<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 350 bps

Full alignment

AL773545.13	1	GAATTCTTTTATCAAGTCCTGAGGAATGAGGGCTTCCAGGTGCCGTATTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	103779	GAATTCTTTTATCAAGTCCTGAGGAATGAGGGCTTCCAGGTGCCGTATTT	103828

AL773545.13	51	CCAGGTGCTTATCAGAATTTTTCTTTGCTGATAAGAACAATTGTTGCAGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	103829	CCAGGTGCTTATCAGAATTTTTCTTTGCTGATAAGAACAATTGTTGCAGC	103878

AL773545.13	101	ATGCTTTGCTAATCATATACAGAAAGACAAGAAATTTATATTCTAATAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	103879	ATGCTTTGCTAATCATATACAGAAAGACAAGAAATTTATATTCTAATAAT	103928

AL773545.13	151	AGAACACAAGTCCATCTCTTGCATCTGATTTAGCCAGATTAAGTCACCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	103929	AGAACACAAGTCCATCTCTTGCATCTGATTTAGCCAGATTAAGTCACCTT	103978

AL773545.13	201	TCCACCAATATCAATCTGGAAGTGATATCATGAACTAAATGGTGTCAACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	103979	TCCACCAATATCAATCTGGAAGTGATATCATGAACTAAATGGTGTCAACC	104028

AL773545.13	251	TGGGGTTTGTATTATATCTCGACAAAGGAAAAGAAGTTGCCATCATTGGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104029	TGGGGTTTGTATTATATCTCGACAAAGGAAAAGAAGTTGCCATCATTGGC	104078

AL773545.13	301	AAGGTACATACAGGATACATCTCTGTTTCGGCAGATGGGATGAGATTTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104079	AAGGTACATACAGGATACATCTCTGTTTCGGCAGATGGGATGAGATTTCC	104128

AL773545.13	351	CTGATTCTCCTACACTGCAGAGGGTAGAGGGAGGTATTTATATAATACAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104129	CTGATTCTCCTACACTGCAGAGGGTAGAGGGAGGTATTTATATAATACAC	104178

AL773545.13	401	AGAATTTTAATTGAAGAAGCAAAGAGGAATGGATTAATGGGATTAATAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104179	AGAATTTTAATTGAAGAAGCAAAGAGGAATGGATTAATGGGATTAATAGT	104228

AL773545.13	451	GTTTATCCAATACAAGATAAAAAACAACATATTATTGTTTGTATCATGAT	500
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104229	GTTTATCCAATACAAGATGAAAAACAACATATTATTGTTTGTATCATGAT	104278

AL773545.13	501	GGTTCTAGAATAAAACACATCATTTCTCTAATTTTAGTTAGATCTTTGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104279	GGTTCTAGAATAAAACACATCATTTCTCTAATTTTAGTTAGATCTTTGCT	104328

AL773545.13	551	GAAAGAAAAAGATAAATAAAATACCCTACAGTTTATCCATATCCATGTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104329	GAAAGAAAAAGATAAATAAAATACCCTACAGTTTATCCATATCCATGTTC	104378

AL773545.13	601	CTCTACACTAAATATTCATCTTTGATTAGTTATTTTTAACTATATTTGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104379	CTCTACACTAAATATTCATCTTTGATTAGTTATTTTTAACTATATTTGAT	104428

AL773545.13	651	TTCTTTATAAATTACCTTTTGAAACTTTAAACACATAAAGACATTGTTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104429	TTCTTTATAAATTACCTTTTGAAACTTTAAACACATAAAGACATTGTTTC	104478

AL773545.13	701	CCCTTAAAAGATTTTTCTTTTCCTTTCTTTT----TTTTTAATCTAAAAC	746
			|||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||
AL772307.16	104479	CCCTTAAAAGATTTTTCTTTTCCTTTCTTTTGTTTTTTTTAATCTAAAAC	104528

AL773545.13	747	TTACTTTCAAAAACAATGACTTTCATAAACTTGCAACTTGTTAAATATAG	796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104529	TTACTTTCAAAAACAATGACTTTCATAAACTTGCAACTTGTTAAATATAG	104578

AL773545.13	797	TATTTTTATTAACATTCTAGTTTGTAACACAAGGCAAAACCTAAACACTT	846
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104579	TATTTTTATTAACATTCTAGTTTGTAACACAAGGCAAAACCTAAACACTT	104628

