<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX119969.4	1	CTGGCAGGTCACTACTGGATCAATCATGCTGTATAGCTGGATGAGAGCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188595	CTGGCAGGTCACTACTGGATCAATCATGCTGTATAGCTGGATGAGAGCAT	188644

BX119969.4	51	TAATAAACTTTCTTTCTTGGCAGCCTACATAGTATATTCACTGAATCAGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188645	TAATAAACTTTCTTTCTTGGCAGCCTACATAGTATATTCACTGAATCAGT	188694

BX119969.4	101	AGAAAAGAGGGGAGAGATATAACTCAGTTATCACTGGACTCTTGTGTCTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188695	AGAAAAGAGGGGAGAGATATAACTCAGTTATCACTGGACTCTTGTGTCTT	188744

BX119969.4	151	ATAAACAAAGTACATGATATCTTCAGCACCAGAGCCTTACTATTTATCAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188745	ATAAACAAAGTACATGATATCTTCAGCACCAGAGCCTTACTATTTATCAT	188794

BX119969.4	201	TGTTCATTGGAAGTTAGATCCTTAGTCTTCTTTTACTTCTCTCCAAACCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188795	TGTTCATTGGAAGTTAGATCCTTAGTCTTCTTTTACTTCTCTCCAAACCT	188844

BX119969.4	251	TTATGTATTCACTCCTTTGTTCTTTCTTCACAGAAAGCAGCTGCTTTGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188845	TTATGTATTCACTCCTTTGTTCTTTCTTCACAGAAAGCAGCTGCTTTGTG	188894

BX119969.4	301	CATTAGATTAGCCCATGGAATCTCTTTCAATGATATCATCAATCTGATCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188895	CATTAGATTAGCCCATGGAATCTCTTTCAATGATATCATCAATCTGATCC	188944

BX119969.4	351	AGCCTGATACAGTACCTATCCTGAAGGTACACTAATATACAGTGTACCAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188945	AGCCTGATACAGTACCTATCCTGAAGGTACACTAATATACAGTGTACCAA	188994

BX119969.4	401	GAAGAAGGCATGTGATGTAGGTCTCAAAGTACACAGGAATAAACAAGTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	188995	GAAGAAGGCATGTGATGTAGGTCTCAAAGTACACAGGAATAAACAAGTGG	189044

BX119969.4	451	AAGAATGTTCTGGAGAGAAGAAATGGAAAAATAAACTGAGAAGGCTCAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189045	AAGAATGTTCTGGAGAGAAGAAATGGAAAAATAAACTGAGAAGGCTCAGT	189094

BX119969.4	501	GCAGAGTTGTTCTCTTAACAGAGAAAACAGCAAGGTAGCCTATGGAAACC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189095	GCAGAGTTGTTCTCTTAACAGAGAAAACAGCAAGGTAGCCTATGGAAACC	189144

BX119969.4	551	CCTTTGTGTGTCATGACTCCACATTTAAAGGCATAGCTCACACTATTCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189145	CCTTTGTGTGTCATGACTCCACATTTAAAGGCATAGCTCACACTATTCAA	189194

BX119969.4	601	TAGAGATGGCTTAGTCTTTACTCCTGCTAGTCATTATTTTACCCAGAATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189195	TAGAGATGGCTTAGTCTTTACTCCTGCTAGTCATTATTTTACCCAGAATT	189244

BX119969.4	651	ATGTATTTCCAATTGTGAAAACACCATGTTTACCATAAGAGGATTAAAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189245	ATGTATTTCCAATTGTGAAAACACCATGTTTACCATAAGAGGATTAAAAC	189294

BX119969.4	701	AACTGTGAAGAAGAAGATGAGAATCTTCACAATTAGCTGTATTTTATTAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189295	AACTGTGAAGAAGAAGATGAGAATCTTCACAATTAGCTGTATTTTATTAC	189344

BX119969.4	751	AGATCTCTCTCACACACAGTTGCACATAGAATGTTGTTTATTTGTGAAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189345	AGATCTCTCTCACACACAGTTGCACATAGAATGTTGTTTATTTGTGAAGC	189394

BX119969.4	801	AATGTACTTTTTTCTATTTTCCTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTCTTGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189395	AATGTACTTTTTTCTATTTTCCTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTCTTGGT	189444

BX119969.4	851	TTGTTTGTCTGTTTTGTTTTTTCAAATATGGTCTTGTGAATCCTAGTTTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189445	TTGTTTGTCTGTTTTGTTTTTTCAAATATGGTCTTGTGAATCCTAGTTTG	189494

BX119969.4	901	ACCCCAAACATAGTACATGTCTGAGGATTATCTTGAGTTCTCAGTCTTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189495	ACCCCAAACATAGTACATGTCTGAGGATTATCTTGAGTTCTCAGTCTTTC	189544

BX119969.4	951	TCTTCTACCTCCTGAGTATTGGAATTATATTCATGTGGCTAAGGAAACCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189545	TCTTCTACCTCCTGAGTATTGGAATTATATTCATGTGGCTAAGGAAACCT	189594

BX119969.4	1001	CCTGCCAGCTGAGCTACTTCCTTGGCTCTTCCACAAAGTCTCTGTCTCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189595	CCTGCCAGCTGAGCTACTTCCTTGGCTCTTCCACAAAGTCTCTGTCTCTG	189644

