<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2006 bps / non-identical: 1350 bps

Full alignment

AL591671.8	1	GATCTAAGACAAATAGAATGTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTATCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||
AL669882.1	23695	GATCTAAGACAAATAGAATGTTGTTGTT-----TTTTTTTTTTTTATCTT	23739

AL591671.8	51	ATTGGATTTCAGTAATATTTAAAAAGTTACCCTGCATCTTAAAGGTCCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	23740	ATTGGATTTCAGTAATATTTAAAAAGTTACCCTGCATCTTAAAGGTCCTG	23789

AL591671.8	101	TGAAGTGCTTTGAAATGTGAATTTTTATTCTATGTTTGATGTAATTTCAA	150
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	23790	TGAAGTGCTTTGAAATGTGCATTTTTATTCTATGTTTGATGTAATTTCAA	23839

AL591671.8	151	CCAAA-CACAATGAGAGGGACGGATAAAATGTAGCTTGGATATAATGTAG	199
			||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL669882.1	23840	CCAAAACACAATGAGAGGGACGGATAAAATGTAGCTCGGATATAATGTAG	23889

AL591671.8	200	TTAAAAAAACAACCAATAGCATTTA------GTTTGGTTGAGCTCAAGCA	243
			|||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||
AL669882.1	23890	TTAAAAAAACAACCAATAGCATTTAGTTTTAGTTTGGTTGAGCTCAAGCA	23939

AL591671.8	244	CATCAAGTGTGAAGCGTCTTGAAGGAGGCGGGGCATGTCAGAAACAAGAG	293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	23940	CATCAAGTGTGAAGCGTCTTGAAGGAGGCGGGGCATGTCAGAAACAAGAG	23989

AL591671.8	294	AGCATTTGATTTGTCACGATTTGATGCTAAAATTGGTGACGTGAATAAAA	343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	23990	AGCATTTGATTTGTCACGATTTGATGCTAAAATTGGTGACGTGAATAAAA	24039

AL591671.8	344	TCGTTGATCCATTTAGGTGGAGATGCCAAACTACAAGCTTTACCAACGCA	393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24040	TCGTTGATCCATTTAGGTGGAGATGCCAAACTACAAGCTTTACCAACGCA	24089

AL591671.8	394	TGGCATCTCACGGCAATTCATAACTCTTTGATATAGTGGCTGATTTGTAT	443
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL669882.1	24090	TGGCATCTCACGGCAATTCATAACTCTTTAATATAGTGGCTGATTTGTAT	24139

AL591671.8	444	GAATTCAAATTACAATTTATTACAATTTGCTTATCCCCCAATAACAGTTG	493
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24140	GAATTCAAATTACAATTTATTACAATTTGCTTATCCCCCAATAACAGTTG	24189

AL591671.8	494	GGTTTATGGGTGGGGTTGGATGTCACGCCTCCTTTTAACTTTTACGATTT	543
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24190	AGTTTATGGGTGGGGTTGGATGTCACGCCTCCTTTTAACTTTTACGATTT	24239

AL591671.8	544	TAAATGAATTTGCCACTAAACTAACAAAACGTAAAGTAGTCATGTTTTCT	593
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 
AL669882.1	24240	TAAATGAATTTGCCACTAAACTAAAAAAACGTAAAGTAGTCATGTTTTCA	24289

AL591671.8	594	CGAGAGATCAGGCTGGCTTCACATGTTTTTATGGGTTTAAATCTCCTAAA	643
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24290	TGAGAGATCAGGCTGGCTTCACATGTTTTTATGGGTTTAAATCTCCTAAA	24339

AL591671.8	644	CATGAATTTTGTCACTGTTTTGGTGCACACTAGCTTATAGATAAACTTAA	693
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
AL669882.1	24340	CATGAATTTTGTCACTGTTTTGGTGCACAATAGCTTATAGATATACTTAA	24389

AL591671.8	694	AACCTAACAATACTGACAGTAACATTTAAAAAAAATGTTACTTTAATTTC	743
			|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24390	AAACTAACAATACTGACACTAACATTTAAAAAAAATGTTACTTTAATTTC	24439

AL591671.8	744	ATGGGACCTTTATAATGCTTTCTCTGCGCTTAATTGATTTGAACAAGCTA	793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24440	ATGGGACCTTTATAATGCTTTCTCTGCGCTTAATTGATTTGAACAAGCTA	24489

AL591671.8	794	TGTGCATACATTTAATGCTCTTCAAACTGAGGCCATTTGTCCCTGGTGAA	843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24490	TGTGCATACATTTAATGCTCTTCAAACTGAGGCCATTTGTCCCTGGTGAA	24539

