<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL671917.8	1	GAATTCACTCTGTAGACCAGACCAACCTCACACTCACAGAGATCACCTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178484	GAATTCACTCTGTAGACCAGACCAACCTCACACTCACAGAGATCACCTGT	178533

AL671917.8	51	CTCATCTCTGCCTTCTCGAGTGCTGGCATCAAAGGTGTGTGCCACCACGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178534	CTCATCTCTGCCTTCTCGAGTGCTGGCATCAAAGGTGTGTGCCACCACGC	178583

AL671917.8	101	CCGGCCCAATAGTAGATATTTAATAGAGTAGTTTCTCTTAATTCTTGAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178584	CCGGCCCAATAGTAGATATTTAATAGAGTAGTTTCTCTTAATTCTTGAAC	178633

AL671917.8	151	ACGCTCATCCACAGGTGAAATTATTAAATTCTTACAGTGGGATCCTCATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178634	ACGCTCATCCACAGGTGAAATTATTAAATTCTTACAGTGGGATCCTCATC	178683

AL671917.8	201	ACTGCTAAGTTCTCCCTCTCCCTCCCCTCCCCCCTTCCACCATATTCATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178684	ACTGCTAAGTTCTCCCTCTCCCTCCCCTCCCCCCTTCCACCATATTCATC	178733

AL671917.8	251	CTTGGCTCACAGTCACAGAAGAGTCTACTCTGCTCTTCCGTATCATGAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178734	CTTGGCTCACAGTCACAGAAGAGTCTACTCTGCTCTTCCGTATCATGAAG	178783

AL671917.8	301	TACTAGAAGGTTCCCTGTACTTGAGGTTTCACTAACGTTGCGATTCCTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178784	TACTAGAAGGTTCCCTGTACTTGAGGTTTCACTAACGTTGCGATTCCTCA	178833

AL671917.8	351	GTGAAGTCTTCCTGGATTTTCATAATCAGATAAGCTTCCTTCATTTCTGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178834	GTGAAGTCTTCCTGGATTTTCATAATCAGATAAGCTTCCTTCATTTCTGA	178883

AL671917.8	401	ACTTCTGAAACCCTTGGGCTCCTTGCTAAGGCTTGTGCCATCTGCATTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178884	ACTTCTGAAACCCTTGGGCTCCTTGCTAAGGCTTGTGCCATCTGCATTTG	178933

AL671917.8	451	CTTCCTAACACTTACTGAGCTCCATTCTAGCTCCAAGGCTGGGTGCTCGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178934	CTTCCTAACACTTACTGAGCTCCATTCTAGCTCCAAGGCTGGGTGCTCGG	178983

AL671917.8	501	CTTGCGATGTGGATGTGTGAGGGAGGCGAGTATAGATGTGGGTGAGACAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	178984	CTTGCGATGTGGATGTGTGAGGGAGGCGAGTATAGATGTGGGTGAGACAC	179033

AL671917.8	551	CCCCTTTCAGTGACGTACGTGTTCACACAGCACGAGGTTTTCTACCCGGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179034	CCCCTTTCAGTGACGTACGTGTTCACACAGCACGAGGTTTTCTACCCGGG	179083

AL671917.8	601	CTGCACAGTGAACTCTCCCACTGGCTGGGCTTCAGTTCTGGAGAGGCTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179084	CTGCACAGTGAACTCTCCCACTGGCTGGGCTTCAGTTCTGGAGAGGCTGA	179133

AL671917.8	651	TTTAACTGGGGAGTGGCCAGAGCTGTGGGTGTTAGAGCTCTTTGGATGGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179134	TTTAACTGGGGAGTGGCCAGAGCTGTGGGTGTTAGAGCTCTTTGGATGGT	179183

AL671917.8	701	CAGTATATAGCCATAGCTGAGAGACCCTGTGCTGATGGGAGACTGACAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179184	CAGTATATAGCCATAGCTGAGAGACCCTGTGCTGATGGGAGACTGACAAG	179233

AL671917.8	751	TATAGGGCTCAGTCGTGTGTTTTGCTATAATAATAAAGTATTGTGGAAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179234	TATAGGGCTCAGTCGTGTGTTTTGCTATAATAATAAAGTATTGTGGAAGC	179283

AL671917.8	801	ACAGAGAAGAGTTTAAGTTAGATTTTTTAAGATTATGTGGCAGTTAAAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179284	ACAGAGAAGAGTTTAAGTTAGATTTTTTAAGATTATGTGGCAGTTAAAAT	179333

AL671917.8	851	ATTCAACCTTTCACATTAGGTATGTTTCCAGTGCTCGGTATCCTCATAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179334	ATTCAACCTTTCACATTAGGTATGTTTCCAGTGCTCGGTATCCTCATAAC	179383

AL671917.8	901	GACTAAGTTGGATTCTCAAGCAGGATATTCTCTGAATGATATGGCGTTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179384	GACTAAGTTGGATTCTCAAGCAGGATATTCTCTGAATGATATGGCGTTCA	179433

AL671917.8	951	CTCTCCTCATTTGAGTCTTTAAAAAAATTTTTTTTCACATCTGTGTCTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179434	CTCTCCTCATTTGAGTCTTTAAAAAAATTTTTTTTCACATCTGTGTCTAT	179483

