<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 5114 bps / non-identical: 500 bps

Full alignment

C  AL132838.4	5114	GAATTCAACTCTCAAGTACCCACTTAAGTCGCAGTCATTTTTTTTTTTTT	5065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1	GAATTCAACTCTCAAGTACCCACTTAAGTCGCAGTCATTTTTTTTTTTTT	50

C  AL132838.4	5064	GAAATAGGGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGGGTGCAGTGGCGTGTTCT	5015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	51	GAAATAGGGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGGGTGCAGTGGCGTGTTCT	100

C  AL132838.4	5014	CGGCTCACTACAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGAGTCTCCTGCCTCA	4965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	101	CGGCTCACTACAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGAGTCTCCTGCCTCA	150

C  AL132838.4	4964	GCCTCCCTAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCATCACCACGCCTGGCTAAT	4915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	151	GCCTCCCTAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCATCACCACGCCTGGCTAAT	200

C  AL132838.4	4914	TTTCGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATATTGGCTAGGCTGGTC	4865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	201	TTTCGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATATTGGCTAGGCTGGTC	250

C  AL132838.4	4864	TTGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCACATTGGCCTCCCAAAGTACTGG	4815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	251	TTGAACTCCTGACCTTGTGATCCACCCACATTGGCCTCCCAAAGTACTGG	300

C  AL132838.4	4814	GATTACAGGTGTGAGCCACCGCACCCCGCCAGTCGCAGTCATTTTTAATC	4765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	301	GATTACAGGTGTGAGCCACCGCACCCCGCCAGTCGCAGTCATTTTTAATC	350

C  AL132838.4	4764	GTCAAAGGAAATAAACCCTTCATTCAAAACTTACAGGGCTATGATTAGAA	4715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	351	GTCAAAGGAAATAAACCCTTCATTCAAAACTTACAGGGCTATGATTAGAA	400

C  AL132838.4	4714	TTCTTTAACTCAACATACCGTGCCTTCATCAGCAAATCTCTTGAGATAGT	4665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	401	TTCTTTAACTCAACATACCGTGCCTTCATCAGCAAATCTCTTGAGATAGT	450

C  AL132838.4	4664	CTTTAAGTTCAGTCTTCAAATCATTGTATTCTAAATCAAAACCACAAAAG	4615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	451	CTTTAAGTTCAGTCTTCAAATCATTGTATTCTAAATCAAAACCACAAAAG	500

C  AL132838.4	4614	TATTTAAGTTTAGATAAACCATTTGCTTTCAAAAACAAAATATTCTTTGC	4565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	501	TATTTAAGTTTAGATAAACCATTTGCTTTCAAAAACAAAATATTCTTTGC	550

C  AL132838.4	4564	CATTGACACCTGAGTCTGTTAATAATGTAGTCTAAATAAAAATTTTCTTA	4515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	551	CATTGACACCTGAGTCTGTTAATAATGTAGTCTAAATAAAAATTTTCTTA	600

C  AL132838.4	4514	AGTGAAAGCTGCATAGAAACTCGTTCCCAAATTATCTGTACGTCTACCAT	4465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	601	AGTGAAAGCTGCATAGAAACTCGTTCCCAAATTATCTGTACGTCTACCAT	650

C  AL132838.4	4464	GTTGATATGAGACCCTTTTTCATTAAAAAAAAAAAAAGCAAAATTTTTTA	4415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	651	GTTGATATGAGACCCTTTTTCATTAAAAAAAAAAAAAGCAAAATTTTTTA	700

C  AL132838.4	4414	AAAAGCATAAAAAGCAGAGATATCCTAATCCCATAAAGATTAAGAATTTT	4365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	701	AAAAGCATAAAAAGCAGAGATATCCTAATCCCATAAAGATTAAGAATTTT	750

C  AL132838.4	4364	TAAAAGGGCTTCCTATTTCTCTGGAATTCTGGTAGCTGAAATAACCTTGG	4315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	751	TAAAAGGGCTTCCTATTTCTCTGGAATTCTGGTAGCTGAAATAACCTTGG	800

C  AL132838.4	4314	ACTTGTTGAATATTTAATTTAATTTAATTTAATTTATTTTTTGAGATGGA	4265
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  AL110118.7	801	ACTTGTTGAATATTTAATTTAATTTAATTTATTTTATTTTTTGAGATGGA	850

