<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 800 bps

Full alignment

AL591372.3	1	CGTGCAAACAGCTCAACTAATAAGAGAAAATGAACGTCATATCGTAATCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82065	CGTGCAAACAGCTCAACTAATAAGAGAAAATGAACGTCATATCGTAATCA	82114

AL591372.3	51	AATCGTCATAACGCCACGATGCATATTGTGACATTTTTGCATCGCAATAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82115	AATCGTCATAACGCCACGATGCATATTGTGACATTTTTGCATCGCAATAA	82164

AL591372.3	101	ATCGTACAACGATAAATCGTTACACCCCTAATATATATATATATATATAT	150
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82165	ATCGCACAACGATAAATCGTTACACCCCTAATATATATATATATATATAT	82214

AL591372.3	151	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATTGTGCAGTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82215	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATTGTGCAGTA	82264

AL591372.3	201	TTTGGTTTATGTTGGCTAATCAATTCCTTGACTATGCTTGTGAAGACACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82265	TTTGGTTTATGTTGGCTAATCAATTCCTTGACTATGCTTGTGAAGACACA	82314

AL591372.3	251	GCTGCAGACAGAAACGCATCTCTTCATCAGTCTTTGATAGACACTGTTGA	300
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82315	GCTGCAGACAGAAACGCAACTCTTCATCAGTCTTTGATAGACACTGTTGA	82364

AL591372.3	301	TCCAGGAGATTCAGTCAATTTGCAATGCAGCATCTTCACTGAGAGCTGTG	350
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82365	TCCAGGAGATTCAGTGAATTTGCAATGCAGCATCTTCACTGAGAGCTGTG	82414

AL591372.3	351	CAGGAGATCACAGCGTCTAATGATTTAAGCAAAGCTTAGGAGACTCTAAA	400
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82415	CAGGACATCACAGCGTCTAATGATTTAAGCAAAGCTTAGGAGACTCTAAA	82464

AL591372.3	401	GGAGTGCTTTACACAAAAGGAGAGAGAAATGGCTGCTGTAACAGCACTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82465	GGAGTGCTTTACACAAAAGGAGAGAGAAATGGCTGCTGTAACAGCACTAA	82514

AL591372.3	451	GTTCCCAACACAGAGCTGTGTCTA--GTCTCCACAAGAACAACATCAGTC	498
			||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82515	GTTCCAAACACAGAGCTGTGTCTACAGTCTCCACAAGAACAACATCAGTC	82564

AL591372.3	499	AATCTGATACTGGCATTTACTACTGTGCTGTGGCCGCATATGGACAAATA	548
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82565	AATCTGATACTGGCATTTACTACTGTGCTGTGGCCGCATATGGACAAATA	82614

AL591372.3	549	CTGCTTGAAAGAGGAACAACTGAATATTAGAGGTAGAGTTTAAAAAAACA	598
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82615	CTGCTTAAAAGAGGAACAACTGAATATTAGAGGTAGAGTTTAAAAAAACA	82664

AL591372.3	599	TTTAATCAGTCATTCAGTATTATTTTAATATTTGATTAAAATATTGGTGA	648
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82665	TTTAATCAGTCATTCAGTATTATTTTAATATTTGATTAAAATATTGGTGA	82714

AL591372.3	649	AAATAAGAACTGTTGTATTTTTGTGACAATAAAAGGTAAGCAATTTGATA	698
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82715	AAATAAGAACTGTTGTATTTTTGTGACAATAAAAGGTAAGCAATTTGATA	82764

AL591372.3	699	TATTTACATAATCAAAATTCCACTACAGAAACACATTGGCTTCTGCAGGC	748
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82765	TATTTACATAATCAAAATTCCACTACAGAAACACATTGGCTTCTGCAGGC	82814

AL591372.3	749	TTTATGGAGGTAAATATATAAAGACCTTTTTAAGATCAAATAAATGGTAA	798
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82815	TTTATGGAGGTAAATGTATAAAGACCTTTTTAAGATCAAATAAATGGTAA	82864

AL591372.3	799	AAAGCGTAAGCATCACAACATGGAAATCCCTTTAATAACGAGATTTTTAA	848
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82865	AAAGCGTAAGCATCACAACATGGAAATCCCTTTAATAACGAGATTTTTAA	82914

AL591372.3	849	AAAATTAAGTTCAATTCTTTTCTTAAATTTCTTCATTTTTGCATCTAAAG	898
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82915	AAAATTAAGTTAAATTCTTTTCTTAAATTTCTTCATTTTTGCATCTAAAG	82964

AL591372.3	899	CAAATCTTGATCTTAAGGATGTTTAGAAATATGGAAAAATATTTGTATGA	948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82965	CAAATCTTGATCTTAAGGATGTTTAGAAATATGGAAAAATATTTGTATGA	83014

AL591372.3	949	AAGTATGAAATTTTTCCATACACCCAGTAAAACAATTTAAGAGCTGATTT	998
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83015	AAGTATGAAATTTTTCCATACACCCAGTAAAACAATTTAAGAGCTGATTT	83064

