<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  BX908786.9	2000	GAATTCAATTAACCAATCAGATTAAGTTGTTTATTGGAAACGTATAAGAG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1	GAATTCAATTAACCAATCAGATTAAGTTGTTTATTGGAAACGTATAAGAG	50

C  BX908786.9	1950	TTCAATGTCAGTGTGTTTCTAATCCAATTGCTTCTCTTTTTTTAAATAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	51	TTCAATGTCAGTGTGTTTCTAATCCAATTGCTTCTCTTTTTTTAAATAAA	100

C  BX908786.9	1900	AATATACACTGTCAGTGATAATAAAGGGAATGTTCACCCAAAAGTAAAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	101	AATATACACTGTCAGTGATAATAAAGGGAATGTTCACCCAAAAGTAAAAA	150

C  BX908786.9	1850	TTCTGTCATCGTTTACTCACCTTTCATTTTTTGCAGATCTGTTTGAGTCT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	151	TTCTGTCATCGTTTACTCACCTTTCATTTTTTGCAGATCTGTTTGAGTCT	200

C  BX908786.9	1800	CTTTATTCTGTTAAACACAGAGGGGCCTATCATACACCCGGGGCAAAAAG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	201	CTTTATTCTGTTAAACACAGAGGGGCCTATCATACACCCGGGGCAAAAAG	250

C  BX908786.9	1750	GCGCAACACATATGGAGCAATTTGTTGCAATTTTTCAGACCAGCGCAACA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	251	GCGCAACACATATGGAGCAATTTGTTGCAATTTTTCAGACCAGCGCAACA	300

C  BX908786.9	1700	GTAATTACGTTAATATTCACATTAATTTTCGAATAATATTTACATTAACA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	301	GTAATTACGTTAATATTCACATTAATTTTCGAATAATATTTACATTAACA	350

C  BX908786.9	1650	GTAATATTCACGCTTTGCGCCAAGTTGTTTAAATAGCTAAACTACTTGTG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	351	GTAATATTCACGCTTTGCGCCAAGTTGTTTAAATAGCTAAACTACTTGTG	400

C  BX908786.9	1600	CCACTTTGTGGGCTCCTGGGTGTGCTGGTCTAAAAAGGAAGTGTGTTAAG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	401	CCACTTTGTGGGCTCCTGGGTGTGCTGGTCTAAAAAGGAAGTGTGTTAAG	450

C  BX908786.9	1550	GAGCATTGTTGGCGCGTTGATATTTTTAGGAGCTGAAATAGACCAAGCTT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	451	GAGCATTGTTGGCGCGTTGATATTTTTAGGAGCTGAAATAGACCAAGCTT	500

C  BX908786.9	1500	TTTTCAGTTTATTCATAACAATTTGCAATGGTATAATAGTATTATTGGTG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	501	TTTTCAGTTTATTCATAACAATTTGCAATGGTATAATAGTATTATTGGTG	550

C  BX908786.9	1450	GTAGTATTATTTATCATATTTATATTCAGATTAGTTTTATTAAAAAAATA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	551	GTAGTATTATTTATCATATTTATATTCAGATTAGTTTTATTAAAAAAATA	600

C  BX908786.9	1400	AGTTTACATTTGTCAACCTATTAAGTTCGGGAGACGTATGCATCACCAAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	601	AGTTTACATTTGTCAACCTATTAAGTTCGGGAGACGTATGCATCACCAAA	650

C  BX908786.9	1350	TGGGGCAATAGGAAGTGTGCTTGGATATAACTCCACTTTGTTATTATTGT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	651	TGGGGCAATAGGAAGTGTGCTTGGATATAACTCCACTTTGTTATTATTGT	700

C  BX908786.9	1300	TCTTTTATTATTTTGCTGGAAATTAGAACTGAATTTTGAAATAGTTATGA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	701	TCTTTTATTATTTTGCTGGAAATTAGAACTGAATTTTGAAATAGTTATGA	750

