<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1594 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL132642.4	1594	GAATTCACCATTTGGACCATTTAAAAACATAGAATGTAAAAGGTCTTCAG	1545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1	GAATTCACCATTTGGACCATTTAAAAACATAGAATGTAAAAGGTCTTCAG	50

C  AL132642.4	1544	TATATTCACAATGTTTGCAACCATCACCACCGTCTCATTCCAGATCATAT	1495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	51	TATATTCACAATGTTTGCAACCATCACCACCGTCTCATTCCAGATCATAT	100

C  AL132642.4	1494	TCCTCACCCCTAAAAGAAACCCATACCTACCATCCCCTGCAGCCACTGAT	1445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	101	TCCTCACCCCTAAAAGAAACCCATACCTACCATCCCCTGCAGCCACTGAT	150

C  AL132642.4	1444	CTTCCGCCTGCCTCCATGGATTTGCCTGTTCTGGACATTTCATATGAACC	1395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	151	CTTCCGCCTGCCTCCATGGATTTGCCTGTTCTGGACATTTCATATGAACC	200

C  AL132642.4	1394	TGAGTGTTCAGAGGCAGGTGAGCAAGGCAGTCCAAGCCTCAGTTTTCTGA	1345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	201	TGAGTGTTCAGAGGCAGGTGAGCAAGGCAGTCCAAGCCTCAGTTTTCTGA	250

C  AL132642.4	1344	TCTGCTAGTGGGGATGATGGCTCATTCCTCGCTGTCTCCAGGCAGAATGG	1295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	251	TCTGCTAGTGGGGATGATGGCTCATTCCTCGCTGTCTCCAGGCAGAATGG	300

C  AL132642.4	1294	AGAGGGGGGGTGTGTAGGGTCAGCCTGCCACCTAGCATGAGGCAGGTGCT	1245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	301	AGAGGGGGGGTGTGTAGGGTCAGCCTGCCACCTAGCATGAGGCAGGTGCT	350

C  AL132642.4	1244	CGGAGGGTGTGGCCCCATAATGGCAGGAGATTCTGCAGGATGGGGAGTGT	1195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	351	CGGAGGGTGTGGCCCCATAATGGCAGGAGATTCTGCAGGATGGGGAGTGT	400

C  AL132642.4	1194	GATCCTGGCTAAAAGTCTCCACCTTTGGGCTCAAGGGCTAGCTCCGGCAC	1145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	401	GATCCTGGCTAAAAGTCTCCACCTTTGGGCTCAAGGGCTAGCTCCGGCAC	450

C  AL132642.4	1144	CCCTGGAACTCTGGTCTCAGGATGGCATTGTTCTGCGATTCCCAGCATCG	1095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	451	CCCTGGAACTCTGGTCTCAGGATGGCATTGTTCTGCGATTCCCAGCATCG	500

C  AL132642.4	1094	GCTGTGATGCAGGAACAGTGAGTTGACATTCACCTTGGCATGAGTTTGCT	1045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	501	GCTGTGATGCAGGAACAGTGAGTTGACATTCACCTTGGCATGAGTTTGCT	550

C  AL132642.4	1044	GAAGGGTCAGCCAACCCTTTGCTCCTGACCAAGGCCCCACTCCCTGGTTC	995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	551	GAAGGGTCAGCCAACCCTTTGCTCCTGACCAAGGCCCCACTCCCTGGTTC	600

C  AL132642.4	994	TGGGCTCTGGGACCTGATAGTGCCGGGCATTCTCTAACTTCCCATCCCTT	945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	601	TGGGCTCTGGGACCTGATAGTGCCGGGCATTCTCTAACTTCCCATCCCTT	650

C  AL132642.4	944	TCCCTGCTCCTCCTCTCTCCAGCAGCAGGGTCCACAGTGAGACTCACCTA	895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	651	TCCCTGCTCCTCCTCTCTCCAGCAGCAGGGTCCACAGTGAGACTCACCTA	700

C  AL132642.4	894	GTTAGAATCTTGTGACCTTGGGAAAGCCTCCTAACTTGACTAACCTCAAC	845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	701	GTTAGAATCTTGTGACCTTGGGAAAGCCTCCTAACTTGACTAACCTCAAC	750

C  AL132642.4	844	TTCCTGATCTGTAAAATGGGAGTCAGCCCACCACTTACTCAGTAGGGTTG	795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	751	TTCCTGATCTGTAAAATGGGAGTCAGCCCACCACTTACTCAGTAGGGTTG	800

