<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL593852.6	4331	AAGCTTAACGTTTCTCAGGAAAAAGCAAGTATATGGGGAAGTATGCACTG	4282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	72693	AAGCTTAACGTTTCTCAGGAAAAAGCAAGTATATGGGGAAGTATGCACTG	72742

C  AL593852.6	4281	GAAAATGTTTGGTCAGGTGTTAGTGTGTTATTTCCATCCATGTGTGTGTT	4232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	72743	GAAAATGTTTGGTCAGGTGTTAGTGTGTTATTTCCATCCATGTGTGTGTT	72792

C  AL593852.6	4231	TTTCTGCTGACACGGGTTCATATACTGTTGAAAGAACATGTCTGGTGAAA	4182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	72793	TTTCTGCTGACACGGGTTCATATACTGTTGAAAGAACATGTCTGGTGAAA	72842

C  AL593852.6	4181	TCCAGTGCTATGTTTTTCAAATGTATTACTTCAAATATGTTGTTCTTGAT	4132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	72843	TCCAGTGCTATGTTTTTCAAATGTATTACTTCAAATATGTTGTTCTTGAT	72892

C  AL593852.6	4131	ATTAATGACTGAATAATAGTCGTTTTTTTTTGCATTCACAGCTGGACATC	4082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	72893	ATTAATGACTGAATAATAGTCGTTTTTTTTTGCATTCACAGCTGGACATC	72942

C  AL593852.6	4081	GTGCAGCAAGAGTATATTTATGAAGCAGGTCTGGATCAGATTGAAGTGGT	4032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	72943	GTGCAGCAAGAGTATATTTATGAAGCAGGTCTGGATCAGATTGAAGTGGT	72992

C  AL593852.6	4031	CAAGGCTGTTTTTGATGTAAAAGGGTCCTGGCTCGCTACAGTGGAGGAAA	3982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	72993	CAAGGCTGTTTTTGATGTAAAAGGGTCCTGGCTCGCTACAGTGGAGGAAA	73042

C  AL593852.6	3981	GAGGACATAAAACTTCAGATCTTGAGTTTTTCCTCAAACTATGGGCTTTC	3932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73043	GAGGACATAAAACTTCAGATCTTGAGTTTTTCCTCAAACTATGGGCTTTC	73092

C  AL593852.6	3931	GATGAGACCACGCAAAGGTATTAGAAGCAGAATTGAATCACTTCATAGCA	3882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73093	GATGAGACCACGCAAAGGTATTAGAAGCAGAATTGAATCACTTCATAGCA	73142

C  AL593852.6	3881	TTGAATATATGACTTCTATAAGCTGCTACATTTGTGCTGGTTCGCATGAT	3832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73143	TTGAATATATGACTTCTATAAGCTGCTACATTTGTGCTGGTTCGCATGAT	73192

C  AL593852.6	3831	AATGGTGTTAGGGGAGCAATCAAAAGCTCATCCTTCGTTTTATATAATGA	3782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73193	AATGGTGTTAGGGGAGCAATCAAAAGCTCATCCTTCGTTTTATATAATGA	73242

C  AL593852.6	3781	ATATAATGTCCTCACATGAACCAAAATAACAACCAAAGATTCACAGCGCC	3732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73243	ATATAATGTCCTCACATGAACCAAAATAACAACCAAAGATTCACAGCGCC	73292

C  AL593852.6	3731	TTTAAAACTATCCCAATTGGTACATAGTTCAAAAAATCCCAAGGAATGAT	3682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73293	TTTAAAACTATCCCAATTGGTACATAGTTCAAAAAATCCCAAGGAATGAT	73342

C  AL593852.6	3681	GCATAAAGGCTGCACACTCTTAAAACTCTAAAATCAAAAAGACTCATGAG	3632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73343	GCATAAAGGCTGCACACTCTTAAAACTCTAAAATCAAAAAGACTCATGAG	73392

C  AL593852.6	3631	AGATTAAGTGACAGAATTTACTGAAAAAAGGCAATTTTTTCAGTGACATC	3582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73393	AGATTAAGTGACAGAATTTACTGAAAAAAGGCAATTTTTTCAGTGACATC	73442

C  AL593852.6	3581	ACTATTGTTGATGCCAAGCTAACATGGGCTGCGTTGTCATTCTCTTGGAT	3532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73443	ACTATTGTTGATGCCAAGCTAACATGGGCTGCGTTGTCATTCTCTTGGAT	73492

C  AL593852.6	3531	GTATGTCATTAACTGCGTTTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCC	3482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73493	GTATGTCATTAACTGCGTTTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCC	73542

C  AL593852.6	3481	CTTTATTATTCCGGGGTTGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTCATCCAG	3432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73543	CTTTATTATTCCGGGGTTGCCACAGCGGAATGAACCGCCAACTCATCCAG	73592

C  AL593852.6	3431	CAAGTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCCGCAACCTATCTCTGGGAA	3382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73593	CAAGTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCCGCAACCTATCTCTGGGAA	73642

C  AL593852.6	3381	ACATCCACACACACATACACACACACTCATACACTACGGACAATTTAGCC	3332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73643	ACATCCACACACACATACACACACACTCATACACTACGGACAATTTAGCC	73692

C  AL593852.6	3331	TACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAG	3282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73693	TACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAG	73742

