<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL773559.16	30571	AAGCTTAAGTTTCCTTGACCACTCTGCTTCCAGATTTACTTTTTCCTACG	30620
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1	AAGCTTAAGTTTCCTTGACCACTCTGCTTCCAGATTTACTTTTTCCTACG	50

AL773559.16	30621	AATGAGCCATTGTTATCACTTTGATGTGTATCTTTCAGATCTTTCTTATC	30670
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	51	AATGAGCCATTGTTATCACTTTGATGTGTATCTTTCAGATCTTTCTTATC	100

AL773559.16	30671	TGCTTAGGGGTACATGTACTCATAGAAATGTATAGTTTTCCTTTTTTTTT	30720
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	101	TGCTTAGGGGTACATGTACTCATAGAAATGTATAGTTTTCCTTTTTTTTT	150

AL773559.16	30721	TTTCTGTCTTTTTGCCTTTTCTTGAGCCACTCCCACGGCATATGGAGGTT	30770
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	151	TTTCTGTCTTTTTGCCTTTTCTTGAGCCACTCCCACGGCATATGGAGGTT	200

AL773559.16	30771	CCCAAGCTAGGGGTTGAATCGGAGCTGTAGCCTCCCACCTATGCCAGAGC	30820
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	201	CCCAAGCTAGGGGTTGAATCGGAGCTGTAGCCTCCCACCTATGCCAGAGC	250

AL773559.16	30821	CACAGGAACGCGAGATCCGAGCCGCATCAGCGGCCTATACCACAGCTCAC	30870
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	251	CACAGGAACGCGAGATCCGAGCCGCATCAGCGGCCTATACCACAGCTCAC	300

AL773559.16	30871	GGCAACACCGGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGCCGGGGATCAAACCTGC	30920
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	301	GGCAACACCGGATCCTTAACCCACTGAGCAAGGCCGGGGATCAAACCTGC	350

AL773559.16	30921	AACCTCATGGTTCCCAGTTGGATTCGTTAGCCACTGCGCCACGACGGGAA	30970
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	351	AACCTCATGGTTCCCAGTTGGATTCGTTAGCCACTGCGCCACGACGGGAA	400

AL773559.16	30971	CTCCAGAAATGCATAGTTTTCCTTTTGTGTGGGTTTTTTTCTCTGTTTTT	31020
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	401	CTCCAGAAATGCATAGTTTTCCTTTTGTGTGGGTTTTTTTCTCTGTTTTT	450

AL773559.16	31021	TAACATAAAGAGCTCATACCAAACTTGTTCTTCTACAACTTTCTTCTTAT	31070
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	451	TAACATAAAGAGCTCATACCAAACTTGTTCTTCTACAACTTTCTTCTTAT	500

AL773559.16	31071	TTTTAACAGTTTATCTTAGAGGTTTTTCCGGTCCATACACATATATTTTT	31120
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	501	TTTTAACAGTTTATCTTAGAGGTTTTTCCGGTCCATACACATATATTTTT	550

AL773559.16	31121	TTTTCTTTTTTTTTGGCCACCTCATGAGGCATATGGAATTCCTGGGCCAG	31170
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	551	TTTTCTTTTTTTTTGGCCACCTCATGAGGCATATGGAATTCCTGGGCCAG	600

AL773559.16	31171	GAATCAGATCCAAGCCACAACTGTAGCAATGCCAGATCCTTAACCCACTG	31220
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	601	GAATCAGATCCAAGCCACAACTGTAGCAATGCCAGATCCTTAACCCACTG	650

AL773559.16	31221	CCTGGGGCCAGTGATCAAACCTGCTTCCCAGCACTCCAGAGATGTGGCCA	31270
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	651	CCTGGGGCCAGTGATCAAACCTGCTTCCCAGCACTCCAGAGATGTGGCCA	700

