<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2005 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AC006209.25	139755	AAAATAAGTAAATGTTTCTATGGGAAAGCCATCGTTCTTCCTTTTTCTCT	139804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1	AAAATAAGTAAATGTTTCTATGGGAAAGCCATCGTTCTTCCTTTTTCTCT	50

AC006209.25	139805	AAACACGGCCCCAAAATAAGTATTTATCTTTCTCAGGGGAGAGTCCTTCT	139854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	51	AAACACGGCCCCAAAATAAGTATTTATCTTTCTCAGGGGAGAGTCCTTCT	100

AC006209.25	139855	CTTATAGCCTGATCCAGTGAAGGCCTTCCCTCTGGGTGAACTCTGTGGGG	139904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	101	CTTATAGCCTGATCCAGTGAAGGCCTTCCCTCTGGGTGAACTCTGTGGGG	150

AC006209.25	139905	CTTTGTTTCTTTGCTTTGGGACCTCTGAAAAACAGACGTATCATGCAATG	139954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	151	CTTTGTTTCTTTGCTTTGGGACCTCTGAAAAACAGACGTATCATGCAATG	200

AC006209.25	139955	AATTTACAGAAGCAGCAGATAAAAACCCACCCACGCTGTCTCGCAGCCCT	140004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	201	AATTTACAGAAGCAGCAGATAAAAACCCACCCACGCTGTCTCGCAGCCCT	250

AC006209.25	140005	GATCTCTTCCAGTTGCCTGCTTTGTCACTAGAACAGACTCTGCAGGCCAC	140054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	251	GATCTCTTCCAGTTGCCTGCTTTGTCACTAGAACAGACTCTGCAGGCCAC	300

AC006209.25	140055	TGGGCTCAGGGGGCTTCCCACCGGGTTCTTGCCTTTGGCAGATGTTTTTG	140104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	301	TGGGCTCAGGGGGCTTCCCACCGGGTTCTTGCCTTTGGCAGATGTTTTTG	350

AC006209.25	140105	TTTTTACTTTCTCGGCAGATGTTTTCTTCGGCTAAACTTGGCTTAGACAC	140154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	351	TTTTTACTTTCTCGGCAGATGTTTTCTTCGGCTAAACTTGGCTTAGACAC	400

AC006209.25	140155	AGGATGAGGAGCTGAAGTTGAGTCAAGATTACTGTTGTGGTGTGGGTGTT	140204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	401	AGGATGAGGAGCTGAAGTTGAGTCAAGATTACTGTTGTGGTGTGGGTGTT	450

AC006209.25	140205	TTAGAAACTATGACGGAGGCTGGCACCGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAG	140254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	451	TTAGAAACTATGACGGAGGCTGGCACCGTGGCTCACGCCTGTAATCCTAG	500

AC006209.25	140255	CACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCGGATTGCCTGAGCTCAGGAGTTCGAGA	140304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	501	CACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGCGGATTGCCTGAGCTCAGGAGTTCGAGA	550

AC006209.25	140305	CCAGCCTGGGCAACAACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAATACAAAAAA	140354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	551	CCAGCCTGGGCAACAACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAATACAAAAAA	600

AC006209.25	140355	TTAGCCGGGCGTGGCAGCATGCGCCTGTAGTCCCAGCTACCCGGGAGGCT	140404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	601	TTAGCCGGGCGTGGCAGCATGCGCCTGTAGTCCCAGCTACCCGGGAGGCT	650

AC006209.25	140405	GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGA	140454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	651	GAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGA	700

AC006209.25	140455	AATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAATGAGACTCCATCTCA	140504
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	701	AATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAATGAGACTCCATCTCA	750

AC006209.25	140505	AAAAAAAAAAAAAAACACAAAACTATGACAGAACTGAAAAGTTTTGGATC	140554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	751	AAAAAAAAAAAAAAACACAAAACTATGACAGAACTGAAAAGTTTTGGATC	800

AC006209.25	140555	AGGTGGCAAGTTTATATTTTCAAAGCTACATGCCATTTGCAATGGATAAT	140604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	801	AGGTGGCAAGTTTATATTTTCAAAGCTACATGCCATTTGCAATGGATAAT	850

AC006209.25	140605	TTTAAGACGTAGCACAGAAATAGAAGAGTAACTGCAGAAATAAAAATAGT	140654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	851	TTTAAGACGTAGCACAGAAATAGAAGAGTAACTGCAGAAATAAAAATAGT	900

AC006209.25	140655	GTATGTGTTTAGCCTGAGCCAGTCACAATGATGAGGACTATTTTCTTTTT	140704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	901	GTATGTGTTTAGCCTGAGCCAGTCACAATGATGAGGACTATTTTCTTTTT	950

AC006209.25	140705	GTCATTGACAAACAAAAATTAGATATGCTTCTGATATACAACATAACATT	140754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	951	GTCATTGACAAACAAAAATTAGATATGCTTCTGATATACAACATAACATT	1000

