<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL669978.3	1	GAATTCATAATAAGAAGATATGCTTTTTTGTTTGCCACATGAAAGGGGGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	56753	GAATTCATAATAAGAAGATATGCTTTTTTGTTTGCCACATGAAAGGGGGG	56802

AL669978.3	51	AATTTAAAATAATTAAATATCCATATCTATCTTCAGGCTATCTACCAACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	56803	AATTTAAAATAATTAAATATCCATATCTATCTTCAGGCTATCTACCAACA	56852

AL669978.3	101	ACATGATTGAAACACTTTTTTTTTTGCGTATAATGTGTAGGATGAGCTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	56853	ACATGATTGAAACACTTTTTTTTTTGCGTATAATGTGTAGGATGAGCTTA	56902

AL669978.3	151	TTTATCACAGCATTCTTCTGAGGAATTAAACATTTAATTTTGAAGACAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	56903	TTTATCACAGCATTCTTCTGAGGAATTAAACATTTAATTTTGAAGACAGA	56952

AL669978.3	201	ACACCCTCACGTCATACATACTCAGTTCTGAAAACCTAAAAATATATAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	56953	ACACCCTCACGTCATACATACTCAGTTCTGAAAACCTAAAAATATATAAA	57002

AL669978.3	251	GTACCTGTTTAAATCTGCACTTTCCAATATGGTTACCATTAGCCACATTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57003	GTACCTGTTTAAATCTGCACTTTCCAATATGGTTACCATTAGCCACATTG	57052

AL669978.3	301	GCTATTGAATGCTTGAAATTGCCCAGTCCAAGGTAAGATGTGTTGTAAGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57053	GCTATTGAATGCTTGAAATTGCCCAGTCCAAGGTAAGATGTGTTGTAAGT	57102

AL669978.3	351	ATAAAATATATACCAGATTTCAAAGATGCAATATCATTTTTAATATAAAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57103	ATAAAATATATACCAGATTTCAAAGATGCAATATCATTTTTAATATAAAA	57152

AL669978.3	401	TAACTCACTTATAATTTTAAGATGGATTACTTAAAATAATGTTGTTATAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57153	TAACTCACTTATAATTTTAAGATGGATTACTTAAAATAATGTTGTTATAC	57202

AL669978.3	451	AAGGCCATTTACGTATATTATTAAAACTGGACATAAAAGACGGAAACAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57203	AAGGCCATTTACGTATATTATTAAAACTGGACATAAAAGACGGAAACAGT	57252

AL669978.3	501	AAACATCGGGGACTACTAGGGAGTAGCTGGGAAGGGGAAAGGCTTGAAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57253	AAACATCGGGGACTACTAGGGAGTAGCTGGGAAGGGGAAAGGCTTGAAAA	57302

AL669978.3	551	GCTAACTATTGGATACTATGCTCACTACCCGGGTGACAGGATTAATCCCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57303	GCTAACTATTGGATACTATGCTCACTACCCGGGTGACAGGATTAATCCCA	57352

AL669978.3	601	CCCCAACCCCAGCATCATGCAATATACCCATGTAAGAATCCTGCACATGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57353	CCCCAACCCCAGCATCATGCAATATACCCATGTAAGAATCCTGCACATGT	57402

AL669978.3	651	ACCCCCTGAATCTAACATAAAAGTTGAAATTATTTTTAAAATAATATAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57403	ACCCCCTGAATCTAACATAAAAGTTGAAATTATTTTTAAAATAATATAGA	57452

AL669978.3	701	GACCGGGCTCGGTGGCTCACGCCTGTAATACCAGCACTTTGGGAGACCGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57453	GACCGGGCTCGGTGGCTCACGCCTGTAATACCAGCACTTTGGGAGACCGA	57502

AL669978.3	751	GGTGGGCGGATCACCTGAGATCGGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57503	GGTGGGCGGATCACCTGAGATCGGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAACAT	57552

AL669978.3	801	GGAGAAACCTCGTATCTACTAAAAGTACAAAATTGGGGCCGGGCGCGGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57553	GGAGAAACCTCGTATCTACTAAAAGTACAAAATTGGGGCCGGGCGCGGGG	57602

AL669978.3	851	TCTCACGCATGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGTATCAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57603	TCTCACGCATGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGTATCAC	57652

AL669978.3	901	GGGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGTTAACACGGTGAAACCCCAATTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57653	GGGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGTTAACACGGTGAAACCCCAATTC	57702

AL669978.3	951	TACTAAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCAGTCGCCTGTAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57703	TACTAAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCAGTCGCCTGTAGT	57752

AL669978.3	1001	CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57753	CCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGC	57802

