<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662824.9	1	GAATTCCTTGGCTCTTACTTCATCAAGAAAATTGGTCAGGCACACCCTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95129	GAATTCCTTGGCTCTTACTTCATCAAGAAAATTGGTCAGGCACACCCTTC	95178

AL662824.9	51	ATCAGCGACATTCTGACCATTTGGAGACCCTGGTTTCTCTTTCTTCTTCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95179	ATCAGCGACATTCTGACCATTTGGAGACCCTGGTTTCTCTTTCTTCTTCT	95228

AL662824.9	101	TCCTGAAGTCTCAGAGGCTGGGGCTCTTCCTGCTCCAGGCTAACCCTGAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95229	TCCTGAAGTCTCAGAGGCTGGGGCTCTTCCTGCTCCAGGCTAACCCTGAC	95278

AL662824.9	151	CTCCAGTTATGCGCTCGAGACCTTCACTCCTGCCTCCACTGGGAGCTTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95279	CTCCAGTTATGCGCTCGAGACCTTCACTCCTGCCTCCACTGGGAGCTTGT	95328

AL662824.9	201	CTCAGCTGTCCTCCCTTCTATCTCTCTGTTAACTCTAATCAGCCCCCTGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95329	CTCAGCTGTCCTCCCTTCTATCTCTCTGTTAACTCTAATCAGCCCCCTGC	95378

AL662824.9	251	TGCCAGATCCTTCCCTTCAGTTTAGAATTTAGGCTCAAATCTTCCTTGTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95379	TGCCAGATCCTTCCCTTCAGTTTAGAATTTAGGCTCAAATCTTCCTTGTC	95428

AL662824.9	301	CCTAATGCTCTTCTCATCTCCCTAGCTTCCACCCTCATCTTTCTTCTTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95429	CCTAATGCTCTTCTCATCTCCCTAGCTTCCACCCTCATCTTTCTTCTTTA	95478

AL662824.9	351	CTCTTCCCATGTTCCTTAAAGAAAATGTTACACTTCTGTGTTTCCTCTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95479	CTCTTCCCATGTTCCTTAAAGAAAATGTTACACTTCTGTGTTTCCTCTTT	95528

AL662824.9	401	CTCCCCTCCCACTCATTCTCAGCCCCACTGCAGTCTGACTTCCTTGTCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95529	CTCCCCTCCCACTCATTCTCAGCCCCACTGCAGTCTGACTTCCTTGTCCA	95578

AL662824.9	451	TGACCTCAGTGGGACAGAAATTGATTGCCAAGGTCACCAAATCTTTATCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95579	TGACCTCAGTGGGACAGAAATTGATTGCCAAGGTCACCAAATCTTTATCT	95628

AL662824.9	501	TTGTGGAGTTTTCTGCTGCTTTCATCACAGTAGATCATTCCACTTTCTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95629	TTGTGGAGTTTTCTGCTGCTTTCATCACAGTAGATCATTCCACTTTCTTG	95678

AL662824.9	551	AAATCTCTCCTTATTCAGATTTCAAGACATCACACTCCTCTGATTTTCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95679	AAATCTCTCCTTATTCAGATTTCAAGACATCACACTCCTCTGATTTTCCT	95728

AL662824.9	601	GACACCATTCAGATCATTCATTCTGGGGCTTCTGCTCCTCTGGGAATCTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95729	GACACCATTCAGATCATTCATTCTGGGGCTTCTGCTCCTCTGGGAATCTC	95778

AL662824.9	651	TAAATGCAGAGTGCCTCTAGGGATCTGTCCCCAGCTAACAATGTCTCCTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95779	TAAATGCAGAGTGCCTCTAGGGATCTGTCCCCAGCTAACAATGTCTCCTT	95828

AL662824.9	701	GATCAAACATTCATTTGTATAGCTTCAATTCTTAGTCATCTAATTATACC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95829	GATCAAACATTCATTTGTATAGCTTCAATTCTTAGTCATCTAATTATACC	95878

AL662824.9	751	TAACATAGCAAAGAACAATCCTTGGCATCTACTAGGTGCTTAGTAGCTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95879	TAACATAGCAAAGAACAATCCTTGGCATCTACTAGGTGCTTAGTAGCTGT	95928

AL662824.9	801	CACATCTTTTCTTCTTCTCAGACCTTTTGAATACAGCAACCTGGTCTTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95929	CACATCTTTTCTTCTTCTCAGACCTTTTGAATACAGCAACCTGGTCTTCT	95978

AL662824.9	851	ATTAATGGAGAGCAAAATCTAACCATTCCACCTCCTCTCTCCTCAGGGCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	95979	ATTAATGGAGAGCAAAATCTAACCATTCCACCTCCTCTCTCCTCAGGGCC	96028

AL662824.9	901	ACAATTTTATTCTTCTAGATATCTCTTCTTTCTCTACATTAATCCACTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96029	ACAATTTTATTCTTCTAGATATCTCTTCTTTCTCTACATTAATCCACTTC	96078

AL662824.9	951	TTTTTCCATTTCTGTACACTCACTTTCCTTCTTTGGCTCTCTTCATCTGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96079	TTTTTCCATTTCTGTACACTCACTTTCCTTCTTTGGCTCTCTTCATCTGA	96128

