<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL954661.10	63787	GAATTCACAATTTCTCCGAATGTAAAAAAATTATGAAATCCCATTAGGAT	63836
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1	GAATTCACAATTTCTCCGAATGTAAAAAAATTATGAAATCCCATTAGGAT	50

AL954661.10	63837	GTATTGGTTTGTGCAGTAGGAATGGACAATGTTCTGACTCCTGCATGTGT	63886
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	51	GTATTGGTTTGTGCAGTAGGAATGGACAATGTTCTGACTCCTGCATGTGT	100

AL954661.10	63887	TTGTGTTTATTTGGGGTAACAGGGGTTTGATGAAAGAGCCCCGGGGCAGA	63936
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	101	TTGTGTTTATTTGGGGTAACAGGGGTTTGATGAAAGAGCCCCGGGGCAGA	150

AL954661.10	63937	AGGAAGAGCTTTAATGAGTGGAGCGAAAGAACAGAGTGATGGATGACCTC	63986
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	151	AGGAAGAGCTTTAATGAGTGGAGCGAAAGAACAGAGTGATGGATGACCTC	200

AL954661.10	63987	ATTTATTTGTGTGTTTGAAACACTGGACACTTCCTTCCTAAAGGCTGAAC	64036
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	201	ATTTATTTGTGTGTTTGAAACACTGGACACTTCCTTCCTAAAGGCTGAAC	250

AL954661.10	64037	ATCCTGGCTTCTCTCGCTCTTTCATTTCTTTCTCTTTCTCACTCCCCACC	64086
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	251	ATCCTGGCTTCTCTCGCTCTTTCATTTCTTTCTCTTTCTCACTCCCCACC	300

AL954661.10	64087	ATGTCTTGAACCCATAGATCTTGCGCACAGAGGAGGTCGCTCTGCTTGCA	64136
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	301	ATGTCTTGAACCCATAGATCTTGCGCACAGAGGAGGTCGCTCTGCTTGCA	350

AL954661.10	64137	GCATTCATAATGTGACGTCTTTATTTCACGGACACAGTTGCACGCATACC	64186
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	351	GCATTCATAATGTGACGTCTTTATTTCACGGACACAGTTGCACGCATACC	400

AL954661.10	64187	ACAACGCAGCCAACACTGTTATTTCCGCCCATGCCAGACTGACCGCTCCT	64236
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	401	ACAACGCAGCCAACACTGTTATTTCCGCCCATGCCAGACTGACCGCTCCT	450

AL954661.10	64237	TTCCTCCGTTACACTAGCAGCAGTGTGTGGAGAGGATCTGGCCAGTCTCA	64286
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	451	TTCCTCCGTTACACTAGCAGCAGTGTGTGGAGAGGATCTGGCCAGTCTCA	500

AL954661.10	64287	ACAAATCAGCCTGAGAGGAATTCCCCTTTTACTCCCAAACATGGAAACAC	64336
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	501	ACAAATCAGCCTGAGAGGAATTCCCCTTTTACTCCCAAACATGGAAACAC	550

AL954661.10	64337	TGACAGTTGGACTTTAAACTGTAGCATTGTGTAACTATATTCTACTCAGA	64386
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	551	TGACAGTTGGACTTTAAACTGTAGCATTGTGTAACTATATTCTACTCAGA	600

AL954661.10	64387	GACAGCTAGCGAGAGTCAATAGTCAAGATAAAAGAGACACATGTGGGAAG	64436
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	601	GACAGCTAGCGAGAGTCAATAGTCAAGATAAAAGAGACACATGTGGGAAG	650

AL954661.10	64437	CGACTGTTATCAGTGAGGTTATGATTCACAAAACTAACAATTCACGTGGA	64486
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	651	CGACTGTTATCAGTGAGGTTATGATTCACAAAACTAACAATTCACGTGGA	700

AL954661.10	64487	TGTGAGTGTACAGGAAAAAACATTATTTTCAGAACTGCAAGTTTATATTT	64536
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	701	TGTGAGTGTACAGGAAAAAACATTATTTTCAGAACTGCAAGTTTATATTT	750

