<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2028 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

  BX005041.11	188826	TATTCACAGTTCTTATTCTTTTCCTTTATGAATATCATTAGTGACTAATA	188875
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	106248	TATTCACAGTTCTTATTCTTTTCCTTTATGAATATCATTAGTGACTAATA	106199

  BX005041.11	188876	ATTGCACATAAATTATGTCATGGCTGCCGCTCCAGCGAGAGCTAGTGGAG	188925
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	106198	ATTGCACATAAATTATGTCATGGCTGCCGCTCCAGCGAGAGCTAGTGGAG	106149

  BX005041.11	188926	TGACTGTAATTGACAGGTGTGCTCGAAGGCTGAGAGAAACTGTTTTGCAT	188975
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	106148	TGACTGTAATTGACAGGTGTGCTCGAAGGCTGAGAGAAACTGTTTTGCAT	106099

  BX005041.11	188976	TTTCTAAAATATATTGTTACAAAACAAAATGTACCCAATTTGTTGTCGAA	189025
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	106098	TTTCTAAAATATATTGTTACAAAACAAAATGTACCCAATTTGTTGTCGAA	106049

  BX005041.11	189026	GGAAGGAAGGAAATGTTTAAAGCAATTACAGGGCTGGTTGTTAAATGTAT	189075
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	106048	GGAAGGAAGGAAATGTTTAAAGCAATTACAGGGCTGGTTGTTAAATGTAT	105999

  BX005041.11	189076	CCATAGAAACGTGTGAAAATGAGGGCGGAGAAGCTCTGAACTATTGTTAT	189125
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105998	CCATAGAAACGTGTGAAAATGAGGGCGGAGAAGCTCTGAACTATTGTTAT	105949

  BX005041.11	189126	AGCCGGAGCCAGATGGAGATGTGAGCTGTGGTGGATACTTTACTTTGAAC	189175
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105948	AGCCGGAGCCAGATGGAGATGTGAGCTGTGGTGGATACTTTACTTTGAAC	105899

  BX005041.11	189176	TGCTTGATTGGAAAATTATCAGCCTTAAGCTAGGGTCCCTGGGTTCCCAA	189225
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105898	TGCTTGATTGGAAAATTATCAGCCTTAAGCTAGGGTCCCTGGGTTCCCAA	105849

  BX005041.11	189226	GACCTCGGGGTCCACACATTACATGAGAGCGTCTTTGGTCTTCAGGGTCA	189275
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105848	GACCTCGGGGTCCACACATTACATGAGAGCGTCTTTGGTCTTCAGGGTCA	105799

  BX005041.11	189276	AATGCGACTCACAGGCTGGAGAGACTCAAGCAAAGTGTTAACAATTAAAC	189325
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105798	AATGCGACTCACAGGCTGGAGAGACTCAAGCAAAGTGTTAACAATTAAAC	105749

  BX005041.11	189326	ACTTCTGCCTGTGATTGAAAATGAATGATACAATTACCTCAAATGAACTA	189375
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105748	ACTTCTGCCTGTGATTGAAAATGAATGATACAATTACCTCAAATGAACTA	105699

  BX005041.11	189376	TCCAATTAAGTCTCTTTTATCTTATATGCTTGCTTTTATTACATCAGCTG	189425
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105698	TCCAATTAAGTCTCTTTTATCTTATATGCTTGCTTTTATTACATCAGCTG	105649

  BX005041.11	189426	ATGATTTATTAGTTACCAGGATGATTACAGTCTTTGAATTCTTTGTTCGG	189475
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105648	ATGATTTATTAGTTACCAGGATGATTACAGTCTTTGAATTCTTTGTTCGG	105599

  BX005041.11	189476	TTATCTGTTGTAGGTGGTAATTGGATGCTCTATCTATCTATCTATCTATC	189525
			|||||||||||||||||||||||||||||||||                 
C  AL929595.5	105598	TTATCTGTTGTAGGTGGTAATTGGATGCTCTAT-----------------	105566

  BX005041.11	189526	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	189575
			   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105565	---CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	105519

  BX005041.11	189576	TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC	189625
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105518	TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC	105469

  BX005041.11	189626	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	189675
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105468	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	105419

  BX005041.11	189676	TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC	189725
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105418	TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC	105369

  BX005041.11	189726	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	189775
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105368	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	105319

  BX005041.11	189776	TCTATCTATCTATCTGTTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC	189825
			||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105318	TCTATCTGTTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC	105269

  BX005041.11	189826	TGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTG	189875
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
C  AL929595.5	105268	TGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGT-------	105226

  BX005041.11	189876	TCTGTAAAAACAATACTATTTAAATTAAAAAGAAATTTCTTTCGAACAGA	189925
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105225	-CTGTAAAAACAATACTATTTAAATTAAAAAGAAATTTCTTTCGAACAGA	105177

  BX005041.11	189926	ATGTCAGACACTTGAAACAATTCTTCAAACCATTTTTTATCATGGTTTAC	189975
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105176	ATGTCAGACACTTGAAACAATTCTTCAAACCATTTTTTATCATGGTTTAC	105127

  BX005041.11	189976	AAAATATTTACTTACCTATATAGACTTGAAATAACAAGTGAATTTAGCCG	190025
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105126	AAAATATTTACTTACCTATATAGACTTGAAATAACAAGTGAATTTAGCCG	105077