AL662824.9	1001	TCAAAATGAAAAATTAAAAGATATTTCAATGTTTTTGTGTAATAGCTAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96129	TCAAAATGAAAAATTAAAAGATATTTCAATGTTTTTGTGTAATAGCTAAT	96178

AL662824.9	1051	CTATTATAAAATATTTATATTCTTAGACATGCAGCTTTATTATGCAATCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96179	CTATTATAAAATATTTATATTCTTAGACATGCAGCTTTATTATGCAATCA	96228

AL662824.9	1101	CAAATGTTTTACACGTTTGACTTTTCTCAAAACCAAAAATCAGTTTTTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96229	CAAATGTTTTACACGTTTGACTTTTCTCAAAACCAAAAATCAGTTTTTAA	96278

AL662824.9	1151	AATTGCTTTTTACCTATATGTGGTTCTTGCTTGATGAAAACAAGCAACTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96279	AATTGCTTTTTACCTATATGTGGTTCTTGCTTGATGAAAACAAGCAACTA	96328

AL662824.9	1201	GAAAAAACTGGTCTACTTCCACTCAAACAGTGTCTCCAACTATGTGGCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96329	GAAAAAACTGGTCTACTTCCACTCAAACAGTGTCTCCAACTATGTGGCTT	96378

AL662824.9	1251	GCCCAGCTACCAGACCCTTCTTGAGAAATATTCTGCCAGACACAAATGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96379	GCCCAGCTACCAGACCCTTCTTGAGAAATATTCTGCCAGACACAAATGAA	96428

AL662824.9	1301	CACTCTTAGTTCACACTGCCCATTGGCACACGAGGGCATGGAGAGTGTTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96429	CACTCTTAGTTCACACTGCCCATTGGCACACGAGGGCATGGAGAGTGTTC	96478

AL662824.9	1351	TCTATGGAGAAGTAGGTGCTTACAGCAGAAATAGCCTTCCATGAGGTTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96479	TCTATGGAGAAGTAGGTGCTTACAGCAGAAATAGCCTTCCATGAGGTTGC	96528

AL662824.9	1401	GTCGGTTCTGCTTTCACTTTCCCGTCTCATGCAAAGTGGCCCAGAAAACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96529	GTCGGTTCTGCTTTCACTTTCCCGTCTCATGCAAAGTGGCCCAGAAAACA	96578

AL662824.9	1451	GCAGCCCCTCCCTGGAACTATTTCCTTCCTTTCTCAGAGAGTTGCATCTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96579	GCAGCCCCTCCCTGGAACTATTTCCTTCCTTTCTCAGAGAGTTGCATCTC	96628

AL662824.9	1501	CTGCTCTCTGGAAAGTTTCATGAGGAAATGGATTGCCTCTGTTCTTGGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96629	CTGCTCTCTGGAAAGTTTCATGAGGAAATGGATTGCCTCTGTTCTTGGTG	96678

AL662824.9	1551	AAAATTAACTCCATTACTAAGTTCTTAATCTTTTTTGTTTATATAGCTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96679	AAAATTAACTCCATTACTAAGTTCTTAATCTTTTTTGTTTATATAGCTCT	96728

AL662824.9	1601	CATTCCAAAAGACAATCTCCCTGACTGGGCTAGAAAGTCATATGTTTGTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96729	CATTCCAAAAGACAATCTCCCTGACTGGGCTAGAAAGTCATATGTTTGTA	96778

AL662824.9	1651	AATAATCAGAGAGAGGCCAAGGAAAAGGACAGAGCTGGCCACTGAGCCCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96779	AATAATCAGAGAGAGGCCAAGGAAAAGGACAGAGCTGGCCACTGAGCCCA	96828

AL662824.9	1701	GAGGGCTCTGTTGTCAATCCCATGGCAATTCACTGCTAGTCTTCTGCAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96829	GAGGGCTCTGTTGTCAATCCCATGGCAATTCACTGCTAGTCTTCTGCAAA	96878

AL662824.9	1751	AGACACATGACCCAGAGGAGACCCTCAGACACGAGGAAAGAGGAACTCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96879	AGACACATGACCCAGAGGAGACCCTCAGACACGAGGAAAGAGGAACTCTG	96928

AL662824.9	1801	TAGGGGACTTAGAGGCAATCTCTTTAATTGGAGGGGCTAAATAGCTTTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96929	TAGGGGACTTAGAGGCAATCTCTTTAATTGGAGGGGCTAAATAGCTTTCC	96978

AL662824.9	1851	TCTCATGGTTTGCAGCTCAGTGTAAGGCCAGGCAAGCTCCCAGGAGGCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	96979	TCTCATGGTTTGCAGCTCAGTGTAAGGCCAGGCAAGCTCCCAGGAGGCCA	97028

AL662824.9	1901	TCCAGGCTGTGAGGTCCCTAGAGAATCTCAGAGACCACACCAAAGGGTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	97029	TCCAGGCTGTGAGGTCCCTAGAGAATCTCAGAGACCACACCAAAGGGTCA	97078

AL662824.9	1951	CTCCTGTCTTAGCAACTGAGTAGGAAGCATTGTTGCCACCAAACTGTACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662845.5	97079	CTCCTGTCTTAGCAACTGAGTAGGAAGCATTGTTGCCACCAAACTGTACA	97128

Overview

Query
AL662824.9 - 187964 bps
Hit
AL662845.5 - 97128 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link