<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL645939.6	1	GGCTCTAGAATTCTTATGGCAAAATAGCTGTCATAGAATCCAACTAGAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	153875	GGCTCTAGAATTCTTATGGCAAAATAGCTGTCATAGAATCCAACTAGAAT	153924

AL645939.6	51	GAGAGTCCAGGGCCTGGGTTGACTGCCCTGGGCACACCTGACTCTTGATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	153925	GAGAGTCCAGGGCCTGGGTTGACTGCCCTGGGCACACCTGACTCTTGATG	153974

AL645939.6	101	GGGTTGCCAAAATGTAGCTTGGCATTTACAAAAATTCTTTCCAAAGATTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	153975	GGGTTGCCAAAATGTAGCTTGGCATTTACAAAAATTCTTTCCAAAGATTG	154024

AL645939.6	151	CATCAAAGTCCAAAAGAATTATGTACAATTTCATTTCTGATGTCTCTGGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154025	CATCAAAGTCCAAAAGAATTATGTACAATTTCATTTCTGATGTCTCTGGC	154074

AL645939.6	201	TGTGCTTTCGAAAGGGCAGGAAGAGCCATGGAAAGAGGCTGAAAGGCCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154075	TGTGCTTTCGAAAGGGCAGGAAGAGCCATGGAAAGAGGCTGAAAGGCCCC	154124

AL645939.6	251	TCTGGGAATTCTCAAATCTCTTTTCATAGCAGTAACTTGGACCTAGACAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154125	TCTGGGAATTCTCAAATCTCTTTTCATAGCAGTAACTTGGACCTAGACAG	154174

AL645939.6	301	CAAAGCCTGAAAGACACAGGTAGAAGGATCGCGAGGCGCAGCCCTCCCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154175	CAAAGCCTGAAAGACACAGGTAGAAGGATCGCGAGGCGCAGCCCTCCCTT	154224

AL645939.6	351	CTGATCAGCACAGGTATGGCTGTCTGGGCGCTTTTGCCCCTCTGTGTTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154225	CTGATCAGCACAGGTATGGCTGTCTGGGCGCTTTTGCCCCTCTGTGTTCA	154274

AL645939.6	401	GCAGGATGGACTCTGCAGTGAGGCGCAGCCCCTGTCTCCCCACTGCCCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154275	GCAGGATGGACTCTGCAGTGAGGCGCAGCCCCTGTCTCCCCACTGCCCCA	154324

AL645939.6	451	GATCAGAAGCATGTTTCCTTATCTTGTTTTCCACACACTCCTTTTCTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154325	GATCAGAAGCATGTTTCCTTATCTTGTTTTCCACACACTCCTTTTCTTTT	154374

AL645939.6	501	TCTGTCTTGTGACCACGAATAGAATAGACAGGCAAGGTCCTGTAAGACCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154375	TCTGTCTTGTGACCACGAATAGAATAGACAGGCAAGGTCCTGTAAGACCA	154424

AL645939.6	551	GGTAAAAGATGTTACTGATGCACTTTGGAAGGCTGAGGTGGGCGAATCAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154425	GGTAAAAGATGTTACTGATGCACTTTGGAAGGCTGAGGTGGGCGAATCAC	154474

AL645939.6	601	AAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154475	AAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTC	154524

AL645939.6	651	TACAAAAAAAATCAAAATAAAAATACAAAATTTAGCCGGGCGTGGTGGCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154525	TACAAAAAAAATCAAAATAAAAATACAAAATTTAGCCGGGCGTGGTGGCA	154574

AL645939.6	701	TGTGCCTATAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGATAATCGCTTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154575	TGTGCCTATAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGATAATCGCTTG	154624

AL645939.6	751	AACCCGGGAGGTGGAGGCTACAGTGAGCAGAGATTGTGACATTGCACTCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154625	AACCCGGGAGGTGGAGGCTACAGTGAGCAGAGATTGTGACATTGCACTCC	154674

AL645939.6	801	AGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAGAAAAAAAAAAAAAGTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154675	AGCCTGGGCGACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAGAAAAAAAAAAAAAGTT	154724

AL645939.6	851	AGTGAAATCATGATTGTGAAGGAACAATGGCAAATGGAGAGAAAGAGCAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154725	AGTGAAATCATGATTGTGAAGGAACAATGGCAAATGGAGAGAAAGAGCAG	154774

AL645939.6	901	AGAGACAGACAGAGATAGATACACACGTACACACACACATAGAGAAAATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154775	AGAGACAGACAGAGATAGATACACACGTACACACACACATAGAGAAAATG	154824

AL645939.6	951	AATATCCATCCATCCATCCATCCATCTATCCATCCATCCATCCATCCATC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154825	AATATCCATCCATCCATCCATCCATCTATCCATCCATCCATCCATCCATC	154874

AL645939.6	1001	TACCCATCCACCCATCCACCCATCCACCTTTCTATCTCCTTGCAAGGTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154875	TACCCATCCACCCATCCACCCATCCACCTTTCTATCTCCTTGCAAGGTAG	154924

