<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX546476.7	2000	GAATTCATTTGATTTTTGTAAAGACTGAATAAGTGGTATAAGATCAGTGT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1	GAATTCATTTGATTTTTGTAAAGACTGAATAAGTGGTATAAGATCAGTGT	50

C  BX546476.7	1950	GAACATATAGGTTACTTATTTGTTTTACTTAAATCAAAATGGCAAACAGA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	51	GAACATATAGGTTACTTATTTGTTTTACTTAAATCAAAATGGCAAACAGA	100

C  BX546476.7	1900	CAAAATGGCTGACTGTTTAAAAACATATAACGTTCTGTACCACACACGAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	101	CAAAATGGCTGACTGTTTAAAAACATATAACGTTCTGTACCACACACGAA	150

C  BX546476.7	1850	AAGAGAATTTGAGACATTAACGGCAATCTAATTAAATTCACAAACCCTTC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	151	AAGAGAATTTGAGACATTAACGGCAATCTAATTAAATTCACAAACCCTTC	200

C  BX546476.7	1800	AAGCATTTTTTGTTAATTTTGTTAGCAATTTTGACCAGTTGGTGGAGACA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	201	AAGCATTTTTTGTTAATTTTGTTAGCAATTTTGACCAGTTGGTGGAGACA	250

C  BX546476.7	1750	GACCAAAATAGAACAGGTTGACTGAGGGATCGGTGCCAAAACATGTAAAA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	251	GACCAAAATAGAACAGGTTGACTGAGGGATCGGTGCCAAAACATGTAAAA	300

C  BX546476.7	1700	AGTTTTGTAACGCTAGACCAAAGCGTTCATTAAAAAAATAATTAAATTGG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	301	AGTTTTGTAACGCTAGACCAAAGCGTTCATTAAAAAAATAATTAAATTGG	350

C  BX546476.7	1650	CAGACGCCCAAAATGTTTGTCATAGTAACTGTTAGATGAATCAGTACACG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	351	CAGACGCCCAAAATGTTTGTCATAGTAACTGTTAGATGAATCAGTACACG	400

C  BX546476.7	1600	TCAATGAATCCAGAGATCAGTGTTGTCATTTTTGGCCATACAGCTCAAGA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	401	TCAATGAATCCAGAGATCAGTGTTGTCATTTTTGGCCATACAGCTCAAGA	450

C  BX546476.7	1550	GGTTATTAGAATAAATTGCAGCCCTTCACAAATAGATGACTCTCTGGAAG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	451	GGTTATTAGAATAAATTGCAGCCCTTCACAAATAGATGACTCTCTGGAAG	500

C  BX546476.7	1500	GTCTTAAATAGTGGAAAAACCTTTCATGAGGGTAAATAGCCAACTGACTG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	501	GTCTTAAATAGTGGAAAAACCTTTCATGAGGGTAAATAGCCAACTGACTG	550

C  BX546476.7	1450	GATATAAGCCAGCATATTTATTCAAGGTAGATAGAAAAAGTGGAATTTCT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	551	GATATAAGCCAGCATATTTATTCAAGGTAGATAGAAAAAGTGGAATTTCT	600

C  BX546476.7	1400	TTTATTGCACAAACATTTATCACACAGGATGTAAATACGGAAAACAAAAC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	601	TTTATTGCACAAACATTTATCACACAGGATGTAAATACGGAAAACAAAAC	650

C  BX546476.7	1350	AATGCTACATAATTTGGGCAACTGCAAAGGAAACCACAGAACACAAATTC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	651	AATGCTACATAATTTGGGCAACTGCAAAGGAAACCACAGAACACAAATTC	700

C  BX546476.7	1300	AGTAGTTGATCAAAATATTTTTATGGTTTTTCTCCTATAGGTTTTCTTTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	701	AGTAGTTGATCAAAATATTTTTATGGTTTTTCTCCTATAGGTTTTCTTTT	750

C  BX546476.7	1250	TCCAGGAACATCTATTTATATAGTGCAACTATGAAATAGTACAAAATCAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	751	TCCAGGAACATCTATTTATATAGTGCAACTATGAAATAGTACAAAATCAG	800

C  BX546476.7	1200	TGGATGCTAATTTCCGTTACCAAATAAGGCATGCATTCATCAGTAGATCT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	801	TGGATGCTAATTTCCGTTACCAAATAAGGCATGCATTCATCAGTAGATCT	850

C  BX546476.7	1150	CTGAGCCACTACACAGATTCACTCACATGAACTACACACAATCACTCACA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	851	CTGAGCCACTACACAGATTCACTCACATGAACTACACACAATCACTCACA	900

C  BX546476.7	1100	AATAACCAGCCGGGGCACACAGAAGAACATTTACTGGGAATCAGTACCGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	901	AATAACCAGCCGGGGCACACAGAAGAACATTTACTGGGAATCAGTACCGA	950

C  BX546476.7	1050	CAACCCGCATATCTGCATATACACACACAGCAAAAAGCTGACAAAAGCAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	951	CAACCCGCATATCTGCATATACACACACAGCAAAAAGCTGACAAAAGCAA	1000

C  BX546476.7	1000	TACGCACGATACAATCCGCTTCGGGTATGAGAAGGTAAGACTAGTTCAGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1001	TACGCACGATACAATCCGCTTCGGGTATGAGAAGGTAAGACTAGTTCAGA	1050

