<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

BX001059.6	78441	AAGCTTGTTATTTCAAATATAGAAGTGCGGCAAGCAGTCACGAGCTTTCT	78490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1	AAGCTTGTTATTTCAAATATAGAAGTGCGGCAAGCAGTCACGAGCTTTCT	50

BX001059.6	78491	AGAGAAAGGGAAACCACTTGTGCTTTAGACGGCCTCATAAATAACAACAG	78540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	51	AGAGAAAGGGAAACCACTTGTGCTTTAGACGGCCTCATAAATAACAACAG	100

BX001059.6	78541	GTTAATCTTCTTGGCTTTGTGGCAGCTCATCAAGACAACAACAAGGTTTG	78590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	101	GTTAATCTTCTTGGCTTTGTGGCAGCTCATCAAGACAACAACAAGGTTTG	150

BX001059.6	78591	TTTAAACTTGGGTTGACCATGGCTCGTTATAATGTGTATATTTTATAACA	78640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	151	TTTAAACTTGGGTTGACCATGGCTCGTTATAATGTGTATATTTTATAACA	200

BX001059.6	78641	TAGTAATGTTTCGGTTGTTTATTTCAAATTGGCGCTTCCTTTTTTTTTTT	78690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	201	TAGTAATGTTTCGGTTGTTTATTTCAAATTGGCGCTTCCTTTTTTTTTTT	250

BX001059.6	78691	TTTTTTCCTGCTTGTACACGTGCTAGTGACATTTGTCTGTAAACCAATAT	78740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	251	TTTTTTCCTGCTTGTACACGTGCTAGTGACATTTGTCTGTAAACCAATAT	300

BX001059.6	78741	CGTTCAGCTGTGCTCTGCCTTTTGGTACCCTTTTGTCGTGCTAGGTACCC	78790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	301	CGTTCAGCTGTGCTCTGCCTTTTGGTACCCTTTTGTCGTGCTAGGTACCC	350

BX001059.6	78791	TTTGGAAAGGGTGTCCAAAAAGATGTATGGTTCGCTTTTAGGTACCTTTT	78840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	351	TTTGGAAAGGGTGTCCAAAAAGATGTATGGTTCGCTTTTAGGTACCTTTT	400

BX001059.6	78841	GACATTGGAAACAGGCATAAAAGCATACCGAACCATACCGTACCACTCAG	78890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	401	GACATTGGAAACAGGCATAAAAGCATACCGAACCATACCGTACCACTCAG	450

BX001059.6	78891	TGGAAACAGGCCAAAATAGACAGACTTTACAGATGAAGTCAGAATTATAA	78940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	451	TGGAAACAGGCCAAAATAGACAGACTTTACAGATGAAGTCAGAATTATAA	500

BX001059.6	78941	GCCCCCCTTTTAATTTTATTTCTTTTATAATATTTCCCAAATAAAGTTTA	78990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	501	GCCCCCCTTTTAATTTTATTTCTTTTATAATATTTCCCAAATAAAGTTTA	550

BX001059.6	78991	ACAGTTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTTCTTATGGAGAAAGTCT	79040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	551	ACAGTTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTTCTTATGGAGAAAGTCT	600

BX001059.6	79041	TATTTGTTTTATTTCCGCTCGAATAAAAGCAGATTTCAATAATTTAAAAT	79090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	601	TATTTGTTTTATTTCCGCTCGAATAAAAGCAGATTTCAATAATTTAAAAT	650

BX001059.6	79091	CCATTTTAAGTTCAAAATTATTAGCCCCTTTATTTTTTTATTTTTTTGAT	79140
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL954663.13	651	CCATTTTAAGTTCAAAATTATTAGCCCCTTTATTTTTT-ATTTTTTTGAT	699

BX001059.6	79141	AGTCTACAGAATAAACCATTGTTATACAATAGCTTACTTAATTACCCTAA	79190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	700	AGTCTACAGAATAAACCATTGTTATACAATAGCTTACTTAATTACCCTAA	749

