<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL773560.9	105414	AAGCTTGCTTAGTCCTGACCTGAAATCCTCCTTTTCCAGCCCTCCTCTTT	105463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1	AAGCTTGCTTAGTCCTGACCTGAAATCCTCCTTTTCCAGCCCTCCTCTTT	50

AL773560.9	105464	AAAAAGGGAACTTCCCCACCCTCTCTCAGGTCTGCATGGAGCCCAGAGGG	105513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	51	AAAAAGGGAACTTCCCCACCCTCTCTCAGGTCTGCATGGAGCCCAGAGGG	100

AL773560.9	105514	ACCAAGAGAGGAGCTGCAAAGATAAGAGTAGCTGAGCCCTGCAACAAACT	105563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	101	ACCAAGAGAGGAGCTGCAAAGATAAGAGTAGCTGAGCCCTGCAACAAACT	150

AL773560.9	105564	CCCTCGCCCAGCACCCTCACTGCCCACAGACCCTGCCCTCTACTCTGGGC	105613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	151	CCCTCGCCCAGCACCCTCACTGCCCACAGACCCTGCCCTCTACTCTGGGC	200

AL773560.9	105614	CCTTTCCTTTCTACCGGCGCCCTTCTGAACTGGGCTGCTTCTCCCTGGAT	105663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	201	CCTTTCCTTTCTACCGGCGCCCTTCTGAACTGGGCTGCTTCTCCCTGGAT	250

AL773560.9	105664	ACACAACGCCAGTACCATGGAGATGCTCGAGCCTTGCGCTACTACAGTCC	105713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	251	ACACAACGCCAGTACCATGGAGATGCTCGAGCCTTGCGCTACTACAGTCC	300

AL773560.9	105714	ACCTCCCACCAACGGTCAGAGCCCCAACTTTGACCTCAGAGATGGATACC	105763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	301	ACCTCCCACCAACGGTCAGAGCCCCAACTTTGACCTCAGAGATGGATACC	350

AL773560.9	105764	CTGATCGATACCAGACCCGGGATGAAGAGGTCCAAGAGAGACTGGACCAC	105813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	351	CTGATCGATACCAGACCCGGGATGAAGAGGTCCAAGAGAGACTGGACCAC	400

AL773560.9	105814	CTGCTGCGCTGGCTCCTGGAGCACCGAGGCCAGCTGGAGGGGTGAGCAAA	105863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	401	CTGCTGCGCTGGCTCCTGGAGCACCGAGGCCAGCTGGAGGGGTGAGCAAA	450

AL773560.9	105864	GCATGGCACACAAGTAGCTCTAGAGACCTGCACCTGCCCTCTGAAATTGG	105913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	451	GCATGGCACACAAGTAGCTCTAGAGACCTGCACCTGCCCTCTGAAATTGG	500

AL773560.9	105914	GAGAGCCCAAGCTGGAGAGAGGCCAGTCCTTAAGCTATTCTTTGCGGGCA	105963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	501	GAGAGCCCAAGCTGGAGAGAGGCCAGTCCTTAAGCTATTCTTTGCGGGCA	550

AL773560.9	105964	CCATAGCGCGAATGCTTGCGTCAGATCTTCAGCCCCTAATCCCTCCCTCT	106013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	551	CCATAGCGCGAATGCTTGCGTCAGATCTTCAGCCCCTAATCCCTCCCTCT	600

AL773560.9	106014	CAGGGGTCCCAGCTGGCTGGCAGGGGCCACAGTGACGTGGCGGGGGCACC	106063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	601	CAGGGGTCCCAGCTGGCTGGCAGGGGCCACAGTGACGTGGCGGGGGCACC	650

AL773560.9	106064	TGACAAAGTTACTGACGACACCATATGAGCGGCAGGAAGGCTGGCAGCTG	106113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	651	TGACAAAGTTACTGACGACACCATATGAGCGGCAGGAAGGCTGGCAGCTG	700

AL773560.9	106114	GCAGCCTCCCGGTTCCAGGGGACGCTGTACCTGAGTGAAGTAGAGACACC	106163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	701	GCAGCCTCCCGGTTCCAGGGGACGCTGTACCTGAGTGAAGTAGAGACACC	750

