<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL845544.11	1	GATCACCCCCTTCATAAAACCAACCGACAAGAAAACCAACTAACAGAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	45671	GATCACCCCCTTCATAAAACCAACCGACAAGAAAACCAACTAACAGAAAA	45720

AL845544.11	51	AGAAAAGCCCTCGCCTCATTTTCAACATATTTTCAGATTTTAACAAATTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	45721	AGAAAAGCCCTCGCCTCATTTTCAACATATTTTCAGATTTTAACAAATTC	45770

AL845544.11	101	TCACCCTGTTTTTACTTGTTTATTTAAAGTTGTGCCTTTTGTTTTACTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	45771	TCACCCTGTTTTTACTTGTTTATTTAAAGTTGTGCCTTTTGTTTTACTTG	45820

AL845544.11	151	CTTTCTTCAAGAGTTCTTCGTCAGACTGAAACCCCATCGTCACGGTCACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	45821	CTTTCTTCAAGAGTTCTTCGTCAGACTGAAACCCCATCGTCACGGTCACT	45870

AL845544.11	201	TCTTCTCAAGTCAGCCGATATACATGGCGAGCTACTGACCCAACTGGTAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	45871	TCTTCTCAAGTCAGCCGATATACATGGCGAGCTACTGACCCAACTGGTAT	45920

AL845544.11	251	CAGTGAAAATGTCCACCACATAGAGGTAAGCGATTCACTGATTACATGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	45921	CAGTGAAAATGTCCACCACATAGAGGTAAGCGATTCACTGATTACATGAA	45970

AL845544.11	301	AAGAAACAGAAGCAATCGACAGAGTCATAATGCCCCATAAAGTTCATTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	45971	AAGAAACAGAAGCAATCGACAGAGTCATAATGCCCCATAAAGTTCATTTT	46020

AL845544.11	351	GAAGATGAAATGAAGCCATACATAGCTCTGGCTACATAATCCACTCTCTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46021	GAAGATGAAATGAAGCCATACATAGCTCTGGCTACATAATCCACTCTCTC	46070

AL845544.11	401	CAGGAATCTATACAAGGGTATGTTTTTACAATCAGCCTGTGTTGATTATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46071	CAGGAATCTATACAAGGGTATGTTTTTACAATCAGCCTGTGTTGATTATT	46120

AL845544.11	451	ATCATCCTGATAGATAAAGATAATTTGTAGTCAAAATCTTTTTGAGAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46121	ATCATCCTGATAGATAAAGATAATTTGTAGTCAAAATCTTTTTGAGAAAA	46170

AL845544.11	501	ACAGAATGTGAGATTGAAAGGTGTATTGGTGCAATGGCAGCAGTTATCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46171	ACAGAATGTGAGATTGAAAGGTGTATTGGTGCAATGGCAGCAGTTATCAG	46220

AL845544.11	551	CAGTAATAAGGTCGATGTACCAGTTTGTTGTGGTAAAGAAGGAACTGAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46221	CAGTAATAAGGTCGATGTACCAGTTTGTTGTGGTAAAGAAGGAACTGAGC	46270

AL845544.11	601	CGGAACCGGTCAGTCTAAGTTCCTACTCTCACCTATGGTCATGAGCTTTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46271	CGGAACCGGTCAGTCTAAGTTCCTACTCTCACCTATGGTCATGAGCTTTG	46320

AL845544.11	651	GGTCATGACCGAGAGGACAAGATCTCGCATACAAGCGGTCAAAATGAGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46321	GGTCATGACCGAGAGGACAAGATCTCGCATACAAGCGGTCAAAATGAGTT	46370

AL845544.11	701	TCCTTTAAAGGGGATCTTATATTATCTTATGGATAGGGTGAGGAGCTCTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46371	TCCTTTAAAGGGGATCTTATATTATCTTATGGATAGGGTGAGGAGCTCTA	46420

AL845544.11	751	GACATCCAGGAGGAGCTTGGACTAGAGCCCCTGCTTCTCCACATAGAGAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46421	GACATCCAGGAGGAGCTTGGACTAGAGCCCCTGCTTCTCCACATAGAGAG	46470

AL845544.11	801	AGGTCAGCTGAGGTGGCTCAGGCATCTGTTTTGGATGCCTCTTGGACGCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46471	AGGTCAGCTGAGGTGGCTCAGGCATCTGTTTTGGATGCCTCTTGGACGCC	46520

AL845544.11	851	TACTTAGGGAGGTGTTCCAGGTAAATCCTAACAGGAGGAGGCCTCGGGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46521	TACTTAGGGAGGTGTTCCAGGTAAATCCTAACAGGAGGAGGCCTCGGGGA	46570

AL845544.11	901	AGACCCAGAACATGCTGGAGGGAATATGTCTCTCGGCTGGCCTGGGAACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46571	AGACCCAGAACATGCTGGAGGGAATATGTCTCTCGGCTGGCCTGGGAACA	46620

AL845544.11	951	CCTCGGGATTGCCCTCGGAGGAGCTGGAGTAAGTTTCTGGGGAGAGGAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46621	CCTCGGGATTGCCCTCGGAGGAGCTGGAGTAAGTTTCTGGGGAGAGGAAG	46670

AL845544.11	1001	GTCTGGAGTTCTCTTCTAAGACTGCTGCCCCTGCTACCCGGGTCCGGAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46671	GTCTGGAGTTCTCTTCTAAGACTGCTGCCCCTGCTACCCGGGTCCGGAAA	46720

AL845544.11	1051	AGCGGCCGAGAATGATTGAATGAATGAATGAATGAATGAAACAAAACAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46721	AGCGGCCGAGAATGATTGAATGAATGAATGAATGAATGAAACAAAACAAA	46770

