAGTTTGGCTCAGTCTGAAATGTGCTGGACTGCTCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148616	TAAGATTCACAGTAAGTTTGGCTCAGTCTGAAATGTGCTGGACTGCTCCT	148665

CR925787.5	1901	CTCCCGAGGCGATAGTGGGCTCTTTGTGCACTGTTGGTGGCACTTGAGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148666	CTCCCGAGGCGATAGTGGGCTCTTTGTGCACTGTTGGTGGCACTTGAGTG	148715

CR925787.5	1951	GCTGTTGGCTGATTCAGAAGGTGAGGCACTTTTCTTATGATGTTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954670.11	148716	GCTGTTGGCTGATTCAGAAGGTGAGGCACTTTTCTTATGATGTTGAATTC	148765

Overview

Query
CR925787.5 - 89686 bps
Hit
AL954670.11 - 148765 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192520001200011467661487651
296.65951518016180311116560167081
388.891161862913829323129069292481
480.381213275916559491129069293891
599.341091518016180311142056422061
697.321001498016280310149330494781
798.681061528016080311149815499651
894.77941528016080311150816509681
996.71991518016180311151439515901
1096.05971518016180311153788539391
1196.71991518016180311155864560151
1297.36971518016180311156155563061
1396.73961518016180311158323584751
1496.67941488016480311158498586471
1584.191854555036050814-161420618681
1687.351703182879729114-161422617451
1796.28991598016180319163691638511
1884.571844525036050811-189996904421
1987.781613072880229108-190004903141
2090113198121881238511022741024731
2199.34110152801608031111024871026381
2290.121071612913829298-11058541060151
2393.4498122291502927111102741103951
2484.51118246689546919911417621420001
Short-link