AL773560.9	106164	AGCTGCCCGGGTTCAGAGGCTTAACCGGCCACCCCTCCTCCGGGAGCTTA	106213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	751	AGCTGCCCGGGTTCAGAGGCTTAACCGGCCACCCCTCCTCCGGGAGCTTA	800

AL773560.9	106214	TGTACATGGGGTACAAGTTCGAGCAGTACATGTGTGCAGGTGAGAGTTGC	106263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	801	TGTACATGGGGTACAAGTTCGAGCAGTACATGTGTGCAGGTGAGAGTTGC	850

AL773560.9	106264	CCTGGTGCCGTAGCCCCCTCCCCCTTCCCCAGAGATTGAGAGCCCCCAGC	106313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	851	CCTGGTGCCGTAGCCCCCTCCCCCTTCCCCAGAGATTGAGAGCCCCCAGC	900

AL773560.9	106314	CCTGCTGCTGTTTCTCTCCTTGTGCAGACAAACCTGGAGGCTCCCCAGAT	106363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	901	CCTGCTGCTGTTTCTCTCCTTGTGCAGACAAACCTGGAGGCTCCCCAGAT	950

AL773560.9	106364	CCTTCTGGGGAGGTTAACACCAACGTGGCCTTCTGCTCTGTGCTACGCAG	106413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	951	CCTTCTGGGGAGGTTAACACCAACGTGGCCTTCTGCTCTGTGCTACGCAG	1000

AL773560.9	106414	CCGCCTGGGAAACCACCCTCTGCTCTTCTCCGGAGAGGTAGATTGCACAG	106463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1001	CCGCCTGGGAAACCACCCTCTGCTCTTCTCCGGAGAGGTAGATTGCACAG	1050

AL773560.9	106464	ACCCCCAGGCTCCATCCACACAGCCCCCAGCCTGCTATGTGGAGCTCAAG	106513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1051	ACCCCCAGGCTCCATCCACACAGCCCCCAGCCTGCTATGTGGAGCTCAAG	1100

AL773560.9	106514	ACCTCCAAGGAGATGCACAGCCCTGGCCAATGGAAGAGCTTCTACAGGTT	106563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1101	ACCTCCAAGGAGATGCACAGCCCTGGCCAATGGAAGAGCTTCTACAGGTT	1150

AL773560.9	106564	CAGGATGGGGGCGGGCAGGACAAGAACCTAGAATTGACCTCTAGCAAAGG	106613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1151	CAGGATGGGGGCGGGCAGGACAAGAACCTAGAATTGACCTCTAGCAAAGG	1200

AL773560.9	106614	GACTTGGGCGAAGAGGATGAGGCTGGAGGAGGGGGTCTCACTGGCCCCCT	106663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1201	GACTTGGGCGAAGAGGATGAGGCTGGAGGAGGGGGTCTCACTGGCCCCCT	1250

AL773560.9	106664	GCCTTTCCTGACAGACACAAGCTCCTGAAATGGTGGGCTCAGTCGTTCCT	106713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1251	GCCTTTCCTGACAGACACAAGCTCCTGAAATGGTGGGCTCAGTCGTTCCT	1300

AL773560.9	106714	CCTGGGGGTCCCAAATGTCGTTGCTGGCTTCCGTACCCCAGAGGGTTTCA	106763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1301	CCTGGGGGTCCCAAATGTCGTTGCTGGCTTCCGTACCCCAGAGGGTTTCA	1350

AL773560.9	106764	TCTGCTCCCTCAAGACCTTTCCTACCATGGAGATGTTTGAACACGTCAGG	106813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1351	TCTGCTCCCTCAAGACCTTTCCTACCATGGAGATGTTTGAACACGTCAGG	1400

AL773560.9	106814	GTAAGGCAATGCCGTCCCAGCTCCCGCCCGTATGCCCCTGTGCCAAGACC	106863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1401	GTAAGGCAATGCCGTCCCAGCTCCCGCCCGTATGCCCCTGTGCCAAGACC	1450

