<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1992 bps / non-identical: 750 bps

Full alignment

  AL593845.5	1	GATCCTGAACGGACACATCGTGGAGACCAATAAGAACAGAATACTGGCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	2000	GATCCTGAACGGACACATCGTGGAGACCAATAAGAACAGAATACTGGCAC	1951

  AL593845.5	51	CACTACTGGCCCTGGACAAGATGACTGAAAGCTGATCTGATGTTAATGAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1950	CACTACTGGCCCTGGACAAGATGACTGAAAGCTGATCTGATGTTAATGAC	1901

  AL593845.5	101	CACTCATCATTGCTTTGCTACAAATAAATGTGTTTTTCTTTGTGTCACCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1900	CACTCATCATTGCTTTGCTACAAATAAATGTGTTTTTCTTTGTGTCACCA	1851

  AL593845.5	151	TTCTAAACCTCATCCTGTTTTTTCACAAATTGGTTTTATAATAATAATAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1850	TTCTAAACCTCATCCTGTTTTTTCACAAATTGGTTTTATAATAATAATAA	1801

  AL593845.5	201	TTAAAGCTGCAGGCAGCAATAAAAGGGACCTTGCACCCGGGCTCACCCCT	250
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1800	TTAAAGCTGCAGGCAGCAATAAAAGTGACCTTGCACCCGGGCTCACCCCT	1751

  AL593845.5	251	GCCCGGTGGCCTAAGGATGACAGAGAATTATATACATTTAAGATAGAAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1750	GCCCGGTGGCCTAAGGATGACAGAGAATTATATACATTTAAGATAGAAAA	1701

  AL593845.5	301	AAAA-TTATAACCTGAGAAAATCACAGATTTTTGTTAAACCTTCTTCTAT	349
			|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1700	AAAAATTATAACCTGAGAAAATCACAGATTTATGTTAAACCTTCTTCTAT	1651

  AL593845.5	350	CAGCAGGTGGCGCTATAACTGTAACTCAATGTTGGCATGGAAATGTCTTC	399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1650	CAGCAGGTGGCGCTATAACTGTAACTCAATGTTGGCATGGAAATGTCTTC	1601

  AL593845.5	400	AGGAGAGGAATATCATCGAACATGATTTTCCAGGCAGATTAAACATTGTT	449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1600	AGGAGAGGAATATCATCGAACATGATTTTCCAGGCAGATTAAACATTGTT	1551

  AL593845.5	450	TAATTGAGTTATAAGTACTTCCTCCTCCATGGCGATACTCTTTGTCAGTC	499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1550	TAATTGAGTTATAAGTACTTCCTCCTCCATGGCGATACTCTTTGTCAGTC	1501

  AL593845.5	500	CACCGCAGACACGTCCTTTGGCGAAAACTCTAGATCTACACAATTTCACA	549
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1500	CACCGCAGACACATCCTTTGGCGAAAACTCTAGATCTACACAATTTCACA	1451

  AL593845.5	550	TCACAAAGGCCTTTGGGTTATACTGACAAAACTTGGATTTAATCTGATCA	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1450	TCACAAAGGCCTTTGGGTTATACTGACAAAACTTGGATTTAATCTGATCA	1401

  AL593845.5	600	AATTTGTAGGAGTTTGTTACTGTAAAGCATGTAATTTCCTGTTGCCAGCA	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1400	AATTTGTAGGAGTTTGTTACTGTAAAGCATGTAATTTCCTGTTGCCAGCA	1351

  AL593845.5	650	GGTGGCGCTAGAACTGTAACTGAAAATTGGGATGTAAAAGAGTTCAAGTC	699
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1350	GGTGGCGCTAGAACTGTAACTGAATATTGGGATGTAAAAGAGTTCAAGTC	1301

  AL593845.5	700	AAGACTCCTATCGAACGTGTGGATTTTGAAGCAGATCAGACAATGCGTGC	749
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1300	AAGACTCCTATCAAACGTGTGGATTTTGAAGCAGATCAGACAATGCGTGC	1251

  AL593845.5	750	CTGAGATATAACAACTTCTTGTTTTGTGGCGAGCCATTAAAGTTTGTGAG	799
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1250	CTGAGTTATAACAACTTCTTGTTTTGTGGCGAGCCATTAAAGTTTGTGAG	1201

  AL593845.5	800	GCCGACACGGACACACCCTTAGACGAATACTCTAGATCTTCGCAATTTAA	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1200	GCCGACACGGACACACCCTTAGACGAATACTCTAGATCTTCGCAATTTAA	1151

  AL593845.5	850	CATTGCCATGGCCTTTAGATGAC-AAACCCAATTTTGATGTTGATCTGAT	898
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1150	CATTGCCATGGCCTTTAGATGACAAAACCCAATTTTGATGTTGATCTGAT	1101

  AL593845.5	899	AAAATCCCTAGGAGAAGTTCGTTTAAATACAATGCCTTGAAATGGCAAAA	948
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1100	AAAATCCCTAGGAGGAGTTCGTTTAAATACAATGCCTTGAAATGGCAAAA	1051