C  AL132838.4	4264	GTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAATGCAGTGGCACGATCTCGGCTCAC	4215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	851	GTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAATGCAGTGGCACGATCTCGGCTCAC	900

C  AL132838.4	4214	TGCAACCTCCGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCGCCACCATG	4165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	901	TGCAACCTCCGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCACGCGCCACCATG	950

C  AL132838.4	4164	CCTGGCTACTTTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCACGTCAG	4115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	951	CCTGGCTACTTTTTTATATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCACGTCAG	1000

C  AL132838.4	4114	CCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTTGGCCT	4065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1001	CCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTTGGCCT	1050

C  AL132838.4	4064	CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATCGCGCCCAGCCCAAGCAA	4015
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
  AL110118.7	1051	CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATGGCGCCCAGCCCAAGCAA	1100

C  AL132838.4	4014	ACTGACTCACTTAACAGTTTATATTATGTACAAGGTACCTTGAGGGCTAC	3965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1101	ACTGACTCACTTAACAGTTTATATTATGTACAAGGTACCTTGAGGGCTAC	1150

C  AL132838.4	3964	AAGTATCTTTTAGGTGCATCCTCTATCCTTGAAAAGTTTTTACTCTAATA	3915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1151	AAGTATCTTTTAGGTGCATCCTCTATCCTTGAAAAGTTTTTACTCTAATA	1200

C  AL132838.4	3914	AAGGCAAAAAGAAATTAATAATTATAAATAAAAGACACGGCCAGGTGCAG	3865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1201	AAGGCAAAAAGAAATTAATAATTATAAATAAAAGACACGGCCAGGTGCAG	1250

C  AL132838.4	3864	TGGCTTGCACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATC	3815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1251	TGGCTTGCACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATC	1300

C  AL132838.4	3814	ACCTCAGCTCGGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGTGACATGGTGAAACCCTG	3765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1301	ACCTCAGCTCGGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGTGACATGGTGAAACCCTG	1350

C  AL132838.4	3764	ACTCTACTAAAAATACAAAAATTAGTGGGGACTGGGCATGGTGGCTCATG	3715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1351	ACTCTACTAAAAATACAAAAATTAGTGGGGACTGGGCATGGTGGCTCATG	1400

C  AL132838.4	3714	CCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTAGATCACCTGAGGT	3665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1401	CCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTAGATCACCTGAGGT	1450

C  AL132838.4	3664	CAGAAGTTCGAAACCAGCTTGGCCAACATGGTAAAACCTTGTCTCTACTA	3615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1451	CAGAAGTTCGAAACCAGCTTGGCCAACATGGTAAAACCTTGTCTCTACTA	1500

C  AL132838.4	3614	AAAATACAAAGTAAATTAGCCAAGCATGGTGGCAGGTGCCTGTAATCCCA	3565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1501	AAAATACAAAGTAAATTAGCCAAGCATGGTGGCAGGTGCCTGTAATCCCA	1550

C  AL132838.4	3564	GCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAG	3515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1551	GCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAG	1600

C  AL132838.4	3514	GTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG	3465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1601	GTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAG	1650

C  AL132838.4	3464	TGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTGCGGGGGCGCAGTGGCAT	3415
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  AL110118.7	1651	TGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTGGGGGGGCGCAGTGGCAT	1700

C  AL132838.4	3414	GCGTCTGTGGTCACAGCTACTTGAGAGACTGAGGCAGGAGAATCACTTGA	3365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1701	GCGTCTGTGGTCACAGCTACTTGAGAGACTGAGGCAGGAGAATCACTTGA	1750

C  AL132838.4	3364	GCCTGGGCAGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGAATGCACCATTGCACTCCA	3315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1751	GCCTGGGCAGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGAATGCACCATTGCACTCCA	1800

C  AL132838.4	3314	GCCTGGGCAACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAATAAATAAATAAATAATA	3265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1801	GCCTGGGCAACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAATAAATAAATAAATAATA	1850

C  AL132838.4	3264	AAAGACAGAAATGACTGATGCTATAAAAGTCACATAAAAGTGGTGGCATC	3215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1851	AAAGACAGAAATGACTGATGCTATAAAAGTCACATAAAAGTGGTGGCATC	1900

C  AL132838.4	3214	CAAGTGGAAATGGCTGGGATAGAAACCACTGAAATAAGTTTGGCCTGCTG	3165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1901	CAAGTGGAAATGGCTGGGATAGAAACCACTGAAATAAGTTTGGCCTGCTG	1950

