<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR854952.6	1	CGAAATTCATGTTAAAACATAATTTAATACTTTGTTTACACAACTTTTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	158852	CGAAATTCATGTTAAAACATAATTTAATACTTTGTTTACACAACTTTTCT	158901

CR854952.6	51	TTCTGTTTTGGTCATAGTAATACGTAAATGGCAAAAAGTCTGCCATTAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	158902	TTCTGTTTTGGTCATAGTAATACGTAAATGGCAAAAAGTCTGCCATTAAT	158951

CR854952.6	101	ATACCTACAACGGAAAGACTATTGCGAGTAGGCCTGGGGCTTCACGTAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	158952	ATACCTACAACGGAAAGACTATTGCGAGTAGGCCTGGGGCTTCACGTAAT	159001

CR854952.6	151	GATCAGAAATCGCCAGAGAAACTGACTGAAATGACTAATACAAAAGCTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159002	GATCAGAAATCGCCAGAGAAACTGACTGAAATGACTAATACAAAAGCTAA	159051

CR854952.6	201	AATCCTGTCACTGTTGAAAAATGATATCCCCACGCTGCCGTATTGAAAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159052	AATCCTGTCACTGTTGAAAAATGATATCCCCACGCTGCCGTATTGAAAGC	159101

CR854952.6	251	AATTCTTTCAGACTAATTTAACAACAATTTGGAATTACAGGCTGTCAAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159102	AATTCTTTCAGACTAATTTAACAACAATTTGGAATTACAGGCTGTCAAAA	159151

CR854952.6	301	CTGAAGTTGTCGGCAACTAAAATGGAACATTTCGAACATGGGCTGTCTAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159152	CTGAAGTTGTCGGCAACTAAAATGGAACATTTCGAACATGGGCTGTCTAC	159201

CR854952.6	351	ATGTTCGGATAATGTGACTGCATTACAAAGGTCAGTGAGCAAACTTGAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159202	ATGTTCGGATAATGTGACTGCATTACAAAGGTCAGTGAGCAAACTTGAAA	159251

CR854952.6	401	CTCTTATACTAAACGCGGTGGAAGGACCAGGCTCAAGCTCTCCAGATTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159252	CTCTTATACTAAACGCGGTGGAAGGACCAGGCTCAAGCTCTCCAGATTCA	159301

CR854952.6	451	GTCTCTAAGTTGTTAAAGGAGGTCCTTCAAATTAACGATACTCGTGGATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159302	GTCTCTAAGTTGTTAAAGGAGGTCCTTCAAATTAACGATACTCGTGGATC	159351

CR854952.6	501	GCTCGCACCATGGCCTCCAGGTAAAACAGCCTGGTGGCAAACCTTGAGTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159352	GCTCGCACCATGGCCTCCAGGTAAAACAGCCTGGTGGCAAACCTTGAGTA	159401

CR854952.6	551	ATTGTGGCCAAACCACACTACTTCAGGGACTGTGTCGAGATTCTCCGCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159402	ATTGTGGCCAAACCACACTACTTCAGGGACTGTGTCGAGATTCTCCGCAG	159451

CR854952.6	601	AGCTAGAGAGACGACACCCATCCGATTTCAAGAATCTACAATCCTTATAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159452	AGCTAGAGAGACGACACCCATCCGATTTCAAGAATCTACAATCCTTATAT	159501

CR854952.6	651	TTACTGACTACTCTCCAAGTGTGGCACACACACGATCCGTGTCCAGTGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159502	TTACTGACTACTCTCCAAGTGTGGCACACACACGATCCGTGTCCAGTGAT	159551

CR854952.6	701	GTCAAAAAGTTGCTTCGAAGACAAGACTGAGTGTGGTATGATATCCTCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159552	GTCAAAAAGTTGCTTCGAAGACAAGACTGAGTGTGGTATGATATCCTCCA	159601

CR854952.6	751	CCCATTAAAACTCAGAATCACTTACAATTAATACAGTTAGGGCGCGTTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159602	CCCATTAAAACTCAGAATCACTTACAATTAATACAGTTAGGGCGCGTTCA	159651

CR854952.6	801	CACAAAGCAAGATAGCCTTAAATTATAATATAGCAATAAATAGGTTTTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159652	CACAAAGCAAGATAGCCTTAAATTATAATATAGCAATAAATAGGTTTTGT	159701

CR854952.6	851	CCACACTGACAGACGAAAGTGTTCCCAGTCTGCTACTAGCGCATCTGACC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159702	CCACACTGACAGACGAAAGTGTTCCCAGTCTGCTACTAGCGCATCTGACC	159751

CR854952.6	901	AGTAAATTCTTGTTTAAAAAATGTGTTTATCTAATCAAACAAATCTGAGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159752	AGTAAATTCTTGTTTAAAAAATGTGTTTATCTAATCAAACAAATCTGAGC	159801

CR854952.6	951	CCCCGTGTACACTGCAAGTTAAATGTAAACCAATTCTGAAAAAAAAATAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159802	CCCCGTGTACACTGCAAGTTAAATGTAAACCAATTCTGAAAAAAAAATAT	159851

CR854952.6	1001	ATATATTTATTTATTTATTTTTTGCTCATATGACAGATCAGATCTCTTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159852	ATATATTTATTTATTTATTTTTTGCTCATATGACAGATCAGATCTCTTTT	159901

