<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL596128.9	90928	ATCCACCTATTGCTGGAATCTCCATCAAACACAGAAAAGACAACAGCAGT	90977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1	ATCCACCTATTGCTGGAATCTCCATCAAACACAGAAAAGACAACAGCAGT	50

AL596128.9	90978	GTGGATCTGGAGATCACCTCTGCTGCAGTATCAGACTCTGCTGTGTATTA	91027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	51	GTGGATCTGGAGATCACCTCTGCTGCAGTATCAGACTCTGCTGTGTATTA	100

AL596128.9	91028	CTGTGCTCTGCAGCCCACAGTCACAGGAAAACACTTCACATCATACAAAA	91077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	101	CTGTGCTCTGCAGCCCACAGTCACAGGAAAACACTTCACATCATACAAAA	150

AL596128.9	91078	ACCTGACTGACATGACACAGAAAGTATCAGTGTGATTCTGATGTTACATT	91127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	151	ACCTGACTGACATGACACAGAAAGTATCAGTGTGATTCTGATGTTACATT	200

AL596128.9	91128	CAAATCTATATTTAATATGCATTCTGTGGCTGGTAAAAGTGTGTGTATGT	91177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	201	CAAATCTATATTTAATATGCATTCTGTGGCTGGTAAAAGTGTGTGTATGT	250

AL596128.9	91178	ACAGTATCATTTAATTTCAATGAATGATTGTGATTATTTAAATGAAAATA	91227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	251	ACAGTATCATTTAATTTCAATGAATGATTGTGATTATTTAAATGAAAATA	300

AL596128.9	91228	AATGGAATGTCAAATGTATTCTCAGAAGCATCATCATGTTTGAAATAAAA	91277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	301	AATGGAATGTCAAATGTATTCTCAGAAGCATCATCATGTTTGAAATAAAA	350

AL596128.9	91278	TCTAAACAAGTCAACAATTAACTTAATCATTTTTCAGATTCACAAATGTT	91327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	351	TCTAAACAAGTCAACAATTAACTTAATCATTTTTCAGATTCACAAATGTT	400

AL596128.9	91328	TAATTTTTCATGCATGCTTAAATTTTTGCACTGAATATGAATAGTTGTCT	91377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	401	TAATTTTTCATGCATGCTTAAATTTTTGCACTGAATATGAATAGTTGTCT	450

AL596128.9	91378	AAAAAAGTCACTAGAGGGCGCTGTACACATTAAAACATTTGAGAGAGGAA	91427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	451	AAAAAAGTCACTAGAGGGCGCTGTACACATTAAAACATTTGAGAGAGGAA	500

AL596128.9	91428	TTCCAACTGCCTGTGTGAAATTCACATCTGCAATGAAAAACATCAATGCA	91477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	501	TTCCAACTGCCTGTGTGAAATTCACATCTGCAATGAAAAACATCAATGCA	550

AL596128.9	91478	AAATATACTCTGGGTGAAATAAAACCATCCAGATCTGTTTTCCATAATGT	91527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	551	AAATATACTCTGGGTGAAATAAAACCATCCAGATCTGTTTTCCATAATGT	600

AL596128.9	91528	GAAATTTGCTGAAATCATATCATTTGTGGCGGATGTTTAAGAGCTTAAAT	91577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	601	GAAATTTGCTGAAATCATATCATTTGTGGCGGATGTTTAAGAGCTTAAAT	650

AL596128.9	91578	TGATTGTTTTTACTCTAAAATGAACTTGATCAATTAGTTATAAAGGAGAA	91627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	651	TGATTGTTTTTACTCTAAAATGAACTTGATCAATTAGTTATAAAGGAGAA	700

AL596128.9	91628	TTAGCAACCAATGTGACACTAGAATGCAAGTATAAAGCTAAAGTTAAAAT	91677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	701	TTAGCAACCAATGTGACACTAGAATGCAAGTATAAAGCTAAAGTTAAAAT	750

AL596128.9	91678	TTTTCTATACTTCCATACCTGCTTGTTAATTGTGACACGAAGCGACTTCC	91727
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	751	TTTTCTATACTTCCATACCTGCTTGTTAATTGTGACACGAAGCGACTTCC	800

AL596128.9	91728	AGGTCCAACATACCAAACTGTATGGGAAGACTCATCAAATGGTAATAACA	91777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	801	AGGTCCAACATACCAAACTGTATGGGAAGACTCATCAAATGGTAATAACA	850

AL596128.9	91778	AACATTTACAAAGGGATGTATTACTTTCGGAATTCGCAATTGCAATGTAT	91827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	851	AACATTTACAAAGGGATGTATTACTTTCGGAATTCGCAATTGCAATGTAT	900

AL596128.9	91828	ATATCTATGCCTAATATCTGATGGCCAGAGAGTAGTACATTTTTACAAAT	91877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	901	ATATCTATGCCTAATATCTGATGGCCAGAGAGTAGTACATTTTTACAAAT	950

AL596128.9	91878	TGTAAAAATATTGGTGTCTGTGATGCAGCAAGCCCAGAAACTTGAGATGT	91927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	951	TGTAAAAATATTGGTGTCTGTGATGCAGCAAGCCCAGAAACTTGAGATGT	1000

AL596128.9	91928	GTACACTACGATTTATATTAAATTTACTTTAATGTGTGATAAGACTTAAA	91977
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1001	GTACACTACGATTTATATTAAATTTACTTTAATGTGTGATAAGACTTAAA	1050

AL596128.9	91978	AGTGGTCATAAATGAATATTTTCTCAACTTAAAAGAGTAGCGGCTGGGAC	92027
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1051	AGTGGTCATAAATGAATATTTTCTCAACTTAAAAGAGTAGCGGCTGGGAC	1100