C  BX546476.7	950	AAGGTTGGATATGCAAAGGCAATAGGTTTTCCTGTCTTTGTTCATTTGTA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1051	AAGGTTGGATATGCAAAGGCAATAGGTTTTCCTGTCTTTGTTCATTTGTA	1100

C  BX546476.7	900	TGGCGACAAGTAGTGGTTTGAATTACACAGGAAGGCAGCTGTGACTGCAA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1101	TGGCGACAAGTAGTGGTTTGAATTACACAGGAAGGCAGCTGTGACTGCAA	1150

C  BX546476.7	850	TTTGCACGTCTTCCTCACTTCGACAGTGAATGTTTCGCAGTATTCATCAC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1151	TTTGCACGTCTTCCTCACTTCGACAGTGAATGTTTCGCAGTATTCATCAC	1200

C  BX546476.7	800	TACAAGCTGCCACACAGACAAATGACAATATGCAGAGGTTTGGAGTTAGC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1201	TACAAGCTGCCACACAGACAAATGACAATATGCAGAGGTTTGGAGTTAGC	1250

C  BX546476.7	750	TTGGCATAATCGCAACAAAATACCTTCTTTTCCTCAGGTATCCATTCCTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1251	TTGGCATAATCGCAACAAAATACCTTCTTTTCCTCAGGTATCCATTCCTG	1300

C  BX546476.7	700	TTATGTCTACCGGCAGATAGAAAAATAAAATAAATAATATCTTAATATAC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1301	TTATGTCTACCGGCAGATAGAAAAATAAAATAAATAATATCTTAATATAC	1350

C  BX546476.7	650	TTGGTCAAATATCTTTACTTTAATGGTTGTACTGTGTTTACATTTCTTCC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1351	TTGGTCAAATATCTTTACTTTAATGGTTGTACTGTGTTTACATTTCTTCC	1400

C  BX546476.7	600	CTTTTTCCAATATACATCCATAAATACTTTAACAACAATTTAACATCTTA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1401	CTTTTTCCAATATACATCCATAAATACTTTAACAACAATTTAACATCTTA	1450

C  BX546476.7	550	AAGAACATCTTTATATAGTTGGGTGGACGCTGATGGACTAACCCCTAATA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1451	AAGAACATCTTTATATAGTTGGGTGGACGCTGATGGACTAACCCCTAATA	1500

C  BX546476.7	500	ACACACATAGACAAACAGGAACATGTAGGAGTGAAATACAAAGCCAAGGG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1501	ACACACATAGACAAACAGGAACATGTAGGAGTGAAATACAAAGCCAAGGG	1550

C  BX546476.7	450	GTCAGATCCCAGCTCTGGGAATGAGCAGAAGGATGTGCCGGGTCATGGTT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1551	GTCAGATCCCAGCTCTGGGAATGAGCAGAAGGATGTGCCGGGTCATGGTT	1600

C  BX546476.7	400	TTTGAGAGCCGAGTCACAGCTGCGAGTGGAAATGTATGAGCTCTTGGAGA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1601	TTTGAGAGCCGAGTCACAGCTGCGAGTGGAAATGTATGAGCTCTTGGAGA	1650

C  BX546476.7	350	GCTGGAGAAGAGGCCGAGGGCTTGTTCATCGCAGGGTTCAGCTCTTCTGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1651	GCTGGAGAAGAGGCCGAGGGCTTGTTCATCGCAGGGTTCAGCTCTTCTGT	1700

C  BX546476.7	300	TCTTGCTGGCGGAGGCGACACCCAACGGCGGTAATCAAGGCAGCACCTTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1701	TCTTGCTGGCGGAGGCGACACCCAACGGCGGTAATCAAGGCAGCACCTTT	1750

C  BX546476.7	250	ACCGCTTCCGTCTTCTGAGAGAAGGAAAGTGACGTTGCATTTGGGGGCGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1751	ACCGCTTCCGTCTTCTGAGAGAAGGAAAGTGACGTTGCATTTGGGGGCGA	1800

C  BX546476.7	200	GCTCCTTCACTGTCTGATGCATTATCCTAGAGAAACTGAGGAGATGCAGC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1801	GCTCCTTCACTGTCTGATGCATTATCCTAGAGAAACTGAGGAGATGCAGC	1850

C  BX546476.7	150	AGAGGCAGAATTCATTGTGACTGGAAATGTAGCGTGCAAACTGTCAAATG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1851	AGAGGCAGAATTCATTGTGACTGGAAATGTAGCGTGCAAACTGTCAAATG	1900

C  BX546476.7	100	AATTTAGTTGTATGTGTGTAGGGACAAAAAGTTCCCCGCTGGCATAGAAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1901	AATTTAGTTGTATGTGTGTAGGGACAAAAAGTTCCCCGCTGGCATAGAAT	1950

C  BX546476.7	50	TTGGCTTAATATGTTTAGTAAAGACACTTTCAATTTCAATTTTTTTGTGG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL935136.4	1951	TTGGCTTAATATGTTTAGTAAAGACACTTTCAATTTCAATTTTTTTGTGG	2000

Overview

Query
BX546476.7 - 25257 bps
Hit
AL935136.4 - 146712 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001959200012000-1120001
276.19311841000210185117076172641
378.18863521602616377-118260185981
485.18871911497215162-119289194771
582.061132931919619488191851921511
Short-link