<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL606742.11	1	GAATTCCTGATAAGGAGACTTGGTGAAAATAGTCTCTTTTCAGAGGTCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87112	GAATTCCTGATAAGGAGACTTGGTGAAAATAGTCTCTTTTCAGAGGTCAG	87161

AL606742.11	51	GTGTCAGGTAGCTGTGTCTCTTGAAGATGACATCAAAGGTAGTATTGGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87162	GTGTCAGGTAGCTGTGTCTCTTGAAGATGACATCAAAGGTAGTATTGGCT	87211

AL606742.11	101	AAAGGACAATCAGAAGGGTTGGTAGCCTGATCTCAAATAAGTTCCTGCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87212	AAAGGACAATCAGAAGGGTTGGTAGCCTGATCTCAAATAAGTTCCTGCCA	87261

AL606742.11	151	CCCAGAAGCTGTCAGACTACTAGGAAGTGAGAGGGTACTTTGGGCAGGTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87262	CCCAGAAGCTGTCAGACTACTAGGAAGTGAGAGGGTACTTTGGGCAGGTC	87311

AL606742.11	201	TGCCATACACAGTGAGGGCCTTCACCTTTCTCCCTTAAAAAAGACATACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87312	TGCCATACACAGTGAGGGCCTTCACCTTTCTCCCTTAAAAAAGACATACC	87361

AL606742.11	251	AAGTGTACACAGGGCCTGTACGATCCAGGAGAGCTGAGGGAGGGAAAATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87362	AAGTGTACACAGGGCCTGTACGATCCAGGAGAGCTGAGGGAGGGAAAATT	87411

AL606742.11	301	CTTAATTTATTTTTTTTCAGAATTTTATATATGCGTTCTGTATTTATATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87412	CTTAATTTATTTTTTTTCAGAATTTTATATATGCGTTCTGTATTTATATT	87461

AL606742.11	351	ATTTCTGCCCCTTTTCCCTTCTAATTCTTACTGTGCTTCCCCTCTTGAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87462	ATTTCTGCCCCTTTTCCCTTCTAATTCTTACTGTGCTTCCCCTCTTGAAT	87511

AL606742.11	401	TTATAACCTCTCTTCTGTAATCATTATTGTTATAGACAGACAGAATAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87512	TTATAACCTCTCTTCTGTAATCATTATTGTTATAGACAGACAGAATAGAC	87561

AL606742.11	451	AGACAGATAAATAGACGTATATATAAGTATAACCAACTGAGTCCTTTTAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87562	AGACAGATAAATAGACGTATATATAAGTATAACCAACTGAGTCCTTTTAA	87611

AL606742.11	501	TGTTGCCTGTATGTATATATATTTACAGCTAATCATTCGGGATTGGATAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87612	TGTTGCCTGTATGTATATATATTTACAGCTAATCATTCGGGATTGGATAA	87661

AL606742.11	551	CCTACAGGGATTATCCTTGAAGTAGTTTGACTCCCTCTTCTAGCAGTTGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87662	CCTACAGGGATTATCCTTGAAGTAGTTTGACTCCCTCTTCTAGCAGTTGT	87711

AL606742.11	601	TAATTGCCTGGAGATTCTCATCTAGAGGTGGGGCCTTCTGAGACTTCTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87712	TAATTGCCTGGAGATTCTCATCTAGAGGTGGGGCCTTCTGAGACTTCTCC	87761

AL606742.11	651	CATCTATGTTGGTGTGTCAAATGGTGGTGTCACTGCCAGCAAATGGAGTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87762	CATCTATGTTGGTGTGTCAAATGGTGGTGTCACTGCCAGCAAATGGAGTC	87811

AL606742.11	701	AGTTGCATGCTACAAACTGTTGCATCTTGAGACTCTTACACCAAGTGAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87812	AGTTGCATGCTACAAACTGTTGCATCTTGAGACTCTTACACCAAGTGAAA	87861

AL606742.11	751	AACACTACACAGTAATACTTCCATCTGTGTGGAAAATCTAGAATAGGAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87862	AACACTACACAGTAATACTTCCATCTGTGTGGAAAATCTAGAATAGGAAA	87911

