<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX322539.9	1	GGCCAACATGGTGAAACTCTGTCTCTACTTAAAAATACAAAAATTAGCTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12169	GGCCAACATGGTGAAACTCTGTCTCTACTTAAAAATACAAAAATTAGCTG	12218

BX322539.9	51	GGTGTGGTGGCGTGCACCTGTAGTCCCAGCTACACTGGAGGCTGAGGCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12219	GGTGTGGTGGCGTGCACCTGTAGTCCCAGCTACACTGGAGGCTGAGGCAG	12268

BX322539.9	101	GAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGAAGGTTGCAGTGAGCCAATATCGCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12269	GAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGAAGGTTGCAGTGAGCCAATATCGCA	12318

BX322539.9	151	CCACTGCCCTCCAGCCTGGTGACAGAGCAAGACTCCACCTCAAAAAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12319	CCACTGCCCTCCAGCCTGGTGACAGAGCAAGACTCCACCTCAAAAAAAAA	12368

BX322539.9	201	AAAAAAAGTAAAAAAAAAAATGCAAAGTTGACAATCAATGCAAAGTAATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12369	AAAAAAAGTAAAAAAAAAAATGCAAAGTTGACAATCAATGCAAAGTAATA	12418

BX322539.9	251	GAGGTGGCATTTTAAGTAGGGTGGTCAGGGTGGGCCTCATGAAGGTGCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12419	GAGGTGGCATTTTAAGTAGGGTGGTCAGGGTGGGCCTCATGAAGGTGCCA	12468

BX322539.9	301	TTTGAGCAGACTTGAAGAGGAGAGAAACTGAGACACGCAGGTATGTGCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12469	TTTGAGCAGACTTGAAGAGGAGAGAAACTGAGACACGCAGGTATGTGCAA	12518

BX322539.9	351	AGGAAGAACCTTCCAGAATCACCCTCATGTACACCTATGCTCTGTACATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12519	AGGAAGAACCTTCCAGAATCACCCTCATGTACACCTATGCTCTGTACATA	12568

BX322539.9	401	CCCAGGGCTCTGCACTGAGGCAGACCCTAAAGCTGCAGTGGGGATGGAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12569	CCCAGGGCTCTGCACTGAGGCAGACCCTAAAGCTGCAGTGGGGATGGAGG	12618

BX322539.9	451	TGGACACACTTATGGAAAGACTTCTTCAAAGAATGTTGGGGACCCAGGTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12619	TGGACACACTTATGGAAAGACTTCTTCAAAGAATGTTGGGGACCCAGGTC	12668

BX322539.9	501	TACCCTTCCTGCTGTGGCTCTTATACGACCTGGAGTTGGGGAGGGAAAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12669	TACCCTTCCTGCTGTGGCTCTTATACGACCTGGAGTTGGGGAGGGAAAGG	12718

BX322539.9	551	CACTGGCATGTGGAGGAAGACTAGGAGAGGAGGGGAGGCGTGTCCCACCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12719	CACTGGCATGTGGAGGAAGACTAGGAGAGGAGGGGAGGCGTGTCCCACCC	12768

BX322539.9	601	TCACTCCACCTCTCTGCTCTCTCTCTCCTACAACGAGTGCCTCCTTCCCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12769	TCACTCCACCTCTCTGCTCTCTCTCTCCTACAACGAGTGCCTCCTTCCCC	12818

BX322539.9	651	AGGGCTTGTGGTCCCTGACAAGGAGGACCCTGAGGGCAACCACACCTTGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12819	AGGGCTTGTGGTCCCTGACAAGGAGGACCCTGAGGGCAACCACACCTTGC	12868

BX322539.9	701	CATGCAGAGCACCTGGCTTCTCATCTGCCAAGCTCACTCTGACCCGGCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12869	CATGCAGAGCACCTGGCTTCTCATCTGCCAAGCTCACTCTGACCCGGCTG	12918

BX322539.9	751	CAGGAAGGGAAGGAGCCAACCCCGGACTCAAGACTCAAGGGGACCAGAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12919	CAGGAAGGGAAGGAGCCAACCCCGGACTCAAGACTCAAGGGGACCAGAAC	12968

BX322539.9	801	CAGGGAGATGAGACATACCAGGGCTGGGCAGCTGTGGGGGTCCTTCCAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	12969	CAGGGAGATGAGACATACCAGGGCTGGGCAGCTGTGGGGGTCCTTCCAGA	13018

BX322539.9	851	GAGGAGCTGAGATACGCCTACCTGGAGGGGCCCCTGGGCCTGGAGGGGCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13019	GAGGAGCTGAGATACGCCTACCTGGAGGGGCCCCTGGGCCTGGAGGGGCT	13068

BX322539.9	901	CCTCAGTGTGACTGGGTGAAGTGTTTTCAGAGGACCAGGGTTGAGGTTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13069	CCTCAGTGTGACTGGGTGAAGTGTTTTCAGAGGACCAGGGTTGAGGTTGG	13118

BX322539.9	951	GGGCATCTCATCCAGACCCTGCCGGCATCTGCCCCAGAACCCAAGGGCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13119	GGGCATCTCATCCAGACCCTGCCGGCATCTGCCCCAGAACCCAAGGGCCC	13168