  AL593845.5	949	ACTGCACAGGAAGTTAAAAATATCCAACTTTCTGTTGGGTTTGAGATTTC	998
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1050	ACTGCACAGAAAGTTAAAAATATCCAACTTTCTGTTGGGTTTGAGATTTC	1001

  AL593845.5	999	GCTCCAAGAGACATTTTTTTATAGGTTTTGGCATGTTTGATGTGTGTGCC	1048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1000	GCTCCAAGAGACATTTTTTTATAGGTTTTGGCATGTTTGATGTGTGTGCC	951

  AL593845.5	1049	AATTTTCATACGTGTGCATCAATGTTAGCACAGAGGCCAGTCTGTCAAAA	1098
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	950	AATTTTCATACGCGTGCATCAATGTTAGCACAGAGGCCAGTCTGTCAAAA	901

  AL593845.5	1099	GTACATAGGTGGCGCTGTCAAGCCATTTTGCCACACCCACTCCCAAAACC	1148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	900	GTACATAGGTGGCGCTGTCAAGCCATTTTGCCACACCCACTCCCAAAACC	851

  AL593845.5	1149	TATAACAAACGTGAATTTTCACCTACTCGGTCCCTAATATTGTCAATTCG	1198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	850	TATAACAAACGTGAATTTTCACCTACTCGGTCCCTAATATTGTCAATTCG	801

  AL593845.5	1199	ACCAAAGACTAGAACAGAAACACAAGGGGAACAAGCAAACATGACAGCAT	1248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
C  AL672087.6	800	ACCAAAGACTAGAACAGAAACACAAGGGGAACAAGCAAACATGACGGCAT	751

  AL593845.5	1249	TAAATACTTTGCAAACAATTTAATGATTATTTTTAGAGCATACACATTTG	1298
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
C  AL672087.6	750	TAAATACTTTGCAAACAATTTAATGATTATTTTTGGAGCATACACATTTG	701

  AL593845.5	1299	AAAATATTTGTTTACTTCAAACTGCAACTTGAGTTAAATAATTGTTTATA	1348
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	700	AAAATATTTGTTTACTTCAAACTGCAACTTGAGTTAAATAATTGTTTATA	651

  AL593845.5	1349	ATATACAAAGAAAATACAAGGGAAAGCACAGCTTGCTTTTTGCTTG---T	1395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
C  AL672087.6	650	ATATACAAAGAAAATACAAGGGAAAGCACAGCTTGCTTTTTGCTTGTTTT	601

  AL593845.5	1396	TTTTTTTTTTTAAATGTGCCTTGCACACAGAACCAGTGTTTCTGTATCTA	1445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	600	TTTTTTTTTTTAAATGTGCCTTGCACACAGAACCAGTGTTTCTGTATCTA	551

  AL593845.5	1446	TAGCTTTATTGAAAAATTACACAAATGCACTCAGGGATCCTTAAGCAGGG	1495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	550	TAGCTTTATTGAAAAATTACACAAATGCACTCAGGGATCCTTAAGCAGGG	501

  AL593845.5	1496	CAATGAACATTTGAAAACGTACACGGTAACGGAAGCAAAAAAGGAAAAAA	1545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	500	CAATGAACATTTGAAAACGTACACGGTAACGGAAGCAAAAAAGGAAAAAA	451

  AL593845.5	1546	AGAAAAGCATGTGCATGATTGTATGCAGACAGATTATGTAAAACAAATGA	1595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	450	AGAAAAGCATGTGCATGATTGTATGCAGACAGATTATGTAAAACAAATGA	401

  AL593845.5	1596	AAAGAAAACTAGTTGGGTTTTTTTCAGCAATGCAGGCACTAGTAAAACTT	1645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	400	AAAGAAAACTAGTTGGGTTTTTTTCAGCAATGCAGGCACTAGTAAAACTT	351

  AL593845.5	1646	AAAACCTGTTAAGGAAATGCCCAAACACTCTATAGTTAGCTCTACAGAAG	1695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	350	AAAACCTGTTAAGGAAATGCCCAAACACTCTATAGTTAGCTCTACAGAAG	301

  AL593845.5	1696	CAGGTGTGCTTGTTTTCCAGGGTCTGACACTGCAGATGGTGATGATTTCT	1745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	300	CAGGTGTGCTTGTTTTCCAGGGTCTGACACTGCAGATGGTGATGATTTCT	251

  AL593845.5	1746	GGGTCTGAAAAAGATGATCTATGCCTAAATTTACACTGAACGTGGAGTAA	1795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
C  AL672087.6	250	GGGTCTGAAAAAGATGATCTATGCCTAAATTTACACTGAACCTGGAGTAA	201

  AL593845.5	1796	ATGACAGTAAACACAGTAGGTGAGGAGAGACTACCCTGGCTGCCAGCGGC	1845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	200	ATGACAGTAAACACAGTAGGTGAGGAGAGACTACCCTGGCTGCCAGCGGC	151

  AL593845.5	1846	TCAAGCCCTTAAAGCGGTAGATTGACCTGGGAAAGGCCTTGTGAAGCAGT	1895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	150	TCAAGCCCTTAAAGCGGTAGATTGACCTGGGAAAGGCCTTGTGAAGCAGT	101