AL591671.8	844	CATGTTTGACATCCTGCCCTGCACTTTGCAGCAGGTTGAATCAACATGCC	893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24540	CATGTTTGACATCCTGCCCTGCACTTTGCAGCAGGTTGAATCAACATGCC	24589

AL591671.8	894	CACTTTATTGTTGGCTTGTAATCCCTCCCTGTCTTGTCCCCATGGCGTCA	943
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL669882.1	24590	CACTTTATTGTTGGCTTGTAATCCCTCCCTGTCTTGTCCCGATGGCGTCA	24639

AL591671.8	944	GTGTGCCATGAGGCTACGACAGGACTGTAATAGCTCTTTTAAATATTATT	993
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL669882.1	24640	GTGTGCCATGAGGCTACGACAGGACTGTAATCGCTCTTTTAAATATTATT	24689

AL591671.8	994	GAACAGCACATGAGCGATTTGGAGATTTCTCTGGAATGCACGAAAGCATG	1043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24690	GAACAGCACATGAGCGATTTGGAGATTTCTCTGGAATGCACGAAAGCATG	24739

AL591671.8	1044	TCTTGGGTTTATTTTCAGGGTTTGCGCGTGTGTATATCTCTGCTGTTCTC	1093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24740	TCTTGGGTTTATTTTCAGGGTTTGCGCGTGTGTATATCTCTGCTGTTCTC	24789

AL591671.8	1094	CACTTATGTGTTCCTTTTGAGATGTGAATGATAAACGTGTCAGCATTGCC	1143
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24790	CACTTGTGTGTTCCTTTTGAGATGTGAATGATAAACGTGTCAGCATTGCC	24839

AL591671.8	1144	ATCCCCAGCCAGCCTTACATGGAAATGCCAAGTGTATAATATAGTGGAGC	1193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24840	ATCCCCAGCCAGCCTTACATGGAAATGCCAAGTGTATAATATAGTGGAGC	24889

AL591671.8	1194	GTGAAAAGAAGATATGAGATAGAATGGAGAGAGAGAGAGATGCTGAAGAT	1243
			||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24890	GTGAAAAGAAGATATGAGATAGAATG--GAGAGAGAGAGATGCTGAAGAT	24937

AL591671.8	1244	ACACACAAGAGGAATGAGAAGTGTGGGTGGATATTTGTAAAATGCATTGT	1293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24938	ACACACAAGAGGAATGAGAAGTGTGGGTGGATATTTGTAAAATGCATTGT	24987

AL591671.8	1294	ACAAAGGCACATCGTTTGATGCTAACTTGGCTACAAAAATGGATATGAGT	1343
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL669882.1	24988	ACAAAGGCACATCGTTTGATGCTAACTTGGCT-CAAAAATGGATATGAGT	25036

AL591671.8	1344	TTGTGTACATGAATGTTTTTAACCCAGTTAGGCTTAATTAGACAAGAATG	1393
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25037	TTGTGTACATGAATGTTTTTAACCCAATTAGGCTTAATTAGACAAGAATG	25086

AL591671.8	1394	AATGTGGTCATGTAAACGTGATTACACAAACGTGTTCTCATTTCACGCAG	1443
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL669882.1	25087	AATGTGGTCATGTAAACGTGATTACACAAACTTGTTCTCATTTCACGCAG	25136

AL591671.8	1444	TTTGAGTAGAGGTGGTACATTAAAAATGATGCATAATATTTGGAGAAATA	1493
			||||||||| ||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||
AL669882.1	25137	TTTGAGTAGGGGTGGTACAATCAAAATGCTGTATAATATTTGGAGAAATA	25186

AL591671.8	1494	ATGCTGATAATAAACTATATACAGTTGAAGTTAGAATTATTAGCCACCCT	1543
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL669882.1	25187	ATGCTGATAATAAACTATATACAGTTGAAGTAAGAATTATTAGCCACCCT	25236

AL591671.8	1544	TAGATTTTTTCT-TTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCTAATGATTTTTA	1592
			| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
AL669882.1	25237	TTGATTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTA	25286

AL591671.8	1593	ACAGAGCAAGGACATTTTCACAGTACGTCTGACAATATATTTTTTTTCTG	1642
			|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL669882.1	25287	ACAGTGCAAGGAAATTTTCACAGTACGTCTGACAATAT-TTTTTTTTCTG	25335

AL591671.8	1643	AAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTAAAATAAAAGCAGTTTTAAAT	1692
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25336	AAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTCCGGCTAAAATAAAAGCAGTTTTAAAT	25385