C  AL132838.4	3164	CAGCTGGGTGGTGGTGGGGGGATGTAAAAGCCTTCAATCAAGGGTTTGGG	3115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	1951	CAGCTGGGTGGTGGTGGGGGGATGTAAAAGCCTTCAATCAAGGGTTTGGG	2000

C  AL132838.4	3114	GGTATTTTCTCCTCTAGTGGTTTCCTGTGAACCACTGAAGCAACCTCAAG	3065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2001	GGTATTTTCTCCTCTAGTGGTTTCCTGTGAACCACTGAAGCAACCTCAAG	2050

C  AL132838.4	3064	AACTGTCAAAATGGTGACATGCCTTGCTCAAGAACATGACACATAATGTC	3015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2051	AACTGTCAAAATGGTGACATGCCTTGCTCAAGAACATGACACATAATGTC	2100

C  AL132838.4	3014	CAAAAATTGTTTCAATGGATGGAAAATTTGCATTCATCCATCTACCCTTA	2965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2101	CAAAAATTGTTTCAATGGATGGAAAATTTGCATTCATCCATCTACCCTTA	2150

C  AL132838.4	2964	ATCAGAATAGCATATGTTGTGGTTTCTCAAGCATGTAATTATTCTAGCAT	2915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2151	ATCAGAATAGCATATGTTGTGGTTTCTCAAGCATGTAATTATTCTAGCAT	2200

C  AL132838.4	2914	GTAACTCTGATTCAATGGTAAAAGCAGCTGAATACCCACCAATATGAAAA	2865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2201	GTAACTCTGATTCAATGGTAAAAGCAGCTGAATACCCACCAATATGAAAA	2250

C  AL132838.4	2864	TCAAGCAATGGTCTAAAATTCAAAATTTTAATTCTTTGTATTAAATTAAA	2815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2251	TCAAGCAATGGTCTAAAATTCAAAATTTTAATTCTTTGTATTAAATTAAA	2300

C  AL132838.4	2814	AATATAGGTGTTTACTGCCCCCTTTATATTTTTTTACATAGTGAAGGAAA	2765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2301	AATATAGGTGTTTACTGCCCCCTTTATATTTTTTTACATAGTGAAGGAAA	2350

C  AL132838.4	2764	TGATGAATTTTCACACACACACAGTATTTACCACAAATGAGTTCCACTTG	2715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2351	TGATGAATTTTCACACACACACAGTATTTACCACAAATGAGTTCCACTTG	2400

C  AL132838.4	2714	CTGGACTCTATTCATGCTGCTAAGGGTATCCATTAGGGGATCGCTCCTGT	2665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2401	CTGGACTCTATTCATGCTGCTAAGGGTATCCATTAGGGGATCGCTCCTGT	2450

C  AL132838.4	2664	CAGTGGCCTGGGCAATCTTCCCTTTGTTTTCATAAGCCAGAACTGTGTCG	2615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2451	CAGTGGCCTGGGCAATCTTCCCTTTGTTTTCATAAGCCAGAACTGTGTCG	2500

C  AL132838.4	2614	TATTCATCTGTCAGGAATAAGACATCTAGATCTCCATACATTTTCTTTAG	2565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2501	TATTCATCTGTCAGGAATAAGACATCTAGATCTCCATACATTTTCTTTAG	2550

C  AL132838.4	2564	GGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAGGAGTTTCCCCATTAGAACTGTTT	2515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2551	GGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAGGAGTTTCCCCATTAGAACTGTTT	2600

C  AL132838.4	2514	ATCATTCTCAGAAAGCCAATTTCCTGAGAATCACTAAAAATGTAATTTTT	2465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2601	ATCATTCTCAGAAAGCCAATTTCCTGAGAATCACTAAAAATGTAATTTTT	2650

C  AL132838.4	2464	TTATATTAAGACCTAGAAAAACTGGAGCGTCTTTAACACAGAATTGCTAG	2415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2651	TTATATTAAGACCTAGAAAAACTGGAGCGTCTTTAACACAGAATTGCTAG	2700

C  AL132838.4	2414	AAGGATTTATTCTTTTTGCCTAAATTTCTTTCAGAAATCTCCCAATTTCC	2365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2701	AAGGATTTATTCTTTTTGCCTAAATTTCTTTCAGAAATCTCCCAATTTCC	2750