  AL593845.5	1896	CAGTGGAGCG---GGAGGAGGAAACCCTATTCGCTTTCAGGTGCTAGTGG	1942
			||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
C  AL672087.6	100	CAGTGGAGCGGGAGGAGGAGGAAACCCTATTCGCTTTTAGGTGCTAGTGG	51

  AL593845.5	1943	AGCTGCGATGGGACTGTCGTTCCTGTTTATTAGGGTACTTGAAGGGAATA	1992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	50	AGCTGCGATGGGACTGTCGTTCCTGTTTATTAGGGTACTTGAAGGGAATA	1

Compact alignment

skip 200 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	201	TTAAAGCTGCAGGCAGCAATAAAAGGGACCTTGCACCCGGGCTCACCCCT	250
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1800	TTAAAGCTGCAGGCAGCAATAAAAGTGACCTTGCACCCGGGCTCACCCCT	1751

skip 50 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	301	AAAA-TTATAACCTGAGAAAATCACAGATTTTTGTTAAACCTTCTTCTAT	349
			|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1700	AAAAATTATAACCTGAGAAAATCACAGATTTATGTTAAACCTTCTTCTAT	1651

skip 150 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	500	CACCGCAGACACGTCCTTTGGCGAAAACTCTAGATCTACACAATTTCACA	549
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1500	CACCGCAGACACATCCTTTGGCGAAAACTCTAGATCTACACAATTTCACA	1451

skip 100 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	650	GGTGGCGCTAGAACTGTAACTGAAAATTGGGATGTAAAAGAGTTCAAGTC	699
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1350	GGTGGCGCTAGAACTGTAACTGAATATTGGGATGTAAAAGAGTTCAAGTC	1301

  AL593845.5	700	AAGACTCCTATCGAACGTGTGGATTTTGAAGCAGATCAGACAATGCGTGC	749
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1300	AAGACTCCTATCAAACGTGTGGATTTTGAAGCAGATCAGACAATGCGTGC	1251

  AL593845.5	750	CTGAGATATAACAACTTCTTGTTTTGTGGCGAGCCATTAAAGTTTGTGAG	799
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1250	CTGAGTTATAACAACTTCTTGTTTTGTGGCGAGCCATTAAAGTTTGTGAG	1201

skip 50 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	850	CATTGCCATGGCCTTTAGATGAC-AAACCCAATTTTGATGTTGATCTGAT	898
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1150	CATTGCCATGGCCTTTAGATGACAAAACCCAATTTTGATGTTGATCTGAT	1101

  AL593845.5	899	AAAATCCCTAGGAGAAGTTCGTTTAAATACAATGCCTTGAAATGGCAAAA	948
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1100	AAAATCCCTAGGAGGAGTTCGTTTAAATACAATGCCTTGAAATGGCAAAA	1051

  AL593845.5	949	ACTGCACAGGAAGTTAAAAATATCCAACTTTCTGTTGGGTTTGAGATTTC	998
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	1050	ACTGCACAGAAAGTTAAAAATATCCAACTTTCTGTTGGGTTTGAGATTTC	1001

skip 50 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	1049	AATTTTCATACGTGTGCATCAATGTTAGCACAGAGGCCAGTCTGTCAAAA	1098
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  AL672087.6	950	AATTTTCATACGCGTGCATCAATGTTAGCACAGAGGCCAGTCTGTCAAAA	901

skip 100 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	1199	ACCAAAGACTAGAACAGAAACACAAGGGGAACAAGCAAACATGACAGCAT	1248
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
C  AL672087.6	800	ACCAAAGACTAGAACAGAAACACAAGGGGAACAAGCAAACATGACGGCAT	751

  AL593845.5	1249	TAAATACTTTGCAAACAATTTAATGATTATTTTTAGAGCATACACATTTG	1298
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
C  AL672087.6	750	TAAATACTTTGCAAACAATTTAATGATTATTTTTGGAGCATACACATTTG	701

skip 50 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	1349	ATATACAAAGAAAATACAAGGGAAAGCACAGCTTGCTTTTTGCTTG---T	1395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
C  AL672087.6	650	ATATACAAAGAAAATACAAGGGAAAGCACAGCTTGCTTTTTGCTTGTTTT	601

skip 350 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	1746	GGGTCTGAAAAAGATGATCTATGCCTAAATTTACACTGAACGTGGAGTAA	1795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
C  AL672087.6	250	GGGTCTGAAAAAGATGATCTATGCCTAAATTTACACTGAACCTGGAGTAA	201

skip 100 bps 100% identity alignment

  AL593845.5	1896	CAGTGGAGCG---GGAGGAGGAAACCCTATTCGCTTTCAGGTGCTAGTGG	1942
			||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
C  AL672087.6	100	CAGTGGAGCGGGAGGAGGAGGAAACCCTATTCGCTTTTAGGTGCTAGTGG	51

skip 50 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL593845.5 - 89159 bps
Hit
AL672087.6 - 14900 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1992 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link