BX322539.9	1001	CTCCTTCCTCCCTCCTCGATGGAAATGCTGGGGATGTCCTCAGTCACCCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13169	CTCCTTCCTCCCTCCTCGATGGAAATGCTGGGGATGTCCTCAGTCACCCT	13218

BX322539.9	1051	CTGAGCACTCACACATCACCCCTTATTTGGAAATTTTTCTCACTCTAACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13219	CTGAGCACTCACACATCACCCCTTATTTGGAAATTTTTCTCACTCTAACC	13268

BX322539.9	1101	TTCCTTCCTGCTGCACCTTCTGCCCCATCCCCAGGCTCTGGCCTCTCTCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13269	TTCCTTCCTGCTGCACCTTCTGCCCCATCCCCAGGCTCTGGCCTCTCTCT	13318

BX322539.9	1151	CTCCTCTTCTACCCTTTAGCAGGTAATGACTCAGTTCCCACTGAGGAGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13319	CTCCTCTTCTACCCTTTAGCAGGTAATGACTCAGTTCCCACTGAGGAGCC	13368

BX322539.9	1201	AGCTGTAGGTGAGAGTCTGGGCTCTCGGTGAGGTTGGGAGAAGGAAAAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13369	AGCTGTAGGTGAGAGTCTGGGCTCTCGGTGAGGTTGGGAGAAGGAAAAGG	13418

BX322539.9	1251	CTTATGGGCCAGGGGGTGGGAGGGAGAATGGGCACAGCCAGAGCAGAGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13419	CTTATGGGCCAGGGGGTGGGAGGGAGAATGGGCACAGCCAGAGCAGAGTG	13468

BX322539.9	1301	GAAGGGTGGGGGGAGGCGATAAAGACAGATGTTTCCGTATTACCATTTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13469	GAAGGGTGGGGGGAGGCGATAAAGACAGATGTTTCCGTATTACCATTTTT	13518

BX322539.9	1351	CTTTCATGGTCCGAGGGAGCTGCCCTTCCCCCAAGCCCAGGAAAGTGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13519	CTTTCATGGTCCGAGGGAGCTGCCCTTCCCCCAAGCCCAGGAAAGTGAAA	13568

BX322539.9	1401	AGAGAAGCAGGAACAGTAAAATACTCCACAGGAAAGAAAAATCTTAGTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13569	AGAGAAGCAGGAACAGTAAAATACTCCACAGGAAAGAAAAATCTTAGTGA	13618

BX322539.9	1451	TCCCTCCTGCTGTCTCTTTCCTTTTGCCTATTCTGGCAAATTTTGTAAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13619	TCCCTCCTGCTGTCTCTTTCCTTTTGCCTATTCTGGCAAATTTTGTAAGT	13668

BX322539.9	1501	GAAATTTGTTACCAAGATGTGAAAATCTTATAAGAAAGTCTCTAAATATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13669	GAAATTTGTTACCAAGATGTGAAAATCTTATAAGAAAGTCTCTAAATATT	13718

BX322539.9	1551	TGAGAATAAAATTATCAATGTCTCAGCTCTGCAGGCTGAAAAAACGGAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13719	TGAGAATAAAATTATCAATGTCTCAGCTCTGCAGGCTGAAAAAACGGAGG	13768

BX322539.9	1601	CTTTACAAAATAAAATCATGCTTGGAAAACTTCTCCTCTGAGGGATGTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13769	CTTTACAAAATAAAATCATGCTTGGAAAACTTCTCCTCTGAGGGATGTCA	13818

BX322539.9	1651	AAGGCTGCACTGAATAAGCTGTAAGGTGGTGCTGAAATGAGTCATTTATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13819	AAGGCTGCACTGAATAAGCTGTAAGGTGGTGCTGAAATGAGTCATTTATT	13868

BX322539.9	1701	TGCCTGTGTAAGCTCAGGCAGGTGTTGGAATTGAGGAAGTATAGGTAATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13869	TGCCTGTGTAAGCTCAGGCAGGTGTTGGAATTGAGGAAGTATAGGTAATG	13918

BX322539.9	1751	AAAAAAGTAACCATGTCCTCGGGACATAGCGACTGGTGATGACCACACAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13919	AAAAAAGTAACCATGTCCTCGGGACATAGCGACTGGTGATGACCACACAA	13968

BX322539.9	1801	TCAACACAATAAACTCTAGCATTCACATTGTAGTCCAGCTCATTCAAGCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	13969	TCAACACAATAAACTCTAGCATTCACATTGTAGTCCAGCTCATTCAAGCA	14018

BX322539.9	1851	AAGCTATCTCCAATAGGGAGTTTACCCTGTACAGAACACGTGCATTTCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	14019	AAGCTATCTCCAATAGGGAGTTTACCCTGTACAGAACACGTGCATTTCCA	14068

BX322539.9	1901	CCTGTTCTCAGACTGACCCTTTGCTCATCACAATAGTGAAAAAAAACACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	14069	CCTGTTCTCAGACTGACCCTTTGCTCATCACAATAGTGAAAAAAAACACA	14118

BX322539.9	1951	GCCCTGGGTGGAGATTTAAGATGCTAATGAGTCATGAGACGTATGAACAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL845458.9	14119	GCCCTGGGTGGAGATTTAAGATGCTAATGAGTCATGAGACGTATGAACAA	14168

Overview

Query
BX322539.9 - 69495 bps
Hit
AL845458.9 - 14168 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link