AC006209.25	140755	CCATTCATATACTGAAATATGTATCCATTATGGGATGGGTAACTAAAACT	140804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1001	CCATTCATATACTGAAATATGTATCCATTATGGGATGGGTAACTAAAACT	1050

AC006209.25	140805	AATTAACATATTACCATAAATACTTTTTTTTTTTTTTTAGATGGAGTCTG	140854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1051	AATTAACATATTACCATAAATACTTTTTTTTTTTTTTTAGATGGAGTCTG	1100

AC006209.25	140855	GCTCTGTCATGCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTAATCTCGGCTGACTGCAA	140904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1101	GCTCTGTCATGCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTAATCTCGGCTGACTGCAA	1150

AC006209.25	140905	CCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAG	140954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1151	CCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAG	1200

AC006209.25	140955	CTGGGACTATAGGTGCCTGCCACCACGCCTGGCTAAATTTTTGTATTTTT	141004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1201	CTGGGACTATAGGTGCCTGCCACCACGCCTGGCTAAATTTTTGTATTTTT	1250

AC006209.25	141005	AGTAGAGGTGGGGTTCCACTGTGTTAGCCAGGATGGTTTCAATCTCCTGT	141054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1251	AGTAGAGGTGGGGTTCCACTGTGTTAGCCAGGATGGTTTCAATCTCCTGT	1300

AC006209.25	141055	CCTCGTGATCCACCCCCCTCACCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT	141104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1301	CCTCGTGATCCACCCCCCTCACCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGT	1350

AC006209.25	141105	GAGCCACCATTCCCAGCCCATACTTATTTTTTTAATGTGGTGAAAACAGT	141154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1351	GAGCCACCATTCCCAGCCCATACTTATTTTTTTAATGTGGTGAAAACAGT	1400

AC006209.25	141155	TAAAATCTACTGTCTTAGTGGTTTTCAAGTATGCAGTACATTGATATTAA	141204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1401	TAAAATCTACTGTCTTAGTGGTTTTCAAGTATGCAGTACATTGATATTAA	1450

AC006209.25	141205	CTACAATCACCACATTGTGCAATATATCTCTTGAACTTATTCCTTAGGTC	141254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1451	CTACAATCACCACATTGTGCAATATATCTCTTGAACTTATTCCTTAGGTC	1500

AC006209.25	141255	TAACTGAAATGTTCTGCCCTTTTATTATAATGTGGTGGAAGGTATCTGAG	141304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1501	TAACTGAAATGTTCTGCCCTTTTATTATAATGTGGTGGAAGGTATCTGAG	1550

AC006209.25	141305	TTACCAGTGATGAATCCATACAGGCCTGCAGCCACTGGAATTCTTGCATC	141354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1551	TTACCAGTGATGAATCCATACAGGCCTGCAGCCACTGGAATTCTTGCATC	1600

AC006209.25	141355	CTCAGAAGAAAGAATTTGACTGAGGGCCATAAGGCAGAGAGAGAGACCCG	141404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1601	CTCAGAAGAAAGAATTTGACTGAGGGCCATAAGGCAGAGAGAGAGACCCG	1650

AC006209.25	141405	GGCAAGTTTCAGAGCAGGAGTGGAAGGCTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTG	141454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1651	GGCAAGTTTCAGAGCAGGAGTGGAAGGCTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTG	1700

AC006209.25	141455	AGACAGAGTCTCGCTCTTGCCACCCAGGCTGGAGTGCAGCAGTGCGATCT	141504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1701	AGACAGAGTCTCGCTCTTGCCACCCAGGCTGGAGTGCAGCAGTGCGATCT	1750

AC006209.25	141505	CGGCTCATTGCAACCTCCACCTTCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCA	141554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1751	CGGCTCATTGCAACCTCCACCTTCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCA	1800

AC006209.25	141555	ATCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGCGCCACCATGCAGGGCTAAT	141604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1801	ATCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGCGCCACCATGCAGGGCTAAT	1850

AC006209.25	141605	TTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTATTGGCTAGGCTGGTC	141654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1851	TTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTATTGGCTAGGCTGGTC	1900

AC006209.25	141655	TCGAACTTCTGACCTTCTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGG	141704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1901	TCGAACTTCTGACCTTCTGATCCACCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGG	1950

AC006209.25	141705	GATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCCAGCCGAGTGGAAGTTTATTTTAAA	141754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	1951	GATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCCAGCCGAGTGGAAGTTTATTTTAAA	2000

AC006209.25	141755	AGCTT	141759
			|||||
AC097314.27	2001	AGCTT	2005

Compact alignment

skip 700 bps 100% identity alignment

AC006209.25	140455	AATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAATGAGACTCCATCTCA	140504
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AC097314.27	701	AATCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAATGAGACTCCATCTCA	750

skip 1255 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC006209.25 - 141759 bps
Hit
AC097314.27 - 80501 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2005 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9501020051397551417591120051
Short-link