<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL359893.16	1	GAATTCTCACCCTTGACAAAGATTCATTTGTGTCACCACAATAATAAAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	117820	GAATTCTCACCCTTGACAAAGATTCATTTGTGTCACCACAATAATAAAAC	117869

AL359893.16	51	CCATATATTAGAGAAACATCAAAGTATACTTTATTTTATTTTAGTGAACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	117870	CCATATATTAGAGAAACATCAAAGTATACTTTATTTTATTTTAGTGAACT	117919

AL359893.16	101	TTGCTCATTGTTGATTCACTTGCTTTAAAGTAGTCGATTTTCCTTCCTGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	117920	TTGCTCATTGTTGATTCACTTGCTTTAAAGTAGTCGATTTTCCTTCCTGT	117969

AL359893.16	151	TGCTGTATGCAGCATCAGAGAGAAAACCAAGTTTATGCTAATCCATATTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	117970	TGCTGTATGCAGCATCAGAGAGAAAACCAAGTTTATGCTAATCCATATTG	118019

AL359893.16	201	ACACAAATATTCTGAATTTCTCTCATTATCTTCCTTACATATTTTTACTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118020	ACACAAATATTCTGAATTTCTCTCATTATCTTCCTTACATATTTTTACTT	118069

AL359893.16	251	TTTCTATCTTATACTTCAAACTCCCTATTCTTGATCATCAAATTATGTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118070	TTTCTATCTTATACTTCAAACTCCCTATTCTTGATCATCAAATTATGTGG	118119

AL359893.16	301	CCTGGTTAAATGTAATTTTCAAAGCATTACACTTTCAAAGGTAAATTTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118120	CCTGGTTAAATGTAATTTTCAAAGCATTACACTTTCAAAGGTAAATTTTA	118169

AL359893.16	351	AAATCACATACAAACACACATTTCAGCACTTTTATGCTTGCAGAAGCATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118170	AAATCACATACAAACACACATTTCAGCACTTTTATGCTTGCAGAAGCATA	118219

AL359893.16	401	TTGCCGTGGAAAAAGGCCTAAGTGCAGCCACAAGTGAATGAACAAAATAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118220	TTGCCGTGGAAAAAGGCCTAAGTGCAGCCACAAGTGAATGAACAAAATAT	118269

AL359893.16	451	TTGAGTACAGTTAGTGACAGGAAGTTGAACTGATTTGTGGGAGGCCAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118270	TTGAGTACAGTTAGTGACAGGAAGTTGAACTGATTTGTGGGAGGCCAATT	118319

AL359893.16	501	TTTCTGGTGCCGTTTTATTTTTTTAATGTCTTCGAAAGTAAACAACTGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118320	TTTCTGGTGCCGTTTTATTTTTTTAATGTCTTCGAAAGTAAACAACTGAT	118369

AL359893.16	551	TATCCAAAAGCATTCTTTGCAGGTCTTTGAGCCTCACTGAGAAATTCTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118370	TATCCAAAAGCATTCTTTGCAGGTCTTTGAGCCTCACTGAGAAATTCTGG	118419

AL359893.16	601	AATATATCTCATCTGCTCTCCTGGTTCTGCAAAAACTGGTTCAAGTAGAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118420	AATATATCTCATCTGCTCTCCTGGTTCTGCAAAAACTGGTTCAAGTAGAC	118469

AL359893.16	651	CAGTGGCCTTGGAGTGTCTGTTCTCACTGTGGTGCTAGTGTCACTGGGAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118470	CAGTGGCCTTGGAGTGTCTGTTCTCACTGTGGTGCTAGTGTCACTGGGAC	118519

AL359893.16	701	AACTGGGCAACTGGGCATCATGACATAAAAAGGCTACATGTTATTGCTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118520	AACTGGGCAACTGGGCATCATGACATAAAAAGGCTACATGTTATTGCTCC	118569

AL359893.16	751	TAAATTGTTCTGTTTGGGGAGCTTTTTTCAGGTTAAGTAGATAATTGTAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118570	TAAATTGTTCTGTTTGGGGAGCTTTTTTCAGGTTAAGTAGATAATTGTAT	118619

AL359893.16	801	CCTCTTCCTCCTCTTTTTTTTTTTTCTTAAAAAGAGAAAAAAAATAATGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118620	CCTCTTCCTCCTCTTTTTTTTTTTTCTTAAAAAGAGAAAAAAAATAATGA	118669

AL359893.16	851	AGAAATTGGGGTTAAAGAGTAACAAGCAATTTGTCCAAGGTCATAGGTCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118670	AGAAATTGGGGTTAAAGAGTAACAAGCAATTTGTCCAAGGTCATAGGTCT	118719

AL359893.16	901	AATGAGTAGCAGAGCCTGGACCTTCTGATTACAAATCTGCTTTTTGTACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118720	AATGAGTAGCAGAGCCTGGACCTTCTGATTACAAATCTGCTTTTTGTACT	118769

AL359893.16	951	GCTCAGCACTGATTCACATATCACAATAGCCTTGGGCCTATAATCACATC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118770	GCTCAGCACTGATTCACATATCACAATAGCCTTGGGCCTATAATCACATC	118819

