<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1999 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AL645637.18	1	GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAAATAGAGTTATTTGGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100305	GAATTCTTTGTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAAATAGAGTTATTTGGTT	100354

AL645637.18	51	TTCAGGAGTCCAACTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGCCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100355	TTCAGGAGTCCAACTTCTTGAGTTCTTTATATATATTGGATATTAGCCCC	100404

AL645637.18	101	CTATCAGATTTAGGATTTGTAAAGATCTTTCCCCAATCTGTTGGTTGCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100405	CTATCAGATTTAGGATTTGTAAAGATCTTTCCCCAATCTGTTGGTTGCCT	100454

AL645637.18	151	TTTTGTCTTGTTGACAGTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAGTTTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100455	TTTTGTCTTGTTGACAGTGTCCTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAGTTTTA	100504

AL645637.18	201	TGAGGTCCCATTTGTCTATTGTTGATCTTAGAGCATAAGCCATTGGTGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100505	TGAGGTCCCATTTGTCTATTGTTGATCTTAGAGCATAAGCCATTGGTGTT	100554

AL645637.18	251	CTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATGTGTTCGAGGCTCTTCCCCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100555	CTGTTCAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATGTGTTCGAGGCTCTTCCCCAC	100604

AL645637.18	301	TTTCTCCTCTATATGTTTCAGTGTATCTGGTTTTATGTGGAGGTCCTTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100605	TTTCTCCTCTATATGTTTCAGTGTATCTGGTTTTATGTGGAGGTCCTTGA	100654

AL645637.18	351	TCCACTTAGACTTGAGCTTTGTACAAGGAGAGAAGAATGGGTCGACTTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100655	TCCACTTAGACTTGAGCTTTGTACAAGGAGAGAAGAATGGGTCGACTTGC	100704

AL645637.18	401	ATTTTTCTACATGCTGACCGTCAGTTGAACAAGCACCATTTGTTTAAAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100705	ATTTTTCTACATGCTGACCGTCAGTTGAACAAGCACCATTTGTTTAAAAT	100754

AL645637.18	451	GCTGTCTTTTTTCCACTGGATTGTTTGGCTCCTTTGTCAAAGATCAAGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100755	GCTGTCTTTTTTCCACTGGATTGTTTGGCTCCTTTGTCAAAGATCAAGTG	100804

AL645637.18	501	ACCACAGGTGTGTAGGTTCATTTCTGGGTCTTCAAATCTATTCTACTGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100805	ACCACAGGTGTGTAGGTTCATTTCTGGGTCTTCAAATCTATTCTACTGAT	100854

AL645637.18	551	CTTCCTGCCTGTATCTGAACCAATACCATACAGTTTTTATCACTATTGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100855	CTTCCTGCCTGTATCTGAACCAATACCATACAGTTTTTATCACTATTGCT	100904

AL645637.18	601	CTGTAATACAGCTTGAGGTCAGGGATGGTGATTCCCCCAGAAGTTTTTTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100905	CTGTAATACAGCTTGAGGTCAGGGATGGTGATTCCCCCAGAAGTTTTTTA	100954

AL645637.18	651	TTGTTGAGAATAGTTTTTGCTATCCTGGGTTTTTTGTAGTTCCAAATGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	100955	TTGTTGAGAATAGTTTTTGCTATCCTGGGTTTTTTGTAGTTCCAAATGAA	101004

AL645637.18	701	TTTGCAAATTGCTCTTTCTAACTCTCTAAGATTTGATTTGGAATTTTGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101005	TTTGCAAATTGCTCTTTCTAACTCTCTAAGATTTGATTTGGAATTTTGAT	101054

AL645637.18	751	GGGGATTGCATTGAGTCTGTAGATTGCTTTTGACACACTGGCCATTTTTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101055	GGGGATTGCATTGAGTCTGTAGATTGCTTTTGACACACTGGCCATTTTTA	101104

AL645637.18	801	CTATATTAATCCTGCCAATCTATGAGTATGGGAGATCTTTCCATCTTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101105	CTATATTAATCCTGCCAATCTATGAGTATGGGAGATCTTTCCATCTTCTG	101154

AL645637.18	851	AGATGTTCTTTGATTTCTTTCTTCAGAGAATTGTAGTTCTTGACATACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101155	AGATGTTCTTTGATTTCTTTCTTCAGAGAATTGTAGTTCTTGACATACAG	101204

AL645637.18	901	ATTTTTCACTTACTTGGTTAGAGTCACACCAAGGTAAGTAATATTATTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101205	ATTTTTCACTTACTTGGTTAGAGTCACACCAAGGTAAGTAATATTATTTG	101254

AL645637.18	951	TGACTATTGTGAAGGGTGTCATTTCCCTAATTTCTTTGTGTGTGTGTGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101255	TGACTATTGTGAAGGGTGTCATTTCCCTAATTTCTTTGTGTGTGTGTGTG	101304