C  AL593852.6	3281	CACCCGGAGGAAACCCATGCGAAGGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACAC	3232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73743	CACCCGGAGGAAACCCATGCGAAGGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACAC	73792

C  AL593852.6	3231	AGAAACGCCAACTGAGCCGAGGTACGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAG	3182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73793	AGAAACGCCAACTGAGCCGAGGTACGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAG	73842

C  AL593852.6	3181	GCGACAGCACTACCTACTGCGCATCTGCCTCACCCTTAACTGCGTTTCCA	3132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73843	GCGACAGCACTACCTACTGCGCATCTGCCTCACCCTTAACTGCGTTTCCA	73892

C  AL593852.6	3131	CAAGCCTATTTTTATGCTCATTTTGGAATATCACATTAAAAACCCTTGAT	3082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73893	CAAGCCTATTTTTATGCTCATTTTGGAATATCACATTAAAAACCCTTGAT	73942

C  AL593852.6	3081	GGAAACACCAAGATGCACCAATAAAAAATTATGCGCACAGTTGAATAATT	3032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73943	GGAAACACCAAGATGCACCAATAAAAAATTATGCGCACAGTTGAATAATT	73992

C  AL593852.6	3031	AACTTTATGTCCAATAAGAAAAAAATGTGCATAAACTATGTTGGAAATAC	2982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	73993	AACTTTATGTCCAATAAGAAAAAAATGTGCATAAACTATGTTGGAAATAC	74042

C  AL593852.6	2981	ATTTAATGAATAAATTCGAGCATGCTCATTAAAGTCATGTGACTTTGCTT	2932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74043	ATTTAATGAATAAATTCGAGCATGCTCATTAAAGTCATGTGACTTTGCTT	74092

C  AL593852.6	2931	CAACAGACCATGTGATAACAAAAATGGCAGAACGTGACGGGTATGTTTGA	2882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74093	CAACAGACCATGTGATAACAAAAATGGCAGAACGTGACGGGTATGTTTGA	74142

C  AL593852.6	2881	GTTGACGATGAGGTCTGAACATTTTTAAATGTTAAATACGAGAAAGAAAA	2832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74143	GTTGACGATGAGGTCTGAACATTTTTAAATGTTAAATACGAGAAAGAAAA	74192

C  AL593852.6	2831	CATCAGTGGAAAGCGCAAATCTTCCAAGACGTGTTATGCCGAGTTCAGAC	2782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74193	CATCAGTGGAAAGCGCAAATCTTCCAAGACGTGTTATGCCGAGTTCAGAC	74242

C  AL593852.6	2781	TGCATGATTTTAGCCCCAATTTTGACTTGCCGACAGGTTTTGAGAAGTTG	2732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74243	TGCATGATTTTAGCCCCAATTTTGACTTGCCGACAGGTTTTGAGAAGTTG	74292

C  AL593852.6	2731	CAGACAAATGCCTGAAATCAAAAGCAAATCGATGCTCGTTCACGTGAGTG	2682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74293	CAGACAAATGCCTGAAATCAAAAGCAAATCGATGCTCGTTCACGTGAGTG	74342

C  AL593852.6	2681	ACAATCACAGTGTGAACTATCAAAGACACGATCTGAGAGAATTGCCGTTG	2632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74343	ACAATCACAGTGTGAACTATCAAAGACACGATCTGAGAGAATTGCCGTTG	74392

C  AL593852.6	2631	AGTCACCAACACTCGTGAGATATTTGGCATGCTAAATATCTGGAGCAGTC	2582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74393	AGTCACCAACACTCGTGAGATATTTGGCATGCTAAATATCTGGAGCAGTC	74442

C  AL593852.6	2581	AGCGATTTAAAATCATTCCGATTCCCAACAGCCTATGAGACTATGAGAGA	2532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74443	AGCGATTTAAAATCATTCCGATTCCCAACAGCCTATGAGACTATGAGAGA	74492

C  AL593852.6	2531	GTAGTATGGGTATCTGCAGACCAGCAGAAGGTTGGGGGTGAAGTTAAAAG	2482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74493	GTAGTATGGGTATCTGCAGACCAGCAGAAGGTTGGGGGTGAAGTTAAAAG	74542

C  AL593852.6	2481	TGCTCATTTTCAGTTTATGTGGACCAAAGATATGTTGAAGTTCTAGTGTG	2432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74543	TGCTCATTTTCAGTTTATGTGGACCAAAGATATGTTGAAGTTCTAGTGTG	74592

C  AL593852.6	2431	AATTTGGCAGGAGCACTTATGTCTGTTTGACGTGTCATCTGAGCAATATC	2382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74593	AATTTGGCAGGAGCACTTATGTCTGTTTGACGTGTCATCTGAGCAATATC	74642

C  AL593852.6	2381	ACAACCGGGTTGAAAAAGAAACACGTTGAGGAGAAATTGCTAATTCCCTT	2332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL672166.8	74643	ACAACCGGGTTGAAAAAGAAACACGTTGAGGAGAAATTGCTAATTCCCTT	74692

Overview

Query
AL593852.6 - 4331 bps
Hit
AL672166.8 - 74692 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001972200023324331-172693746921
290.4114922432873510134723349411
393.525432631803505-145246455681
Short-link