AL773545.13	847	ACCATTTATAAATAATGGGTAATACTGTTTCAACTTAACCTTGAGAATGT	896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104629	ACCATTTATAAATAATGGGTAATACTGTTTCAACTTAACCTTGAGAATGT	104678

AL773545.13	897	AGAAAAAAAATTGAGTCCAGTCTGATAGCAACCAAAAGATCTCAGAAACA	946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104679	AGAAAAAAAATTGAGTCCAGTCTGATAGCAACCAAAAGATCTCAGAAACA	104728

AL773545.13	947	GTAATCTTAGTGCTCGCCTGGCAGACACAATCTGCACAGAACTTAATCAA	996
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104729	GTAATCTTAGTGCTCGCCTGGCAGACACAATCTGCACAGAACTTAATCAA	104778

AL773545.13	997	AATAAGATTAAAAGTCCATAGCAATTTCCTTGAGTGGCCAGTCAGATATC	1046
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104779	AATAAGGTTAAAAGTCCATAGCAATTTCCTTGAGTGGCCAGTCAGATATC	104828

AL773545.13	1047	CCCCATTACAGTCACCAACCAGCCTGCCCCTGGGGCCTATTTCAGAAATA	1096
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104829	CCCCATTACAGTCACCAACCAGCCTGCCCCTGGGGCCTATTTCAGAAATA	104878

AL773545.13	1097	AATTGGTTTGCAGATGAGCTGATGCAGAAGAAGGAAAAAAAAATGTTTTC	1146
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104879	AATTGGTTTGTAGATGAGCTGATGCAGAAGAAGGAAAAAAAAATGTTTTC	104928

AL773545.13	1147	TTGAGACTGTACCTAAATCTTATCAAGTAATACAGGGAAGCTTCAAAGTC	1196
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104929	TTGAGACTGTACCTAAATCTTATCAAGTAATACAGGGAAGCTTCAAAGTC	104978

AL773545.13	1197	TTTTTATTCTGAAATGTTATTTTATTCTGCTTTATATCATCTTAAATTTA	1246
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104979	TTTTTATTCTGAAATGTTATTTTATTCTGCTTTATATCATCTTAAATTTA	105028

AL773545.13	1247	TTAGTATTATATTAAATATTAGTTTATGTAAGCTTATTATTTGACTCTGT	1296
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105029	TTAGTATTATATTAAATATTAGTTTATGTAAGCTTATTATTTGACTCTGT	105078

AL773545.13	1297	ATAGGATATAATAGATGGCATTGAATATTTAATAAGATAGCAACAGCAAT	1346
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105079	ATAGGATATAATAGATGGCATTGAATATTTAATAAGATAGCAACAGCAAT	105128

AL773545.13	1347	AACACCTGGGAAATTGTTCAGGGAAGGATTCTATTCAGTTATTAAAAGAT	1396
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105129	AACACCTGGGAAATTGTTCAGGGAAGGATTCTATTCAGTTATTAAAAGAT	105178

AL773545.13	1397	TTGCATACTTATTTCACTAATATTACTAGCAATCACAAGCATTGGGTAAT	1446
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105179	TTGCATACTTATTTCACTAATATTACTAGCAATCACAAGCATTGGGTAAT	105228

AL773545.13	1447	GCTAGACAAATCTGCAAGAGGTACCGTTATTCCAGCACCTTAAAAACATT	1496
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105229	GCTAGACAAATCTGCAAGAGGTACCGTTATTCCAGCACCTTAAAAACATT	105278

AL773545.13	1497	TTTCAATCTGAAAGATACTTCTAGATGTTTTTTTCCATAACAGAGCAGAT	1546
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105279	TTTCAATCTGAAAGATACTTCTAGATGTTTTTTTCCATAACAGAGCAGAT	105328

AL773545.13	1547	GATTTCTAAGTGTTTATATCACTGAAACTTCACAGTATTAGTGGAATATG	1596
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105329	GATTTCTAAGTGTTTGTATCACTGAAACTTCACAGTATTAGTGGAATATG	105378

AL773545.13	1597	TTATCCTTTATACCAAAAGTAATCAGATTATTTTATAAAGCAATTATCAA	1646
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105379	TTATCCTTTATACCAAAAGTAATCAGATTATTTTATAAAGCAATTATCAA	105428