AL591671.8	1693	GTTTAAACATTTAAATGTCAATATTATTCACCACTTTAAGCTA-TTTTTT	1741
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
AL669882.1	25386	GTTTAAACATTTAAATGTCAATATTATTCACCCCTTTAAGCTATTTTTTT	25435

AL591671.8	1742	TATATAGTCAACAGAACAGACCATCGTTATACAATAACTTGCCCAATTAC	1791
			| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25436	TTTATAGTCAAGAGAAGAGACCATCGTTATACAATAACTTGCCCAATTAC	25485

AL591671.8	1792	CCTTACCTGTCCAGTTAACCTAATTAACATAGTTAAGCCTTGCAATGCAA	1841
			||      |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25486	CC------GTCCAGTTTAACTAATTAACATAGTTAAGCCTTGCAATGCAA	25529

AL591671.8	1842	TACTAAATTTAGTAATGAAAAATTACTTGGTAACAAAGTATAAAAAATAA	1891
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL669882.1	25530	TACTAAATTTAGTAATGAAAAATTACTTAGTAACAAAGTATAAAAAATAA	25579

AL591671.8	1892	ATTCATTAAGCACATTACAAATGTGTTTTTGAAAGTCAAGAATACTGCAC	1941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25580	ATTCATTAAGCACATTACAAATGTGTTTTTGAAAGTCAAGAATACTGCAC	25629

AL591671.8	1942	TTGTAGCTGCATTTATAAACTGCTTACCAATGTCTATTAATGTAGAGTTA	1991
			||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25630	TTGTAGCTGCATTTATAAACTACTTAGTAATGTCTATTAATGTAGAGTTA	25679

AL591671.8	1992	ATGCTTAACAGATGA	2006
			|||||||||||||||
AL669882.1	25680	ATGCTTAACAGATGA	25694

Compact alignment

AL591671.8	1	GATCTAAGACAAATAGAATGTTGTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTATCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||
AL669882.1	23695	GATCTAAGACAAATAGAATGTTGTTGTT-----TTTTTTTTTTTTATCTT	23739

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591671.8	101	TGAAGTGCTTTGAAATGTGAATTTTTATTCTATGTTTGATGTAATTTCAA	150
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	23790	TGAAGTGCTTTGAAATGTGCATTTTTATTCTATGTTTGATGTAATTTCAA	23839

AL591671.8	151	CCAAA-CACAATGAGAGGGACGGATAAAATGTAGCTTGGATATAATGTAG	199
			||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
AL669882.1	23840	CCAAAACACAATGAGAGGGACGGATAAAATGTAGCTCGGATATAATGTAG	23889

AL591671.8	200	TTAAAAAAACAACCAATAGCATTTA------GTTTGGTTGAGCTCAAGCA	243
			|||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||
AL669882.1	23890	TTAAAAAAACAACCAATAGCATTTAGTTTTAGTTTGGTTGAGCTCAAGCA	23939

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591671.8	394	TGGCATCTCACGGCAATTCATAACTCTTTGATATAGTGGCTGATTTGTAT	443
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL669882.1	24090	TGGCATCTCACGGCAATTCATAACTCTTTAATATAGTGGCTGATTTGTAT	24139

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591671.8	494	GGTTTATGGGTGGGGTTGGATGTCACGCCTCCTTTTAACTTTTACGATTT	543
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24190	AGTTTATGGGTGGGGTTGGATGTCACGCCTCCTTTTAACTTTTACGATTT	24239

AL591671.8	544	TAAATGAATTTGCCACTAAACTAACAAAACGTAAAGTAGTCATGTTTTCT	593
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 
AL669882.1	24240	TAAATGAATTTGCCACTAAACTAAAAAAACGTAAAGTAGTCATGTTTTCA	24289

AL591671.8	594	CGAGAGATCAGGCTGGCTTCACATGTTTTTATGGGTTTAAATCTCCTAAA	643
			 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24290	TGAGAGATCAGGCTGGCTTCACATGTTTTTATGGGTTTAAATCTCCTAAA	24339

AL591671.8	644	CATGAATTTTGTCACTGTTTTGGTGCACACTAGCTTATAGATAAACTTAA	693
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
AL669882.1	24340	CATGAATTTTGTCACTGTTTTGGTGCACAATAGCTTATAGATATACTTAA	24389

AL591671.8	694	AACCTAACAATACTGACAGTAACATTTAAAAAAAATGTTACTTTAATTTC	743
			|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24390	AAACTAACAATACTGACACTAACATTTAAAAAAAATGTTACTTTAATTTC	24439