AL954661.10	64537	TACAATTCTGAGGAAGTTGAAGTCAGAAGTAGGCCTGTCCATTATCATCT	64586
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	751	TACAATTCTGAGGAAGTTGAAGTCAGAAGTAGGCCTGTCCATTATCATCT	800

AL954661.10	64587	AATTCTTGCAGTAAGATATATCGCACCAAAATGTATTTCTATAAACCAGT	64636
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	801	AATTCTTGCAGTAAGATATATCGCACCAAAATGTATTTCTATAAACCAGT	850

AL954661.10	64637	GGTTCGCAAAGTATTGTCACCAAGTACCACCTCAGAAAAAAATTGTCTCT	64686
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	851	GGTTCGCAAAGTATTGTCACCAAGTACCACCTCAGAAAAAAATTGTCTCT	900

AL954661.10	64687	CCAAATATTCAGCCTTTTTTTTTTTTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTA	64736
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	901	CCAAATATTCAGCCTTTTTTTTTTTTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTA	950

AL954661.10	64737	ACAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTTCACATAATGGTCATAGTAACTGG	64786
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	951	ACAATGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTTCACATAATGGTCATAGTAACTGG	1000

AL954661.10	64787	AACAGTGTGGTTCAGGTTTTAGTGTTTAAGTTCAGTTCAGTTCAGTTTAG	64836
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1001	AACAGTGTGGTTCAGGTTTTAGTGTTTAAGTTCAGTTCAGTTCAGTTTAG	1050

AL954661.10	64837	CTCAGTTCAGTGTGATTTAATCATTACTGAGAGTTCAAACACTGAAGAGC	64886
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1051	CTCAGTTCAGTGTGATTTAATCATTACTGAGAGTTCAAACACTGAAGAGC	1100

AL954661.10	64887	AAATTCATACCACCATAATCAACAGTATTGAAATAAAGTAGTGTAATTGG	64936
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1101	AAATTCATACCACCATAATCAACAGTATTGAAATAAAGTAGTGTAATTGG	1150

AL954661.10	64937	CCAAATTAAAGGTGCAGTAGGTGATCTGCCAAAATGCTAACCGCTTAAGC	64986
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1151	CCAAATTAAAGGTGCAGTAGGTGATCTGCCAAAATGCTAACCGCTTAAGC	1200

AL954661.10	64987	CTGATTTATACTTCTGCGTCACGGCACATGAAACGCGCGTGGCTGTGCAT	65036
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1201	CTGATTTATACTTCTGCGTCACGGCACATGAAACGCGCGTGGCTGTGCAT	1250

AL954661.10	65037	TTATACTTCTGCGCGCTGTCTCTGTCGGTCTGCATTAACACTTCCGAAAC	65086
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1251	TTATACTTCTGCGCGCTGTCTCTGTCGGTCTGCATTAACACTTCCGAAAC	1300

AL954661.10	65087	GCTAGTTGGCAGTGAGGTGTTAATGTTCCTCTGTGTCGAGTTACTTCGCT	65136
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1301	GCTAGTTGGCAGTGAGGTGTTAATGTTCCTCTGTGTCGAGTTACTTCGCT	1350

AL954661.10	65137	GCTTTTTTGCTTTCCCTGAACACTTCCGGGATGTACAAGTGGCTCAAACT	65186
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1351	GCTTTTTTGCTTTCCCTGAACACTTCCGGGATGTACAAGTGGCTCAAACT	1400

AL954661.10	65187	CGCTCATTTTGAGGCAGGAACCGGCAGACATGCAATGTATTCCACACTTG	65236
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1401	CGCTCATTTTGAGGCAGGAACCGGCAGACATGCAATGTATTCCACACTTG	1450

AL954661.10	65237	TAAACAATCGCTCGCGCCATTCGCGCGGCTCTCGTTCCCGCCCAGACTCG	65286
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1451	TAAACAATCGCTCGCGCCATTCGCGCGGCTCTCGTTCCCGCCCAGACTCG	1500