AL359893.16	1001	CCTAGTTGCCTGCCTGCTGAGCTACATCTGTGTTTTCATGGAGAGATTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118820	CCTAGTTGCCTGCCTGCTGAGCTACATCTGTGTTTTCATGGAGAGATTAG	118869

AL359893.16	1051	AATTATACCAGCATTTCAACCCCATCACTACCTTGCCCTAGCTATGAGGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118870	AATTATACCAGCATTTCAACCCCATCACTACCTTGCCCTAGCTATGAGGT	118919

AL359893.16	1101	CTTGGGCAAGTTATTTTTTCTCTGTGAACCTCAGTTTCCTCAATCAGTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118920	CTTGGGCAAGTTATTTTTTCTCTGTGAACCTCAGTTTCCTCAATCAGTAA	118969

AL359893.16	1151	AATGGGTATAAAGGCACTCAACATTACGAGGGGCTTTTAAAGAAAATGTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	118970	AATGGGTATAAAGGCACTCAACATTACGAGGGGCTTTTAAAGAAAATGTC	119019

AL359893.16	1201	CGGTTGTTCATAGGTACCTAAAGACTTCCCTTTATCTTATTAACTTTCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119020	CGGTTGTTCATAGGTACCTAAAGACTTCCCTTTATCTTATTAACTTTCTT	119069

AL359893.16	1251	TTGGCTTATCTGACTCCAGCTAAAATAAATATGTGTCTGATCCTACACTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119070	TTGGCTTATCTGACTCCAGCTAAAATAAATATGTGTCTGATCCTACACTG	119119

AL359893.16	1301	AACAACTTTCTTACCTGATCCAATCACCGAAACTTCCCCATTCAGGTCAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119120	AACAACTTTCTTACCTGATCCAATCACCGAAACTTCCCCATTCAGGTCAG	119169

AL359893.16	1351	CATCTGAGCACTTCAGATTCCAAACCTGTGTTGGAATATACGTCTCATAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119170	CATCTGAGCACTTCAGATTCCAAACCTGTGTTGGAATATACGTCTCATAC	119219

AL359893.16	1401	ATAGGACTAATCTTTCCAAATAGACTTGAGTTAGCTTTCAAAGGACATTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119220	ATAGGACTAATCTTTCCAAATAGACTTGAGTTAGCTTTCAAAGGACATTT	119269

AL359893.16	1451	AGATTAAGCCCAGAATCTTTTTCTGAACTGAAATGTAACTGCTACTCAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119270	AGATTAAGCCCAGAATCTTTTTCTGAACTGAAATGTAACTGCTACTCAAC	119319

AL359893.16	1501	ATATATTTCATTTACCAACAGATGGCTGCATTTAATTCTGTTTACTACCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119320	ATATATTTCATTTACCAACAGATGGCTGCATTTAATTCTGTTTACTACCA	119369

AL359893.16	1551	TAACAAGCTTCTCTAAACATAGACATGCCAAACTGGAGGTAGGTGTGTGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119370	TAACAAGCTTCTCTAAACATAGACATGCCAAACTGGAGGTAGGTGTGTGA	119419

AL359893.16	1601	TTTTAGGGCCATTCTTCATTTACTTCTGAAAGTGTAATGATTAAAAAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119420	TTTTAGGGCCATTCTTCATTTACTTCTGAAAGTGTAATGATTAAAAAATT	119469

AL359893.16	1651	ATTTTGTAACTGGGGAAAATGGAATAATGTTTACAAAAAGAGAAAGTTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119470	ATTTTGTAACTGGGGAAAATGGAATAATGTTTACAAAAAGAGAAAGTTTG	119519

AL359893.16	1701	AATCACAATCTTAAAATGAAAGTGAGCTCATCAGAAGGGTTGATGGTGGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119520	AATCACAATCTTAAAATGAAAGTGAGCTCATCAGAAGGGTTGATGGTGGT	119569

AL359893.16	1751	AGAGATGGTACCCTGTGCCTTGGGCCCTACCAGAATGACCCAACGGGGAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119570	AGAGATGGTACCCTGTGCCTTGGGCCCTACCAGAATGACCCAACGGGGAT	119619

AL359893.16	1801	GGGAGTTGTCATGGCTTTAATGTTTGTCCCCTTCAAAATTCATAGTGAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119620	GGGAGTTGTCATGGCTTTAATGTTTGTCCCCTTCAAAATTCATAGTGAAA	119669

AL359893.16	1851	TTTAATTGCCATTGTAACAGTATTAAGACGTAGGACTTTTGAGATGATTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119670	TTTAATTGCCATTGTAACAGTATTAAGACGTAGGACTTTTGAGATGATTA	119719

AL359893.16	1901	GGCCATGAAGGCTCCACCTTCATGGGTGGGATTGGTGCATTATATAAAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119720	GGCCATGAAGGCTCCACCTTCATGGGTGGGATTGGTGCATTATATAAAGA	119769

AL359893.16	1951	CAAACTTGGCCCTCTCTTGCTATTGCTCTTTCTCTCACCTTCTGACATGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AL161631.20	119770	CAAACTTGGCCCTCTCTTGCTATTGCTCTTTCTCTCACCTTCTGACATGT	119819

Overview

Query
AL359893.16 - 146627 bps
Hit
AL161631.20 - 119819 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link