AL645637.18	1001	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGATGTGCTGGTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101305	TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGATGTGCTGGTGG	101354

AL645637.18	1051	TGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101355	TGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	101404

AL645637.18	1101	TGTGTGTATCAGGATAACCTTCAGGAAGTTTTTTTTTTGTTTGTTTGCTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101405	TGTGTGTATCAGGATAACCTTCAGGAAGTTTTTTTTTTGTTTGTTTGCTT	101454

AL645637.18	1151	TTTTTTTTTTTTTGGAGACAGGGTTTTTCTGTATAACAAACTCAAAGGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101455	TTTTTTTTTTTTTGGAGACAGGGTTTTTCTGTATAACAAACTCAAAGGAA	101504

AL645637.18	1201	AAAAATCACATGATTATTCCATTAGATGCTGAAAAAGCATTTGACAAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101505	AAAAATCACATGATTATTCCATTAGATGCTGAAAAAGCATTTGACAAAAT	101554

AL645637.18	1251	TCAGCATCCCTTCATGTTAAAAGTCTTGGAAAGATCAAGAATTCAAGGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101555	TCAGCATCCCTTCATGTTAAAAGTCTTGGAAAGATCAAGAATTCAAGGCC	101604

AL645637.18	1301	CATACCTAAACATAGTAAAAGCAATATACAGAAAACCAGTAGTCAACATC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101605	CATACCTAAACATAGTAAAAGCAATATACAGAAAACCAGTAGTCAACATC	101654

AL645637.18	1351	AAATTAAGTGGAGAGAAACTTGACGCAATCCTACTAAAATCAGGGATGAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101655	AAATTAAGTGGAGAGAAACTTGACGCAATCCTACTAAAATCAGGGATGAG	101704

AL645637.18	1401	ACAAGGCTGCCCATACTCTTTCTATGTACTCAATATAGTACTTGAAGTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101705	ACAAGGCTGCCCATACTCTTTCTATGTACTCAATATAGTACTTGAAGTTC	101754

AL645637.18	1451	TAGCTAGAGCAATTAGACAACAAAAGGAGATCAAGAGGATACAAATTGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101755	TAGCTAGAGCAATTAGACAACAAAAGGAGATCAAGAGGATACAAATTGGA	101804

AL645637.18	1501	AAGGAAGAAGTCAAAATATCACTATTTGCAGATGATATGATAGTATACTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101805	AAGGAAGAAGTCAAAATATCACTATTTGCAGATGATATGATAGTATACTT	101854

AL645637.18	1551	AAGTGATCCCAAAAATTCCACCAGAGAACTCCTAAAGCTGATAAATAACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101855	AAGTGATCCCAAAAATTCCACCAGAGAACTCCTAAAGCTGATAAATAACT	101904

AL645637.18	1601	TCAGCAAAGTGGCAGGATATAAAATTAATTCAAAAAAAATCAGTAGCCTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101905	TCAGCAAAGTGGCAGGATATAAAATTAATTCAAAAAAAATCAGTAGCCTA	101954

AL645637.18	1651	CCACTACTCAAAGGATAAAGAGGCTGAGAAAGAAATTAAGGCTGGGCAGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	101955	CCACTACTCAAAGGATAAAGAGGCTGAGAAAGAAATTAAGGCTGGGCAGT	102004

AL645637.18	1701	GGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	102005	GGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGGT	102054

AL645637.18	1751	TTCTAAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	102055	TTCTAAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCA	102104

AL645637.18	1801	GGGCTACACAGAGAAACCCTGTTCCCCACCCCCA-CCCCCCCCCCCCAAA	1849
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
AL669947.14	102105	GGGCTACACAGAGAAACCCTGTTCCCCACCCCCACCCCCCCCCCCCCAAA	102154

AL645637.18	1850	AAAAAAAGTCTGATAGAACTCTGCACTAAACCCATCTGGTTCTGGGCTTT	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	102155	AAAAAAAGTCTGATAGAACTCTGCACTAAACCCATCTGGTTCTGGGCTTT	102204

AL645637.18	1900	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTGGGAGACTATTAATGACTGCTTCTAT	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	102205	TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTGGGAGACTATTAATGACTGCTTCTAT	102254

AL645637.18	1950	TTCTTTATGGGTTATGGGACTGTTTAGATGGTTTATCTGATCCTGTTTTA	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669947.14	102255	TTCTTTATGGGTTATGGGACTGTTTAGATGGTTTATCTGATCCTGTTTTA	102304

Compact alignment

skip 1800 bps 100% identity alignment

AL645637.18	1801	GGGCTACACAGAGAAACCCTGTTCCCCACCCCCA-CCCCCCCCCCCCAAA	1849
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
AL669947.14	102105	GGGCTACACAGAGAAACCCTGTTCCCCACCCCCACCCCCCCCCCCCCAAA	102154

skip 150 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL645637.18 - 207629 bps
Hit
AL669947.14 - 102304 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1999 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link