<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL662822.4	1	GAATTCAGATTCAAAATCTGAATACAAACTATGCTCACATCCCTGGTTGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	32831	GAATTCAGATTCAAAATCTGAATACAAACTATGCTCACATCCCTGGTTGA	32880

AL662822.4	51	ACACTAAACTCCCCATGGGTGTGGGACACTCAGGGGAACCTGGGGAAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	32881	ACACTAAACTCCCCATGGGTGTGGGACACTCAGGGGAACCTGGGGAAAAA	32930

AL662822.4	101	TCAGAAAGAACCTAGAGTGAGGTCTACCCTTGAAAGAGTGAAATAATCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	32931	TCAGAAAGAACCTAGAGTGAGGTCTACCCTTGAAAGAGTGAAATAATCCT	32980

AL662822.4	151	GGCAATATCTGAAAGTCTGCAGTAACATAGACTGCTTGCATTTGTCAACC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	32981	GGCAATATCTGAAAGTCTGCAGTAACATAGACTGCTTGCATTTGTCAACC	33030

AL662822.4	201	TGCATACAACACAGGCAGAAGAAAGCAAAAATCTTACTGGACTGAGGGGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33031	TGCATACAACACAGGCAGAAGAAAGCAAAAATCTTACTGGACTGAGGGGT	33080

AL662822.4	251	GAAAAGGCAGGATGCAGGACAATTTAGAGGGGATTCCAGAGACAAAACAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33081	GAAAAGGCAGGATGCAGGACAATTTAGAGGGGATTCCAGAGACAAAACAA	33130

AL662822.4	301	ACACAGAGAAGCTGAATTGCAAAATCTTAGCAGAAATAGCCCCAGTACTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33131	ACACAGAGAAGCTGAATTGCAAAATCTTAGCAGAAATAGCCCCAGTACTT	33180

AL662822.4	351	GTTAGTCCATGTTGTGTTGCTATAAATACCTGAGAGTGGGTAATTTATAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33181	GTTAGTCCATGTTGTGTTGCTATAAATACCTGAGAGTGGGTAATTTATAA	33230

AL662822.4	401	AGAAAAGAGGTTTATTTGGCTCATGGCTATATAGGTTGTACAAACATGGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33231	AGAAAAGAGGTTTATTTGGCTCATGGCTATATAGGTTGTACAAACATGGC	33280

AL662822.4	451	ACCAGCATCTCTTCAGCTTCTGGTGAGACCTCAGGAGCCTTTTACTCCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33281	ACCAGCATCTCTTCAGCTTCTGGTGAGACCTCAGGAGCCTTTTACTCCTG	33330

AL662822.4	501	GTGGAAGGGGAAGGGGGACCAGGCATGTCACATGGCAAAAGAGGAACAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33331	GTGGAAGGGGAAGGGGGACCAGGCATGTCACATGGCAAAAGAGGAACAGG	33380

AL662822.4	551	GTGGGAGGAGCCAGCTTCTTCTAAACAACCAACTCTCTTTCAAAATAATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33381	GTGGGAGGAGCCAGCTTCTTCTAAACAACCAACTCTCTTTCAAAATAATA	33430

AL662822.4	601	GAGCAGGGGCCGGATGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33431	GAGCAGGGGCCGGATGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGG	33480

AL662822.4	651	AGGCCGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33481	AGGCCGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCC	33530

AL662822.4	701	AATATGGTGAAACCCCATCCTTACTAAAAATACAAAAATTAGCTTGGCAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33531	AATATGGTGAAACCCCATCCTTACTAAAAATACAAAAATTAGCTTGGCAT	33580

AL662822.4	751	GGTGGCATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGAAGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33581	GGTGGCATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGAAGAA	33630

AL662822.4	801	TCTCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCCACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33631	TCTCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGCGCCACT	33680

AL662822.4	851	GCTCTCCAGGCTGGGCAACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAATAATAATAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33681	GCTCTCCAGGCTGGGCAACAGAGCGAGACTCTGTCTCAAAATAATAATAA	33730

AL662822.4	901	TAATAATAATAATAATAATAATAATAAAGCGAAGAGAACTTACTTATGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33731	TAATAATAATAATAATAATAATAATAAAGCGAAGAGAACTTACTTATGAC	33780

AL662822.4	951	TGTGGGGAGGGCACCAAGCCATTCATGAGGGATCTACCCCCATGACCCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33781	TGTGGGGAGGGCACCAAGCCATTCATGAGGGATCTACCCCCATGACCCAA	33830

AL662822.4	1001	ACAGCTTCCACTAGGCCCCACCTGCAGCATTGGGGATTACATTTCAACAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33831	ACAGCTTCCACTAGGCCCCACCTGCAGCATTGGGGATTACATTTCAACAT	33880

AL662822.4	1051	GAGGTTTGGCAGGGACAAATATTACACAGATGCAGAGTAGACACCCAGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33881	GAGGTTTGGCAGGGACAAATATTACACAGATGCAGAGTAGACACCCAGAG	33930