CR854952.6	1051	TATGAATGTGTAAACATGAAAAAAACACATGCATTTGGATATTCAGAGAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159902	TATGAATGTGTAAACATGAAAAAAACACATGCATTTGGATATTCAGAGAT	159951

CR854952.6	1101	TGGTTTCAGGCCTCCCATGTATGTGGAAATAAATCAGATATAAATCGATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	159952	TGGTTTCAGGCCTCCCATGTATGTGGAAATAAATCAGATATAAATCGATT	160001

CR854952.6	1151	ATGTGACAGTGCGACTATCATGTAAACAGGCAGATCGGATTTATTGAGGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160002	ATGTGACAGTGCGACTATCATGTAAACAGGCAGATCGGATTTATTGAGGC	160051

CR854952.6	1201	ATTGTGTTTTGTATGTCATAAACATGCAACATTGTGGTACTTCTCTGCGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160052	ATTGTGTTTTGTATGTCATAAACATGCAACATTGTGGTACTTCTCTGCGG	160101

CR854952.6	1251	TTTAATGACGTAGAAGGAAGAGCGTGTGTGGAGACACCGACATGGTAAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160102	TTTAATGACGTAGAAGGAAGAGCGTGTGTGGAGACACCGACATGGTAAAC	160151

CR854952.6	1301	ACCAACAACAGAAGAAACATGGAGGAGAAAAGTAGTCAGTAGTCATAATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160152	ACCAACAACAGAAGAAACATGGAGGAGAAAAGTAGTCAGTAGTCATAATT	160201

CR854952.6	1351	TTCTCTCACCAGACCCGAAATCTCTCTCATACCCACAACTTCCTCTGAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160202	TTCTCTCACCAGACCCGAAATCTCTCTCATACCCACAACTTCCTCTGAAT	160251

CR854952.6	1401	TGTGGAGGACACCATATATAAACCATAGACGCAAGCTGTGATGAAGGCCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160252	TGTGGAGGACACCATATATAAACCATAGACGCAAGCTGTGATGAAGGCCC	160301

CR854952.6	1451	TTTCTCTACTCTACCACAAGATCATTTTAAAGTTGGTCGAACTTCACATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160302	TTTCTCTACTCTACCACAAGATCATTTTAAAGTTGGTCGAACTTCACATA	160351

CR854952.6	1501	TTTCGCAGAACTAAAAGCAAGACAATTTCTTCCATCGTGTCTAGTGTGGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160352	TTTCGCAGAACTAAAAGCAAGACAATTTCTTCCATCGTGTCTAGTGTGGT	160401

CR854952.6	1551	GCAGATGCTAGAACCCGCCTTTACACATGCACGATGTAGATTTTATGGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160402	GCAGATGCTAGAACCCGCCTTTACACATGCACGATGTAGATTTTATGGCA	160451

CR854952.6	1601	AGTGTAAACATGAATCGGCTTTGGGTCACAATTAAAAGAACGTGCAAACG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160452	AGTGTAAACATGAATCGGCTTTGGGTCACAATTAAAAGAACGTGCAAACG	160501

CR854952.6	1651	GACAGGCAAAAAAAATCAGATATAGGCAACAAATCAGAAATATGCATCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160502	GACAGGCAAAAAAAATCAGATATAGGCAACAAATCAGAAATATGCATCAA	160551

CR854952.6	1701	GACCTGACAGTGTAAACGGGGCCTTATTCAGTGGAGTGATATAAAAACTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160552	GACCTGACAGTGTAAACGGGGCCTTATTCAGTGGAGTGATATAAAAACTA	160601

CR854952.6	1751	CTGACTATATTCTTTAGCACTTTCAAAGGAGGTGAGACAAAGATGATAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160602	CTGACTATATTCTTTAGCACTTTCAAAGGAGGTGAGACAAAGATGATAAA	160651

CR854952.6	1801	ATTAGCGTTTGATGTGGTACTTGGTTTTATACTTAAATTTGATAGCCTGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160652	ATTAGCGTTTGATGTGGTACTTGGTTTTATACTTAAATTTGATAGCCTGG	160701

CR854952.6	1851	CTTGCATAATATTGTCGTTATTTCATGGAATAACCAATTGTTTTCTAGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160702	CTTGCATAATATTGTCGTTATTTCATGGAATAACCAATTGTTTTCTAGTT	160751

CR854952.6	1901	ATTCATAATCTTTGAAAAGATTAATGTCAAGCAGTGCTTCTCCACAAAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160752	ATTCATAATCTTTGAAAAGATTAATGTCAAGCAGTGCTTCTCCACAAAAT	160801

CR854952.6	1951	CATCTGGGGCTTTAATTTGAAATACGATTTCTTACTATTTTGAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954333.7	160802	CATCTGGGGCTTTAATTTGAAATACGATTTCTTACTATTTTGAAGAATTC	160851

Overview

Query
CR854952.6 - 27425 bps
Hit
AL954333.7 - 160851 bps
Total alignments
10
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195620001200011588521608511
286.152845522491325464-1254831031
392.66841091163711745123730238381
484.831793571140811764-170904712591
593.941061321163711768-173205733361
610034621212112182188617886781
792.7385110115021161111260971262061
81004949115611160911263121263601
984.891713631140811770-11440681444311
1084.55175361114061176611466741470421
Short-link