AL773545.13	1647	TTAAAAGTAGATTACTAAGAACATACTGTATAAAATGCCTTATGGGCTAT	1696
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105429	TTAAAAGTAGATTACTAAGAACATACTGTATAAAATGCCTTATGGGCTAT	105478

AL773545.13	1697	TAATTCTGCATGCATTGCCACATTTGATTGTCTCAAAAAACCTCCTGAAA	1746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105479	TAATTCTGCATGCATTGCCACATTTGATTGTCTCAAAAAACCTCCTGAAA	105528

AL773545.13	1747	TATGTATTCTTAACACACTTTTACTGAGAACATTATGAGTAATAAAAGTT	1796
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105529	TATGTATTCTTAACACACTTTTATTGAGAACATTATGAGTAATAAAAGTT	105578

AL773545.13	1797	GAAAGATTTTCCCAAAGATGTACAAGTAAAACAGGTCCTCAAATAAAGTT	1846
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105579	GAAAGATTTTCCCAAAGATGTACAAGTAAAACAGGTCCTCAAATAAAGTT	105628

AL773545.13	1847	GTTTTATTCAATGTTGTTTTGCTATAATGTAGATGAGAATAAATATTGAT	1896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105629	GTTTTATTCAATGTTGTTTTGCTATAATGTAGATGAGAATAAATATTGAT	105678

AL773545.13	1897	TCCTGGACAGGGCTACCATCTGTGTAGGGTCTGCATGTTCTCCCCATGCC	1946
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105679	TCCTGGACAGGGCTACCATCTGTGTAGGGTCTGCATGTTCTCCCCATGCC	105728

AL773545.13	1947	TGCATGGGTTTTCTCCAGGAAGTCCTGCTTCCTCTCACATCCCCAAGATG	1996
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105729	TGCATGGGTTTTCTCCAGGAACTCCTGCTTCCTCTCACATCCCCAAGATG	105778

AL773545.13	1997	TGCA	2000
			||||
AL772307.16	105779	TGCA	105782

Compact alignment

skip 450 bps 100% identity alignment

AL773545.13	451	GTTTATCCAATACAAGATAAAAAACAACATATTATTGTTTGTATCATGAT	500
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104229	GTTTATCCAATACAAGATGAAAAACAACATATTATTGTTTGTATCATGAT	104278

skip 200 bps 100% identity alignment

AL773545.13	701	CCCTTAAAAGATTTTTCTTTTCCTTTCTTTT----TTTTTAATCTAAAAC	746
			|||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||
AL772307.16	104479	CCCTTAAAAGATTTTTCTTTTCCTTTCTTTTGTTTTTTTTAATCTAAAAC	104528

skip 250 bps 100% identity alignment

AL773545.13	997	AATAAGATTAAAAGTCCATAGCAATTTCCTTGAGTGGCCAGTCAGATATC	1046
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104779	AATAAGGTTAAAAGTCCATAGCAATTTCCTTGAGTGGCCAGTCAGATATC	104828

skip 50 bps 100% identity alignment

AL773545.13	1097	AATTGGTTTGCAGATGAGCTGATGCAGAAGAAGGAAAAAAAAATGTTTTC	1146
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	104879	AATTGGTTTGTAGATGAGCTGATGCAGAAGAAGGAAAAAAAAATGTTTTC	104928

skip 400 bps 100% identity alignment

AL773545.13	1547	GATTTCTAAGTGTTTATATCACTGAAACTTCACAGTATTAGTGGAATATG	1596
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105329	GATTTCTAAGTGTTTGTATCACTGAAACTTCACAGTATTAGTGGAATATG	105378

skip 150 bps 100% identity alignment

AL773545.13	1747	TATGTATTCTTAACACACTTTTACTGAGAACATTATGAGTAATAAAAGTT	1796
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105529	TATGTATTCTTAACACACTTTTATTGAGAACATTATGAGTAATAAAAGTT	105578

skip 150 bps 100% identity alignment

AL773545.13	1947	TGCATGGGTTTTCTCCAGGAAGTCCTGCTTCCTCTCACATCCCCAAGATG	1996
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
AL772307.16	105729	TGCATGGGTTTTCTCCAGGAACTCCTGCTTCCTCTCACATCCCCAAGATG	105778

skip 4 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL773545.13 - 165886 bps
Hit
AL772307.16 - 105782 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.7020001200011037791057821
Short-link