<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR545461.6	1	AAAAGTACACTGTAATTTCACTGTACTTACGCGGTACTTTGCGGGTTGTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	187627	AAAAGTACACTGTAATTTCACTGTACTTACGCGGTACTTTGCGGGTTGTA	187676

CR545461.6	51	AAAGAAAGCGTTACCAAAAAATCTACTGCAAACTTTTACTAACATTTATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	187677	AAAGAAAGCGTTACCAAAAAATCTACTGCAAACTTTTACTAACATTTATA	187726

CR545461.6	101	TACTTTTATGTTTCACTTAATTTTTCCCATTTATCAAAATTTTATTTCAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	187727	TACTTTTATGTTTCACTTAATTTTTCCCATTTATCAAAATTTTATTTCAT	187776

CR545461.6	151	ATTTTCCCCTAACATATTAATTTGGGTGTCCACATTTTTTATACTGTGAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	187777	ATTTTCCCCTAACATATTAATTTGGGTGTCCACATTTTTTATACTGTGAT	187826

CR545461.6	201	CTAAAGTTTTTAGATTAGTTGTTAGATTGATAGATTATTTTCAGTTTGGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	187827	CTAAAGTTTTTAGATTAGTTGTTAGATTGATAGATTATTTTCAGTTTGGG	187876

CR545461.6	251	CTTTAATACTGACTAATTTAACAAAGTATAACGTATACATTAAAATAGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	187877	CTTTAATACTGACTAATTTAACAAAGTATAACGTATACATTAAAATAGAG	187926

CR545461.6	301	ATCTGTAGGAGTGTACTCATTTATGCTAAGCACTGTATGTATGTTCACAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	187927	ATCTGTAGGAGTGTACTCATTTATGCTAAGCACTGTATGTATGTTCACAT	187976

CR545461.6	351	TAGGCTTTTTCTACCACTTTTTCATTTTATTATTAACATTTGTTCATCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	187977	TAGGCTTTTTCTACCACTTTTTCATTTTATTATTAACATTTGTTCATCTA	188026

CR545461.6	401	ATGTGAGGTCATTGTGAAGTGCTACATGTTATACTTCATAATCCTTTTGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188027	ATGTGAGGTCATTGTGAAGTGCTACATGTTATACTTCATAATCCTTTTGC	188076

CR545461.6	451	AGTTTATTTAGGTTGAAACATTTGTTTCATCTGAACATGCATATACAATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188077	AGTTTATTTAGGTTGAAACATTTGTTTCATCTGAACATGCATATACAATA	188126

CR545461.6	501	GAGCAGGGCAGCTCAACCCTGCTCCTGGAGATCTAAAGTCCTGAAGAGTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188127	GAGCAGGGCAGCTCAACCCTGCTCCTGGAGATCTAAAGTCCTGAAGAGTT	188176

CR545461.6	551	CAGCTCCATCCCTGATCAAACACACCTGAACCAATTAATTAAGACCTAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188177	CAGCTCCATCCCTGATCAAACACACCTGAACCAATTAATTAAGACCTAAA	188226

CR545461.6	601	CGGCACTTGATAATTACAGGCAGGTGTGTTTGACATGAATTGCAACTGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188227	CGGCACTTGATAATTACAGGCAGGTGTGTTTGACATGAATTGCAACTGAA	188276

CR545461.6	651	ACCTGTAAGATGGTAGATCTCCAGGAACAAGGTTGGTCACCCAATAGAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188277	ACCTGTAAGATGGTAGATCTCCAGGAACAAGGTTGGTCACCCAATAGAGC	188326

CR545461.6	701	AATGCAGTAAATATTGTTGTTATTATACTTGTTAACATTACTTTTGTTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188327	AATGCAGTAAATATTGTTGTTATTATACTTGTTAACATTACTTTTGTTCA	188376

CR545461.6	751	GCTTAGGTCAATTTTGTGCTAACACTGTTTATCGCATGATAAATGCTTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188377	GCTTAGGTCAATTTTGTGCTAACACTGTTTATCGCATGATAAATGCTTCA	188426

CR545461.6	801	TCTTTTAATCGCAGCAAGAATATTCAACTCTATCATAAGCCTACTTTACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188427	TCTTTTAATCGCAGCAAGAATATTCAACTCTATCATAAGCCTACTTTACA	188476

CR545461.6	851	TAGTGACTGCCACTGTACTATTCACTACTGTCCTGATGATTTACTGTAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188477	TAGTGACTGCCACTGTACTATTCACTACTGTCCTGATGATTTACTGTAAT	188526

CR545461.6	901	GATGGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATCTGTCAGATGTGTGTATGTGCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188527	GATGGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGCATCTGTCAGATGTGTGTATGTGCG	188576

CR545461.6	951	GTGTGGTCGCCATGCTATTTCTGTTCTTAACACTGCTTATGATGACATAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188577	GTGTGGTCGCCATGCTATTTCTGTTCTTAACACTGCTTATGATGACATAC	188626

