<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2002 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

AL732421.9	1	GATCGTTTTAACCAAACTAACTACAAACTTTCAACCAAAAACTAAAATGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78183	GATCGTTTTAACCAAACTAACTACAAACTTTCAACCAAAAACTAAAATGT	78232

AL732421.9	51	ATTAGTGTGAACGCCACGGGGCCTAAAACGCTCCTTTTTCAGCACGTGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78233	ATTAGTGTGAACGCCACGGGGCCTAAAACGCTCCTTTTTCAGCACGTGAA	78282

AL732421.9	101	AACTCCAGCATAGAGTGGAGGGATAGCGTAACCGTAGCAAAACTTGCATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78283	AACTCCAGCATAGAGTGGAGGGATAGCGTAACCGTAGCAAAACTTGCATT	78332

AL732421.9	151	ATAAAACTATAACGTATTAGTGTATTCGGGGCCTCAGATAGTTTTAGTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78333	ATAAAACTATAACGTATTAGTGTATTCGGGGCCTCAGATAGTTTTAGTTT	78382

AL732421.9	201	CCAGTTGTGGAAATTATTACATTTTAAAACATCATCCATTTGACTGGGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78383	CCAGTTGTGGAAATTATTACATTTTAAAACATCATCCATTTGACTGGGAG	78432

AL732421.9	251	TTTTGGAACCATTCCTTTTCAGAGTTTCAGCTATTTTTTTTATAGCCACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78433	TTTTGGAACCATTCCTTTTCAGAGTTTCAGCTATTTTTTTTATAGCCACT	78482

AL732421.9	301	CAAATATTTATCATAGTCCCATTTTTTGAGGCTAAACCTTAGGCCAGAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78483	CAAATATTTATCATAGTCCCATTTTTTGAGGCTAAACCTTAGGCCAGAAA	78532

AL732421.9	351	TCACAGCTTTGATCTGTGGTCTTATAGGTTGTGATGTTTCAAATGTATGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78533	TCACAGCTTTGATCTGTGGTCTTATAGGTTGTGATGTTTCAAATGTATGT	78582

AL732421.9	401	ACCTTTATACATGAGATCATTGGCTGATCAAATTCCTGTTTCTATTCACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78583	ACCTTTATACATGAGATCATTGGCTGATCAAATTCCTGTTTCTATTCACA	78632

AL732421.9	451	TGTATTAACCCTAGAAAGCCCACTGTTGCAGAATTACAACATCACTTTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78633	TGTATTAACCCTAGAAAGCCCACTGTTGCAGAATTACAACATCACTTTAA	78682

AL732421.9	501	ACAATTCCAAACAAATGCAAGCATTTTTTTTAACATGATTAATGTGGCTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78683	ACAATTCCAAACAAATGCAAGCATTTTTTTTAACATGATTAATGTGGCTT	78732

AL732421.9	551	ATTCTATGTCCTCACAGTGACAGGCCCAGACGACAGGCCGGCCGGAATGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78733	ATTCTATGTCCTCACAGTGACAGGCCCAGACGACAGGCCGGCCGGAATGT	78782

AL732421.9	601	GTAAAAAAAAGTCATTATCATATGGACAAGTCTAAAATGGCTTGTTATAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78783	GTAAAAAAAAGTCATTATCATATGGACAAGTCTAAAATGGCTTGTTATAA	78832

AL732421.9	651	AGAGCCGACCCCGCAACCATACGGGACTAAGGCCAAAGAAAAGGAAGAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78833	AGAGCCGACCCCGCAACCATACGGGACTAAGGCCAAAGAAAAGGAAGAAG	78882

AL732421.9	701	ATTGTTTGTCCTCACAATGAAATTGGTTAGAAAGAGTGTTTACAGGTCTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78883	ATTGTTTGTCCTCACAATGAAATTGGTTAGAAAGAGTGTTTACAGGTCTG	78932

AL732421.9	751	GTAATCCTGCCACAAACTTACTTCACCTCCAATTTTTGCACAGAGCTGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78933	GTAATCCTGCCACAAACTTACTTCACCTCCAATTTTTGCACAGAGCTGAT	78982

AL732421.9	801	CTCCTTTTGTTGCACATCAGGATTTGTCAAGATTTAAGTAAGTAAAATTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	78983	CTCCTTTTGTTGCACATCAGGATTTGTCAAGATTTAAGTAAGTAAAATTC	79032

AL732421.9	851	TTTACATTTTGTGTGTGTTTATTACAATGTTTCGAACATGGTATTGGTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79033	TTTACATTTTGTGTGTGTTTATTACAATGTTTCGAACATGGTATTGGTAA	79082

AL732421.9	901	ATTGGGTAAGCTAAAACTGTCTGTAGTGTTTGTGAATGAGTGTGTATGGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79083	ATTGGGTAAGCTAAAACTGTCTGTAGTGTTTGTGAATGAGTGTGTATGGA	79132

AL732421.9	951	TTTTTTTTTCAGTAATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGCGTAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79133	TTTTTTTTTCAGTAATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCTGCTGCGTAAAA	79182

AL732421.9	1001	CATTTACTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCTGCTGTGGCGACCCCAGATTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79183	CATTTACTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCTGCTGTGGCGACCCCAGATTA	79232

AL732421.9	1051	ATAAAGAGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGTAATTCTGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79233	ATAAAGAGACTAAGCTGAAAAGAAAATGAATGAATGAATGTAATTCTGCA	79282

AL732421.9	1101	ACGTTGGGTCAGAGTGGTAGCCTGCTGCATTGTTCAGGAACCGTGTGAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79283	ACGTTGGGTCAGAGTGGTAGCCTGCTGCATTGTTCAGGAACCGTGTGAAT	79332

