function checkCheck(){
 var $checked_loci = 0;
 var $checked_sites = 0;


 if(document.form1.ln.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ln.length; $i++){
     if (document.form1.ln[$i].checked){
       $checked_loci++;
     }
   }
 }
 else{
   if(document.form1.ln.checked){
     $checked_loci++;
   }
 }

 if(document.form1.sn.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.sn.length; $i++){
     if (document.form1.sn[$i].checked){
       $checked_sites++;
     }
   }
 }
 else{
   if(document.form1.sn.checked){
     $checked_sites++;
   }
 }



 if ($checked_loci <= 0 && $checked_sites <= 0){
  alert("Please select a gene and a tissue.");
  return false;
 }
 if ($checked_loci <= 0){
  alert("Please select a gene");
  return false;
 }
 if ($checked_sites <= 0){
  alert("Please select a tissue");
  return false;
 }		 		
 else{  
  return true;
 }
}

function checkForm(){
 var $checked_loci = 0;
 var $checked_histo = 0;

 if(document.form1.ln.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ln.length; $i++){
     if (document.form1.ln[$i].checked){
       $checked_loci++;
     }
   }
 }
 else{
   if(document.form1.ln.checked){
     $checked_loci++;
   }
 }

 if(document.form1.hn.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.hn.length; $i++){
     if (document.form1.hn[$i].checked){
       $checked_histo++;
     }
   }
 }
 else{
   if(document.form1.hn.checked){
     $checked_histo++;
   }
 }


 if ($checked_loci <= 0 && $checked_histo <= 0){
  alert("Please select a gene and a histology.");
  return false;
 }
 if ($checked_loci <= 0){
  alert("Please select a gene");
  return false;
 }
 if ($checked_histo <= 0){
  alert("Please select a histology");
  return false;
 }		 		
 else{  
  return true;
 }
}

function checkSec(){
 var $checked_loci = 0;
 var $checked_sec_sites = 0;

 if(document.form1.ln.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ln.length; $i++){
     if (document.form1.ln[$i].checked){
       $checked_loci++;
     }
   }
 }
 else{
   if(document.form1.ln.checked){
     $checked_loci++;
   }
 }

 if(document.form1.ss.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ss.length; $i++){
     if (document.form1.ss[$i].checked){
       $checked_sec_sites++;
     }
   }
 }
 else{
   if(document.form1.ss.checked){
     $checked_sec_sites++;
   }
 }

 if ($checked_loci <= 0 && $checked_sec_sites <= 0){
  alert("Please select a gene and a tissue.");
  return false;
 }
 if ($checked_loci <= 0){
  alert("Please select a gene.");
  return false;
 }
 if ($checked_sec_sites <= 0){
  alert("Please select a tissue.");
  return false;
 }		 		
 else{  
  return true;
 }
}
	
function checkAllLoci(){
 var checked = 0;
 if(document.form1.ln.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ln.length; $i++){
     if(document.form1.ln[$i].checked){
       checked++;
     }
   }
 }
 else{
   document.form1.ln.checked='true';
 }
 if (checked > 0){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ln.length; $i++){
    document.form1.ln[$i].checked='';
   }
 }
 else{
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ln.length; $i++){
   document.form1.ln[$i].checked='true';
  }
 }
}  

function checkAllSites(){
 var checked = 0;
 if(document.form1.sn.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.sn.length; $i++){
     if(document.form1.sn[$i].checked){
       checked++;
     }
   }
 }
 else{
   document.form1.sn.checked='true';
 }
 if (checked > 0){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.sn.length; $i++){
    document.form1.sn[$i].checked='';
   }
 }
 else{
   for (var $i = 0; $i < document.form1.sn.length; $i++){
   document.form1.sn[$i].checked='true';
  }
 }
}

function checkAllSecSites(){
 var checked = 0;
 if(document.form1.ss.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ss.length; $i++){
     if(document.form1.ss[$i].checked){
       checked++;
     }
   }
 }
 else{
   document.form1.ss.checked='true';
 }
 if (checked > 0){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ss.length; $i++){
    document.form1.ss[$i].checked='';
   }
 }
 else{
   for (var $i = 0; $i < document.form1.ss.length; $i++){
   document.form1.ss[$i].checked='true';
  }
 }
}

function checkAllHisto(){
 var checked = 0;
 if(document.form1.hn.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.hn.length; $i++){
     if(document.form1.hn[$i].checked){
       checked++;
     }
   }
 }
 else{
   document.form1.hn.checked='true';
 }
 if (checked > 0){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.hn.length; $i++){
    document.form1.hn[$i].checked='';
   }
 }
 else{
   for (var $i = 0; $i < document.form1.hn.length; $i++){
   document.form1.hn[$i].checked='true';
  }
 }
}

function checkAllSecHisto(){
 var checked = 0;
 if(document.form1.sh.length){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.sh.length; $i++){
     if(document.form1.sh[$i].checked){
       checked++;
     }
   }
 }
 else{
   document.form1.sh.checked='true';
 }
 if (checked > 0){
   for (var $i = 0; $i < document.form1.sh.length; $i++){
    document.form1.sh[$i].checked='';
   }
 }
 else{
   for (var $i = 0; $i < document.form1.sh.length; $i++){
   document.form1.sh[$i].checked='true';
  }
 }
}
	
function checkAll(form, elemid) {
  var my_element = document.forms[form].elements[elemid];
  var checked = 0;
  var elem_length = my_element.length //need this to turn my_element into an object
  if(my_element.length){
    for (var $i = 0; $i < my_element.length; $i++){
      if(my_element[$i].checked){
        checked++;
      }
    }
  }
  else{
    my_element.checked='true';
  }
  if (checked > 0){
    for (var $i = 0; $i < my_element.length; $i++){
      my_element[$i].checked='';
    }
  }
  else{
    for (var $i = 0; $i < my_element.length; $i++){
      my_element[$i].checked='true';
    }
  }
}