<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR855263.6	2000	GAATTCACAGTTCAAAAAAATGGCCTCCACAGTCACTAGATCTCAATCCA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1	GAATTCACAGTTCAAAAAAATGGCCTCCACAGTCACTAGATCTCAATCCA	50

C  CR855263.6	1950	ACAGAGCACCTTTAGGATGCAGTGGAAAGAGAGATTCATCATGGATGTGC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	51	ACAGAGCACCTTTAGGATGCAGTGGAAAGAGAGATTCATCATGGATGTGC	100

C  CR855263.6	1900	AGCCAACAAATCTGCAGCAACAGTGTGATGCTATTATGTCAATATGGATC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	101	AGCCAACAAATCTGCAGCAACAGTGTGATGCTATTATGTCAATATGGATC	150

C  CR855263.6	1850	AAAATCTCTGAGGAATTTTCCAGTACCTTGTTGAATCTATGCCACAGATG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	151	AAAATCTCTGAGGAATTTTCCAGTACCTTGTTGAATCTATGCCACAGATG	200

C  CR855263.6	1800	ATTAAAGCATTTCTGAAGGCAAAAGGGGGTCCAACCTGGTACTAGTAAGG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	201	ATTAAAGCATTTCTGAAGGCAAAAGGGGGTCCAACCTGGTACTAGTAAGG	250

C  CR855263.6	1750	TGTACCAATTAAATTGGCCAGTGAGTACTTAAATACGTTAAAAATACCTA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	251	TGTACCAATTAAATTGGCCAGTGAGTACTTAAATACGTTAAAAATACCTA	300

C  CR855263.6	1700	AAATCCTTAAAAATTTTAAGAAAGTAGTTGTATAAATGTTTGATAAACTG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	301	AAATCCTTAAAAATTTTAAGAAAGTAGTTGTATAAATGTTTGATAAACTG	350

C  CR855263.6	1650	TCATTGATAAACTGTATTATTTACAGAGCTTGGGAGAAGTTTAATCAATT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	351	TCATTGATAAACTGTATTATTTACAGAGCTTGGGAGAAGTTTAATCAATT	400

C  CR855263.6	1600	GATAAAAAAAAAATGAATGATGAATGGCTAAGTGAAAATAATATGAGTTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	401	GATAAAAAAAAAATGAATGATGAATGGCTAAGTGAAAATAATATGAGTTT	450

C  CR855263.6	1550	GGAGCAACCTGAGGATGAGTCAGTTATGACAGACAGATTAAATAAACAGT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	451	GGAGCAACCTGAGGATGAGTCAGTTATGACAGACAGATTAAATAAACAGT	500

C  CR855263.6	1500	TTTGCAATGCCTGTTCTTGCAGTATATTACAGTGCCCGTTATTTAACCAA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	501	TTTGCAATGCCTGTTCTTGCAGTATATTACAGTGCCCGTTATTTAACCAA	550

C  CR855263.6	1450	GAAAACATGAAGGAACATATCCATGCTGGCTTCATCTTACACTCAACAAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	551	GAAAACATGAAGGAACATATCCATGCTGGCTTCATCTTACACTCAACAAA	600

C  CR855263.6	1400	CTATAGCCCAAGGTAGCAAGTCTCAATAACAGAAGAAAGTGAAAGGGAGG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	601	CTATAGCCCAAGGTAGCAAGTCTCAATAACAGAAGAAAGTGAAAGGGAGG	650

C  CR855263.6	1350	GAGATAAGGATGAGTGCTTAATCTTCTTTAAGGTAAGAACACATCTATAT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	651	GAGATAAGGATGAGTGCTTAATCTTCTTTAAGGTAAGAACACATCTATAT	700

C  CR855263.6	1300	CGTGTTTCTGCCTGTTGTAAAATGCAATCAAGAGTCTTCCAAAATGACAG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	701	CGTGTTTCTGCCTGTTGTAAAATGCAATCAAGAGTCTTCCAAAATGACAG	750

C  CR855263.6	1250	TTTGCAAGGCCAGTTTCATTTGTTACTGGTGGGATAGATGGTATTAAGAT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	751	TTTGCAAGGCCAGTTTCATTTGTTACTGGTGGGATAGATGGTATTAAGAT	800

C  CR855263.6	1200	GTCTTCTCTGGGACCCTGTGAAGATCCCACTACATCAAAACCCATTCAAG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	801	GTCTTCTCTGGGACCCTGTGAAGATCCCACTACATCAAAACCCATTCAAG	850

C  CR855263.6	1150	TGAGGTAGTATTTGTCCTTTCAGGAATAATGGACTTTGTGTAGCAAAGTG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	851	TGAGGTAGTATTTGTCCTTTCAGGAATAATGGACTTTGTGTAGCAAAGTG	900

C  CR855263.6	1100	TTGTCAAAGCTTGAAATGCAACAGGGAATAAAAACACACTTTTTGATTGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	901	TTGTCAAAGCTTGAAATGCAACAGGGAATAAAAACACACTTTTTGATTGA	950

C  CR855263.6	1050	TTTATTGTAGTGTGTGGGGTGATAGAGTTGGAAACAGCCGGCTTGCAATG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	951	TTTATTGTAGTGTGTGGGGTGATAGAGTTGGAAACAGCCGGCTTGCAATG	1000

C  CR855263.6	1000	ACATGCTCAAGAGATGCTTTTATAAGGTAAAATGGAAAAGTACAAAATGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1001	ACATGCTCAAGAGATGCTTTTATAAGGTAAAATGGAAAAGTACAAAATGA	1050