AL732421.9	1151	AGTCTTGAATGTAAACCTGTTAGTGCTCTGGGGATATGCATGTGTCCCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79333	AGTCTTGAATGTAAACCTGTTAGTGCTCTGGGGATATGCATGTGTCCCTT	79382

AL732421.9	1201	TTAATATGATAAGTAGAGACCATAATAGGCCATTTAGACAGTATTGTTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79383	TTAATATGATAAGTAGAGACCATAATAGGCCATTTAGACAGTATTGTTTG	79432

AL732421.9	1251	AATGTAGTGGAATTTTGATCAGCATTTGTATTGAAATTATCTGCTAAATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79433	AATGTAGTGGAATTTTGATCAGCATTTGTATTGAAATTATCTGCTAAATG	79482

AL732421.9	1301	TAAATCTACTACAATACAAATAGGCTATTATGTGTTATTCACATATTTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79483	TAAATCTACTACAATACAAATAGGCTATTATGTGTTATTCACATATTTAA	79532

AL732421.9	1351	TAAAACTTTCCCAAACTCTTTCAGTTTCAGAATGCCATCGGTGCAGAAAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79533	TAAAACTTTCCCAAACTCTTTCAGTTTCAGAATGCCATCGGTGCAGAAAG	79582

AL732421.9	1401	GCCATCTATGCAGTGTGCAGGATGTGATTTCTACAGTTCAAAATGGACAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79583	GCCATCTATGCAGTGTGCAGGATGTGATTTCTACAGTTCAAAATGGACAA	79632

AL732421.9	1451	AGGGATTTTGAAATGGATGAAAGCGACTCGGAGAAAAAAGATGCAGGTGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79633	AGGGATTTTGAAATGGATGAAAGCGACTCGGAGAAAAAAGATGCAGGTGA	79682

AL732421.9	1501	AATAAACATATAAAACCACCAACCCATTGACTGCTCTGCCAATGATAATA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79683	AATAAACATATAAAACCACCAACCCATTGACTGCTCTGCCAATGATAATA	79732

AL732421.9	1551	TGGACATCAAGCCCCAACCAAATAAACACACCATGCCACATGAAATGTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79733	TGGACATCAAGCCCCAACCAAATAAACACACCATGCCACATGAAATGTTT	79782

AL732421.9	1601	TGCTGGTTGAAAAGAAGTTTTTCAGTCTCAATACTCATTTTTCTTGTGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79783	TGCTGGTTGAAAAGAAGTTTTTCAGTCTCAATACTCATTTTTCTTGTGCA	79832

AL732421.9	1651	GAAATCGCCAATGTTGCCACCTCCCTCACCCCACTGGAGTATTACCAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79833	GAAATCGCCAATGTTGCCACCTCCCTCACCCCACTGGAGTATTACCAAAA	79882

AL732421.9	1701	TGTAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
AL772356.2	79883	TGTAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAA---A	79929

AL732421.9	1751	TCTTTAATTCCTACATCAGAGGCCTCCTAAAACAATATCTAAGAGGTAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79930	TCTTTAATTCCTACATCAGAGGCCTCCTAAAACAATATCTAAGAGGTAAA	79979

AL732421.9	1801	TTTTTTTT-CTTACAGCGATAAAATGTAAAATATAAGTTGAAATATACAT	1849
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79980	TTTTTTTTTCTTACAGCGATAAAATGTAAAATATAAGTTGAAATATACAT	80029

AL732421.9	1850	AGAAAATAATTTGCTCATATCATTTTACAGGCCTATATTTGAGGCACACA	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	80030	AGAAAATAATTTGCTCATATCATTTTACAGGCCTATATTTGAGGCACACA	80079

AL732421.9	1900	TACAGCATATTTAGCAAATATATTCGTTTACTCTGCTATTGTGCAGAAAG	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	80080	TACAGCATATTTAGCAAATATATTCGTTTACTCTGCTATTGTGCAGAAAG	80129

AL732421.9	1950	GTTTTAGACAAAACATTAAAAAATAAGTTAACTATGCTCATATTTAACAA	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	80130	GTTTTAGACAAAACATTAAAAAATAAGTTAACTATGCTCATATTTAACAA	80179

AL732421.9	2000	AAG	2002
			|||
AL772356.2	80180	AAG	80182

Compact alignment

skip 1700 bps 100% identity alignment

AL732421.9	1701	TGTAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
AL772356.2	79883	TGTAAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAA---A	79929

skip 50 bps 100% identity alignment

AL732421.9	1801	TTTTTTTT-CTTACAGCGATAAAATGTAAAATATAAGTTGAAATATACAT	1849
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772356.2	79980	TTTTTTTTTCTTACAGCGATAAAATGTAAAATATAAGTTGAAATATACAT	80029

skip 153 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL732421.9 - 90803 bps
Hit
AL772356.2 - 80182 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2002 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.81921200212002178183801821
2100931247745477577-1252626491
31008811974894750121252626441
4100377631243199-125910259851
510037763854338618-125911259861
610036746928069353-125913259861
710036753854338617125913259871
810036746928069353125913259861
9100367431243197125914259871
1098.8437853853238616130048301331
11100367431243197-130057301301
1298.8442863853238617-130057301421
13100367331243196130059301311
1410038786927969356130059301361
1510038786927969356-130061301381
1696.9233653855538619-150417504811
1781.741163952130921703175616759931
1887.63901837465274834-175630758151
1998.26158174412585176099762711
2087.931422415097351213-177824780551
Short-link