<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662871.9	1	CCGCCGTGGGAATTTAAGTCCAAGGGGCAGAGAAAACAGGAGGGGAATTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135289	CCGCCGTGGGAATTTAAGTCCAAGGGGCAGAGAAAACAGGAGGGGAATTG	135338

AL662871.9	51	CAGATCGGCTTGTCCCGGTCGTAGTTACTGCCCCTGCAGGTTCCCGCGCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135339	CAGATCGGCTTGTCCCGGTCGTAGTTACTGCCCCTGCAGGTTCCCGCGCC	135388

AL662871.9	101	CAGCCTCGGGATGGAGAACCTGGCACGCTACGTTTCGCGGGCTCTGAGAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135389	CAGCCTCGGGATGGAGAACCTGGCACGCTACGTTTCGCGGGCTCTGAGAC	135438

AL662871.9	151	TCGGGTGGTGAGAGTCGCCGAGATGCGCACTGGGAAGAGAAAAGAGCCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135439	TCGGGTGGTGAGAGTCGCCGAGATGCGCACTGGGAAGAGAAAAGAGCCAG	135488

AL662871.9	201	GACGCACCTGCATTTATGGCGCCATCGCCCGGGCGGAATCCTCCACGGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135489	GACGCACCTGCATTTATGGCGCCATCGCCCGGGCGGAATCCTCCACGGAA	135538

AL662871.9	251	TAAAAAGTATGCAGAAGCAAGGCGATTTATGACTGCATAAACCCTCCGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135539	TAAAAAGTATGCAGAAGCAAGGCGATTTATGACTGCATAAACCCTCCGTG	135588

AL662871.9	301	CTCCTGGAGAGTTCTTAGACCTCTCCACTCCTTGGCACAACTGACCTCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135589	CTCCTGGAGAGTTCTTAGACCTCTCCACTCCTTGGCACAACTGACCTCTC	135638

AL662871.9	351	CACTCTTCGACAAACTGGCAAGCGCTTGCCGCCGTTCGCCAAACCTTGGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135639	CACTCTTCGACAAACTGGCAAGCGCTTGCCGCCGTTCGCCAAACCTTGGT	135688

AL662871.9	401	ACGACAGTCAATCCAGAAATGAGCTTCTGGAACAAATCCTAAATCCTTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135689	ACGACAGTCAATCCAGAAATGAGCTTCTGGAACAAATCCTAAATCCTTTT	135738

AL662871.9	451	TTGTCTGTCTTCTTCTGATTCGCTCTCATCCTTAAGGGACCTGTTTCTCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135739	TTGTCTGTCTTCTTCTGATTCGCTCTCATCCTTAAGGGACCTGTTTCTCC	135788

AL662871.9	501	TTCAAAACCTGAAAACATCTAACCTATAGTACCAACCCCAGATCCAGGCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135789	TTCAAAACCTGAAAACATCTAACCTATAGTACCAACCCCAGATCCAGGCC	135838

AL662871.9	551	TGGCCTTCCTGACCAGTCAAAGCCAGTTGGACTGTGCGCCTAGAAGTGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135839	TGGCCTTCCTGACCAGTCAAAGCCAGTTGGACTGTGCGCCTAGAAGTGGA	135888

AL662871.9	601	CAGACATGCGAAATGCCATACTGTATACGTACAATGCATAGGCCAAAGGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135889	CAGACATGCGAAATGCCATACTGTATACGTACAATGCATAGGCCAAAGGC	135938

AL662871.9	651	GACCCTATGACCCAGAGATTAGAAAGACTCGGACGTCTTTTGACTGGGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135939	GACCCTATGACCCAGAGATTAGAAAGACTCGGACGTCTTTTGACTGGGTT	135988

AL662871.9	701	CAGGTCACACTACTCCCAAAATACGACACCTCGGCATTTGAGAAAACAGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	135989	CAGGTCACACTACTCCCAAAATACGACACCTCGGCATTTGAGAAAACAGC	136038

AL662871.9	751	AGAAGCAGAAACGTTTTTCTCTGGGCCCTTGTTCCGTGAAGCGGGCCATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136039	AGAAGCAGAAACGTTTTTCTCTGGGCCCTTGTTCCGTGAAGCGGGCCATG	136088

AL662871.9	801	AAAGCTACCTGATCTTCCAATTAAAGTAGGTGATAAGACCGTCAATTCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136089	AAAGCTACCTGATCTTCCAATTAAAGTAGGTGATAAGACCGTCAATTCAG	136138

AL662871.9	851	AGGGGAGAAAATGTACTTGGAGGAAATAAACGAAGACACAGAGATGCCAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136139	AGGGGAGAAAATGTACTTGGAGGAAATAAACGAAGACACAGAGATGCCAA	136188

AL662871.9	901	AGAGAACCTGAATAAACAGGCTTTGCTAAGTTCACCCCAGTTTATAACCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136189	AGAGAACCTGAATAAACAGGCTTTGCTAAGTTCACCCCAGTTTATAACCA	136238

AL662871.9	951	TTAGATCATACCCCCTTTTATCCAATTATACTGCTATGGGACTATCCACT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136239	TTAGATCATACCCCCTTTTATCCAATTATACTGCTATGGGACTATCCACT	136288