AL773560.9	106864	ACAGGGCCAGCTGTCAGGCTGCAGCCTGCCTTCCCCTTTCCCCACCCTCG	106913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1451	ACAGGGCCAGCTGTCAGGCTGCAGCCTGCCTTCCCCTTTCCCCACCCTCG	1500

AL773560.9	106914	CCCTCACTGCCAGTCTTCTGCCTCCTCCTGGGCCCTCTCCAGAATGACCG	106963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1501	CCCTCACTGCCAGTCTTCTGCCTCCTCCTGGGCCCTCTCCAGAATGACCG	1550

AL773560.9	106964	TGATGGCTGGAACCCCTCCGTGTGCATGAACTTCTGTGCCGCCTTCCTTA	107013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1551	TGATGGCTGGAACCCCTCCGTGTGCATGAACTTCTGTGCCGCCTTCCTTA	1600

AL773560.9	107014	GCTTTGCCCAGAACACAGTTGTCCAGGATGACCCCAGGTGAGGCATTCAG	107063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1601	GCTTTGCCCAGAACACAGTTGTCCAGGATGACCCCAGGTGAGGCATTCAG	1650

AL773560.9	107064	CTCCACCCCATCCCCCTGGATCCTGGATGTTCAGCCTCCGGGCCCTCAAC	107113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1651	CTCCACCCCATCCCCCTGGATCCTGGATGTTCAGCCTCCGGGCCCTCAAC	1700

AL773560.9	107114	TTGTGACTCCATCTGCCCCCCCCCAGGCTCGTCTACCTCTTCTCCTGGGA	107163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1701	TTGTGACTCCATCTGCCCCCCCCCAGGCTCGTCTACCTCTTCTCCTGGGA	1750

AL773560.9	107164	ACCTGGCGGCCCAGTCACAGTGTCTGAACATCGAGATGCACCCCATGCCT	107213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1751	ACCTGGCGGCCCAGTCACAGTGTCTGAACATCGAGATGCACCCCATGCCT	1800

AL773560.9	107214	TCCTGCCTACATGGTACGTGGAGGCCATGACCCAGGACCTCCCCCCTCCC	107263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1801	TCCTGCCTACATGGTACGTGGAGGCCATGACCCAGGACCTCCCCCCTCCC	1850

AL773560.9	107264	CCCAAGACACCCTCCCCCAAGGACTGATGCTTCACAGGGGCTGGTCCTGT	107313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1851	CCCAAGACACCCTCCCCCAAGGACTGATGCTTCACAGGGGCTGGTCCTGT	1900

AL773560.9	107314	TTCTGTGCACAGATAAAGGCCTGTTTCTAGGTGGTTCTCCCTGCTCTGTC	107363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1901	TTCTGTGCACAGATAAAGGCCTGTTTCTAGGTGGTTCTCCCTGCTCTGTC	1950

AL773560.9	107364	TTTTCAGCTGAGTCATCCCCACCCAATGCCTGAGGTTCACGCCAGTGGTT	107413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL773527.8	1951	TTTTCAGCTGAGTCATCCCCACCCAATGCCTGAGGTTCACGCCAGTGGTT	2000

Overview

Query
AL773560.9 - 107413 bps
Hit
AL773527.8 - 137286 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196620001054141074131120001
294.592412942261722910114000142951
393.572222842262122904129801300801
490.331892696125261520-130333306011
589.491742576125261508-131691319471
688.521762706125161520134478347471
789.221772702261922888-134481347491
894.462312852262022904-143466437541
989.31602442125421497-143512437541
1089.191772686125361520-147451477181
1187.641632682262122888147451477171
1287.921852976122261518-153461537581
1386.721622712125521525-156097563671
1490.641902682262122888-156101563671
1589.181802682262122888-162260625271
1692.151812432262122863-171912721531
1791.711602182262122838198609988251
1886.96164275612486152211047101049851
1987.691652682262122888-11047161049831
2088.77167262101908102169-11047181049841
2191.64204276226212289611075531078271
2289.431772692262022888-11111801114441
2387.68177290612316152011156381159291
2493.792312922262022911-11156411159301
2591.44210290226212291011172441175351
Short-link