C  AL132838.4	2364	CAGATGTCATATGGTCTATGAGATCTTTATTTAAAAACCATTGATTTACT	2315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2751	CAGATGTCATATGGTCTATGAGATCTTTATTTAAAAACCATTGATTTACT	2800

C  AL132838.4	2314	GTTAACTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCGTTGCCCAGGCTG	2265
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2801	GTTAAC-TTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCGTTGCCCAGGCTG	2849

C  AL132838.4	2264	GAGTGCAATGGCATGATCTCGACTCATTGCAACCTCCGCCTTCTGGGTTC	2215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2850	GAGTGCAATGGCATGATCTCGACTCATTGCAACCTCCGCCTTCTGGGTTC	2899

C  AL132838.4	2214	AAGCGATTCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAGGAGCTGGGATTACAGGCATGT	2165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2900	AAGCGATTCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAGGAGCTGGGATTACAGGCATGT	2949

C  AL132838.4	2164	GCCACCACGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGATTTCACC	2115
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2950	GCCACCACACCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGATTTCACC	2999

C  AL132838.4	2114	ATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCGAGACCTA	2065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3000	ATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCGAGACCTA	3049

C  AL132838.4	2064	ACTTGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCAAAGCACCTGG	2015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3050	ACTTGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCAAAGCACCTGG	3099

C  AL132838.4	2014	CCAATTTACTATAACTTTCAACCAGTGTTTCCAAGCAACTTTGATATAAC	1965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3100	CCAATTTACTATAACTTTCAACCAGTGTTTCCAAGCAACTTTGATATAAC	3149

C  AL132838.4	1964	AAAGATAAGTAAACTAAAATTAAAATAAGTAAATTTAAAATACTGCATAA	1915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3150	AAAGATAAGTAAACTAAAATTAAAATAAGTAAATTTAAAATACTGCATAA	3199

C  AL132838.4	1914	TTATCCATTTCTTCCACAAACATTCCAACTGTAAGTACTATGTCATAAAT	1865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3200	TTATCCATTTCTTCCACAAACATTCCAACTGTAAGTACTATGTCATAAAT	3249

C  AL132838.4	1864	TTGCTTAATGTAAAAATTTGGAGGGTCTCCTAAACATTAATTTCATAAAT	1815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3250	TTGCTTAATGTAAAAATTTGGAGGGTCTCCTAAACATTAATTTCATAAAT	3299

C  AL132838.4	1814	ATATTGTTCAGGTGTTCTTTTTATTTTCCTTTCTTCCTCTGGTACAAAAA	1765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3300	ATATTGTTCAGGTGTTCTTTTTATTTTCCTTTCTTCCTCTGGTACAAAAA	3349

C  AL132838.4	1764	TTGAATGTTTTCCCCAGGTGTTCTTATTTTGGGGCACCAGTACACAAAAC	1715
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3350	TTGAATGTTTTCCCCAGGTGTTCTTATTTTGGGGCACCAGTACACAAAAC	3399

C  AL132838.4	1714	ATGCTAACACTGAGCACAATCAGATACTTTACCATACAGTCTTGGCAGGT	1665
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3400	ATGCTAACACTGAGCACAATCAGATACTTTACCATACAGTCTTGGCAGGT	3449

C  AL132838.4	1664	ACACAACTTGCTACGCCAGTTCAGGGGCCAATAGGTGGCAGTGTCTTTCT	1615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3450	ACACAACTTGCTACGCCAGTTCAGGGGCCAATAGGTGGCAGTGTCTTTCT	3499

C  AL132838.4	1614	TTATAAGCTGCTTAGCTTTAAGCTCCTGAAGTTTGCAGCCAGATTTTGAT	1565
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3500	TTATAAGCTGCTTAGCTTTAAGCTCCTGAAGTTTGCAGCCAGATTTTGAT	3549

C  AL132838.4	1564	TCTGCGTTGAGGCTTTCATTCTTAAACACTGTCTGAAATAAAATTAAGTT	1515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3550	TCTGCGTTGAGGCTTTCATTCTTAAACACTGTCTGAAATAAAATTAAGTT	3599

C  AL132838.4	1514	TTGAAGCATGTTTTTTAAACTACCATAGTTTTCATAGTTTAGATTTTGTA	1465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3600	TTGAAGCATGTTTTTTAAACTACCATAGTTTTCATAGTTTAGATTTTGTA	3649

