<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1856 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

C  AP001803.4	1856	CAATAACATGCATGGAGCTGTCATTTCCTGTGGTAACAATGCCTTCTCCT	1807
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1	CAATAACATGCATGGAGCTGTCATTTCCTGTGGTAACAATGCCTTCTCCT	50

C  AP001803.4	1806	GGAATACCTCCTGAAGGACCTGCCTGTGGCTGTCTTATGGTTTACTTTTT	1757
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	51	GGAATACCTCCTGAAGGACCTGCCTGTGGCTGTCTTATGGTTTACTTTTT	100

C  AP001803.4	1756	TATTTAAGTGAAAAAAGCATTCTCTAAAGTAATGATTAAAAGTATAGTGT	1707
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	101	TATTTAAGTGAAAAAAGCATTCTCTAAAGTAATGATTAAAAGTATAGTGT	150

C  AP001803.4	1706	GACAAATAAATAAGCTGGTAACACGGTCACTTATTATCATCATCAAGTAT	1657
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	151	GACAAATAAATAAGCTGGTAACACGGTCACTTATTATCATCATCAAGTAT	200

C  AP001803.4	1656	TATATATTGTGCGTAATTGTAGGTGCTGTACTTTAAAATGACTGTCAGTG	1607
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	201	TATATATTGTGCGTAATTGTAGGTGCTGTACTTTAAAATGACTGTCAGTG	250

C  AP001803.4	1606	TAGTAGGTTTGTTTACAGCAGCATCACCACAAACATGTGAGTAAAGCATT	1557
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	251	TAGTAGGTTTGTTTACAGCAGCAACACCACAAACATGTGAGTAAAGCATT	300

C  AP001803.4	1556	GCACTATAATGTTACAAGGGTTATGATGTCACTAGGTGACAGAAATTTTC	1507
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	301	GCACTATAATGTTACAAGGGTTATGATGTCACTAGGTGACAGAAATTTTC	350

C  AP001803.4	1506	ACGCTCCATTATAATCTTATGGGGCCACCATCACATATGCAGCTCATCAT	1457
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	351	ACGCTCCATTATAATCTTATGGGGCCACCATCACATATGCAGCTCATCAT	400

C  AP001803.4	1456	TTACTGGAATGTCATTCGTAAGGGCATGACTATATTTACGTCTTTCTCCG	1407
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	401	TTACTGGAATGTCATTCGTAAGGGCATGACTATATTTACGTCTTTCTCCG	450

C  AP001803.4	1406	TGCATTTTCATGAATGATTTTCAGACATTTACCAGAGTAATCCTACACTC	1357
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	451	TGCATTTTCATGAATGATTTTCAGACATTTACCAGAGTAATCCTACACTC	500

C  AP001803.4	1356	TGCAAAACACATCCCAGACCTTTTGGGTATTGTTGGATATCGGTTTTGGA	1307
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	501	TGCAAAACACATCCCAGACCTTTTGGGTATTGTTGGATATCGGTTTTGGA	550

C  AP001803.4	1306	ATGACACTAATGTCTAGAGGTGGGAAAATGCCAGTGAGGTACATTCTCAC	1257
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	551	ATGACACTAATGTCTAGAGGTGGGAAAATGCCAGTGAGGTACATTCTCAC	600

C  AP001803.4	1256	CAGTGTGGCTAATGAAAGCAATTTGAAAGATTATTTTGGCCTGAGTGCAT	1207
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	601	CAGTGTGGCTAATGAAAGCAATTTGAAAGATTATTTTGGCCTGAGTGCAT	650

C  AP001803.4	1206	CTCTAGATGGGTTCAATGGCACCAAGTATATAGCTCATGATTATCTACCC	1157
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	651	CTCTAGATGGGTTCAATGGCACCAAGTATATAGCTCATGATTATCTACCC	700

C  AP001803.4	1156	AGGCCCGAAAATTATATTGGGTATAGACACACAGAATGAAGCAAAATCTT	1107
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	701	AGGCCCGAAAATTATATTGGGTATAGACACACAGAATGAAGCAAAATCTT	750