  BX005041.11	190026	GTTCCAAATGGAGTGGGAAGAAACACAAGCTTATACAAAATACTTCAAAA	190075
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105076	GTTCCAAATGGAGTGGGAAGAAACACAAGCTTATACAAAATACTTCAAAA	105027

  BX005041.11	190076	ACTTAAAAAAATAATTAAATTAACCAATTTTGTGTAAACATATTAAACTA	190125
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105026	ACTTAAAAAAATAATTAAATTAACCAATTTTGTGTAAACATATTAAACTA	104977

  BX005041.11	190126	TTTTCCTTTATGTCGTAGATTTACATACAAATACATATTACTATTTAAAA	190175
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104976	TTTTCCTTTATGTCGTAGATTTACATACAAATACATATTACTATTTAAAA	104927

  BX005041.11	190176	TCTACATTTATTTGAAACAAAATGCTTTAAAAACTAGTATTCATTTGAAA	190225
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104926	TCTACATTTATTTGAAACAAAATGCTTTAAAAACTAGTATTCATTTGAAA	104877

  BX005041.11	190226	CAGTAATACATTTTATAACGTTGGAATTCAGTGTTTCTTACATTATTAAA	190275
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104876	CAGTAATACATTTTATAACGTTGGAATTCAGTGTTTCTTACATTATTAAA	104827

  BX005041.11	190276	AAATTATTTTGTTATCTATACAATAACCTTTTTAGTTTAACCCTGTTTTT	190325
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104826	AAATTATTTTGTTATCTATACAATAACCTTTTTAGTTTAACCCTGTTTTT	104777

  BX005041.11	190326	ATTGATGCATATTAGTCAGAGAGCCACAGCACCAAATACAAAGAATCACA	190375
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104776	ATTGATGCATATTAGTCAGAGAGCCACAGCACCAAATACAAAGAATCACA	104727

  BX005041.11	190376	ACCCATCAAATGCCTCAATCAAGCAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG	190425
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104726	ACCCATCAAATGCCTCAATCAAGCAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG	104677

  BX005041.11	190426	CTTACGTTTTCTTTCTCTCTGAGTTAAGCAACACAATAAGATATTTTGCT	190475
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104676	CTTACGTTTTCTTTCTCTCTGAGTTAAGCAACACAATAAGATATTTTGCT	104627

  BX005041.11	190476	TTATACTTTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	190525
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104626	TTATACTTTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	104577

  BX005041.11	190526	TATATATATATATATATATATTTGAATTTTTTTTTTCTTTTGAAAAATAT	190575
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104576	TATATATATATATATATATATTTGAATTTTTTTTTTCTTTTGAAAAATAT	104527

  BX005041.11	190576	TTTTCAAATGATAATTAACAGAGCATGGAAATTTTCACAGTATGTCCGAT	190625
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104526	TTTTCAAATGATAATTAACAGAGCATGGAAATTTTCACAGTATGTCCGAT	104477

  BX005041.11	190626	AATATTTTTTCTTTTTCTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTGGCTAGAATAAA	190675
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104476	AATATTTTTTCTTTTTCTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTGGCTAGAATAAA	104427

  BX005041.11	190676	AGCAGTTTTGAATTTTTTAAGAACCATTTTAAGGTAAAAATTATTAGCCC	190725
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104426	AGCAGTTTTGAATTTTTTAAGAACCATTTTAAGGTAAAAATTATTAGCCC	104377

  BX005041.11	190726	CTTTAAGCTAATTTTTTTTCAGAACAACTACAGAACAAACGTTGTTATAC	190775
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104376	CTTTAAGCTAATTTTTTTTCAGAACAACTACAGAACAAACGTTGTTATAC	104327

  BX005041.11	190776	AATAACTTGCCTAATTACCTTAACCTGCATTGTTAACCTAATTAACCTAG	190825
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104326	AATAACTTGCCTAATTACCTTAACCTGCATTGTTAACCTAATTAACCTAG	104277

  BX005041.11	190826	TTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTT	190853
			||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	104276	TTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTT	104249

Compact alignment

skip 650 bps 100% identity alignment

  BX005041.11	189476	TTATCTGTTGTAGGTGGTAATTGGATGCTCTATCTATCTATCTATCTATC	189525
			|||||||||||||||||||||||||||||||||                 
C  AL929595.5	105598	TTATCTGTTGTAGGTGGTAATTGGATGCTCTAT-----------------	105566

  BX005041.11	189526	TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	189575
			   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105565	---CTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	105519

skip 200 bps 100% identity alignment

  BX005041.11	189776	TCTATCTATCTATCTGTTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC	189825
			||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105318	TCTATCTGTTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC	105269

  BX005041.11	189826	TGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTG	189875
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
C  AL929595.5	105268	TGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGT-------	105226

  BX005041.11	189876	TCTGTAAAAACAATACTATTTAAATTAAAAAGAAATTTCTTTCGAACAGA	189925
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL929595.5	105225	-CTGTAAAAACAATACTATTTAAATTAAAAAGAAATTTCTTTCGAACAGA	105177

skip 928 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX005041.11 - 190853 bps
Hit
AL929595.5 - 106248 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2028 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.8020281888261908531104249106248-1
Short-link