<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL669854.8	1	GAATTCTCAATCCTTGGGAGGTGAGAAACCCCTGACTTTACAGCCATGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41004	GAATTCTCAATCCTTGGGAGGTGAGAAACCCCTGACTTTACAGCCATGTT	41053

AL669854.8	51	AGACAGAAGTGCAGGTAACCTGGGACCCGATACTTGTGACTTGCTTCTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41054	AGACAGAAGTGCAGGTAACCTGGGACCCGATACTTGTGACTTGCTTCTGA	41103

AL669854.8	101	AGTGAGGACAGACTTGTAGGAATGAGCTGGTAAACCTGTAGAGTCTGAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41104	AGTGAGGACAGACTTGTAGGAATGAGCTGGTAAACCTGTAGAGTCTGAGG	41153

AL669854.8	151	CGAACTCCAGGTAGTTAGTGTCAGAATTGAGTCAAACTCTAGGACTCCCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41154	CGAACTCCAGGTAGTTAGTGTCAGAATTGAGTCAAACTCTAGGACTCCCA	41203

AL669854.8	201	GCTGCTGTTGGAGAATCAGAAAGTTATTTGGGTGGAAGAAAACCCCATCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41204	GCTGCTGTTGGAGAATCAGAAAGTTATTTGGGTGGAAGAAAACCCCATCA	41253

AL669854.8	251	CCATCCCACAGAGAGAAACTTATAGTAAGAGTAAGCAAGTAAACCTCTAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41254	CCATCCCACAGAGAGAAACTTATAGTAAGAGTAAGCAAGTAAACCTCTAC	41303

AL669854.8	301	CTTCTTCGGTCCCAGAGGAAAAGATAAACAAATGTAATCATTTGTTTCAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41304	CTTCTTCGGTCCCAGAGGAAAAGATAAACAAATGTAATCATTTGTTTCAT	41353

AL669854.8	351	GTCCCTAAACACAGGTTGCTACCAGCTGTTCATTGTCTAGACGTGGAGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41354	GTCCCTAAACACAGGTTGCTACCAGCTGTTCATTGTCTAGACGTGGAGTG	41403

AL669854.8	401	GTCCTACCTTTAATCTAGAAGTTAGGATTTTTTAGGCCTTTGAGGGTGTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41404	GTCCTACCTTTAATCTAGAAGTTAGGATTTTTTAGGCCTTTGAGGGTGTC	41453

AL669854.8	451	ACATAAAAACTAATAAATGTTAGAGATTCTCTCCCCAGAGACATTTCCAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41454	ACATAAAAACTAATAAATGTTAGAGATTCTCTCCCCAGAGACATTTCCAC	41503

AL669854.8	501	ACACAAGAAAATATAAATATTAATATAAAACATCGTGTGGACCCAGAACC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41504	ACACAAGAAAATATAAATATTAATATAAAACATCGTGTGGACCCAGAACC	41553

AL669854.8	551	TCTGATATCTTACAAACCTGGGAGTTTTAATCCTAGTAAGAGTCATGCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41554	TCTGATATCTTACAAACCTGGGAGTTTTAATCCTAGTAAGAGTCATGCTG	41603

AL669854.8	601	AGGGAAGATGTTTGAATAATCATTTCATCATTACAGAATGCCACTCCAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41604	AGGGAAGATGTTTGAATAATCATTTCATCATTACAGAATGCCACTCCAAT	41653

AL669854.8	651	AATCTAGACTATAAACTGGGATAGACAAAAACTTGATGTAAACCTATCCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41654	AATCTAGACTATAAACTGGGATAGACAAAAACTTGATGTAAACCTATCCT	41703

AL669854.8	701	CAAGGGAATGGGTGGAAATATGTTATTTATTAGTCACTGGTTCATTCAGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41704	CAAGGGAATGGGTGGAAATATGTTATTTATTAGTCACTGGTTCATTCAGC	41753

AL669854.8	751	CACTCTTCGTGCCTACTGGGTACTAGATAAAGTTCTCGTCCTGGATCACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41754	CACTCTTCGTGCCTACTGGGTACTAGATAAAGTTCTCGTCCTGGATCACT	41803

AL669854.8	801	GCTCCAAGAATTAAAATTTGTCACTTTTCCCCACCCCTCACACTCCAGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41804	GCTCCAAGAATTAAAATTTGTCACTTTTCCCCACCCCTCACACTCCAGCA	41853

AL669854.8	851	CTTGAACCCTCTTACTACATCAGAATTCCACACTGTCAATGAAAAGAGTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41854	CTTGAACCCTCTTACTACATCAGAATTCCACACTGTCAATGAAAAGAGTC	41903

AL669854.8	901	AAACGCAGTAACATATTTAAAGAGATTTATTCTGAGCCAAAAATGAGTGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41904	AAACGCAGTAACATATTTAAAGAGATTTATTCTGAGCCAAAAATGAGTGA	41953

AL669854.8	951	CCACAGCCCATGACACAGCCCTCAGGAGACCGAGAACATGTGCTCAAGGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	41954	CCACAGCCCATGACACAGCCCTCAGGAGACCGAGAACATGTGCTCAAGGT	42003