C  AP001803.4	1106	CATTTTAGTTTACTTTCTTTGACACTTGAAATGAGAATTATCATTGTTGA	1057
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	751	CATTTTAGTTTACTTTCTTTGACACTTGAAATGAGAATTATCATTGTTGA	800

C  AP001803.4	1056	AAGGTTCACATGCAAATGAAGTTCTTGAAATTGCTACCTGAAGACACTCT	1007
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	801	AAGGTTCACATGCAAATGAAGTTCTTGAAATTGCTACCTGAAGACACTCT	850

C  AP001803.4	1006	CTGTGATAATAGTAAAGAAAATTCAGCATCACATCCCTGAGAGAAATGCT	957
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	851	CTGTGATAATAGTAAAGAAAATTCAGCATCACATCCCTGAGAGAAATGCT	900

C  AP001803.4	956	TTTTGATGGAATCCCCAAGGCTTCATGACTGAGTTCTGGAAACAAAGAGA	907
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	901	TTTTGATGGAATCCCCAAGGCTTCATGACTGAGTTCTGGAAACAAAGAGA	950

C  AP001803.4	906	AAAGAAATATTTTGTCAAGCAAAATGACATCTTTTTATCTTTCAATACCT	857
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	951	AAAGAAATATTTTGTCAAGCAAAATGACATCTTTTTATCTTTCAATACCT	1000

C  AP001803.4	856	TTTATCTTTGAATCTTTGAATCTCTGAAAACCTACAAGTCATCCCTTTAT	807
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1001	TTTATCTTTGAATCTTTGAATCTCTGAAAACCTACAAGTCATCCCTTTAT	1050

C  AP001803.4	806	TGTACCGTGGGAAAAGTGTATCACCGTTACAAATGGATTTGAAGAGAAAT	757
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1051	TGTACCGTGGGAAAAGTGTATCACCGTTACAAATGGATTTGAAGAGAAAT	1100

C  AP001803.4	756	TCCTCTATCCAACTCACCTAGTGCTCATTTGTGCAAGCCCACTCTGGAAG	707
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1101	TCCTCTATCCAACTCACCTAGTGCTCATTTGTGCAAGCCCACTCTGGAAG	1150

C  AP001803.4	706	TTCAGAATGGAGGAAGGACTGATGGAAGGCAAGGGACAGAGAGCATGACA	657
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  AC213223.1	1151	TTCAGAATGGAGGAAGGACTGATGGAAGGCAAGGGACAGAGATCATGACA	1200

C  AP001803.4	656	AAACACCCTAGGTTTGTGAGGGACCACACATGCAGAGCCAGCAGACAGAG	607
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1201	AAACACCCTAGGTTTGTGAGGGACCACACATGCAGAGCCAGCAGACAGAG	1250

C  AP001803.4	606	CTGCTCAGGGAAAGCGTGTCCTGGGGCAGAGGCCAGAAGCCATTTTGGGG	557
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1251	CTGCTCAGGGAAAGCGTGTCCTGGGGCAGGGGCCAGAAGCCATTTTGGGG	1300

C  AP001803.4	556	AAAGACAGAAAAAAGGACCAAGGATTGCATATATCTAACATATGGGTGAT	507
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1301	AAAGACAGAAAAAAGGACCAAGGATTGCATATATCTAACATATGGGTGAT	1350

C  AP001803.4	506	TAAGGATCTTCTGTGATTAAGGAGATCTCATTAAACAGAATGGAAAGATG	457
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1351	TAAGGATCTTCTGTGATTAAGGAGATCTCATTAAACAGAATGGAAAGATG	1400

C  AP001803.4	456	AGATTTGAGTAGTTTCTACCTCTGTAGGTAGAAATGGAATCGGAGGCTTT	407
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1401	AGATTTGGGTAGTTTCTACCTCTGTAGGTAGAAATGGAATCGGAGGCTTT	1450