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591671.8	894	CACTTTATTGTTGGCTTGTAATCCCTCCCTGTCTTGTCCCCATGGCGTCA	943
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
AL669882.1	24590	CACTTTATTGTTGGCTTGTAATCCCTCCCTGTCTTGTCCCGATGGCGTCA	24639

AL591671.8	944	GTGTGCCATGAGGCTACGACAGGACTGTAATAGCTCTTTTAAATATTATT	993
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL669882.1	24640	GTGTGCCATGAGGCTACGACAGGACTGTAATCGCTCTTTTAAATATTATT	24689

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591671.8	1094	CACTTATGTGTTCCTTTTGAGATGTGAATGATAAACGTGTCAGCATTGCC	1143
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24790	CACTTGTGTGTTCCTTTTGAGATGTGAATGATAAACGTGTCAGCATTGCC	24839

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591671.8	1194	GTGAAAAGAAGATATGAGATAGAATGGAGAGAGAGAGAGATGCTGAAGAT	1243
			||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
AL669882.1	24890	GTGAAAAGAAGATATGAGATAGAATG--GAGAGAGAGAGATGCTGAAGAT	24937

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591671.8	1294	ACAAAGGCACATCGTTTGATGCTAACTTGGCTACAAAAATGGATATGAGT	1343
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
AL669882.1	24988	ACAAAGGCACATCGTTTGATGCTAACTTGGCT-CAAAAATGGATATGAGT	25036

AL591671.8	1344	TTGTGTACATGAATGTTTTTAACCCAGTTAGGCTTAATTAGACAAGAATG	1393
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25037	TTGTGTACATGAATGTTTTTAACCCAATTAGGCTTAATTAGACAAGAATG	25086

AL591671.8	1394	AATGTGGTCATGTAAACGTGATTACACAAACGTGTTCTCATTTCACGCAG	1443
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL669882.1	25087	AATGTGGTCATGTAAACGTGATTACACAAACTTGTTCTCATTTCACGCAG	25136

AL591671.8	1444	TTTGAGTAGAGGTGGTACATTAAAAATGATGCATAATATTTGGAGAAATA	1493
			||||||||| ||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||
AL669882.1	25137	TTTGAGTAGGGGTGGTACAATCAAAATGCTGTATAATATTTGGAGAAATA	25186

AL591671.8	1494	ATGCTGATAATAAACTATATACAGTTGAAGTTAGAATTATTAGCCACCCT	1543
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
AL669882.1	25187	ATGCTGATAATAAACTATATACAGTTGAAGTAAGAATTATTAGCCACCCT	25236

AL591671.8	1544	TAGATTTTTTCT-TTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCTAATGATTTTTA	1592
			| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
AL669882.1	25237	TTGATTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTA	25286

AL591671.8	1593	ACAGAGCAAGGACATTTTCACAGTACGTCTGACAATATATTTTTTTTCTG	1642
			|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
AL669882.1	25287	ACAGTGCAAGGAAATTTTCACAGTACGTCTGACAATAT-TTTTTTTTCTG	25335

AL591671.8	1643	AAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGGCTAAAATAAAAGCAGTTTTAAAT	1692
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25336	AAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTCCGGCTAAAATAAAAGCAGTTTTAAAT	25385

AL591671.8	1693	GTTTAAACATTTAAATGTCAATATTATTCACCACTTTAAGCTA-TTTTTT	1741
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
AL669882.1	25386	GTTTAAACATTTAAATGTCAATATTATTCACCCCTTTAAGCTATTTTTTT	25435

AL591671.8	1742	TATATAGTCAACAGAACAGACCATCGTTATACAATAACTTGCCCAATTAC	1791
			| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25436	TTTATAGTCAAGAGAAGAGACCATCGTTATACAATAACTTGCCCAATTAC	25485

AL591671.8	1792	CCTTACCTGTCCAGTTAACCTAATTAACATAGTTAAGCCTTGCAATGCAA	1841
			||      |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25486	CC------GTCCAGTTTAACTAATTAACATAGTTAAGCCTTGCAATGCAA	25529

AL591671.8	1842	TACTAAATTTAGTAATGAAAAATTACTTGGTAACAAAGTATAAAAAATAA	1891
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
AL669882.1	25530	TACTAAATTTAGTAATGAAAAATTACTTAGTAACAAAGTATAAAAAATAA	25579

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591671.8	1942	TTGTAGCTGCATTTATAAACTGCTTACCAATGTCTATTAATGTAGAGTTA	1991
			||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||
AL669882.1	25630	TTGTAGCTGCATTTATAAACTACTTAGTAATGTCTATTAATGTAGAGTTA	25679

skip 15 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL591671.8 - 85980 bps
Hit
AL669882.1 - 25694 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2006 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link