BX119969.4	1051	TCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTTTTTGTTTTTTCGAGACAGGGTTCCTCTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189645	TCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTTTTTGTTTTTTCGAGACAGGGTTCCTCTG	189694

BX119969.4	1101	TATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189695	TATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGA	189744

BX119969.4	1151	ACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTTCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189745	ACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTTCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTGT	189794

BX119969.4	1201	GTGCCACCACACCCGGCACAAAGTCTTTTTATTTAGTAATGTATTTTATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189795	GTGCCACCACACCCGGCACAAAGTCTTTTTATTTAGTAATGTATTTTATG	189844

BX119969.4	1251	CTTATCTGCAGAAAATGTTCACTTACTACTTTTGCTAGAATTTTATTTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189845	CTTATCTGCAGAAAATGTTCACTTACTACTTTTGCTAGAATTTTATTTGT	189894

BX119969.4	1301	GTTTTGTATTAGGTATTGTCGTATTTCCATTTGTTCTAATAGTTGGAAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189895	GTTTTGTATTAGGTATTGTCGTATTTCCATTTGTTCTAATAGTTGGAAGA	189944

BX119969.4	1351	AGATTCCAAAAAGGTTATATGGCTCCCTTGTGGCTGAAGGGAAACTCCAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189945	AGATTCCAAAAAGGTTATATGGCTCCCTTGTGGCTGAAGGGAAACTCCAA	189994

BX119969.4	1401	GGCAGAAAGCTGATATCAGGCAATTCAGAAGAAAGTCTTAGTAAGATCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	189995	GGCAGAAAGCTGATATCAGGCAATTCAGAAGAAAGTCTTAGTAAGATCAG	190044

BX119969.4	1451	CAGACTCTAAGGGAAAGCCCTTCTTAAAGCCTTTCACTGCCAATCCTTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190045	CAGACTCTAAGGGAAAGCCCTTCTTAAAGCCTTTCACTGCCAATCCTTCA	190094

BX119969.4	1501	GATGTTGGGCAGAGGTGTGCCCACCTTCCTGATTCATTCTACCTGATCAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190095	GATGTTGGGCAGAGGTGTGCCCACCTTCCTGATTCATTCTACCTGATCAA	190144

BX119969.4	1551	TCATGGGTAGTTTCAGGGCAGGTGGGGTCTTCAGGTGCAAAACCAAAAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190145	TCATGGGTAGTTTCAGGGCAGGTGGGGTCTTCAGGTGCAAAACCAAAAGC	190194

BX119969.4	1601	ACTAGGTCTTTATTCGCTTGGGTTAGATTTGACTTCCCAGCATCCAGCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190195	ACTAGGTCTTTATTCGCTTGGGTTAGATTTGACTTCCCAGCATCCAGCAC	190244

BX119969.4	1651	TCTTGTTTCGGAAAAACTGTTTTAATTCTTCAAGATGTACTTTGGTCCTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190245	TCTTGTTTCGGAAAAACTGTTTTAATTCTTCAAGATGTACTTTGGTCCTC	190294

BX119969.4	1701	CCTGATTTTCTTTACCATATGCCAGGAGCAGTGACTATCCCTAGCCCAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190295	CCTGATTTTCTTTACCATATGCCAGGAGCAGTGACTATCCCTAGCCCAAT	190344

BX119969.4	1751	CAACATGACAGAAGAGGAAACACAAAGAGAAGTAGATATACATGGACAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190345	CAACATGACAGAAGAGGAAACACAAAGAGAAGTAGATATACATGGACAGG	190394

BX119969.4	1801	TATAGGTTTTTGGAGGCGTCTACCTAGACAGGGCAATGCTGAAGGATGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190395	TATAGGTTTTTGGAGGCGTCTACCTAGACAGGGCAATGCTGAAGGATGTG	190444

BX119969.4	1851	AGAAGCTTGTGATGGTTGGTAATAAAATGCCAACAGTAGCACACAGCAGC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190445	AGAAGCTTGTGATGGTTGGTAATAAAATGCCAACAGTAGCACACAGCAGC	190494

BX119969.4	1901	AATGGATACCCGCACAAGCTTGGGCCTTTTAATATTCCATGAAAAATAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190495	AATGGATACCCGCACAAGCTTGGGCCTTTTAATATTCCATGAAAAATAAA	190544

BX119969.4	1951	GGCATTAAAGACAAGTAAGCCCATTAGATTTATCCATTTCTGAGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606965.20	190545	GGCATTAAAGACAAGTAAGCCCATTAGATTTATCCATTTCTGAGGAATTC	190594

Overview

Query
BX119969.4 - 52119 bps
Hit
AL606965.20 - 190594 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196620001200011885951905941
289.154156403179632435-151834524691
391.062623694587046238-152094524621
496.112863343179232125-153013533461
596.112863344585846191-153013533461
689.221542401919019429-153021532611
793.1277210043178532788-11008301018321
887.912053371919319529-11014011017391
991.452733884585146238-11014461018311
1088.223816113177932389-11250871256971
1185.191853511917919529-11252581256081
1290.462673884585146238-11253031256901
1384.23126263324623272411612751615341
1493.921121483179231939-11635491636961
1595.951211484585846005-11635491636961
1695.26212253317953204711790331792851
1796.4218250458644611311790361792851
1884.77124254191091936211790431792851
1992.0910314010711210-11808041809421
2092.61481635320253265911821931828281
2190.5897138182251836211896671898041
Short-link