C  AP001803.4	406	GCAGTTGTTGAATTGTGACCCCATTATAAATCACTAGCCCCTCTCACCAA	357
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1451	GCAGTTGTTGAATTGTGACCCCATTATAAATCACTAGCCCCTCTCACCAA	1500

C  AP001803.4	356	CTGAACACCAATCTGACAACTTTACAAGATAATGGGTCAGGTTTCTTTGC	307
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1501	CTGAACACCAATCTGACAACTTTACAAGATAATGGGTCAGGTTTCTTTGC	1550

C  AP001803.4	306	AGGATATGTAAAGGTCATACATTACAGCCTTTCTGTCTAGGCACATCTTA	257
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1551	AGGATATGTAAAGGTCATACATTACAGCCTTTCTGTCTAGGCACATCTTA	1600

C  AP001803.4	256	TGCTACTCACCACCACCATGTCCTTGTTAGTGATGACTCACAGAACTCAG	207
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  AC213223.1	1601	TGCTACTCACCACCACCATGTCCTTGTTAGTGATGACTCACAGAGCTCAG	1650

C  AP001803.4	206	TGCTGTTACCTGGAAAAACCTCCAGTATTACCACCTGTAACGTTTGTCTG	157
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1651	TGCTGTTACCTGGAAAAACCTCCAGTATTACCACCTGTAACGTTTGTCTG	1700

C  AP001803.4	156	TGGTTTTCTTTTTTTTGTTATGTCCTTTGCTGGCTTTCGTATCAGTGTGA	107
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1701	TGGTTTTCTTTTTTTTGTTATGTCCTTTGCTGGCTTTCGTATCAGTGTGA	1750

C  AP001803.4	106	TGTTGGTCTTATAAAATGAGGTAGGGAGGATTCCTTCTTTCTCAATCTTT	57
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1751	TGTTGGTCTTATAAAATGAGGTAGGGAGGATTCCTTCTTTCTCAATCTTT	1800

C  AP001803.4	56	TGGAATAGTTTCAGTAGGATTGGTATCAATTCTTCTTTGAATGTCTGGGA	7
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1801	TGGAATAGTTTCAGTAGGATTGGTATCAATTCTTCTTTGAATGTCTGGGA	1850

C  AP001803.4	6	GAATTC	1
			||||||
  AC213223.1	1851	GAATTC	1856

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

C  AP001803.4	1606	TAGTAGGTTTGTTTACAGCAGCATCACCACAAACATGTGAGTAAAGCATT	1557
			||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	251	TAGTAGGTTTGTTTACAGCAGCAACACCACAAACATGTGAGTAAAGCATT	300

skip 850 bps 100% identity alignment

C  AP001803.4	706	TTCAGAATGGAGGAAGGACTGATGGAAGGCAAGGGACAGAGAGCATGACA	657
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  AC213223.1	1151	TTCAGAATGGAGGAAGGACTGATGGAAGGCAAGGGACAGAGATCATGACA	1200

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AP001803.4	606	CTGCTCAGGGAAAGCGTGTCCTGGGGCAGAGGCCAGAAGCCATTTTGGGG	557
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1251	CTGCTCAGGGAAAGCGTGTCCTGGGGCAGGGGCCAGAAGCCATTTTGGGG	1300

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AP001803.4	456	AGATTTGAGTAGTTTCTACCTCTGTAGGTAGAAATGGAATCGGAGGCTTT	407
			||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  AC213223.1	1401	AGATTTGGGTAGTTTCTACCTCTGTAGGTAGAAATGGAATCGGAGGCTTT	1450

skip 150 bps 100% identity alignment

C  AP001803.4	256	TGCTACTCACCACCACCATGTCCTTGTTAGTGATGACTCACAGAACTCAG	207
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
  AC213223.1	1601	TGCTACTCACCACCACCATGTCCTTGTTAGTGATGACTCACAGAGCTCAG	1650

skip 206 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AP001803.4 - 159372 bps
Hit
AC213223.1 - 33893 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1856 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link