C  AL132838.4	1464	AAGAGATTTCTTTAGGCAAAGGATAAAATTGAAATCCAAAGCCATAAGTT	1415
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3650	AAGAGATTTCTTTAGGCAAAGGATAAAATTGAAATCCAAAGCCATAAGTT	3699

C  AL132838.4	1414	TACAGAATTAATTCCACTTCAGTTTTCTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATC	1365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3700	TACAGAATTAATTCCACTTCAGTTTTCTTTTTTTTTTTTGAGACGGAATC	3749

C  AL132838.4	1364	TCATTCTGTTGCCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGATCACTGT	1315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3750	TCATTCTGTTGCCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGATCACTGT	3799

C  AL132838.4	1314	AACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGT	1265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3800	AACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGT	3849

C  AL132838.4	1264	AGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAGTTTTTGTAATTT	1215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3850	AGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCTGGCTAGTTTTTGTAATTT	3899

C  AL132838.4	1214	TAGTAGAGATGAGGTTTAACCATGTTGCCAAGGCTGGTCTCAAACCCGTG	1165
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3900	TAGTAGAGATGAGGTTTACCCATGTTGCCAAGGCTGGTCTCAAACCCGTG	3949

C  AL132838.4	1164	ACCTCAGGTGATCCGCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATGGGC	1115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3950	ACCTCAGGTGATCCGCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATGGGC	3999

C  AL132838.4	1114	ATGAGCCACCGCGCCTGGCCCAGTCTTATTTCTTGATGGCTCGTACTTCA	1065
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4000	ATGAGCCACCGCGCCTGGCCCAGTCTTATTTCTTGATGGCTCGTACTTCA	4049

C  AL132838.4	1064	CACATTACCTGGAGATCAGATTCAGAACTAGAGCCGGCACATGGTTCACT	1015
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4050	CACATTACCTGGAGATCAGATTCAGAACTAGAGCCGGCACATGGTTCACT	4099

C  AL132838.4	1014	GTTCTGCTCTACTTTAACCTCCCGGACATCATCCTTTCCCTGTTCTGGAA	965
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4100	GTTCTGCTCTACTTTAACCTCCCGGACATCATCCTTTCCCTGTTCTGGAA	4149

C  AL132838.4	964	CATCCTCTTTGAGGGTACTATCTTGATGCTCTCCATTTTCAGGTTTGATA	915
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4150	CATCCTCTTTGAGGGTACTATCTTGATGCTCTCCATTTTCAGGTTTGATA	4199

C  AL132838.4	914	ACTTCCTGATCACCTATTCCATCAATGTTCCGCACCAATCCATCATCCTC	865
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4200	ACTTCCTGATCACCTATTCCATCAATGTTCCGCACCAATCCATCATCCTC	4249

C  AL132838.4	864	AGTGGATATTTTGGTTACTGTGAGTTCAAAGAAAAAGAAAAACACATACA	815
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4250	AGTGGATATTTTGGTTACTGTGAGTTCAAAGAAAAAGAAAAACACATACA	4299

C  AL132838.4	814	CACATATCCACTGACCTAACGGACAATAAAATCCCAACAGACAATAAAAT	765
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4300	CACATATCCACTGACCTAACGGACAATAAAATCCCAACAGACAATAAAAT	4349

C  AL132838.4	764	CACTTATTCTATTATTATTATTTTTTTTTTTTTACAGACAGAGTCTCACT	715
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4350	CACTTATTCTATTATTATTA-TTTTTTTTTTTTACAGACAGAGTCTCACT	4398

C  AL132838.4	714	CTGTCGCCCACACTGGAGTGCAGTGGCATGGTCTTGACTCACTGCAACCT	665
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4399	CTGTCGTCCACACTGGAGTGCAGTGGCATGGTCTTGACTCACTGCAACCT	4448

C  AL132838.4	664	CTGTCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCATGCCTCAGCCACCCGAGTAGCTG	615
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4449	CTGTCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCATGCCTCAGCCACCCGAGTAGCTG	4498

C  AL132838.4	614	GGACTACAGGTGCGTGCCAACATGACTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGT	565
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4499	GGACTACAGGTGCGTGCCACCATGACTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGT	4548

C  AL132838.4	564	AGAGACGGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATGT	515
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4549	AGAGACGGGGTTTCGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATGT	4598

C  AL132838.4	514	CAAGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTG	465
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4599	CAAGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTG	4648