BX001059.6	79191	CCAGCCTAGTTAACCTAATTAACCTGGTTAAGCCTTGAAATGTCACTTAA	79240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	750	CCAGCCTAGTTAACCTAATTAACCTGGTTAAGCCTTGAAATGTCACTTAA	799

BX001059.6	79241	AGCTGTATAAAAGTGTCTTGAAAAACATCTAGTAAAATGTTATTCTGTCA	79290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	800	AGCTGTATAAAAGTGTCTTGAAAAACATCTAGTAAAATGTTATTCTGTCA	849

BX001059.6	79291	TCATGGCAAAGATAAATGAAATCAGTTATTAGAAATTAGTCGTAAAAAAT	79340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	850	TCATGGCAAAGATAAATGAAATCAGTTATTAGAAATTAGTCGTAAAAAAT	899

BX001059.6	79341	ATTACGTTTTGAAATGTGTTGAAAAAATTCTCTCCGTTGGGGAACAAAAT	79390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	900	ATTACGTTTTGAAATGTGTTGAAAAAATTCTCTCCGTTGGGGAACAAAAT	949

BX001059.6	79391	AAACAGGGGGGCTAATAATTATGACTTCAACTGTATATGTGTAGTCATTC	79440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	950	AAACAGGGGGGCTAATAATTATGACTTCAACTGTATATGTGTAGTCATTC	999

BX001059.6	79441	ATTTCTGTTTATTTGATGACTAGTCTAGTTTCGACCTATTCTTAGACATC	79490
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1000	ATTTCTGTTTATTTGATGACTAGTCTAGTTTCGACCTATTCTTAGACATC	1049

BX001059.6	79491	TTTTAGATTTTTTACTGACAGCCCAAATTTAGCCTTATTTTAGCCAAGGC	79540
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1050	TTTTAGATTTTTTACTGACAGCCCAAATTTAGCCTTATTTTAGCCAAGGC	1099

BX001059.6	79541	GACTATGTTTAGACGTCTATTAAACATCTATTAGACATCTTTAAAAAAAC	79590
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1100	GACTATGTTTAGACGTCTATTAAACATCTATTAGACATCTTTAAAAAAAC	1149

BX001059.6	79591	AAAAACACTCTTGCTGGGAAGTGTGAAGCTGATTGGTTTGTCTTGTTAAA	79640
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1150	AAAAACACTCTTGCTGGGAAGTGTGAAGCTGATTGGTTTGTCTTGTTAAA	1199

BX001059.6	79641	TGACATGCAGAGTAGTTTAGCATTTAGAAAAAGGCATACATATTGCAAAA	79690
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1200	TGACATGCAGAGTAGTTTAGCATTTAGAAAAAGGCATACATATTGCAAAA	1249

BX001059.6	79691	CATACACCTGTGGACAGCCAATAATATAGCCAGAACCTACTTTTTAAACT	79740
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1250	CATACACCTGTGGACAGCCAATAATATAGCCAGAACCTACTTTTTAAACT	1299

BX001059.6	79741	ACTTTATATTTCCCTGAAAACAACCGCACACTTCAGAAACTTAATCAACC	79790
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1300	ACTTTATATTTCCCTGAAAACAACCGCACACTTCAGAAACTTAATCAACC	1349

BX001059.6	79791	AATCAAAATCAAGTACTCACCATCCGTTACTATAAATATATCATATATTA	79840
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1350	AATCAAAATCAAGTACTCACCATCCGTTACTATAAATATATCATATATTA	1399

BX001059.6	79841	GAAAACCACAGAACAGAATAATTTACACCAGTGGCTCTTACTAGACTTTT	79890
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1400	GAAAACCACAGAACAGAATAATTTACACCAGTGGCTCTTACTAGACTTTT	1449

BX001059.6	79891	GGACACAACCATATGGCAACTCAACTCTGTCTGTGTTGAACTGCCATGGC	79940
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1450	GGACACAACCATATGGCAACTCAACTCTGTCTGTGTTGAACTGCCATGGC	1499