AL845544.11	1101	ATTTCCCCAAACCAGTTGTGCCCTCATATAATCTCAAACACCGTATATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46771	ATTTCCCCAAACCAGTTGTGCCCTCATATAATCTCAAACACCGTATATTT	46820

AL845544.11	1151	AATATTGATAACTGGAAAGCCCAAGGAAGCCTGTCATTATGTGTGGTGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46821	AATATTGATAACTGGAAAGCCCAAGGAAGCCTGTCATTATGTGTGGTGTT	46870

AL845544.11	1201	GAAATTGCGTAAGGACTTTAGTTTTAGGACCAATTCTTACTATTGCCCAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46871	GAAATTGCGTAAGGACTTTAGTTTTAGGACCAATTCTTACTATTGCCCAC	46920

AL845544.11	1251	TGCTTTATTCCCTGCCTGCTATTAGGACCTTTGCTGATTATTTTGTACTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46921	TGCTTTATTCCCTGCCTGCTATTAGGACCTTTGCTGATTATTTTGTACTT	46970

AL845544.11	1301	ACAAAGTAACTATTCTGCATGGTCACACTCTATGTATCTAATCTAATCAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	46971	ACAAAGTAACTATTCTGCATGGTCACACTCTATGTATCTAATCTAATCAA	47020

AL845544.11	1351	ATCTAATCTAATCTAATCTAATCTAATATACTTGATACATAAATAAATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47021	ATCTAATCTAATCTAATCTAATCTAATATACTTGATACATAAATAAATAT	47070

AL845544.11	1401	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47071	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	47120

AL845544.11	1451	ATATATATATATATATATATATATACATACAATAAAAAAGTATGCCTTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47121	ATATATATATATATATATATATATACATACAATAAAAAAGTATGCCTTTC	47170

AL845544.11	1501	TGTGGTGATGCTGAACACTTGCATAATCTATATACATCCACATTTTGTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47171	TGTGGTGATGCTGAACACTTGCATAATCTATATACATCCACATTTTGTTG	47220

AL845544.11	1551	AGAACTACAGTGCACTGGCATCTGCCCAGCATACAAAACAATGTGCAAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47221	AGAACTACAGTGCACTGGCATCTGCCCAGCATACAAAACAATGTGCAAAG	47270

AL845544.11	1601	ACTTGTTGTGGTTGACTTTACCCTATAGTCTTTTTTATTTCACTCTCCGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47271	ACTTGTTGTGGTTGACTTTACCCTATAGTCTTTTTTATTTCACTCTCCGG	47320

AL845544.11	1651	GCTCTATTTTGACGGTCCATGCGCAGAGCGCAAAACGCAGGGAGCAAATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47321	GCTCTATTTTGACGGTCCATGCGCAGAGCGCAAAACGCAGGGAGCAAATG	47370

AL845544.11	1701	CTTTCAGGGTGTGTCAGGCCGCGTTTTTGCTAATTTAAGGAGGAGAAATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47371	CTTTCAGGGTGTGTCAGGCCGCGTTTTTGCTAATTTAAGGAGGAGAAATC	47420

AL845544.11	1751	TGCCTTGCGCCATGGCGCATCGTCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47421	TGCCTTGCGCCATGGCGCATCGTCTAAAAGGGTTGAGTTTATTTTCTTAA	47470

AL845544.11	1801	TGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAGTCTCATCTCCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47471	TGAGTTATAGGTGTGTTTTGAGAATAAACCAATTAGAGTCTCATCTCCCT	47520

AL845544.11	1851	TTAAGAGTCAGCTGCGTCGCTCCAAGAGCGCATTCGCCATTTACAGAACG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47521	TTAAGAGTCAGCTGCGTCGCTCCAAGAGCGCATTCGCCATTTACAGAACG	47570

AL845544.11	1901	CAAAGTAAGTCTAAGTGAAAAAAAATGACCATTTCACAAGCAAACAGTTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47571	CAAAGTAAGTCTAAGTGAAAAAAAATGACCATTTCACAAGCAAACAGTTA	47620

AL845544.11	1951	ACAGTTGACAGTTTTTAAACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL954332.7	47621	ACAGTTGACAGTTTTTAAACAGAAAACTGTTAAACAGAGCATCTACTGCG	47670

Overview

Query
AL845544.11 - 110786 bps
Hit
AL954332.7 - 47670 bps
Total alignments
40
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001971200012000145671476701
298.89429022284223731351736061
310039832229122373-1354336251
499.2792695482139830921470756601
510064648792387986-1470947721
697.51852008809588294-1472149201
798.9249555198831358833215656108651
810066668214182206-110454105191
989.5546678824188307110454105201
1010062628827688337-110515105761
11981872008215382352-110628108271
1289.2344658792387987110776108401
1310057578798788043-110809108651
1486.0548855112451208-125431255161
1510042862646326548-126054261391
1610042864130341388-126054261391
1795.7539952946829562-126055261481
1810041847345573538-126056261391
1910042862646326548126056261411
2010042864130341388126056261411
2110041847345573538126056261391
2210041864129241377130256303411
2396.26441074127141377-130264303701
2496.55461162227122386-130265303801
2595.7949953578335877-135928360221
2694.744195109354109448-135931360251
2796.5545872049320579-135940360261
2892.16401034126941371137155372561
2994.7941962643626531137161372561
3098.73397913921470137178372561
3110040757347473548137183372571
3298.6139728971089781137188372591
3387611004447144570142997430961
3496.7443927345373544147054471451
3596.7742937345773549-147057471491
3696.739912645526545-147059471491
3795.8341962645426549147059471541
3897.7541894129441382147061471491
3998.841834130141383-147067471491
4010042792948329561-147068471461
Short-link