AL606742.11	801	ATTCACAGGAATAATGGATTAGTGGCCACCGAGGACTGGGGACAGGCATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87912	ATTCACAGGAATAATGGATTAGTGGCCACCGAGGACTGGGGACAGGCATA	87961

AL606742.11	851	TACAGTGACTGTGTATGTATGGAAAATCTACAGAGATAATGGGTTAGTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	87962	TACAGTGACTGTGTATGTATGGAAAATCTACAGAGATAATGGGTTAGTGG	88011

AL606742.11	901	TCACCAGATTAGAATCATGGGTGATACAGTGATGACTAATGAGGCTGGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88012	TCACCAGATTAGAATCATGGGTGATACAGTGATGACTAATGAGGCTGGAG	88061

AL606742.11	951	TTTCTTTGTGGAGGCAATAATTAAATATTCTAAAATCATGTATAATGGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88062	TTTCTTTGTGGAGGCAATAATTAAATATTCTAAAATCATGTATAATGGCT	88111

AL606742.11	1001	ACACAAGCTCTTGGATATATTAAACAATTATCAAATACTACACTTCTAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88112	ACACAAGCTCTTGGATATATTAAACAATTATCAAATACTACACTTCTAAG	88161

AL606742.11	1051	AGGTGAATTTACAATACATGAATTGGAACTCAAATAATGAGCTAGAAGTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88162	AGGTGAATTTACAATACATGAATTGGAACTCAAATAATGAGCTAGAAGTC	88211

AL606742.11	1101	ATTACATAAACACTATCACTTGTCTATATAGGCTATCAGAAGGGTAAAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88212	ATTACATAAACACTATCACTTGTCTATATAGGCTATCAGAAGGGTAAAGG	88261

AL606742.11	1151	CTAACCAAAGCTTCTAAGAACATTTATCCCTTTTAATATGTTTCTTTGAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88262	CTAACCAAAGCTTCTAAGAACATTTATCCCTTTTAATATGTTTCTTTGAC	88311

AL606742.11	1201	CCAAAACGTAATGGGTACCAAATATTTTGCATGGAGTTTCAGATACTTAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88312	CCAAAACGTAATGGGTACCAAATATTTTGCATGGAGTTTCAGATACTTAC	88361

AL606742.11	1251	CTCATTTAAAATGGAGTAAGTCTTAAATAAGAAGAAAAGAACAAGCACAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88362	CTCATTTAAAATGGAGTAAGTCTTAAATAAGAAGAAAAGAACAAGCACAG	88411

AL606742.11	1301	AGAACATATGAAAATGGGAAGAAAAAGCATGAGGCCACACCCAAGAAACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88412	AGAACATATGAAAATGGGAAGAAAAAGCATGAGGCCACACCCAAGAAACT	88461

AL606742.11	1351	GTATCTTCTGTGTGTCCTTTGGCAAGCAGTCCTTCAGAAACATCATGTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88462	GTATCTTCTGTGTGTCCTTTGGCAAGCAGTCCTTCAGAAACATCATGTTC	88511

AL606742.11	1401	TTTCTTAGATAATGTTTCTGTCCTGAAAATATCTCTCAAATCCCTCAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88512	TTTCTTAGATAATGTTTCTGTCCTGAAAATATCTCTCAAATCCCTCAAAT	88561

AL606742.11	1451	TGCATAAGAAAATTTAATGTATTTTTTCTCTCTCCTCCCAGGTGCTACCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88562	TGCATAAGAAAATTTAATGTATTTTTTCTCTCTCCTCCCAGGTGCTACCT	88611

AL606742.11	1501	CCAAACACAGGCTGCCTTTATATTGATAAAGACTGCTCAGCTACATACTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88612	CCAAACACAGGCTGCCTTTATATTGATAAAGACTGCTCAGCTACATACTG	88661

AL606742.11	1551	CCATGAATCAAGCAATAATTTGTACCATCCCTTCCAGAAGCGTGAGCAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88662	CCATGAATCAAGCAATAATTTGTACCATCCCTTCCAGAAGCGTGAGCAGC	88711

AL606742.11	1601	TGAGAGCCAGCAGGTATATCATGAAGCACACCTCAGAGGTGATCTGTGAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88712	TGAGAGCCAGCAGGTATATCATGAAGCACACCTCAGAGGTGATCTGTGAG	88761