AL645939.6	1051	GTTCATCAACACTTTTACATTTATGCCCCAGCAAAAATCTTTTTTTGGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154925	GTTCATCAACACTTTTACATTTATGCCCCAGCAAAAATCTTTTTTTGGCT	154974

AL645939.6	1101	CACACCTGCCCTCCTTCATCCAGCCAACTGACATATTTGCTGAGGTCTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	154975	CACACCTGCCCTCCTTCATCCAGCCAACTGACATATTTGCTGAGGTCTTG	155024

AL645939.6	1151	CCACGTGCCGCACTGGGTGCTGAGCATTGGAGTCTAAACAGGAACAGACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155025	CCACGTGCCGCACTGGGTGCTGAGCATTGGAGTCTAAACAGGAACAGACC	155074

AL645939.6	1201	CCTGGGATGCACTCCCGTCCTGGGATGCCCTTCACTGTCCCGTCCCTGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155075	CCTGGGATGCACTCCCGTCCTGGGATGCCCTTCACTGTCCCGTCCCTGGC	155124

AL645939.6	1251	TGTGAGACATCCTCATCTCCCTGAGGCTCTTGTTTCTGGTCACTGGGAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155125	TGTGAGACATCCTCATCTCCCTGAGGCTCTTGTTTCTGGTCACTGGGAAA	155174

AL645939.6	1301	AGTCCCTGGCCCACCTCTCTATTGACACCTGGGAGACTCTATCGCTACTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155175	AGTCCCTGGCCCACCTCTCTATTGACACCTGGGAGACTCTATCGCTACTT	155224

AL645939.6	1351	TGAATAAAGCACTGATTTTCAGCATTTATTCTGTATCCACACTTACTAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155225	TGAATAAAGCACTGATTTTCAGCATTTATTCTGTATCCACACTTACTAAT	155274

AL645939.6	1401	GCCCTTTCAATTTAGAAGTTGTTACAAACGGGAGGGGTTATAACCTTAGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155275	GCCCTTTCAATTTAGAAGTTGTTACAAACGGGAGGGGTTATAACCTTAGG	155324

AL645939.6	1451	CACGTTGTTTAAGAGAATTGTAAAAATAAGGAAACATGATGGCAATGGGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155325	CACGTTGTTTAAGAGAATTGTAAAAATAAGGAAACATGATGGCAATGGGG	155374

AL645939.6	1501	TTTTCTGCTTTCTCCCAGAACACTTCATATTCATTTTCTCACCTGTGTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155375	TTTTCTGCTTTCTCCCAGAACACTTCATATTCATTTTCTCACCTGTGTTT	155424

AL645939.6	1551	GGTTGGTTGCAAGGTGGCTTCCACACCCCCAAGTTTATTTCAAGTAGCAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155425	GGTTGGTTGCAAGGTGGCTTCCACACCCCCAAGTTTATTTCAAGTAGCAG	155474

AL645939.6	1601	AAACACTTGCTTAGAAAACAAGTACTTTGGGAAATGCAGGGTCTCAGCCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155475	AAACACTTGCTTAGAAAACAAGTACTTTGGGAAATGCAGGGTCTCAGCCT	155524

AL645939.6	1651	CTGTCCTCAGGACTCCACACATCAGAAAGACATGTGCGTCTCCTCCCACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155525	CTGTCCTCAGGACTCCACACATCAGAAAGACATGTGCGTCTCCTCCCACA	155574

AL645939.6	1701	ATCCTGGAGGTGCCCGTGGACTGCAGGTTCGCTCCTCACTGACTTTACTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155575	ATCCTGGAGGTGCCCGTGGACTGCAGGTTCGCTCCTCACTGACTTTACTC	155624

AL645939.6	1751	ATGTCCTACTGGAAAAGGATGGATTTCTAGAAATGTCCCAATGGCTTGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155625	ATGTCCTACTGGAAAAGGATGGATTTCTAGAAATGTCCCAATGGCTTGGA	155674

AL645939.6	1801	ACACTCAATTTCTCTGTGTGCACTGCAAGCAAACTGACAGTTTGACTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155675	ACACTCAATTTCTCTGTGTGCACTGCAAGCAAACTGACAGTTTGACTTTT	155724

AL645939.6	1851	CAATTCTATTCAATACCTGAAAATAAACTGAATTTTCAGTATATTTCCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155725	CAATTCTATTCAATACCTGAAAATAAACTGAATTTTCAGTATATTTCCTT	155774

AL645939.6	1901	CCAGAGAGTAAACTGAAAAGGGAACCTTTCTAAATTCAGTTATGATTTCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155775	CCAGAGAGTAAACTGAAAAGGGAACCTTTCTAAATTCAGTTATGATTTCC	155824

AL645939.6	1951	TGAAACATCGAAGAAGGCAAATGTGGGTGCCCTTAAAGACAAGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL645936.5	155825	TGAAACATCGAAGAAGGCAAATGTGGGTGCCCTTAAAGACAAGAGAATTC	155874

Overview

Query
AL645939.6 - 123768 bps
Hit
AL645936.5 - 155874 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link