<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL645941.11	1	GAATTCATAAGGGTAGGGCCATGATTCAATAGGATTAATTCAATAGGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	124989	GAATTCATAAGGGTAGGGCCATGATTCAATAGGATTAATTCAATAGGAAG	125038

AL645941.11	51	AGAAACCAGGGTATGCTCTCTTGCTCTTTCTCCCTCCCAGCCTTCCTCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125039	AGAAACCAGGGTATGCTCTCTTGCTCTTTCTCCCTCCCAGCCTTCCTCTC	125088

AL645941.11	101	TCTTTCTCTCTCACTCTGCCCCCAGAAGATGGCAACTCTCTCTATAAGCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125089	TCTTTCTCTCTCACTCTGCCCCCAGAAGATGGCAACTCTCTCTATAAGCC	125138

AL645941.11	151	AGGAAGAGCCCTTACCAGAAGCTGACCATGCTGGCGCCTTGATCTCAGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125139	AGGAAGAGCCCTTACCAGAAGCTGACCATGCTGGCGCCTTGATCTCAGAC	125188

AL645941.11	201	TTCCAACCTCCAGAACTGTGAGAGAATATATTTCTGTTGTTTAAGCCACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125189	TTCCAACCTCCAGAACTGTGAGAGAATATATTTCTGTTGTTTAAGCCACC	125238

AL645941.11	251	TAGTTTTATTTTGTTATGGCACCCCAAGCTAATACATATATCAATAATTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125239	TAGTTTTATTTTGTTATGGCACCCCAAGCTAATACATATATCAATAATTA	125288

AL645941.11	301	CATTATTCCTAATACAAAGAAATGATAAATTCTTGAGGTGGTAGATGCCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125289	CATTATTCCTAATACAAAGAAATGATAAATTCTTGAGGTGGTAGATGCCC	125338

AL645941.11	351	CAATTACTCTGATTTGGTCATTGCACATTGTATGCCTGTAACTAACATCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125339	CAATTACTCTGATTTGGTCATTGCACATTGTATGCCTGTAACTAACATCA	125388

AL645941.11	401	CATGTACCTCACTAATATATACAACGGTTGTGTACCCATAATAATTAAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125389	CATGTACCTCACTAATATATACAACGGTTGTGTACCCATAATAATTAAAC	125438

AL645941.11	451	ATAAAAATTAAGAAAAAAAATTACACTAAATGCAAATGATCTAAATACCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125439	ATAAAAATTAAGAAAAAAAATTACACTAAATGCAAATGATCTAAATACCT	125488

AL645941.11	501	CAATTAAGAAACCCAGTTCAGGCCAGGCATGGTGGCTTACACCTGTAAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125489	CAATTAAGAAACCCAGTTCAGGCCAGGCATGGTGGCTTACACCTGTAAAC	125538

AL645941.11	551	CCAGCACTCTACAAAAAAAAACAAACAAACAAAAAACAAAAACAAAAACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125539	CCAGCACTCTACAAAAAAAAACAAACAAACAAAAAACAAAAACAAAAACA	125588

AL645941.11	601	AAAAAAAACCCAGTTCAAATATAACAATATAGGCCAGGCTCAGTGGCTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125589	AAAAAAAACCCAGTTCAAATATAACAATATAGGCCAGGCTCAGTGGCTCT	125638

AL645941.11	651	CAGCACTTTGGGAGGCTAAGCCAGGTGGATAATTTGAGGTAGGTCAGGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125639	CAGCACTTTGGGAGGCTAAGCCAGGTGGATAATTTGAGGTAGGTCAGGAG	125688

AL645941.11	701	TTCGAGACCAGCCTGGCCTACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAATAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125689	TTCGAGACCAGCCTGGCCTACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAATAC	125738

AL645941.11	751	AAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGTGCACCTGTGGTCCCAGCTACTCAGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125739	AAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGTGCACCTGTGGTCCCAGCTACTCAGG	125788

AL645941.11	801	AGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGACCCTGGAAGACAGAGGTTGCCGTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125789	AGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGACCCTGGAAGACAGAGGTTGCCGTGA	125838

AL645941.11	851	GCAGAGATTGTGCCGCTGCACTCCAGCCTAGGTGACAAGATGAGACTTTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125839	GCAGAGATTGTGCCGCTGCACTCCAGCCTAGGTGACAAGATGAGACTTTG	125888

AL645941.11	901	TCTCAAAAAAAACACAAAACAAACAAAAACAACAATAAAACCACACAAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125889	TCTCAAAAAAAACACAAAACAAACAAAAACAACAATAAAACCACACAAAT	125938

