<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL645643.7	185384	GAATTCCCTTTTTCAGTGGGGCGTCCCTTTCTTTTCCTGGCCTTGGTTGA	185335
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72299	GAATTCCCTTTTTCAGTGGGGCGTCCCTTTCTTTTCCTGGCCTTGGTTGA	72348

C  AL645643.7	185334	GAGTATCTCTGATCATATATGCTTGACCTTATTTGGAAGATGACCCTGTG	185285
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72349	GAGTATCTCTGATCATATATGCTTGACCTTATTTGGAAGATGACCCTGTG	72398

C  AL645643.7	185284	CAGAACTCTCAATAAGCACTGTGTAACTCAGCACATGAGTTCCATTCTAC	185235
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72399	CAGAACTCTCAATAAGCACTGTGTAACTCAGCACATGAGTTCCATTCTAC	72448

C  AL645643.7	185234	CTTCTCATCATATGATAATTAGTTACTGAGTTATGGCAAATCAGCCCTCT	185185
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72449	CTTCTCATCATATGATAATTAGTTACTGAGTTATGGCAAATCAGCCCTCT	72498

C  AL645643.7	185184	CTACCTGTACCCCTAAGAGTCCTTATATTATATACCCTTATATATCCTAC	185135
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72499	CTACCTGTACCCCTAAGAGTCCTTATATTATATACCCTTATATATCCTAC	72548

C  AL645643.7	185134	TCATGAAACAATAAAGTAGATTTGTCTCTCTGAAGCCGCCTCCAGAAGTA	185085
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72549	TCATGAAACAATAAAGTAGATTTGTCTCTCTGAAGCCGCCTCCAGAAGTA	72598

C  AL645643.7	185084	ATTTAGTCATCACAGCCACCCAAACCTTGCTTGCTATTTGTCCATCCACC	185035
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72599	ATTTAGTCATCACAGCCACCCAAACCTTGCTTGCTATTTGTCCATCCACC	72648

C  AL645643.7	185034	ATCATGGACCAGTGGCCAACAACCTCCAAGAAGAAGGGAGACCCACATAG	184985
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72649	ATCATGGACCAGTGGCCAACAACCTCCAAGAAGAAGGGAGACCCACATAG	72698

C  AL645643.7	184984	CTGGACTCTGAAAAGAACATGTTAATATTTCTTTAGGAAAGATCCCAGCA	184935
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72699	CTGGACTCTGAAAAGAACATGTTAATATTTCTTTAGGAAAGATCCCAGCA	72748

C  AL645643.7	184934	GTGCTGGAGATATAGTTTGTGAAACAGTTCATGCTCTGGGTTTCATCTCT	184885
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72749	GTGCTGGAGATATAGTTTGTGAAACAGTTCATGCTCTGGGTTTCATCTCT	72798

C  AL645643.7	184884	AGTAAATGTGCTCCCACCCCAAATCTCAAGAAAAAAAAAAGTTTTGTTTT	184835
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72799	AGTAAATGTGCTCCCACCCCAAATCTCAAGAAAAAAAAAAGTTTTGTTTT	72848

C  AL645643.7	184834	TGTTATTATTACCCATTTCTCAGAGTAAAAATAAGCAAAAAAGCATCTGC	184785
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72849	TGTTATTATTACCCATTTCTCAGAGTAAAAATAAGCAAAAAAGCATCTGC	72898

C  AL645643.7	184784	ATTTCAGTGTGACACAACCACAGAGACCTGCTTACATAGCACTTGTGCTA	184735
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72899	ATTTCAGTGTGACACAACCACAGAGACCTGCTTACATAGCACTTGTGCTA	72948

C  AL645643.7	184734	ATTCAGAGAGAACAACTTCAGTGAGTTTCTCCTGTCAACTGCTGTTAAGA	184685
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72949	ATTCAGAGAGAACAACTTCAGTGAGTTTCTCCTGTCAACTGCTGTTAAGA	72998

C  AL645643.7	184684	GTAGAAACCAGTTTCTCAAACCAGTGAGCTAGCCCAGTTTCTCTTATAAA	184635
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	72999	GTAGAAACCAGTTTCTCAAACCAGTGAGCTAGCCCAGTTTCTCTTATAAA	73048

C  AL645643.7	184634	AAGTCATTACAAGTTTAATTCCTATTCATTCATTCATTCATTCATTCATT	184585
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73049	AAGTCATTACAAGTTTAATTCCTATTCATTCATTCATTCATTCATTCATT	73098

C  AL645643.7	184584	CACAACCTTTTAACAAAAAATTTATATATTATTTCCTTTAAAGTTATTTC	184535
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73099	CACAACCTTTTAACAAAAAATTTATATATTATTTCCTTTAAAGTTATTTC	73148

C  AL645643.7	184534	TATGGGTAATGCCTTTGGTTCACTACTGTTTTACATCATATTTGTGATCT	184485
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73149	TATGGGTAATGCCTTTGGTTCACTACTGTTTTACATCATATTTGTGATCT	73198

C  AL645643.7	184484	GAGGAGAAGAAAAATTCAGATAAATTTCCATGCCTTGTAGCACATTTGGG	184435
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73199	GAGGAGAAGAAAAATTCAGATAAATTTCCATGCCTTGTAGCACATTTGGG	73248

C  AL645643.7	184434	TAGAACAATGGAAATGTCCTTGATTTTGAGTCAGTAAAATACTATAAAGA	184385
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73249	TAGAACAATGGAAATGTCCTTGATTTTGAGTCAGTAAAATACTATAAAGA	73298