C  CR855263.6	950	ATGAAAGACACAATTTTTACTTATCAGTTAAAACTTATCAGAAAAAGAAG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1051	ATGAAAGACACAATTTTTACTTATCAGTTAAAACTTATCAGAAAAAGAAG	1100

C  CR855263.6	900	ATCCTTAAAGCTGAAAACATTGTATTGGAATTATTGTCTGGAATTCTGGA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1101	ATCCTTAAAGCTGAAAACATTGTATTGGAATTATTGTCTGGAATTCTGGA	1150

C  CR855263.6	850	ATTCCATGCATGTTCAATATAAAAGTCAGGAGAGGATGTTCAATGTCAAA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1151	ATTCCATGCATGTTCAATATAAAAGTCAGGAGAGGATGTTCAATGTCAAA	1200

C  CR855263.6	800	AATATTAGTAATTTAATGGATACAAGTAAACAATTCGATTCACTCATCCA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1201	AATATTAGTAATTTAATGGATACAAGTAAACAATTCGATTCACTCATCCA	1250

C  CR855263.6	750	AAGTTTAATCAGTTTAACAATGCTATCCAAGGCTCAAATCAGGTAGTCTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1251	AAGTTTAATCAGTTTAACAATGCTATCCAAGGCTCAAATCAGGTAGTCTG	1300

C  CR855263.6	700	AATGCCTGAAATTTAAAACCCAATTTATATACACATAAAAACAGAGAGTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1301	AATGCCTGAAATTTAAAACCCAATTTATATACACATAAAAACAGAGAGTT	1350

C  CR855263.6	650	TGAAGCGAAGAATCTCTTCCTGTAAGCTTCTCTGCACTTCTGATATTATT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1351	TGAAGCGAAGAATCTCTTCCTGTAAGCTTCTCTGCACTTCTGATATTATT	1400

C  CR855263.6	600	ACCAGATAAGACATGCTCTGGAACATCCTGTCTTCACACCTTCAAGCACA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1401	ACCAGATAAGACATGCTCTGGAACATCCTGTCTTCACACCTTCAAGCACA	1450

C  CR855263.6	550	ATTCATTGTACAGGAAAGCCAAGTGAGAAATTAAAGTTAATTTTTAAATT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1451	ATTCATTGTACAGGAAAGCCAAGTGAGAAATTAAAGTTAATTTTTAAATT	1500

C  CR855263.6	500	ACTGTCGCTGTAACTTATTAAGCAGCTGCATCTACTTCTGCAAAAATGCT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1501	ACTGTCGCTGTAACTTATTAAGCAGCTGCATCTACTTCTGCAAAAATGCT	1550

C  CR855263.6	450	GATTACTATTCAAGCATGTCACACTCATAGTAGAAGATTTGGTTAATATA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1551	GATTACTATTCAAGCATGTCACACTCATAGTAGAAGATTTGGTTAATATA	1600

C  CR855263.6	400	TCACTAAGCAATACATATAATTTAATAAACGTAAAAGAGGCATGAAGGCA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1601	TCACTAAGCAATACATATAATTTAATAAACGTAAAAGAGGCATGAAGGCA	1650

C  CR855263.6	350	ATAAAAAAATTATTTTCTTGAGATACTGAAATGGCAGCCCAGAGTCCTGA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1651	ATAAAAAAATTATTTTCTTGAGATACTGAAATGGCAGCCCAGAGTCCTGA	1700

C  CR855263.6	300	CCTAAACCTGATTGAAAATCCTTGGTGACAGATGCCTAAGAAACTCACTA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1701	CCTAAACCTGATTGAAAATCCTTGGTGACAGATGCCTAAGAAACTCACTA	1750

C  CR855263.6	250	CTGTCTGCAGTGGACTGATGTCATTCAAAGCAAGAGTCTCATCACTTAAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1751	CTGTCTGCAGTGGACTGATGTCATTCAAAGCAAGAGTCTCATCACTTAAA	1800

C  CR855263.6	200	AATGCATTGCTATTTGCTGTAACCTTTTAGAAATCTTAGCTGCAATCTAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1801	AATGCATTGCTATTTGCTGTAACCTTTTAGAAATCTTAGCTGCAATCTAT	1850

C  CR855263.6	150	CTCCATACAGCAATCATTTATGTTGTCTATTATTTAATGATTTTCCACCA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1851	CTCCATACAGCAATCATTTATGTTGTCTATTATTTAATGATTTTCCACCA	1900

C  CR855263.6	100	ACAAGACTTTGATGATTTTGTAAAACACTGATTTATATACTCAACGGTCA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1901	ACAAGACTTTGATGATTTTGTAAAACACTGATTTATATACTCAACGGTCA	1950

C  CR855263.6	50	CTTTATTAGATACACCTGTCCAACTGCAAGTCAACACAAATTTCTAATCA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL954130.8	1951	CTTTATTAGATACACCTGTCCAACTGCAAGTCAACACAAATTTCTAATCA	2000

Overview

Query
CR855263.6 - 23761 bps
Hit
AL954130.8 - 235236 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001927200012000-1120001
294.4661579428913684-1106418591
395.6511713827492886-1195020871
481.1720854623302875-111483120131
575.8513369221952886-116716173941
677.456020518552059123253234561
782.210324121952435123630238761
890.0613119226952886124068242581
984.271092551355313807-162427626931
1091.51791061907619181-167773678781
1194.12921191355313671169728698461
1285.3551341676816901-169863699981
1383.9158143167651690711001661003081
1482.79862431333113573-11004311006741
1580.5980200191841938311025891027891
1680.491082902397268611346781349641
1786.75961751607216246-11398951400751
1887.94821371905919195-11400721402121
1991.5759822334423425-11709801710621
2088.23861371905919195-12106932108281
2181.173308984394529112115652124721
Short-link