AL669978.3	1051	GGAGCTTGCAGCGCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57803	GGAGCTTGCAGCGCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGA	57852

AL669978.3	1101	CTCCGTCACACACACAAAAAAAAAATTAGCCGGGGTGGTGGCGCGTGCCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57853	CTCCGTCACACACACAAAAAAAAAATTAGCCGGGGTGGTGGCGCGTGCCT	57902

AL669978.3	1151	GTAATCCCAGCTACTCGGGAAGCTGAGGCGGCAGGAGAATCGCTTGAACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57903	GTAATCCCAGCTACTCGGGAAGCTGAGGCGGCAGGAGAATCGCTTGAACC	57952

AL669978.3	1201	CTGGAGGCAGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	57953	CTGGAGGCAGAGGTTGCGGTGAGCCGAGATCGCGCCATTGCACTCCAGCC	58002

AL669978.3	1251	TGGGCAACAAGAGCGAAACTCCATCTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58003	TGGGCAACAAGAGCGAAACTCCATCTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	58052

AL669978.3	1301	AAAAAGATATAGAATAAATATTGCCTGTTTTTTTTAATGTGACTACTAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58053	AAAAAGATATAGAATAAATATTGCCTGTTTTTTTTAATGTGACTACTAGA	58102

AL669978.3	1351	AAATTTAGAACTACAAAAGTGACTCGCATTTATGACTTGTGTTTTTTTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58103	AAATTTAGAACTACAAAAGTGACTCGCATTTATGACTTGTGTTTTTTTAA	58152

AL669978.3	1401	TTATTTTTATTCCGGAAGATAAAGTAGAAGACTTGTATTATCTTTTAATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58153	TTATTTTTATTCCGGAAGATAAAGTAGAAGACTTGTATTATCTTTTAATT	58202

AL669978.3	1451	GGACAGCATTGTCTAGAGATGATGTTATCTCTTTAAATGCTGTTCTGGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58203	GGACAGCATTGTCTAGAGATGATGTTATCTCTTTAAATGCTGTTCTGGGA	58252

AL669978.3	1501	GATTCCCAGAGCCAGAGAACATGGAGCATGGTCTCCCAGTAATTAAGTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58253	GATTCCCAGAGCCAGAGAACATGGAGCATGGTCTCCCAGTAATTAAGTTT	58302

AL669978.3	1551	CATGCCTTGAGTGTTCTCGACAGAATGCATTTCTATGCATAATCTCCTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58303	CATGCCTTGAGTGTTCTCGACAGAATGCATTTCTATGCATAATCTCCTTA	58352

AL669978.3	1601	GATCTTTACAACATCCCATTTAACATAATTATTATTAGCTACATTTTTAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58353	GATCTTTACAACATCCCATTTAACATAATTATTATTAGCTACATTTTTAA	58402

AL669978.3	1651	GCTATTGAATAGAAGACAAATCATGCTTGGAATTACCCTAGACCTTCCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58403	GCTATTGAATAGAAGACAAATCATGCTTGGAATTACCCTAGACCTTCCCT	58452

AL669978.3	1701	TTCAACAGAATGTAAAGGAATCATTACCGTGTTAGGCAAGAAAACATTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58453	TTCAACAGAATGTAAAGGAATCATTACCGTGTTAGGCAAGAAAACATTCA	58502

AL669978.3	1751	GTGCTACCATTTGACTAATCAAATATTTCTTAATGAAATGAAACACAAGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58503	GTGCTACCATTTGACTAATCAAATATTTCTTAATGAAATGAAACACAAGC	58552

AL669978.3	1801	TTCTGAGTTGAGAAAGCCTCAGTGACCTAAAGGATAAAGTATCTGATTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58553	TTCTGAGTTGAGAAAGCCTCAGTGACCTAAAGGATAAAGTATCTGATTTA	58602

AL669978.3	1851	CAGTTTCTGTAGAGTCAGTGTCCTCACCCTGAGGTTTCTTCTCATTTGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58603	CAGTTTCTGTAGAGTCAGTGTCCTCACCCTGAGGTTTCTTCTCATTTGGT	58652

AL669978.3	1901	ACTAATTTTCCTTTTTCAACTTGCTGCAGTTCTGATGTTGAAGTACTGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58653	ACTAATTTTCCTTTTTCAACTTGCTGCAGTTCTGATGTTGAAGTACTGTA	58702

AL669978.3	1951	GATTGTTTAGTCTCCTCACACAGTATGCAGGAGTTAGGGGAAAATAACTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL901607.1	58703	GATTGTTTAGTCTCCTCACACAGTATGCAGGAGTTAGGGGAAAATAACTC	58752

Overview

Query
AL669978.3 - 63505 bps
Hit
AL901607.1 - 58752 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link