AL662871.9	1001	TCATCAAACCTAAGCATAAAAATATAGGAAGTCCTCACTTATTGTCAGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136289	TCATCAAACCTAAGCATAAAAATATAGGAAGTCCTCACTTATTGTCAGTT	136338

AL662871.9	1051	GGTTTTTGGAAACTATTACTTTAAGCAAAATAAAACTAATTCTACCATAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136339	GGTTTTTGGAAACTATTACTTTAAGCAAAATAAAACTAATTCTACCATAG	136388

AL662871.9	1101	ACTAGACTAATTGATTTAAGAGTTAATTTTCTTGGCAAATGTCTGATCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136389	ACTAGACTAATTGATTTAAGAGTTAATTTTCTTGGCAAATGTCTGATCAC	136438

AL662871.9	1151	AAAAACACCAAATTTCTAAATAAGGACTCCAAACACTTCTAACACTAAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136439	AAAAACACCAAATTTCTAAATAAGGACTCCAAACACTTCTAACACTAAAT	136488

AL662871.9	1201	ATTGAAAAAAATATGAGCTGCACCTCAAGTTAAGATCAGCAAAAACGACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136489	ATTGAAAAAAATATGAGCTGCACCTCAAGTTAAGATCAGCAAAAACGACA	136538

AL662871.9	1251	TGATTGATTTATTTTTGGTGAATCAGTGACTGCAATTCTAGTGGTGGCAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136539	TGATTGATTTATTTTTGGTGAATCAGTGACTGCAATTCTAGTGGTGGCAG	136588

AL662871.9	1301	GTTATATCAAGGAATAAATGTTTGTGAAATAGCAGTTGTAAGGAGCAACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136589	GTTATATCAAGGAATAAATGTTTGTGAAATAGCAGTTGTAAGGAGCAACT	136638

AL662871.9	1351	CCTACTAACACACAATTCGTAAAACATTGTGTCCGGAATTGGCGGGTTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136639	CCTACTAACACACAATTCGTAAAACATTGTGTCCGGAATTGGCGGGTTCT	136688

AL662871.9	1401	TGATCTCACTGATTTCAAGAAAGCCACAAGTCCTCCGGATGAGTGTTACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136689	TGATCTCACTGATTTCAAGAAAGCCACAAGTCCTCCGGATGAGTGTTACA	136738

AL662871.9	1451	ATCGTTAGATGCGGTGTAGCCAGAGTTCATTCCCTCTGACGTTCGGATGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136739	ATCGTTAGATGCGGTGTAGCCAGAGTTCATTCCCTCTGACGTTCGGATGT	136788

AL662871.9	1501	GTTATAGAGTTTCTTCCTTCTGGTGGTTTGGTCTTCTACTGGCTCAGGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136789	GTTATAGAGTTTCTTCCTTCTGGTGGTTTGGTCTTCTACTGGCTCAGGAG	136838

AL662871.9	1551	TGAAACTGCAAACCTTGGCAGTCAGTGTTACATCTTCTAAGGCGGCGCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136839	TGAAACTGCAAACCTTGGCAGTCAGTGTTACATCTTCTAAGGCGGCGCCT	136888

AL662871.9	1601	CCGGAGTTGTTTGTTCTTGCCCGAGAATTCATGTTTTTCCTAACTTCAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136889	CCGGAGTTGTTTGTTCTTGCCCGAGAATTCATGTTTTTCCTAACTTCAAA	136938

AL662871.9	1651	AGATAAGCTGCAGACCATCAACAAATTACAGCTCATAAACGTAGTGTAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136939	AGATAAGCTGCAGACCATCAACAAATTACAGCTCATAAACGTAGTGTAAA	136988

AL662871.9	1701	CCCAAAGAACAATCAAGATCCATCGCAGAGAGCGAAAAATCACTTCCGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	136989	CCCAAAGAACAATCAAGATCCATCGCAGAGAGCGAAAAATCACTTCCGCA	137038

AL662871.9	1751	CCGTGGGAAAAAGCCCGAACACGTTGTCGCAGTTGGTTCCGGCAGCCTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	137039	CCGTGGGAAAAAGCCCGAACACGTTGTCGCAGTTGGTTCCGGCAGCCTGC	137088

AL662871.9	1801	TTTTATTATCTTGTCTGGCCCCACCCACATCCTGCTGATTGGTCCATTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	137089	TTTTATTATCTTGTCTGGCCCCACCCACATCCTGCTGATTGGTCCATTTT	137138

AL662871.9	1851	ACAGAGAACTGACTGGTCTGTTTTACAGAGAGCTGATTGGTCCATCTTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	137139	ACAGAGAACTGACTGGTCTGTTTTACAGAGAGCTGATTGGTCCATCTTCA	137188

AL662871.9	1901	CAGAGTGCTCATTGGCGCGTTTACAATCCCTGAGCTAGACACAAAAGTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	137189	CAGAGTGCTCATTGGCGCGTTTACAATCCCTGAGCTAGACACAAAAGTTC	137238

AL662871.9	1951	TCCAAGTCCCCACCAGAGTAGCTAGATACAGAGTGTCCATTAGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662890.3	137239	TCCAAGTCCCCACCAGAGTAGCTAGATACAGAGTGTCCATTAGTGAATTC	137288

Overview

Query
AL662871.9 - 103158 bps
Hit
AL662890.3 - 137288 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link