C  BX908786.9	1250	AACAAATCTTTGTGCTTAACAAACTAAATTAAATATGCAGGCCAATGGAT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	751	AACAAATCTTTGTGCTTAACAAACTAAATTAAATATGCAGGCCAATGGAT	800

C  BX908786.9	1200	GTCTTAGGGGAGTGAGTTTCCATCGTTTCCTTGCTCCACTAAAGTAAAGG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	801	GTCTTAGGGGAGTGAGTTTCCATCGTTTCCTTGCTCCACTAAAGTAAAGG	850

C  BX908786.9	1150	AGTAAAGAGTAGAAGTAAAGTAATGTGAAAGCCGAATGGAGGAGGCTTGT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	851	AGTAAAGAGTAGAAGTAAAGTAATGTGAAAGCCGAATGGAGGAGGCTTGT	900

C  BX908786.9	1100	TTTTTATCCTCGCTACAGATCATCTGTTTAATTGTTTTCTCGCTAGTGAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	901	TTTTTATCCTCGCTACAGATCATCTGTTTAATTGTTTTCTCGCTAGTGAA	950

C  BX908786.9	1050	GCATTCAGTTTTCCACTTACAAAGTCCACCATAAACGCAACTGACTCTTA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	951	GCATTCAGTTTTCCACTTACAAAGTCCACCATAAACGCAACTGACTCTTA	1000

C  BX908786.9	1000	GAGGGAAATTAGTCTCTGATTGGTGTAATGCACGTTATACTCAAAACACA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1001	GAGGGAAATTAGTCTCTGATTGGTGTAATGCACGTTATACTCAAAACACA	1050

C  BX908786.9	950	ACCATAACTCATTAAGAGAATAAGCACAACCCTGTTAGACCATGTGTCAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1051	ACCATAACTCATTAAGAGAATAAGCACAACCCTGTTAGACCATGTGTCAT	1100

C  BX908786.9	900	GTCCCAAATCATAGTTTCCATCCTTTAAACAGCAAAAGTGGATTTGGACA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1101	GTCCCAAATCATAGTTTCCATCCTTTAAACAGCAAAAGTGGATTTGGACA	1150

C  BX908786.9	850	CGCTCTTAATGCATTTGTGCCATGCACTTTAGACTTTGCACCTAGATCAT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1151	CGCTCTTAATGCATTTGTGCCATGCACTTTAGACTTTGCACCTAGATCAT	1200

C  BX908786.9	800	TAAAATAAAACCCAAAAGAAGATAAAAAAAGCTGGAAAACTAATTATATG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1201	TAAAATAAAACCCAAAAGAAGATAAAAAAAGCTGGAAAACTAATTATATG	1250

C  BX908786.9	750	TTATTTGTTTATCCTACTATGGAAGGTTACAGGTTTCTAACTTTTTTTTT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1251	TTATTTGTTTATCCTACTATGGAAGGTTACAGGTTTCTAACTTTTTTTTT	1300

C  BX908786.9	700	TTTCAAAAATTCCAATTATTTTTTCAAAATGTCTTTTATGTTCAGATTAC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1301	TTTCAAAAATTCCAATTATTTTTTCAAAATGTCTTTTATGTTCAGATTAC	1350

C  BX908786.9	650	AATTAAAAAGAAACTCAAAGATTTGAAACCACTTGAGGGTGAGTAAATAA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1351	AATTAAAAAGAAACTCAAAGATTTGAAACCACTTGAGGGTGAGTAAATAA	1400

C  BX908786.9	600	GGAACACATTTACATATTTAGGTGAACTATTCTTTTTAAGATTAATGCTT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1401	GGAACACATTTACATATTTAGGTGAACTATTCTTTTTAAGATTAATGCTT	1450

C  BX908786.9	550	GTTTTTGACATGAAAGACTTTCCTTAAGGATCACATTGGACTGACATAAA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1451	GTTTTTGACATGAAAGACTTTCCTTAAGGATCACATTGGACTGACATAAA	1500

C  BX908786.9	500	ATATTCATAATTGTCATTTATAGTGTTTTTCACTCTATGAAAAAATCATC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1501	ATATTCATAATTGTCATTTATAGTGTTTTTCACTCTATGAAAAAATCATC	1550