AL591372.3	999	GTAATTTAGCATTATCACTGAATCAGAGTTAAATACATAATGATGTGTGC	1048
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83065	GTAATTTAGCATTATCACTGAATCAGAGTTAAATACATAATGATGTGTGC	83114

AL591372.3	1049	TCTGTGATCTCATAGATGCATGTAATAAATCTTCAGCCCATAAATCCAGA	1098
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
AL591401.5	83115	TCTGTGATCTCATAGATGCATGTAATTAATCTTCAGCCCATGAATCCAGA	83164

AL591372.3	1099	CTGGCTTCACTTTTTTTGCTCAAATAAAGAGCCACGTGGAACTCTGTTTA	1148
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83165	CTGGCTTCACTTTTTTTGCTCAAATAAAGAGCCACGTGGAACTCTGTTTA	83214

AL591372.3	1149	GTCTATAATTGTTTCTGTATGATTTTTTCATTGCTGCATGTCCTTCTCTG	1198
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83215	GTCTATAATTGTTTCTGTATGATTTTTTCATTGCTGCATGTCCTTCTCTG	83264

AL591372.3	1199	TTTATGAATAATGCATTGTTCAGAGTCAAAG-AAAAAATTCTAACAGGTG	1247
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
AL591401.5	83265	TTTATGAATAATGCATTGTTCAGAGTCAAAGAAAAAAATTCTAACAGATG	83314

AL591372.3	1248	GCTCACATCTAGCAAAGATGCAACATTAAAGGTTTTCACACATTTAACAA	1297
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL591401.5	83315	GCTCACATCTAGCAAAGATGCAACATTAAGGGTTTTCACACATTTAACAA	83364

AL591372.3	1298	AAACTTACTGGCATTAAACATGTGTTTACTGTTAATTGTATACACACTGA	1347
			|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
AL591401.5	83365	AAACTTACTGGCATTAAAGATGTGTTTACTGTTGATTGTATACACACTGA	83414

AL591372.3	1348	TCTATATACCGAGAATAATTACATAATTTCTATTCAATTTAATGATTTCT	1397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83415	TCTATATACCGAGAATAATTACATAATTTCTATTCAATTTAATGATTTCT	83464

AL591372.3	1398	CTTCATCTGAAA-TTTAAAAAAATCATTAAATATTATTGCAAAATGAAAA	1446
			|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83465	CTTCATCTGAAATTTTTAAAAAATCATTAAATATTATTGCAAAATGAAAA	83514

AL591372.3	1447	CTGTCCATATTTTAATGTCGTTCTATGTTTCAGTTCTATTTTGTATATAT	1496
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83515	CTGTCCATATTTTAATGTCGTTCTATGTTTCAGTTCTATTTTGTATATAT	83564

AL591372.3	1497	GAATATGTTAGGAATGAGATTAGAATTAGTCTGGTCTTGAATGTATAATG	1546
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83565	GAATATGTTAGGAATGAGATTAGAATTAGTCTGGTCTTGAATGTATAATG	83614

AL591372.3	1547	ATATATTTGTAGATAAGTCTATACTTTGTTGCTCACTTCATGGGGAAACT	1596
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83615	ATATATTTGTAGATAAGTCTATACTTTGTTGCTCACTTCATGGGGAAACT	83664

AL591372.3	1597	TGAATATCATAACTATGTTTTTTTCTTTTTACAACATGTCTCCTAGTGAA	1646
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83665	TGAATATCATAACTATGTTTTTTTCTTTTTACAACATGTCTCCTAGTGAA	83714

AL591372.3	1647	TAAACTGTACACACATTTGTTCAGCTGTTTGTATGTGAATGTTATGGTGG	1696
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
AL591401.5	83715	TAAACTGTACACACATTTGTTCAGCTGTTTGTATATGAATGTTATAGTGG	83764

AL591372.3	1697	AGTTTGCGATTGAGGACTAATAATGAGGTCTGAAATAAACCAACGATGGA	1746
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83765	AGTTTGCGATTGAGGACTAATAATGAGGTCTGAAATAAACCAACGATGGA	83814

AL591372.3	1747	AATTGCATTGCATTGTTTTCATTATTTTAATTGAAATTATAAATTCTTGT	1796
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83815	AATTGCATTGCATTGTTTTCATTATTTTAATTGAAATTATAAATTCTTGT	83864

AL591372.3	1797	GGTTGTATAAAGTAAAGTTTCCTGGGAAAATGCTTCCTATAGTTCACCTT	1846
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83865	GGTTGTATAAAGTAAAGTTTCCTGGAAAAATGCTTCCTATAGTTCACCTT	83914

AL591372.3	1847	AAGTTTTTTATTTATCCAAAATTCAACCCATAGTCTCTACTGGCACCTAG	1896
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83915	AAGTTTTTTATTTATCCAAAATTCAACCCATAGTCTCTACTGGCACCTAG	83964

AL591372.3	1897	TGGTCGAAAAGCATTAAAATGACATCTGTTGGTTTGACTTCCTCCTCCTG	1946
			|||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83965	TGGTTGAAAAGCATTCAAATAAGATCTGTTGGTTTGACTTCCTCCTCCTG	84014