AL773559.16	31271	ATCCTGGTGTGCCACAATAGGAACTCCTTCTTGTCCTTATACATAGACTG	31320
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	701	ATCCTGGTGTGCCACAATAGGAACTCCTTCTTGTCCTTATACATAGACTG	750

AL773559.16	31321	ACTTCATTCTCCTTCATTGCTCCTTAGTATTTATAGTGTGGCTGTACCAT	31370
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	751	ACTTCATTCTCCTTCATTGCTCCTTAGTATTTATAGTGTGGCTGTACCAT	800

AL773559.16	31371	CATGGTGTCATTTTTTTTTTTCCTTTTGGCTGCACCCATGGCATATGGAA	31420
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	801	CATGGTGTCATTTTTTTTTTTCCTTTTGGCTGCACCCATGGCATATGGAA	850

AL773559.16	31421	GTTCCTGAGTCAGGGATTGAACCCATGCCACAGCAGTGACCCAAACCACT	31470
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	851	GTTCCTGAGTCAGGGATTGAACCCATGCCACAGCAGTGACCCAAACCACT	900

AL773559.16	31471	GCAGTGACAACACTGGATCCTTAACCTACTGAGTAACTAGGAAGCACCGT	31520
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	901	GCAGTGACAACACTGGATCCTTAACCTACTGAGTAACTAGGAAGCACCGT	950

AL773559.16	31521	AAAAAGTATTTTAAAACAACTTTTTGTGTTTCTAGTCTAGGGTTTACTTC	31570
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	951	AAAAAGTATTTTAAAACAACTTTTTGTGTTTCTAGTCTAGGGTTTACTTC	1000

AL773559.16	31571	CATTTTAAATTTTGAGAAGTTTTTCTAGTGTTCTACTTAATTAATTTGGT	31620
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1001	CATTTTAAATTTTGAGAAGTTTTTCTAGTGTTCTACTTAATTAATTTGGT	1050

AL773559.16	31621	CAAAAAAACTTACAGGAATTTCCTGTAGTGGCGCAGCAAAAGCGAATCCA	31670
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1051	CAAAAAAACTTACAGGAATTTCCTGTAGTGGCGCAGCAAAAGCGAATCCA	1100

AL773559.16	31671	ACTAGGAACCATGAGGTTGTGGGTTCGATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGT	31720
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1101	ACTAGGAACCATGAGGTTGTGGGTTCGATCCCTGGCCTTGCTCAGTGGGT	1150

AL773559.16	31721	TAAGGATCTGGCATTGCTGTGAGCTGTGGTGTAGATCACAGACGTGACTC	31770
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1151	TAAGGATCTGGCATTGCTGTGAGCTGTGGTGTAGATCACAGACGTGACTC	1200

AL773559.16	31771	AGATCTGTCGTCAGTGTGGCTGTGGCGTAGGCTGGCAGCTGTGGCTCCGA	31820
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1201	AGATCTGTCGTCAGTGTGGCTGTGGCGTAGGCTGGCAGCTGTGGCTCCGA	1250

AL773559.16	31821	TTAGACCCCTAGCCTGGGACCCTCTGTATGACGAGGGTACGGCCCTAAAT	31870
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1251	TTAGACCCCTAGCCTGGGACCCTCTGTATGACGAGGGTACGGCCCTAAAT	1300

AL773559.16	31871	GTATATATATATATTTACAGGACATAACTGTGCCAGCTCTGCTCTGGGCA	31920
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1301	GTATATATATATATTTACAGGACATAACTGTGCCAGCTCTGCTCTGGGCA	1350

AL773559.16	31921	CTGGGGATACAACATCAGATTTAGCATTTTGTGAGAAACTGAGAAGTGGA	31970
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1351	CTGGGGATACAACATCAGATTTAGCATTTTGTGAGAAACTGAGAAGTGGA	1400

AL773559.16	31971	AAACTGAGTTGTGTTAAATACTCATAAGGGCCAAATTATTTGCATGAGAA	32020
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1401	AAACTGAGTTGTGTTAAATACTCATAAGGGCCAAATTATTTGCATGAGAA	1450