AL596128.9	92028	CCGGAAACAGTATTCCATTTGTCACGACTTAACAAATGGATAGTAGCATT	92077
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1101	CCGGAAACAGTATTCCATTTGTCACGACTTAACAAATGGATAGTAGCATT	1150

AL596128.9	92078	ATAGTTACAACAAAAGTCACACTTGCTGAAAAACTTGATTTGTAGTGGAA	92127
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1151	ATAGTTACAACAAAAGTCACACTTGCTGAAAAACTTGATTTGTAGTGGAA	1200

AL596128.9	92128	GATGCTTATTCAACATCAAATAATAAATATTGTTAAATTGGACATCCCTG	92177
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1201	GATGCTTATTCAACATCAAATAATAAATATTGTTAAATTGGACATCCCTG	1250

AL596128.9	92178	CTGCCAACCGGTCTTGGTTGAAAGATGTAATGTTTTTTTTACATTTGGAA	92227
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1251	CTGCCAACCGGTCTTGGTTGAAAGATGTAATGTTTTTTTTACATTTGGAA	1300

AL596128.9	92228	AAAAAAAATAAACTAAATTAGAGACTCTGTTGACTCTCTTTCCTTCATTA	92277
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1301	AAAAAAAATAAACTAAATTAGAGACTCTGTTGACTCTCTTTCCTTCATTA	1350

AL596128.9	92278	AAGGGCCATGAAACCCTCTATTTCAGTTCAAGTCTACTACAGAATTTTTT	92327
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1351	AAGGGCCATGAAACCCTCTATTTCAGTTCAAGTCTACTACAGAATTTTTT	1400

AL596128.9	92328	TTAAATGCTTCATTATGGGCATGGAGCGTTGTGAGCAGAGGGAGAAGTGG	92377
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1401	TTAAATGCTTCATTATGGGCATGGAGCGTTGTGAGCAGAGGGAGAAGTGG	1450

AL596128.9	92378	CCGGGGAAAAAAGAGAGAAGCGAACAACTGTTGTCAGTTGCCTCACAAAA	92427
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1451	CCGGGGAAAAAAGAGAGAAGCGAACAACTGTTGTCAGTTGCCTCACAAAA	1500

AL596128.9	92428	TGAGAAACCGTGAGACCCAAGACTTTATAGCTTACAAAGTTTAAATGCAA	92477
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1501	TGAGAAACCGTGAGACCCAAGACTTTATAGCTTACAAAGTTTAAATGCAA	1550

AL596128.9	92478	AGAAATAGACAATAAGTAATTTAGTGTCCTGCTACATTTGTTATTCGTAA	92527
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1551	AGAAATAGACAATAAGTAATTTAGTGTCCTGCTACATTTGTTATTCGTAA	1600

AL596128.9	92528	TTTCACATACACATAACCACAATTTGTTATATCATTTTAAAGATAATCGT	92577
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1601	TTTCACATACACATAACCACAATTTGTTATATCATTTTAAAGATAATCGT	1650

AL596128.9	92578	GTTTATATAAACATTATAAATGAGGAGGACTTCTCTCCTCCTGATTCCCT	92627
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1651	GTTTATATAAACATTATAAATGAGGAGGACTTCTCTCCTCCTGATTCCCT	1700

AL596128.9	92628	GGGCCTGAATGCAGACAAAGTAGATAGCAGTGGAACAGGTCTCTTGCCCT	92677
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1701	GGGCCTGAATGCAGACAAAGTAGATAGCAGTGGAACAGGTCTCTTGCCCT	1750

AL596128.9	92678	GTCTACTCAACCATTAACCCCACCGGTAATCCAGAGAATTTAAGAAATCA	92727
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1751	GTCTACTCAACCATTAACCCCACCGGTAATCCAGAGAATTTAAGAAATCA	1800

AL596128.9	92728	GTAAACACAGCTGCACTGCAATGTGTCTGAATGGTAACGAAATCAACTGA	92777
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1801	GTAAACACAGCTGCACTGCAATGTGTCTGAATGGTAACGAAATCAACTGA	1850

AL596128.9	92778	TAAAAGACAAAGTCCGCCATTCTCCAATTCTCATACAGATCTCCCGACAA	92827
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1851	TAAAAGACAAAGTCCGCCATTCTCCAATTCTCATACAGATCTCCCGACAA	1900

AL596128.9	92828	AAAAAAAAATAAATAAAAAATTCTTGCTGCAAACTAACAGGTTTGCTGTA	92877
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1901	AAAAAAAAATAAATAAAAAATTCTTGCTGCAAACTAACAGGTTTGCTGTA	1950

AL596128.9	92878	TCTGTCCTGACTGCATAGTGAAGAAAAACATGCAACAAACTCTGTGGATC	92927
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591597.8	1951	TCTGTCCTGACTGCATAGTGAAGAAAAACATGCAACAAACTCTGTGGATC	2000

Overview

Query
AL596128.9 - 92927 bps
Hit
AL591597.8 - 40756 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001927200090928929271120001
286.92791305758857717111301
391.87931234582945951191311
494.3711614275960761011101511
580.7213735579945802991276631231
678.1511235414342146951276831241
777.7510035219282196331276931231
878.479631040353406621282831431
976.958829517170174641282931231
1081.517947179940804101487053341
1179.4312635310673110251487752261
1281.6912529514401146951493352271
1377.218329119343196331493352261
1479.5510430740355406611493352451
1597.62778417381174641514352261
1689.54981514352543675-115193153451
1788.4222939258216212126459268381
1887.6832854862776824126869274281
1989.57781154313043244129049291631
2087.6612223731353371134249344831
Short-link