AL591372.3	1947	TCAAACAAACTGCCACATTATGCATTTAATTTGTTTTGTAGTTAAGAGAT	1996
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	84015	TCAAACAAACTGCCACATTATGCATTTAATTTGTTTTGTAGTTAAGAGAT	84064

AL591372.3	1997	GATC	2000
			||||
AL591401.5	84065	GATC	84068

Compact alignment

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591372.3	101	ATCGTACAACGATAAATCGTTACACCCCTAATATATATATATATATATAT	150
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82165	ATCGCACAACGATAAATCGTTACACCCCTAATATATATATATATATATAT	82214

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591372.3	251	GCTGCAGACAGAAACGCATCTCTTCATCAGTCTTTGATAGACACTGTTGA	300
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82315	GCTGCAGACAGAAACGCAACTCTTCATCAGTCTTTGATAGACACTGTTGA	82364

AL591372.3	301	TCCAGGAGATTCAGTCAATTTGCAATGCAGCATCTTCACTGAGAGCTGTG	350
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82365	TCCAGGAGATTCAGTGAATTTGCAATGCAGCATCTTCACTGAGAGCTGTG	82414

AL591372.3	351	CAGGAGATCACAGCGTCTAATGATTTAAGCAAAGCTTAGGAGACTCTAAA	400
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82415	CAGGACATCACAGCGTCTAATGATTTAAGCAAAGCTTAGGAGACTCTAAA	82464

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591372.3	451	GTTCCCAACACAGAGCTGTGTCTA--GTCTCCACAAGAACAACATCAGTC	498
			||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82515	GTTCCAAACACAGAGCTGTGTCTACAGTCTCCACAAGAACAACATCAGTC	82564

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591372.3	549	CTGCTTGAAAGAGGAACAACTGAATATTAGAGGTAGAGTTTAAAAAAACA	598
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82615	CTGCTTAAAAGAGGAACAACTGAATATTAGAGGTAGAGTTTAAAAAAACA	82664

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591372.3	749	TTTATGGAGGTAAATATATAAAGACCTTTTTAAGATCAAATAAATGGTAA	798
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82815	TTTATGGAGGTAAATGTATAAAGACCTTTTTAAGATCAAATAAATGGTAA	82864

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591372.3	849	AAAATTAAGTTCAATTCTTTTCTTAAATTTCTTCATTTTTGCATCTAAAG	898
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	82915	AAAATTAAGTTAAATTCTTTTCTTAAATTTCTTCATTTTTGCATCTAAAG	82964

skip 150 bps 100% identity alignment

AL591372.3	1049	TCTGTGATCTCATAGATGCATGTAATAAATCTTCAGCCCATAAATCCAGA	1098
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
AL591401.5	83115	TCTGTGATCTCATAGATGCATGTAATTAATCTTCAGCCCATGAATCCAGA	83164

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591372.3	1199	TTTATGAATAATGCATTGTTCAGAGTCAAAG-AAAAAATTCTAACAGGTG	1247
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
AL591401.5	83265	TTTATGAATAATGCATTGTTCAGAGTCAAAGAAAAAAATTCTAACAGATG	83314

AL591372.3	1248	GCTCACATCTAGCAAAGATGCAACATTAAAGGTTTTCACACATTTAACAA	1297
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
AL591401.5	83315	GCTCACATCTAGCAAAGATGCAACATTAAGGGTTTTCACACATTTAACAA	83364

AL591372.3	1298	AAACTTACTGGCATTAAACATGTGTTTACTGTTAATTGTATACACACTGA	1347
			|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
AL591401.5	83365	AAACTTACTGGCATTAAAGATGTGTTTACTGTTGATTGTATACACACTGA	83414

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591372.3	1398	CTTCATCTGAAA-TTTAAAAAAATCATTAAATATTATTGCAAAATGAAAA	1446
			|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83465	CTTCATCTGAAATTTTTAAAAAATCATTAAATATTATTGCAAAATGAAAA	83514

skip 200 bps 100% identity alignment

AL591372.3	1647	TAAACTGTACACACATTTGTTCAGCTGTTTGTATGTGAATGTTATGGTGG	1696
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
AL591401.5	83715	TAAACTGTACACACATTTGTTCAGCTGTTTGTATATGAATGTTATAGTGG	83764

skip 100 bps 100% identity alignment

AL591372.3	1797	GGTTGTATAAAGTAAAGTTTCCTGGGAAAATGCTTCCTATAGTTCACCTT	1846
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83865	GGTTGTATAAAGTAAAGTTTCCTGGAAAAATGCTTCCTATAGTTCACCTT	83914

skip 50 bps 100% identity alignment

AL591372.3	1897	TGGTCGAAAAGCATTAAAATGACATCTGTTGGTTTGACTTCCTCCTCCTG	1946
			|||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||
AL591401.5	83965	TGGTTGAAAAGCATTCAAATAAGATCTGTTGGTTTGACTTCCTCCTCCTG	84014

skip 54 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL591372.3 - 32933 bps
Hit
AL591401.5 - 84068 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link