AL773559.16	32021	AAGAATTGACACTTCGTATGGAACACTTAAGGTAGCAACATTTTTTCTTC	32070
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1451	AAGAATTGACACTTCGTATGGAACACTTAAGGTAGCAACATTTTTTCTTC	1500

AL773559.16	32071	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTTTTAGGGCCACATCCACAGC	32120
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1501	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCTTTTTAGGGCCACATCCACAGC	1550

AL773559.16	32121	ATATGGAAGTTTCCAGGCTAGGGGCTCTAATCGGAGCTATAACTGCCAGC	32170
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1551	ATATGGAAGTTTCCAGGCTAGGGGCTCTAATCGGAGCTATAACTGCCAGC	1600

AL773559.16	32171	CTACGCCAGAGCCACAGCAACACAGGATCCCAGCCATGTCCGCAGCCTAC	32220
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1601	CTACGCCAGAGCCACAGCAACACAGGATCCCAGCCATGTCCGCAGCCTAC	1650

AL773559.16	32221	ACCACAGCTCATGGCAACGCCAGATCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCAGG	32270
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1651	ACCACAGCTCATGGCAACGCCAGATCCTTAACCCACTGAGCGAGGCCAGG	1700

AL773559.16	32271	GATCAAATCTGCAACCTTATGGTTCCTAGTCGGATTTGTTTCTGCTGTAC	32320
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1701	GATCAAATCTGCAACCTTATGGTTCCTAGTCGGATTTGTTTCTGCTGTAC	1750

AL773559.16	32321	CACTACAGGAATTCCTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGTTTTTGTTTT	32370
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1751	CACTACAGGAATTCCTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTGTTTTTGTTTT	1800

AL773559.16	32371	TTTGACTTTTCTAGGGCTGCTCCCACTGCACATGGAGGTTCCCAGGCTAG	32420
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1801	TTTGACTTTTCTAGGGCTGCTCCCACTGCACATGGAGGTTCCCAGGCTAG	1850

AL773559.16	32421	GGATCTAATTAGAGCTGTTGCTGCTGGCCTACGCCAGAGCCACAGCAATG	32470
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1851	GGATCTAATTAGAGCTGTTGCTGCTGGCCTACGCCAGAGCCACAGCAATG	1900

AL773559.16	32471	CAGAATCTGAGCCTCGTCTGTGACCCACACCAGAGCTCACAGCAACGCCG	32520
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1901	CAGAATCTGAGCCTCGTCTGTGACCCACACCAGAGCTCACAGCAACGCCG	1950

AL773559.16	32521	GATCCCTAACCCACCGAGCAAGGCCAGGGATCAAACCTGCAACCCTATGG	32570
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773591.7	1951	GATCCCTAACCCACCGAGCAAGGCCAGGGATCAAACCTGCAACCCTATGG	2000

Overview

Query
AL773559.16 - 32570 bps
Hit
AL773591.7 - 118404 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001985200030571325701120001
292.251972582805328310118474187311
391.51772481876019007123726239721
493.012423162382324138-123729240431
590.511922761875819033129087293601
690.841932722386724138-129092293641
787.081662712804028310-129568298381
886.711662852385324137-130721310061
986.521552701876419033132423326891
1087.461712792385924137-132423327011
1186.031562732386524137-136188364591
1290.291602342389524128139823400591
1388.971792732386524137143887441581
1489.711862722803928310143887441581
1587.021562661876419029144229444901
1689.191722612387724137-144229444871
1787.791642632804828310-144229444901
1890.561842651876419028161530617941
1994.292302802385824137-161530618091
2087.691662692804228310168017682841
2188.611592471876419010-173978742231
2292.181842432389524137173981742231
2387.371692762385924134-195401956771
2489.921622372390124137-11070611072981
Short-link