AL954661.10	65287	TCAGCGCTACCAAGCCAACCAATCACAGAGATTACACTACGCGTCGTTGC	65336
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1501	TCAGCGCTACCAAGCCAACCAATCACAGAGATTACACTACGCGTCGTTGC	1550

AL954661.10	65337	GACGTGTAGTTACATTTTTTGAGAGGTGCACGTCAGTGACGGCGACGGCC	65386
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1551	GACGTGTAGTTACATTTTTTGAGAGGTGCACGTCAGTGACGGCGACGGCC	1600

AL954661.10	65387	ACGGCGAAGGGCTATGCGTCAGCGCCGTAGCATACGCCGACGTTTGACGC	65436
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1601	ACGGCGAAGGGCTATGCGTCAGCGCCGTAGCATACGCCGACGTTTGACGC	1650

AL954661.10	65437	AGAAGTATAAATCAGCCTTTAGGCGGGGAGGGACTGTGATTGAAAGCTAC	65486
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1651	AGAAGTATAAATCAGCCTTTAGGCGGGGAGGGACTGTGATTGAAAGCTAC	1700

AL954661.10	65487	ACCCCCTAAAATTGCGAGCGTGTGCACCGCGTCACAACAGCAGACAGACA	65536
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1701	ACCCCCTAAAATTGCGAGCGTGTGCACCGCGTCACAACAGCAGACAGACA	1750

AL954661.10	65537	ACCCACTAGTTCATGTCATTCGCCAGTTGGTTAGTGCCGTGCAGGAATTA	65586
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1751	ACCCACTAGTTCATGTCATTCGCCAGTTGGTTAGTGCCGTGCAGGAATTA	1800

AL954661.10	65587	TATTTATTACTTAGCCACACTTACATGCTATTTCAGAGCGAATATTCAGA	65636
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AL953863.13	1801	TATTTATTACTTAGCCACACTTACATGCTATTTCAGAGCAAATATTCAGA	1850

AL954661.10	65637	GTAGCATAGTAAACGGTATAGGAAGGCTGTCATTGTTCAAAAATGACCCA	65686
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1851	GTAGCATAGTAAACGGTATAGGAAGGCTGTCATTGTTCAAAAATGACCCA	1900

AL954661.10	65687	ATGTGAATATAAAAGCAACTTAAGCTCTATAAAGCAGGTTAGGCCGAATA	65736
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1901	ATGTGAATATAAAAGCAACTTAAGCTCTATAAAGCAGGTTAGGCCGAATA	1950

AL954661.10	65737	GCGCTATTAACTGATGTTTTGTTGTTAAACTAAATGTAAATCTACATTAT	65786
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL953863.13	1951	GCGCTATTAACTGATGTTTTGTTGTTAAACTAAATGTAAATCTACATTAT	2000

Compact alignment

skip 1800 bps 100% identity alignment

AL954661.10	65587	TATTTATTACTTAGCCACACTTACATGCTATTTCAGAGCGAATATTCAGA	65636
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
AL953863.13	1801	TATTTATTACTTAGCCACACTTACATGCTATTTCAGAGCAAATATTCAGA	1850

skip 150 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL954661.10 - 65786 bps
Hit
AL953863.13 - 163814 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.951984200063787657861120001
299.151101174055040666199211081
384.572395384069241229-1448050231
487.6912319540033402271828484781
590.051502221240912630138244384641
692.023164302008020509141258416831
786.811051814069240872150409505901
892.961622141241712630-157511577231
991.67761081228412391-157703578101
1084.53881771353913715-159742599221
1186.5881593066530823160075602371
1298.415365654601946583-161492620571
1382.02761816216962349-181090812671
1491.981532121241912630-189012892231
1589.57751151228112395-189205893191
1691.09731012774927849-191304914041
1785250555564635701711058211063731
1888.8865108122821238911191041192111
1991.04141205124201262411191941193941
2092.21113156124141256911254891256421
2195.663913370433794-11279951280851
2287.58761371249412630-11470931472371
2386992031242312625-11591921593911
Short-link