AL662822.4	1101	CCCCCTGCTGAAAATGCAGCAACTGGATATCGGTAAACAGAGCAGAGACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33931	CCCCCTGCTGAAAATGCAGCAACTGGATATCGGTAAACAGAGCAGAGACA	33980

AL662822.4	1151	TCAGCTGTAGCCAACTGCAGGGGTAACAGATTTCACAGTTACCAGTGCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	33981	TCAGCTGTAGCCAACTGCAGGGGTAACAGATTTCACAGTTACCAGTGCTG	34030

AL662822.4	1201	GGAAAGTTAACCACGTTCACTGAGGGGCAGGGGTGGTGGTGGTGGGAGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34031	GGAAAGTTAACCACGTTCACTGAGGGGCAGGGGTGGTGGTGGTGGGAGAA	34080

AL662822.4	1251	TTGCCATCTTTAGAGAGATTGTTGTAGATTCCAGACTCTCTAAAACAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34081	TTGCCATCTTTAGAGAGATTGTTGTAGATTCCAGACTCTCTAAAACAAAA	34130

AL662822.4	1301	CATATAATGTCCACTTTGTCAAATAGGATCAGACATAGAAAGAAAAGAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34131	CATATAATGTCCACTTTGTCAAATAGGATCAGACATAGAAAGAAAAGAAA	34180

AL662822.4	1351	GAAATGTGTGACTATAATAAGGAGGAAATTAAAAATAAATGGGTTTCAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34181	GAAATGTGTGACTATAATAAGGAGGAAATTAAAAATAAATGGGTTTCAAT	34230

AL662822.4	1401	GGGTCCAGATATTGAAATTATCAGCAAACTCTTTAAGACAGCTTTGAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34231	GGGTCCAGATATTGAAATTATCAGCAAACTCTTTAAGACAGCTTTGAAAA	34280

AL662822.4	1451	ATATGTGGAAAGAAATGAAGGAAATATCATTTCTAAAGAGTGAATAGAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34281	ATATGTGGAAAGAAATGAAGGAAATATCATTTCTAAAGAGTGAATAGAAG	34330

AL662822.4	1501	TAATTGCAGCAGAGAAATGAAAACTATAGATGGTACTAAGTGGAAATTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34331	TAATTGCAGCAGAGAAATGAAAACTATAGATGGTACTAAGTGGAAATTCT	34380

AL662822.4	1551	CAAACTGGATAGAAAAATAATGACAGTGCTCTGGATGAGGTCAACAGAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34381	CAAACTGGATAGAAAAATAATGACAGTGCTCTGGATGAGGTCAACAGAAG	34430

AL662822.4	1601	TTTTGAGATGGCAGAATAAAGAATCAGTCAGTGTCCTTGAATATAAATCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34431	TTTTGAGATGGCAGAATAAAGAATCAGTCAGTGTCCTTGAATATAAATCA	34480

AL662822.4	1651	ACAGAAATTGTCTAATCTAAAAATAAAAAAGAGTGAAATAAGATTAAAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34481	ACAGAAATTGTCTAATCTAAAAATAAAAAAGAGTGAAATAAGATTAAAGA	34530

AL662822.4	1701	AAAGTGAAGAAAACTTCACAAACCCTCAGAAAATATAAAGCAGGTAAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34531	AAAGTGAAGAAAACTTCACAAACCCTCAGAAAATATAAAGCAGGTAAACA	34580

AL662822.4	1751	GGTGACCAATTGGAGTCCCAAAAGAAGATAGACACAGGATCAGAAAAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34581	GGTGACCAATTGGAGTCCCAAAAGAAGATAGACACAGGATCAGAAAAAAA	34630

AL662822.4	1801	ATTCAAAAAAATCTATGGCTGAAAGATTCCCAAACTTGATGAAGAATTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34631	ATTCAAAAAAATCTATGGCTGAAAGATTCCCAAACTTGATGAAGAATTTT	34680

AL662822.4	1851	AGCTTATAGATGTAAGACACTCATCAAAGCTGAATACCCACATAGAAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34681	AGCTTATAGATGTAAGACACTCATCAAAGCTGAATACCCACATAGAAAAT	34730

AL662822.4	1901	CATAGGTAGAGTGGCCATGGCCTTGGCCTGGCCTGAGGGTGTGTCGCTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34731	CATAGGTAGAGTGGCCATGGCCTTGGCCTGGCCTGAGGGTGTGTCGCTAG	34780

AL662822.4	1951	CCCTGCTGCATGTGGTGTGGTGCAGGGTGCCAGTGCCTGGTGGGACCAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL662831.3	34781	CCCTGCTGCATGTGGTGTGGTGCAGGGTGCCAGTGCCTGGTGGGACCAGA	34830

Overview

Query
AL662822.4 - 162948 bps
Hit
AL662831.3 - 34830 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link