C  AL132642.4	794	TTTTGAATATTCACTGAGATAGAGATAGTTAGTTAGCCCAGGGCTTGGCA	745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	801	TTTTGAATATTCACTGAGATAGAGATAGTTAGTTAGCCCAGGGCTTGGCA	850

C  AL132642.4	744	TACATCGTTCTTAATAAATGTAGCTGTTGTGACGTTTGCTATTTCTGATC	695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	851	TACATCGTTCTTAATAAATGTAGCTGTTGTGACGTTTGCTATTTCTGATC	900

C  AL132642.4	694	AGTATCACCTTCTTGGTCTGCCCACCCCCTTCAAGGCCTTCCTCTCTCTT	645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	901	AGTATCACCTTCTTGGTCTGCCCACCCCCTTCAAGGCCTTCCTCTCTCTT	950

C  AL132642.4	644	GGGCACAACTTTCTCTGCCCAGAGGATCTTGTCAATTATTGCAGACGTTG	595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	951	GGGCACAACTTTCTCTGCCCAGAGGATCTTGTCAATTATTGCAGACGTTG	1000

C  AL132642.4	594	GTCATGGCGACGTGAGGTTGGTTCAAGTCTTGTAGGCCACTCTGCCCATC	545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1001	GTCATGGCGACGTGAGGTTGGTTCAAGTCTTGTAGGCCACTCTGCCCATC	1050

C  AL132642.4	544	AGTGGGCTCCAAGACTTGATGCCCTGTCATTTGTTCATTTGTTCATTCCT	495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1051	AGTGGGCTCCAAGACTTGATGCCCTGTCATTTGTTCATTTGTTCATTCCT	1100

C  AL132642.4	494	TCATTCAGTCCTTTCGCTGTGTCTCATGCACTGGGTAGAGATGAAAATAA	445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1101	TCATTCAGTCCTTTCGCTGTGTCTCATGCACTGGGTAGAGATGAAAATAA	1150

C  AL132642.4	444	AGAAGATATGGTCCTTATCAGTTAATCAGTTTGTATCTTATTTTCCTTCT	395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1151	AGAAGATATGGTCCTTATCAGTTAATCAGTTTGTATCTTATTTTCCTTCT	1200

C  AL132642.4	394	TCATTTCTTCTTCTTGAGTTGCAGAACTTGACTTGGCCATGCACACTGAG	345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1201	TCATTTCTTCTTCTTGAGTTGCAGAACTTGACTTGGCCATGCACACTGAG	1250

C  AL132642.4	344	GGCATGAAACCCAGTCATTGGTTTTGATTGTTTTGGTTTTGCTGTTCATG	295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1251	GGCATGAAACCCAGTCATTGGTTTTGATTGTTTTGGTTTTGCTGTTCATG	1300

C  AL132642.4	294	GGAAAATATTAAAGTGGATGTCTGCAAGGGGTCTTTGCTGGGTGTGGGGA	245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1301	GGAAAATATTAAAGTGGATGTCTGCAAGGGGTCTTTGCTGGGTGTGGGGA	1350

C  AL132642.4	244	TATAAGTGGACTCATTCACCTTCAGGGCTGAGGAGCGTCTGCAATTTGTT	195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1351	TATAAGTGGACTCATTCACCTTCAGGGCTGAGGAGCGTCTGCAATTTGTT	1400

C  AL132642.4	194	TACCAAAGGTTTGTTGAATTCTCTGTGTCATGCTGCATGTGAGGCCCCAG	145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1401	TACCAAAGGTTTGTTGAATTCTCTGTGTCATGCTGCATGTGAGGCCCCAG	1450

C  AL132642.4	144	GATGCAGTGATGACTAGAGTGAGGCTCCTGCCATTGCTGCATCCAGCTCT	95
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1451	GATGCAGTGATGACTAGAGTGAGGCTCCTGCCATTGCTGCATCCAGCTCT	1500

C  AL132642.4	94	GTCCCGTGGTTGAAATCACACATGTGTCTGCAGTGGGCAGTGGCAAACTC	45
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1501	GTCCCGTGGTTGAAATCACACATGTGTCTGCAGTGGGCAGTGGCAAACTC	1550

C  AL132642.4	44	ATTTGAGTGGGAGAGATGCTGGCCTTGAGGGGAACCAGGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL157858.5	1551	ATTTGAGTGGGAGAGATGCTGGCCTTGAGGGGAACCAGGAATTC	1594

Overview

Query
AL132642.4 - 182643 bps
Hit
AL157858.5 - 188327 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1594 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link