BX001059.6	79941	ATGGTCGAATAATGTTATGTTATATGAGGACATAGCCATCACGAATATAG	79990
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1500	ATGGTCGAATAATGTTATGTTATATGAGGACATAGCCATCACGAATATAG	1549

BX001059.6	79991	AAGGAGCCTGGGGGGAAAAAGGGTGCAGTGATGGCATAAAATATAAAAAC	80040
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1550	AAGGAGCCTGGGGGGAAAAAGGGTGCAGTGATGGCATAAAATATAAAAAC	1599

BX001059.6	80041	TCACAGGTGTCTTTAAAACACAGCTGTAGCTCTACACACAGTCATTCTTC	80090
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1600	TCACAGGTGTCTTTAAAACACAGCTGTAGCTCTACACACAGTCATTCTTC	1649

BX001059.6	80091	AAGCATGACGCTTGATGTCAAAATGGCACCTTTGTGCGTGACAAAAAAAA	80140
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1650	AAGCATGACGCTTGATGTCAAAATGGCACCTTTGTGCGTGACAAAAAAAA	1699

BX001059.6	80141	TGCAGTGAACGCCACTCCGAGGCGTATTACCAACATCCACAGCTGCCGCC	80190
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1700	TGCAGTGAACGCCACTCCGAGGCGTATTACCAACATCCACAGCTGCCGCC	1749

BX001059.6	80191	TTCTCTCTCTTTCTCTCATTCTCTCGCTCTTTTTCTACCTTCCTCTCTGT	80240
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1750	TTCTCTCTCTTTCTCTCATTCTCTCGCTCTTTTTCTACCTTCCTCTCTGT	1799

BX001059.6	80241	TCCTCCATGTCAGAGAAAGTGTCACAGTGTCAGGCAGAGGCGAAGACCTG	80290
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1800	TCCTCCATGTCAGAGAAAGTGTCACAGTGTCAGGCAGAGGCGAAGACCTG	1849

BX001059.6	80291	TCACGCAACACAAACACACACCACCTTAATGAGAACTCCTCCCTGCCACC	80340
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1850	TCACGCAACACAAACACACACCACCTTAATGAGAACTCCTCCCTGCCACC	1899

BX001059.6	80341	TCCACAACTCTCCCAAACTAAACCCCCCACACACACATAAACACATCACA	80390
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1900	TCCACAACTCTCCCAAACTAAACCCCCCACACACACATAAACACATCACA	1949

BX001059.6	80391	ATCGACTATCACGTCCGGCCCTGGTACCCTCTCCAGCCTTCATGGCTTTT	80440
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954663.13	1950	ATCGACTATCACGTCCGGCCCTGGTACCCTCTCCAGCCTTCATGGCTTTT	1999

Compact alignment

skip 650 bps 100% identity alignment

BX001059.6	79091	CCATTTTAAGTTCAAAATTATTAGCCCCTTTATTTTTTTATTTTTTTGAT	79140
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL954663.13	651	CCATTTTAAGTTCAAAATTATTAGCCCCTTTATTTTTT-ATTTTTTTGAT	699

skip 1300 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX001059.6 - 80440 bps
Hit
AL954663.13 - 224753 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.951941200078441804401119991
280.8712133752355571-1322735711
382.871343075034450650-1324035541
485.2514327147639479091328335601
584.191212492535725605-1331735691
695.85248313990810220-1862089321
788.451512412536525605112620128701
884.951803575034550701112628129861
990.67186312990810219-131304316031
1089.541532406908169320144856450941
11873186386809468731150484511211
1284.712165426754968090150566511211
1393.591141582666726824170906710611
1491.5202313990810220189832901371
1593.7922531399081022011053951057001
1682.011424636755068012-11412441417101
1783.4716335035893938-11671321674941
1881.111333595034050698-11671321674911
1981.1512735752415597-11671331674981
2085.241242392536125599-11672551674981
2186.491533576771968075-12145272148961
2288.951873646835368716-12145272148881
Short-link