C  BX908786.9	450	AGAGCATTTGAAGAGTTTTGAAGTCTGGATTTACGTTCAATGGTTTTGAT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1551	AGAGCATTTGAAGAGTTTTGAAGTCTGGATTTACGTTCAATGGTTTTGAT	1600

C  BX908786.9	400	AAAACAGCTGCCAATTAAAGCAAAATGACAACTGCTCACAATGGTAATAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1601	AAAACAGCTGCCAATTAAAGCAAAATGACAACTGCTCACAATGGTAATAA	1650

C  BX908786.9	350	AACAATTTAATTGTTTTGCAATTATGGATAACACAATATCAGTTTAAACT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1651	AACAATTTAATTGTTTTGCAATTATGGATAACACAATATCAGTTTAAACT	1700

C  BX908786.9	300	TGAAACTGAAAAACACTGAAAAACATGCAAAAAAG-TTTTTTTTTTTTTT	252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  AL772144.4	1701	TGAAACTGAAAAACACTGAAAAACATGCAAAAAAGTTTTTTTTTTTTTTT	1750

C  BX908786.9	251	GTCTAGTTTTTAGTCTAAGTCCAAATATCAAAAAAGATTCATAAAATAAT	202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1751	GTCTAGTTTTTAGTCTAAGTCCAAATATCAAAAAAGATTCATAAAATAAT	1800

C  BX908786.9	201	AAGAATTAGACAATCAAAAAAATAACAAGCCAATTTTTTTCCTTAAAACA	152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1801	AAGAATTAGACAATCAAAAAAATAACAAGCCAATTTTTTTCCTTAAAACA	1850

C  BX908786.9	151	AGTAAAAAAGTCTGCCAATGAGGTAAACTTAATAATCTTGTTTTTCAGTT	102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1851	AGTAAAAAAGTCTGCCAATGAGGTAAACTTAATAATCTTGTTTTTCAGTT	1900

C  BX908786.9	101	TGACTTTAGTTTGCTTGTTTTCAGATTCACTTAATTTTGACACATTATTT	52
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1901	TGACTTTAGTTTGCTTGTTTTCAGATTCACTTAATTTTGACACATTATTT	1950

C  BX908786.9	51	CTTAAAACAAGATAACAGGTCATTCTTGGTACAGTAGTTCTGCTTTATTT	2
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL772144.4	1951	CTTAAAACAAGATAACAGGTCATTCTTGGTACAGTAGTTCTGCTTTATTT	2000

C  BX908786.9	1	T	1
			|
  AL772144.4	2001	T	2001

Compact alignment

skip 1700 bps 100% identity alignment

C  BX908786.9	300	TGAAACTGAAAAACACTGAAAAACATGCAAAAAAG-TTTTTTTTTTTTTT	252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  AL772144.4	1701	TGAAACTGAAAAACACTGAAAAACATGCAAAAAAGTTTTTTTTTTTTTTT	1750

skip 251 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX908786.9 - 121030 bps
Hit
AL772144.4 - 153837 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.951889200012000-1120011
280.611273421088061091471236826971
385.791061981120211122181237625791
483.04501161122431123581258526961
581.3491201034510464114455145771
687.03108193112163112355121687218711
786.448126102330102455123632237561
878.22462983982640123123677239791
986.7694220102235102454123709239271
1091.675186102235102320123851239341
1199.1501115034350453125929260391
1210046956965069744-125949260431
1388.18212353111999112351-168672690181
1483.6312228173687648-168734690081
1579.89121359108788109146196968973351
1686.85204361111999112359196972973361
1798.25801141581615929-11006461007591
1898.2580114116689116802-11006461007591
1988.98501181587615993-11007421008591
2099.077710710023410034011007521008581
2186.69142248344143466111220001222471
2210048916964869738-11336961337861
2384.25741445777592011437531438981
2498.9647966967569770-11446051447001
2598.954795696506974411446061447001
2699.03501035035150453-11446121447141
2788.591161831760117783-11524041525871
Short-link