AL669854.8	1001	GGTTGAGGCACAGGTTGGTTTTACACATTTAAGGAAGATATGAGACATCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42004	GGTTGAGGCACAGGTTGGTTTTACACATTTAAGGAAGATATGAGACATCA	42053

AL669854.8	1051	ATCAAATACATTTAAGCTATACATTGGTTCGGTCCAGAAAGTTGGAACAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42054	ATCAAATACATTTAAGCTATACATTGGTTCGGTCCAGAAAGTTGGAACAA	42103

AL669854.8	1101	TTTGAAGCAAGCAAGGGTTGCGGGGTAGTGCTTCTGGGTTATAAGTAGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42104	TTTGAAGCAAGCAAGGGTTGCGGGGTAGTGCTTCTGGGTTATAAGTAGAT	42153

AL669854.8	1151	TTTTAATTTTTCTGATTGGCAATTGGTTGAGTTATTATCAATAGAAAGGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42154	TTTTAATTTTTCTGATTGGCAATTGGTTGAGTTATTATCAATAGAAAGGA	42203

AL669854.8	1201	ATGTCTGGGTTATGATAAAAGGTTGTGGAGTCCAAAATTCTCATGCAGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42204	ATGTCTGGGTTATGATAAAAGGTTGTGGAGTCCAAAATTCTCATGCAGAT	42253

AL669854.8	1251	GACGCCTCCAGGTGCCAGGCTTCAGAGAGAATAGATTGTAAATGTTTCTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42254	GACGCCTCCAGGTGCCAGGCTTCAGAGAGAATAGATTGTAAATGTTTCTG	42303

AL669854.8	1301	ATCAGACTGAAGGTCTGTGTTGATGGTAAATGCTGGTCAACTTTTCCTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42304	ATCAGACTGAAGGTCTGTGTTGATGGTAAATGCTGGTCAACTTTTCCTGA	42353

AL669854.8	1351	ATTCCAAGAGGGAAGAGGGCATAATAAGACATGTTCAATACCTGCTTCCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42354	ATTCCAAGAGGGAAGAGGGCATAATAAGACATGTTCAATACCTGCTTCCC	42403

AL669854.8	1401	TTGGTGGCCTGAGCCAGTCTTTCAGGTTAACTTTTGAGCACCCTGGCTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42404	TTGGTGGCCTGAGCCAGTCTTTCAGGTTAACTTTTGAGCACCCTGGCTGA	42453

AL669854.8	1451	GGGTGTCCATTAAAATGATTGGGAAGGGGTGGCTTTGATGTTTATTTTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42454	GGGTGTCCATTAAAATGATTGGGAAGGGGTGGCTTTGATGTTTATTTTTG	42503

AL669854.8	1501	GTTTACAACATGTAAAATGTTGAGAGGAGACAGACACCACCTCCCTCCCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42504	GTTTACAACATGTAAAATGTTGAGAGGAGACAGACACCACCTCCCTCCCT	42553

AL669854.8	1551	GGAAGAGGACAACAACACTCCAGTCACCCCTGCAGTTGCTCATGGACATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42554	GGAAGAGGACAACAACACTCCAGTCACCCCTGCAGTTGCTCATGGACATG	42603

AL669854.8	1601	AGTTTTAAGCTCCACCAGTCTGATGACCACCTGCTGAAGAGGTGTCATTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42604	AGTTTTAAGCTCCACCAGTCTGATGACCACCTGCTGAAGAGGTGTCATTG	42653

AL669854.8	1651	TCTCAGGTAAATACTAAGTGTTCGTCATCTCACGCCAAGAAGATTAAGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42654	TCTCAGGTAAATACTAAGTGTTCGTCATCTCACGCCAAGAAGATTAAGGA	42703

AL669854.8	1701	CACTGACACACGAGGAGTGAGTTAGGATCAAATGGTTTAATAGGCAAAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42704	CACTGACACACGAGGAGTGAGTTAGGATCAAATGGTTTAATAGGCAAAAG	42753

AL669854.8	1751	AAAGACAAAGGGAAACAGCTCCTTCTTGTGAGAGAGAGGGGCACCCAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42754	AAAGACAAAGGGAAACAGCTCCTTCTTGTGAGAGAGAGGGGCACCCAAAA	42803

AL669854.8	1801	GGGAATTCCAGCCTGGAATGGGAGTGCATCGGATTTTACAGGCAGGCTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42804	GGGAATTCCAGCCTGGAATGGGAGTGCATCGGATTTTACAGGCAGGCTTG	42853

AL669854.8	1851	AGGAGACGGTGTCTGATTTATGTAGGGCCCACAGGTTGGTTGTACCAGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42854	AGGAGACGGTGTCTGATTTATGTAGGGCCCACAGGTTGGTTGTACCAGGT	42903

AL669854.8	1901	GTGATATTTACATAGTGCGTGTGGAAGGCTGTTCACCCCACCCTCATCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42904	GTGATATTTACATAGTGCGTGTGGAAGGCTGTTCACCCCACCCTCATCCT	42953

AL669854.8	1951	ATTATGCAAATGGGCTTTCCACTTGGCCGGTGACATGTTGTCTGCTCCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845556.2	42954	ATTATGCAAATGGGCTTTCCACTTGGCCGGTGACATGTTGTCTGCTCCTT	43003

Overview

Query
AL669854.8 - 68380 bps
Hit
AL845556.2 - 43003 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link