C  AL645643.7	184384	CAGTGGCAGAACAAACTGTCTTGTGAGGAAATAGCAGACTACGTTATCCT	184335
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73299	CAGTGGCAGAACAAACTGTCTTGTGAGGAAATAGCAGACTACGTTATCCT	73348

C  AL645643.7	184334	CAAATTTGTGATCCTGCCTCAGCCCAGTCCTAAGTTCTGGGACACATCAC	184285
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73349	CAAATTTGTGATCCTGCCTCAGCCCAGTCCTAAGTTCTGGGACACATCAC	73398

C  AL645643.7	184284	TATGCCTAGCTGAACAGTCAGTTTTATTCGTGTTTATGAAATAGCTATAG	184235
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73399	TATGCCTAGCTGAACAGTCAGTTTTATTCGTGTTTATGAAATAGCTATAG	73448

C  AL645643.7	184234	TTTCATTTTATATTAAATGATCATAGTAAATAAAGTCAGTCAGAATACTT	184185
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73449	TTTCATTTTATATTAAATGATCATAGTAAATAAAGTCAGTCAGAATACTT	73498

C  AL645643.7	184184	TTTGTTATACTACAATTACCATGACTAATAAAATTTGACTAGTTTTAAAA	184135
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73499	TTTGTTATACTACAATTACCATGACTAATAAAATTTGACTAGTTTTAAAA	73548

C  AL645643.7	184134	GGCACAAAATACAAACTATCAGCTGATGGTGGCCATGGACTTGCTTACTA	184085
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73549	GGCACAAAATACAAACTATCAGCTGATGGTGGCCATGGACTTGCTTACTA	73598

C  AL645643.7	184084	ATAACTACTGAGAGCCAAGAGAAAGAGCAGAGAAGAACGTCTTGGAGTGG	184035
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73599	ATAACTACTGAGAGCCAAGAGAAAGAGCAGAGAAGAACGTCTTGGAGTGG	73648

C  AL645643.7	184034	GCATTAATGCATTCATACACAAGCACAGGTCTGGGGTTCCTCTTAGATTG	183985
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73649	GCATTAATGCATTCATACACAAGCACAGGTCTGGGGTTCCTCTTAGATTG	73698

C  AL645643.7	183984	TGCTTGATCAAGCTCCTCATATCCTAGAATATATGCTTTCTCCTAATTTG	183935
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73699	TGCTTGATCAAGCTCCTCATATCCTAGAATATATGCTTTCTCCTAATTTG	73748

C  AL645643.7	183934	TCTCAGAAAGATGACCTCTGCTCCCATGATTTGTACCAGAGTCCTGAGTC	183885
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73749	TCTCAGAAAGATGACCTCTGCTCCCATGATTTGTACCAGAGTCCTGAGTC	73798

C  AL645643.7	183884	TGGTTGCTGGGATGAAATCTTGCTGCCTCACTGGGCTCCCTGTGAACCAA	183835
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73799	TGGTTGCTGGGATGAAATCTTGCTGCCTCACTGGGCTCCCTGTGAACCAA	73848

C  AL645643.7	183834	CCAGGCAAAGCAGTGGTGGACTTCCTGGGTCCACACTGTCATTTAGTGCC	183785
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73849	CCAGGCAAAGCAGTGGTGGACTTCCTGGGTCCACACTGTCATTTAGTGCC	73898

C  AL645643.7	183784	TATCCCAACTCAGGCAACCCTTTACCTCTCTTGACCAGGTTAAACCCCTC	183735
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73899	TATCCCAACTCAGGCAACCCTTTACCTCTCTTGACCAGGTTAAACCCCTC	73948

C  AL645643.7	183734	AGCATGCCAAGGCACAGACATGTATGCATATAAATGTGAGCACACACACA	183685
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73949	AGCATGCCAAGGCACAGACATGTATGCATATAAATGTGAGCACACACACA	73998

C  AL645643.7	183684	GACTCATAAAAAGACAGACACACACACACAGACACATAAAAAGACAGATA	183635
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	73999	GACTCATAAAAAGACAGACACACACACACAGACACATAAAAAGACAGATA	74048

C  AL645643.7	183634	GAAACACACACTAAAAACAAAATTTCTTGATAGACATTTCAGGACCACTC	183585
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	74049	GAAACACACACTAAAAACAAAATTTCTTGATAGACATTTCAGGACCACTC	74098

C  AL645643.7	183584	AGTTGATTTTTTTTTTCTTCAAATATCCTGTGGGGTTTTTTTTTTTTTTT	183535
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	74099	AGTTGATTTTTTTTTTCTTCAAATATCCTGTGGGGTTTTTTTTTTTTTTT	74148

C  AL645643.7	183534	TTTTCATGTGGAAGAAAACGAAAGCTTAGTAGAAATGAAAGGACAAGTGT	183485
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	74149	TTTTCATGTGGAAGAAAACGAAAGCTTAGTAGAAATGAAAGGACAAGTGT	74198

C  AL645643.7	183484	GGCCTCTGGTCACTGTAGGTCTGTCTACATGAGGCAAGGCTAGGTTGGAC	183435
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	74199	GGCCTCTGGTCACTGTAGGTCTGTCTACATGAGGCAAGGCTAGGTTGGAC	74248

C  AL645643.7	183434	TTGTATATTCCTGGCAGGAATGGAGAGACAGTAGGAGCCTCCTGCATGCA	183385
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL645697.9	74249	TTGTATATTCCTGGCAGGAATGGAGAGACAGTAGGAGCCTCCTGCATGCA	74298

Overview

Query
AL645643.7 - 185384 bps
Hit
AL645697.9 - 74298 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000183385185384-172299742981
Short-link