CR545461.6	1001	AGGCTTATGCTTTGATTAAGCGGTGGCGTGAATTTAAGCAGGTGTAGTTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188627	AGGCTTATGCTTTGATTAAGCGGTGGCGTGAATTTAAGCAGGTGTAGTTG	188676

CR545461.6	1051	TGTTGGCATATTTTGATAACAGATGCATTTTAGGCTTGGCTCAGCCAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188677	TGTTGGCATATTTTGATAACAGATGCATTTTAGGCTTGGCTCAGCCAAAT	188726

CR545461.6	1101	TTATTTGGGCCCACCCACATTGTGAGTCCTGGCTATGCTAGTGCCGTGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188727	TTATTTGGGCCCACCCACATTGTGAGTCCTGGCTATGCTAGTGCCGTGAT	188776

CR545461.6	1151	GGGAGGAATAAATGGGCGTTTAATGAGAATACTCTGGAGTAATGGAAGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188777	GGGAGGAATAAATGGGCGTTTAATGAGAATACTCTGGAGTAATGGAAGAA	188826

CR545461.6	1201	ACTTTGGTGTGGGTACTACAAGACTGCAGTACAATGTCTGAAATTCCAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188827	ACTTTGGTGTGGGTACTACAAGACTGCAGTACAATGTCTGAAATTCCAAC	188876

CR545461.6	1251	AGTAAACAAGGAAACACCAATTAATAATTAATCAATTCAACAGTTGGGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188877	AGTAAACAAGGAAACACCAATTAATAATTAATCAATTCAACAGTTGGGTG	188926

CR545461.6	1301	GCACAGTGGCTCAGTGAATAACACTGTCACCTAACAGCAAGAAGGTTGCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188927	GCACAGTGGCTCAGTGAATAACACTGTCACCTAACAGCAAGAAGGTTGCT	188976

CR545461.6	1351	GGTTCAAGTCCTGGCTGGGCCATTTGTTTGCATAGAGTGTGCATGTTCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	188977	GGTTCAAGTCCTGGCTGGGCCATTTGTTTGCATAGAGTGTGCATGTTCTC	189026

CR545461.6	1401	CCAGTGTTTCCGTAGGTTTTCTCCGGGTGCTCTGGGTTACCCCACAGTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189027	CCAGTGTTTCCGTAGGTTTTCTCCGGGTGCTCTGGGTTACCCCACAGTCC	189076

CR545461.6	1451	AAAGACATGCACCATAGTGAACTAAATAAACAAAATTGGCTGTAGTGTAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189077	AAAGACATGCACCATAGTGAACTAAATAAACAAAATTGGCTGTAGTGTAG	189126

CR545461.6	1501	TGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189127	TGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG	189176

CR545461.6	1551	AGAATGTGGGTGTATGGGTGTTTCTCAGTACTGGGTTGCAGGTGGAACGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189177	AGAATGTGGGTGTATGGGTGTTTCTCAGTACTGGGTTGCAGGTGGAACGG	189226

CR545461.6	1601	CATCCGCTTTGCAAAGCATATGCCGGAATATTTGGCAATTTATTTCACGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189227	CATCCGCTTTGCAAAGCATATGCCGGAATATTTGGCAATTTATTTCACGG	189276

CR545461.6	1651	TGGCAACCTCTGAAATAGAGACTAAGCCGAAGGAAAATAAATGAATGAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189277	TGGCAACCTCTGAAATAGAGACTAAGCCGAAGGAAAATAAATGAATGAAT	189326

CR545461.6	1701	GGTATTCAGCAGTCCCATGAGACTAATTTCTAAATCACCTTAAAAGCAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189327	GGTATTCAGCAGTCCCATGAGACTAATTTCTAAATCACCTTAAAAGCAAT	189376

CR545461.6	1751	TTATTTCAATCGAAAAAAAATCTTATTGGTGTCAAGATCATAAAAGTCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189377	TTATTTCAATCGAAAAAAAATCTTATTGGTGTCAAGATCATAAAAGTCCA	189426

CR545461.6	1801	CAATGTGACATACATTTCAACAATACTAAACAACAAAAATTTAAATATTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189427	CAATGTGACATACATTTCAACAATACTAAACAACAAAAATTTAAATATTA	189476

CR545461.6	1851	AATGACAGCAGGACTGCATCTCCTGTTAGCTTGGCAGTGATTAATTTCTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189477	AATGACAGCAGGACTGCATCTCCTGTTAGCTTGGCAGTGATTAATTTCTG	189526

CR545461.6	1901	AATGAATCTCCATTTGTAATAAATTAAGATTACGATTGATTACATTGCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189527	AATGAATCTCCATTTGTAATAAATTAAGATTACGATTGATTACATTGCCT	189576

CR545461.6	1951	TTTCACAAAGACAGACTATAGATTCCTGTATGAATTCATCATTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL772274.8	189577	TTTCACAAAGACAGACTATAGATTCCTGTATGAATTCATCATTGGAATTC	189626

Overview

Query
CR545461.6 - 3994 bps
Hit
AL772274.8 - 189626 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194520001200011876271896261
21006465165-11811371812011
Short-link