AL645941.11	951	ATAACAACATAGGCAGGTTAAAAGTAAAAGGATGGAAAAAGACACAACAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125939	ATAACAACATAGGCAGGTTAAAAGTAAAAGGATGGAAAAAGACACAACAT	125988

AL645941.11	1001	GTTTTCCTTAATTAGAGGAATACAGGAGTGAGTGTACTACTCTCAGATAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	125989	GTTTTCCTTAATTAGAGGAATACAGGAGTGAGTGTACTACTCTCAGATAA	126038

AL645941.11	1051	GGTAAACTTCAGAGCCAAAACAAAAAAAATTACCAGAGAAAGATAAGGAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126039	GGTAAACTTCAGAGCCAAAACAAAAAAAATTACCAGAGAAAGATAAGGAC	126088

AL645941.11	1101	GTTTTATAATAATAGAAGGGTCAGTCTATCAAGAAGACATTGCAGTCAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126089	GTTTTATAATAATAGAAGGGTCAGTCTATCAAGAAGACATTGCAGTCAGA	126138

AL645941.11	1151	AATGTTTATGCCCAAAACACCAGAGCTGTAAAATATGTGAAGCAAAAACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126139	AATGTTTATGCCCAAAACACCAGAGCTGTAAAATATGTGAAGCAAAAACT	126188

AL645941.11	1201	GACGGAACTGAAAGAAAAAATAGAAAATCCACAATTATAATTGGAGACAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126189	GACGGAACTGAAAGAAAAAATAGAAAATCCACAATTATAATTGGAGACAT	126238

AL645941.11	1251	CAACACAACTCTCACAACTATTAATAAAACTAGAAAGAAGGCAGGGAGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126239	CAACACAACTCTCACAACTATTAATAAAACTAGAAAGAAGGCAGGGAGTG	126288

AL645941.11	1301	GTGGCTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGGGGGTGGAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126289	GTGGCTCAGGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGGGGGTGGAT	126338

AL645941.11	1351	CACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126339	CACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGA	126388

AL645941.11	1401	CTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126389	CTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTA	126438

AL645941.11	1451	GTCCCAGATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126439	GTCCCAGATACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGGGA	126488

AL645941.11	1501	CGGAGCTTTCAGTGAGCTGAGATCCTGCCACTGCACTCCAGCAGCCTGGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126489	CGGAGCTTTCAGTGAGCTGAGATCCTGCCACTGCACTCCAGCAGCCTGGG	126538

AL645941.11	1551	GGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAAAAATAAAAAAATAAAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126539	GGACAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAATAAAAATAAAAAAATAAAAA	126588

AL645941.11	1601	CTAGAAAGAAAATCAGCAAAGATGTAGAAGAGCTCAATAACACCATCAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126589	CTAGAAAGAAAATCAGCAAAGATGTAGAAGAGCTCAATAACACCATCAAC	126638

AL645941.11	1651	CAACAGGATCAAATCCACATTTACAGGACACTCCACCCATCAATAGCAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126639	CAACAGGATCAAATCCACATTTACAGGACACTCCACCCATCAATAGCAGA	126688

AL645941.11	1701	ATACACATTGGCTCTTTTTTGTTGTTTTTCTTTTCCGGTTTTACTAGGTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126689	ATACACATTGGCTCTTTTTTGTTGTTTTTCTTTTCCGGTTTTACTAGGTG	126738

AL645941.11	1751	CAAGGGGTACATATGCAGGTTTGTTACATGGGTAAATTGCGTGTCACAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126739	CAAGGGGTACATATGCAGGTTTGTTACATGGGTAAATTGCGTGTCACAAG	126788

AL645941.11	1801	GGTTTGGTGTACAGATAATTTTAAAAGAATTTAAATTATACAAACTTTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126789	GGTTTGGTGTACAGATAATTTTAAAAGAATTTAAATTATACAAACTTTTC	126838

AL645941.11	1851	TCTGACTACAATGGAATCAAATTAGAAATCAATAACGGAAAGACAGCAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126839	TCTGACTACAATGGAATCAAATTAGAAATCAATAACGGAAAGACAGCAGA	126888

AL645941.11	1901	GGAAAAATCATCAGCATAATACCCGATAGGTGCTTTTTCAATCATCACTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126889	GGAAAAATCATCAGCATAATACCCGATAGGTGCTTTTTCAATCATCACTG	126938

AL645941.11	1951	TCCTCCCACCCTCCACCCTCAAATAGGCCCCAGTGTCTATTTTTCCCATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669918.5	126939	TCCTCCCACCCTCCACCCTCAAATAGGCCCCAGTGTCTATTTTTCCCATC	126988

Overview

Query
AL645941.11 - 71501 bps
Hit
AL669918.5 - 126988 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link