AL671917.8	1001	GTGGGTGCATGTGCATGTGAGTGCCGACAGAATCGAAAAGAGAAGCTTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179484	GTGGGTGCATGTGCATGTGAGTGCCGACAGAATCGAAAAGAGAAGCTTGG	179533

AL671917.8	1051	ATCCCCTGAAGTTGAAGTTATGGGCACTTCCGAGCCACCCTGTGTGGATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179534	ATCCCCTGAAGTTGAAGTTATGGGCACTTCCGAGCCACCCTGTGTGGATG	179583

AL671917.8	1101	CTGAGAACTGGACTCAGGTAGCAAGTGCTCTTAGCCAACGAGACACTGCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179584	CTGAGAACTGGACTCAGGTAGCAAGTGCTCTTAGCCAACGAGACACTGCT	179633

AL671917.8	1151	TTAGATACTTCTTTTAGCATTCATTTCATATCTTTTAAAATTATTTGTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179634	TTAGATACTTCTTTTAGCATTCATTTCATATCTTTTAAAATTATTTGTTT	179683

AL671917.8	1201	CAAAAATTAAGGAAGGGTTGACAAGATGGCTCAACTGGTAAGTGCTCTTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179684	CAAAAATTAAGGAAGGGTTGACAAGATGGCTCAACTGGTAAGTGCTCTTG	179733

AL671917.8	1251	TCGGTAAGCTTAAGAGAGCTGATTTCAGATCTCAGAGCCCACATGGTGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179734	TCGGTAAGCTTAAGAGAGCTGATTTCAGATCTCAGAGCCCACATGGTGAA	179783

AL671917.8	1301	GGAGAAAGCCAACTGCTATAGGTTGTCCTGGGACCTCCACGTGTGTGTGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179784	GGAGAAAGCCAACTGCTATAGGTTGTCCTGGGACCTCCACGTGTGTGTGG	179833

AL671917.8	1351	TTGTTAATATGTGTCCCCCTCTGGCCGGCCCATAAATGTTTCTTTTTAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179834	TTGTTAATATGTGTCCCCCTCTGGCCGGCCCATAAATGTTTCTTTTTAAT	179883

AL671917.8	1401	TGGTGAGGTAGGTCTGATTAAAGTACCTGGGAAGGTGGTTCAGTTGGTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179884	TGGTGAGGTAGGTCTGATTAAAGTACCTGGGAAGGTGGTTCAGTTGGTAA	179933

AL671917.8	1451	AGTACTTGCTGCTCAGACATGAGGATCTGAGTCTAGCTAGATATTGCAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179934	AGTACTTGCTGCTCAGACATGAGGATCTGAGTCTAGCTAGATATTGCAGA	179983

AL671917.8	1501	ATTCATTTAAAAAGCCGGGCTCAATGGCACATGCCTGAATCTCACACTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	179984	ATTCATTTAAAAAGCCGGGCTCAATGGCACATGCCTGAATCTCACACTCC	180033

AL671917.8	1551	ATCAGAGGGTTGGAGGCAGAGGATTCCTGAGCTCAGTGGCTAGAGACTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180034	ATCAGAGGGTTGGAGGCAGAGGATTCCTGAGCTCAGTGGCTAGAGACTGA	180083

AL671917.8	1601	ACTGATGTGCGCTGGGGTCAGTGAGTGATCCTGTCTCAATAATGAAATGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180084	ACTGATGTGCGCTGGGGTCAGTGAGTGATCCTGTCTCAATAATGAAATGG	180133

AL671917.8	1651	GAAAGCGGTAGAGGATACCTGATAATGACCTTTGACCTCAACACATACCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180134	GAAAGCGGTAGAGGATACCTGATAATGACCTTTGACCTCAACACATACCC	180183

AL671917.8	1701	TACAAACACGCATATACTATACACATATACAATAAATTTAAAAAGAAATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180184	TACAAACACGCATATACTATACACATATACAATAAATTTAAAAAGAAATA	180233

AL671917.8	1751	CTTGTTTTTTGGCAAATTGTATTGTGCTCTAAGGCACATACTACACACAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180234	CTTGTTTTTTGGCAAATTGTATTGTGCTCTAAGGCACATACTACACACAC	180283

AL671917.8	1801	ACACACACACACACACACACACACACACACACGTATGTGTGTATATAAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180284	ACACACACACACACACACACACACACACACACGTATGTGTGTATATAAAT	180333

AL671917.8	1851	CTATTTCATTGACTTTTTATTATTATTTTGTATGGGTGTGTGTGATGTGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180334	CTATTTCATTGACTTTTTATTATTATTTTGTATGGGTGTGTGTGATGTGC	180383

AL671917.8	1901	ATGGGGGCACTAAGGACAGCTTTGTTCCCTGTTGAGGTAACCTACCCCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180384	ATGGGGGCACTAAGGACAGCTTTGTTCCCTGTTGAGGTAACCTACCCCCA	180433

AL671917.8	1951	CTCCCCCACACATTGTATCAGATGGCTATGTAGATATGCCCCTGTATTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL683823.11	180434	CTCCCCCACACATTGTATCAGATGGCTATGTAGATATGCCCCTGTATTTT	180483

Overview

Query
AL671917.8 - 172826 bps
Hit
AL683823.11 - 180483 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link