C  AL132838.4	464	AGCCACCACATCAGGCATACAATAGCTTTTGCTATTTTTTTTTTTTTTTT	415
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  AL110118.7	4649	AGCCACCACATCAGGCATACAATAGCTTTTGCTA-TTTTTTTTTTTTTTT	4697

C  AL132838.4	414	TGAGATAGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGAT	365
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4698	TGAGATAGAGTTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGTGAT	4747

C  AL132838.4	364	CTTGGCTCATTGCAACCCCCACCTCCTGGGTTCAGGCAATTCTCCTGCCT	315
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4748	CTTGGCTCATTGCAACCCCCACCTCCTGGGTTCAGGCAATTCTCCTGCCT	4797

C  AL132838.4	314	CAGCCCCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCAGCATGCCTGGCTA	265
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4798	CAGCCCCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCAGCATGCCTGGCTA	4847

C  AL132838.4	264	TTTTTTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTC	215
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4848	TTTTTTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTC	4897

C  AL132838.4	214	TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCT	165
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4898	TGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCT	4947

C  AL132838.4	164	GGGATTACAGGCATGAGCCACCACATCTGACCTAAAATCACTTTTTCTGA	115
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4948	GGGATTACAGGCATGAGCCACCACATCTGACCTAAAATCACTTTTTCTGA	4997

C  AL132838.4	114	TATTAAAATATTTCAGAATCTGGAAAAAGAGATTAGTCCACCGTAGTCTC	65
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4998	TATTAAAATATTTCAGAATCTGGAAAAAGAGATTAGTCCACCGTAGTCTC	5047

C  AL132838.4	64	CGAAATACTGAGAAAGAAAATTCCAACGCTTCTTTAGGTTATGTCTGCCT	15
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	5048	CGAAATACTGAGAAAGAAAATTCCAACGCTTCTTTAGGTTATGTCTGCCT	5097

C  AL132838.4	14	AACCCAAAGAATTC	1
			||||||||||||||
  AL110118.7	5098	AACCCAAAGAATTC	5111

Compact alignment

skip 800 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	4314	ACTTGTTGAATATTTAATTTAATTTAATTTAATTTATTTTTTGAGATGGA	4265
			||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
  AL110118.7	801	ACTTGTTGAATATTTAATTTAATTTAATTTATTTTATTTTTTGAGATGGA	850

skip 200 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	4064	CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATCGCGCCCAGCCCAAGCAA	4015
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
  AL110118.7	1051	CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCATGGCGCCCAGCCCAAGCAA	1100

skip 550 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	3464	TGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTGCGGGGGCGCAGTGGCAT	3415
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
  AL110118.7	1651	TGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAATTGGGGGGGCGCAGTGGCAT	1700

skip 1100 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	2314	GTTAACTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCGTTGCCCAGGCTG	2265
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2801	GTTAAC-TTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTTTCACTCGTTGCCCAGGCTG	2849

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	2164	GCCACCACGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGATTTCACC	2115
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	2950	GCCACCACACCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTACAGACAGGATTTCACC	2999

skip 900 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	1214	TAGTAGAGATGAGGTTTAACCATGTTGCCAAGGCTGGTCTCAAACCCGTG	1165
			|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	3900	TAGTAGAGATGAGGTTTACCCATGTTGCCAAGGCTGGTCTCAAACCCGTG	3949

skip 400 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	764	CACTTATTCTATTATTATTATTTTTTTTTTTTTACAGACAGAGTCTCACT	715
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4350	CACTTATTCTATTATTATTA-TTTTTTTTTTTTACAGACAGAGTCTCACT	4398

C  AL132838.4	714	CTGTCGCCCACACTGGAGTGCAGTGGCATGGTCTTGACTCACTGCAACCT	665
			|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4399	CTGTCGTCCACACTGGAGTGCAGTGGCATGGTCTTGACTCACTGCAACCT	4448

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	614	GGACTACAGGTGCGTGCCAACATGACTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGT	565
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  AL110118.7	4499	GGACTACAGGTGCGTGCCACCATGACTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGT	4548

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AL132838.4	464	AGCCACCACATCAGGCATACAATAGCTTTTGCTATTTTTTTTTTTTTTTT	415
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  AL110118.7	4649	AGCCACCACATCAGGCATACAATAGCTTTTGCTA-TTTTTTTTTTTTTTT	4697

skip 414 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AL132838.4 - 175326 bps
Hit
AL110118.7 - 192265 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 5114 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link