AL606742.11	1651	GTCCAGGATCCTGAGGGGAACACCTTTCAGGTAAGATGCAGGGTCCCTAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88762	GTCCAGGATCCTGAGGGGAACACCTTTCAGGTAAGATGCAGGGTCCCTAT	88811

AL606742.11	1701	GAAGAGAGCCTGGACATCTGTCTTAGTTAGGGTTTTATTGCTGTGAAGAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88812	GAAGAGAGCCTGGACATCTGTCTTAGTTAGGGTTTTATTGCTGTGAAGAG	88861

AL606742.11	1751	ACACCCTGACCACCACAACTCTTATAAAGGAAACATTTAATTGAGGTCGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88862	ACACCCTGACCACCACAACTCTTATAAAGGAAACATTTAATTGAGGTCGG	88911

AL606742.11	1801	CTTACAGTTCAGGGATTTAGTCCATTATTGTTACAGAAGGAAGCAAGGTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88912	CTTACAGTTCAGGGATTTAGTCCATTATTGTTACAGAAGGAAGCAAGGTA	88961

AL606742.11	1851	GCATGTAGGCAGACATGGTGCTAGAGAGGTAGCTAACAGTTCTACATATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	88962	GCATGTAGGCAGACATGGTGCTAGAGAGGTAGCTAACAGTTCTACATATA	89011

AL606742.11	1901	GATTGACAGGCAGCAGAAAGAGAGAATGAGCCACTGGGCCTAGATTGAGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	89012	GATTGACAGGCAGCAGAAAGAGAGAATGAGCCACTGGGCCTAGATTGAGC	89061

AL606742.11	1951	TTCTGAAGCCTCAGAGACTACCCCAAGTGACACAGTTCCTTCATTAAGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL606749.13	89062	TTCTGAAGCCTCAGAGACTACCCCAAGTGACACAGTTCCTTCATTAAGCC	89111

Overview

Query
AL606742.11 - 186559 bps
Hit
AL606749.13 - 89111 bps
Total alignments
61
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001969200012000187112891111
285.66383782183024183805-117741
384.63567644940550168117531
489.583585441887119414-1281433601
591.66761095617456282-1281429211
689.077111120133810134929-1281439301
788.55579944184129185072-1281437481
888.242119353747764513001281463421
990.154086061533141539191281434221
1091.3523332155852561721290132241
1188.2512932203181915184117-1414463391
1285.54403874181100181973-1634671961
1386.2442985151239520891634671961
1489.411111701031761033451719673651
1588.341031638472884890-1719873601
1690.541041481394111395581720673531
1791.8473982027820375-1724173381
1893.6876956661666710-1724373371
1981.6285424794993452412-124057265191
2083.880117564807049825-126592283631
2186.78404733183387184119126592273251
2280.52221646155824156469-127394280551
2382.09324794133830134623127566283631
2488.411472331887719109128131283631
2591.26761035607056172-128261283631
2691.863164284701847445-133160335891
2791.06296421152576152996-133160335841
2891.883114271973420160133160335901
2990.162844372684127277133160335861
3090.652964275660257028133160335871
3190.82301435135248135682133160335951
3291.43300415185392185806133160335791
3393.3349777620976285133517335911
3490.21971438473284874135374355161
3589.219113942164354-135375355131
3695.1871838015480236135438355201
3789.31771295690057028-139528396581
3890.84831353422134355139528396581
3989.9267393153920154312-146129465241
4090.43278396155417155812-146129465251
4186.7714526651185383-153786540571
4295.377248674700547871-153786546491
4390.34578846152576153421-153786546341
4490.735928501930820157153786546371
4591.896248535617557027153786546361
4691.63615849134822135670153786546331
4790.37587859184965185823153786546471
4892.543394682682327290154194546491
4981.192416531143512087-155010556841
5098.5731701249112560-156660567291
5110032663249332558-156671567361
5210033504104741096165989660381
5391.25113160139404139563170815709741
5490.6291128105492105619-170820709471
5588.46901603257232731-170821709761
5694.871271568472884883-170821709761
5793.9111614942054353170822709691
5889.44103161103186103346170822709821
5997.5375818015380233-170829709091
6088.8691186659366710-170859709741
611003050144625144674184951850001
Short-link