High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 88436
Chr: 5
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-316L21 : RP24-256M22 : RP24-117H22 : RP24-218J11 : RP24-343E17 : RP24-450D4 : RP24-394O20 : RP24-119K22 : RP24-460M8 : RP24-317E10 :
Instance: Plate 89: Well B07: BACs RP24-117H22 RP24-256M22 RP24-316L21 RP24-218J11
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 72441660 72441709 50 AAGAAAGTGGTAAGAAGCAAGTAAGATCCCAGCCTTTGAAACGTTGTGGT
U5 72435894 72435943 50 TACAGACAATGGAATGCTTAACTCTACGATATGCGAAATGCTTTGGAAGA
U3 72435744 72435793 50 TGACATTCCAATGCCACTTAAAAGAACTTATCATAAGAAAATAATCCTGG
D5 72435031 72435080 50 AACCACTAAAATATGGATAATTTCTTCCCGTAAAACATGAATCTGGATTT
D3 72434915 72434964 50 CCTTGCATACCTCCATTTAAAAAAACCTCACTAACAAACATTTCAGCTAT
G3 72431215 72431264 50 TATGGTGAAAACAAGGGGCTTCACCAGGCTGCCATGAGAAAACAAGAGAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 72826204 72826269 66 ACCTTTGAGTACACTTTTCCCTTGTCAGACTCTCAGTGAAACAGCAATTGAGTGTCCCCTGAAAGC
G5 72832899 72832948 50 AAGAAAGTGGTAAGAAGCAAGTAAGATCCCAGCCTTTGAAACGTTGTGGT
U5 72827133 72827182 50 TACAGACAATGGAATGCTTAACTCTACGATATGCGAAATGCTTTGGAAGA
U3 72826983 72827032 50 TGACATTCCAATGCCACTTAAAAGAACTTATCATAAGAAAATAATCCTGG
D5 72826270 72826319 50 AACCACTAAAATATGGATAATTTCTTCCCGTAAAACATGAATCTGGATTT
D3 72826154 72826203 50 CCTTGCATACCTCCATTTAAAAAAACCTCACTAACAAACATTTCAGCTAT
G3 72822454 72822503 50 TATGGTGAAAACAAGGGGCTTCACCAGGCTGCCATGAGAAAACAAGAGAA
G5_U5 72827133 72832948 5816 TACAGACAATGGAATGCTTAACTCTACGATATGCGAAATGCTTTGGAAGACCACTGAATCCTATGGAATGGTGGTCATAATCTAATAAGTAAAAACAGCACTTGATGACAGAAACCAGTCTAACAAATGCATACGCTGGTGCTCGGATCTGCAATCCAGCCTAGGAGCATGTTTCCCAGTCACGTTGGAACCTCTAAGCTTGCTTTCCTTGATGGTCAGTTCTGATAGACACCGTCTCCTCCATGACCCACACAATTCTACCACCCCAAGAACTTGTCTGCTTGCTCTTACATAAATCAAAATGTTGACATGGGTTCACAAAATGGAATTTTGAGAGGCTTTTCTTCATTTTATTCTATACTCTTGAATTGGTTTAAGAACCATTTAGTGTTTTAAATTAATTTAAAGTTGTTAATGTTTAAAACACAAAATTCACAAGCTTCAGAAATATAGTGAAATGATTAACTTTCTTTTAATGGAGGAAAAAATAGGAGGGACATTTTTCAGCAAAAACTGGAACATCTCTTCTGGGTACCAAATCATTTCCAGAGAAATTATGATAATATTCTCTCCATACATATGGTTAACTTCATATTAACAAAACCAGTGTTGACAGACAAGCCTGCAGTTTAGTAAGATGGCCAAACACCACTCTCCATCTGTAAGATGTGAGAGATAAATGTGCTTTCTAGTTTAGCGTCACCCACTCTTTCAGACATAGCTCGGATCTACTTTGAAATCATTCTATCTTCTTTCAAGTACATTTCTTATCCCGCTTTTCTTCCAACTACTCTGCAACCCTCCAAGGTCCTATAGGAAGCCCTCCCCCCAAATGTAGTTGTTTGATCAAAGGGCCCTATGCTTCTTCAAAAGATACCATCTCCCATTTTTAGAGGATATTCATTGATCACTCAAATATGCTAAGCTCAGTGGCACAAGATCAAAATGTGGTTCCCATTTTGGAAGGCAGCTGGAAATAAATGTCTCTATACACAGAACCTTAATGTAAACATGACAAAGAAGTTAAAGCCACAATACTTTCATGTGCCTCCTTATCTTCAAAATACAAGATGAGAATGAAGAACTTGCAGAGAAAGAAATTGTTCAAATAGATACTGGAACATAAACACACACACACATACACACAGAACAGAGATGGGACATTCTGAACAGGTTTCATGAATATATCACTCAATCTACTTGGGAATGAAAGTTAAAACACACTTCAGTGTGAAAAAAAGACACTGTAGGTTGGAAGAACAAGGAGATAGAGGATCCACTTTGTACACATAACTCTACATGAAGTTTCTGTGAACAAGCTGAGAGTAAATGTTTCTCCATCTAGACATATGCCATTTGCTGAGAACCAGCTTGGTGGGTGCTGAGATCCAGAAAGAGCACCCATACCTCCTGGGCCATAGCTATGTCACTTCCACAACCCAGAGAAGAGACATCTATCTGGCCTATACTAAATAAGAGGAAATTCAATTTCAGAAGACTAAAGCCTTCCTTCCAGGACAGCTGTGAAGACCAAATGCTAGACTTCTGAGTAGCTTCTACCTGGATGCACATCAGAGTTAATATATTAAAAGTAGTTTCCAAAAACTAATTATTAATGTCCCTAGAGAGGAAAGGCTGGCAAGAATATGTCACAATGCCTGTGTATCTGTCAGACCATTTTTCTGTTGCTGATACCAGCATTTTGTAGAGTAAGTTACAAAGAAAAGAAGTATATTTTGCCCCATGTTTCTGGGTGCTCAAAAATGGGGGTAGGGTAGGATCACATCTAGTAAGGGCCTTTGTGTTGGTGGTACTCTCTGCAGAATTCTATAGTAATGATGAATTATGACTATAAAATCTTTAAAATCTCAAATAACTTACATAGACATAAAGAACAATTTCTTATACCCCTAGACTAATTTTCCAAAGCACAATTCCATCATAAAATTCAAGCCTAACACTACAGCACAAATTTTCTAATTATGGATGAAAAAGGTACAGCTTCCATACATATGTAGTTAGATAGAAAGATAATATATAGGCAGATAAATAGGCAGACGAAAATATTTAAAAATGGCTTACAGAAACATACAAAGTTAGTAACAGGCATGAAGCTGGGATTTAAGTACTCTGCCCAATTCCTTGGTATTCCATACCTGTTAATAGCACAGCAAACCCCAAAGGACCCAAAATAGGCAAGAACTTAATGTACAGAGAACAAGAATGAAAGACACACTGAGAAAGTGCCCATTTTGATGGTGAAGACATATACATTTTAGGTTGGAATCAGATGGCGTCTAGGAAGACAGTGCTGGCTGGTACATTGACCATGGAGATTGCTTTATAATTGCAAGGGAGGAGGGAAGTCTGTAAAACTTAAGGTTGGGCAAGAATATTCAACAGACCTAGCTAAGAATCCACTCATGGCCAACAAACATAAAAAGGAATTATTTTCTAAGGATATTAACTTCAACTCTTTCATATGCACACAATGGTGTCTATTGCTTATTATCCCTCCTGCCTCAACATACAACTCAAATATTACTTCTTCCTAGAATACTCCATTGTCTTTGAAAATGTGTGTGTACACATTCTCTCCAGCAGAAATTGATTTCCTAAGCCAGCTACATGCTGTGCACCATGAAAAGTCACTTCTTCTCTGTGGGGATGCAGACCAGCCATTTGAAAAGGGGCTCATTTAAGCTACTACAACATCAAACTTGCTTTTCATAGGGCAGAGAACAAGCAGGGCCTATTTTTCTTTCCTGAGACAACTTAGTAGTGAGTCCCATGGAAATTAGAGGTCAGGACTGACGCACGAGAGCACATACAAAACACGGCAGACATAATTGGCCTTAGTGTTCCTTATAGACATCATGGTTTGATTATTGTGTTTCCTTTTGAAGAAGTCACATCAAGTGCAAGGCTGGGGAGGAGAATCTGAAAATTGGACCCGGAAGGAGGAAAACTAGTACAGGATCCAGCGTATTTCTGGTGAGCTGTTGAGTCTCACTGGTGCCTTCAGTCTAAGACACTGTTTCTAGTTAGAAATGGTGCAATAACAGATGTCAGAGTATGCATTGAATAACAGAGATCTTCCATTCAAGAGGATGCTAAGCTTTGAGAGCACGGTGCTCCTGACAGTCTCATGACTGTCAGAGCCCAGCAGAGCAGTTTTCTAGATCAGACTGGGTTTGTCCCTGATCCTATCTCATGGATTTAGACACTGGGATTTCAATGCCAGAGTTTAAAACTAAAGGTTGGTCTTCTGTAGAAAGTGCTCTTGTAATTTGAAGCTCAAGGAGTTTGCAACCTCGTAGGAAGAACAACAATATCAACCAACCAGACCCTCCCCCCCCCCCCAGAGCTCCCAGGGACTTAACCACCAACCAAAGAGTACACATGGAGCAACCCATGGCTCCAGCTGCATATGTACCAGAAGATGGCCTTGTCAGACATCAGTGGGAGGAGAGGACTTTGGCCCCATGAAGGCTCAATGCCCCAGTGCAGGGCAATGCCAGGGCAAGGAGGCAGGAGTGGGTGAGTGAGTAGGTGGAGGAACACCCTCACAGAAGCAGGGGGAGGGGAATAGGATAGGGAGTTTGGAGTGGGGGGACTGGGAAAGGGGATAACATTTCAAATGTAAATAAATAAAATATCCAAGAAAAGAAAAGGAAAAAAATAAGTACTCTTTGGTCAGGATTCGGGACTCAGGAATTAGAGTCAAACTTTATATGTATGTGACTAGTTTAAATGCAGAACAAGAATAAATGGTTAAATAGATTACACTAGCATAGAAAAATCTAAGGTTCTGAGAAACTAACCTTAAAGTGATATTCCTCCATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCACAAAAGAACTCACATAATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAGCTTAGAATACCCAAGATATAAGATACAATTTGCAAAACACATGAAACTCAAGAAGAATGAAGACCAAAGTGTGAACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAACACTCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAGTTTGGAGCTGAGACGAAAGAATGGACCATCTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCATCCCATAATCAGCTTCCAAACACCACTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATATAGTTGTCTCTTGTGAGACTATGCTATGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGGATGGATCACAGGACCCCCAATGGAGGAGCCAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTACACAGTACCCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTAGTAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTTGTGCAAACTTTATGTGCCTCAGTACAGGGCCAAGAAGTGGGAGTGGGAGGGTGGGGGAGCTTGTGGGGGACTTTTGGGATAGCGTTGGAAATGTAATTGAGGAAAATACGTAATAAATAAAGAAAAAAAGTGGAAGTAAGTTTTTAAATGGTGATATTCATGGCCTATATTGCCTGGGAAGGAAATTTGAGAGTTTATGGGAAGGAAATAAACAGATCCATTTCATAGCATTTAGCACTAGGTTTTCCCATTTTATCAGTAGTATTCTTTATCATCTGTCATCAAAAAATGGTCTCATTTTTGATCGATGTAAGTGGTTGTTTATTTTTGACTCACATTTGTTTCAACTGTGCTTTCTTTTAAATGTTTGCTAAATTAAATAAAATCTGGTTTTTTTTTTAATAAAAAAAAGTTGTAACAAAACCACAGTAAATATGTAACACTATCACATGAGAGGCAAGAGTGGTCAAATTTTTAAAACATGAAAAATCTTTTTTCTATAGAATTTTACTATCTGCTGTCTAATATCCTTCCAGGAAACGTGGGTGGAGCTTCTGTTTGCCTTGATACAC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U3_D5 72826270 72827032 763 AACCACTAAAATATGGATAATTTCTTCCCGTAAAACATGAATCTGGATTTTCTAAATACAGAGACTCGCAATTAACTATGACAGATGTGGGTCCCTTCTCCCCCTAAAAGCAATAAAAAAGGAAAGTTAATAACAGGATGATTTGTCCCTCTTGTCTCCAGAATAACTGCGCTCTTATCACGGAATGATATGGCTCCAAAATACCTGTCATCGCCATCAACAACGCACTCAGGGAAGGCGAGGCTACAGCCGAAGAGCAGGATATGTTGATAGCAACTGAGGCGATGGAGGTACGTGAAGAACTTGAGGAACTTCTCCATGTCCATGTTTTTGACAATTGGCAAGAGAGGTGCCAACGTGCTGTGGTAGGGCAGAATTTGACACTGGCTGTGAGTGATGTTCATGCAGGTGCCTGGGAAGTGGAGACACTCACAGTTAGAAGTCGAATAAGAAATCTGTATCTGTAAGCTTACATAACATGCCAGGTTAAGGACTTCATATGCCTTACACCTATATTATAGTACAACTATCACATAGACAATTATGCACATAAGTATATGTCAGTACAACAATGAAATCAGCTTAGTGATATTTATTAAGGGGGAACAGGCGTTTCCTTAAAAAATGTAGACAATTCTCCCGTAGGAAGCTGCTGTATATCCCCTACCTGGGAAGGCTAATATGCTTCCTGGTGTTTATATATCCATGTTCTTTGACATTCCAATGCCACTTAAAAGAACTTATCATAAGAAAATAATCCTGG
D3_G3 72822454 72826203 3750 TATGGTGAAAACAAGGGGCTTCACCAGGCTGCCATGAGAAAACAAGAGAATCCGGGTGTTTAGAGAGGGCTTCACTCCAGCCAAGACTTGGAAGCCACGGCCTTGATGGGAGAGGAGGGGCCTCTGTAGGCAAAGGGAACAGCATGCACATACAAGGCTGTTCAGAAGACGGTTTCAGGGTTTTGTTGTGTTTTTTTGTTTGTTTGAGAAATGGAAAGGAAGGTCACTGAAGGTGAGGCTGGATCCATGACGCTAGAGAGGCAAGAAGGACTTCAAAAGCTGTGGCATGGAGCTTAGTTTGAAATCTAAGTCTAACGAAAGCCACAAATGGATGGCATCTCGGTCAATTTGTTCTTTTATTTTTTTTTAATTAATTTATTTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTTTCAAATGCTATCCTGTTCTGAAATGATCACGATGAGGAAAATAGAAAGCTGGCATTTCTAACCACGGGATTAAGTGGATATCAGCCCAGAAAGTCACATACTCCATCAACAACAAGAACTGCGATTTACAAAGAATTTATCTGCTGGACAGGGTAGATACCAGAGCACCTCCTATAAGTCGTAAGAAAGTGGGAGGCACGATCAGAACTGTAAGTCACTTTGCGGGGGGAAGGGTTAGTCTCAGCAAGGTTTTACTATTTCTTAAATTTGTATAACTTTATATTACTAAAGACTATTACACTTAAAAAGTTAGTTCTAGTCTAGACTGCGGAAATAGCTCAGCCAGAGAATTGCTTGCCACATAAGCACAAGAATCTCAGCTCAATTCTTGGAACTAGTGTTTAAAAAAAACCGAAGTGGGCGTGGTGCCTCCTGCTTGTAAGCCTAGCCCTGAGGAGTGGAGGCAGGGGAATGTCTGGAGCTCACTGACTGGCCAGGCTGTCTGCTTGGCAAGTCCCAAACCAAGGACAGGTTCAGAAACCATGGCAGCTGGTTCCTGAGGAATGATACTGAGGTTGACCCCTGGCTTCCACAAACAAGCAATACTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACACACACACACTGTCCATTTGAGAAAATCAGGAAATCAAACATGTCATCTAAACACTAACCAACATTTTGCTATCTACTTGATATTTTTAAGAAATATATTCTAACCTACGTACTTTAGAGCCGTTCCACTAGTTTATCGGTTAAAATTTTATATTTTTAGATTATATGCTTCCCTGAATCCATATGCTTTCCTGCCTTTCAATAGACCCTGTTGCAATACAACCATACCCATTTGGTCAAAGCAAACACAGTTCAAAATAAAGACAATTAAATTCCATTGTTTCAACGTACAATGTAGTCAAAGAGTAACTGTGGTCTCCAAAGAATCAGGTTTAAAAACTATCCTGTTTATATATCTCACTATAATCTTTTAAAATTAAATTTTAATTGTTATTAAAAGCTATTTTTTCTAGGCTGGAAAACAAACACTTTTTCTTAATTTTCATAATACAGCCTATAATAGATGATACAGAATAGTGAAACACAAGAAAAATATTGTTGACCTTATAATGGCTTTATATAATACATTTACTTTGCTGAACTTATTCTGCTTATTAAATTAGGCTGCAGTTCCCATGTACACACTAAATGACAGCAGGAAACATGGCCTAAAAGTACAATTAGAAAACTAAATATAATAATAAAAATAGGATAAGTCCCCAAAGAACACTTGAAAAGTAACTGTAAATTATTATTCATTATAACAGAAAATGGAAAAACTCTCATACTGGTATAGTTATCAAAGGCTAAATCAGGTCAGGGGGGGACGTGTACTTAATTTAAAGTGCCCTGAAAAGAGTGGGCAGCTCAAAAGCGTTTACCCAGGCAGAACTGAGTTAGAATAAAGAGGGTCGCCATGCTGGACCCAGCGGTTCCAGGACTCTGAACACACTCCCTTCCATTTTCTTTGTGTGTGCATGCATGAACCCACAAAGGAGTTAATCTGATACATATATATATTAGTGGAAATTTTTGGAAATGAAACAGAAACAGAATGAGAATCGAGCTCCAAAATCCTTTCATATTTCATCTAATTTTGCTTCATTTACTTTTTTTTTTTTGGTAATCCTTCACACACACACACATTAGAAGTACATTTTTGTAGTCTCCACTTCATTAATTCTGCTTGTCCTTCACAAATCACCACTTCAGAGTTATTGCTAACCTTTATTGAGCTCTTTCTAAGGGCCAGGCAGTGTCCCAAGCCCCACATGTCATTAAATACTCACATTAATTTTTTAACATAAGTGTAACTATTATTTCTCTTTTTATGGATGACGAGGTCACGACACACGACTCCTTTAGCCTGCTTTCCCAACCACTGCTATGAAGTGAGAGGTCCACATCTTAATCTCTAGAACCGGGAATCTCTAGAACACATTGGACATAGGATCTTTGTGGGATACAATTAAGAGTCTGGATGTGAAGCTATTATCATAGACTGTTAGGTGATCTCTGAATCCAATGACAGTGTCCTTATAGGAGACAGAAGAGGAAGAGGTGTCGGCAGTCAGGACATGTTCTCTGATGGCAGAGGCCAAAAATGGAGGGACGTGGGCACAAGACAAAGGAACAGAAATAATAGGAAATGGGATGGGCAAGAGGGAAAATGGATTCTCCCCATAGAGTTCTGGGAACCAGACAGCGTGCCGACACCCAGACTTTCAGCTTTCAGAACTAAGGGGGAAGACATTTCTGTTGTTTGAGCCACCCAGCAGGTGGCAATTGGTTAAAGCAACCCAAGAAAATGAATACAACCACCAACTGTGTTGCCACAGTCTGGGAAAATAAACCATCTCTTGGTGGCCATCTTCAATTGTTTCTGTAGTTCTGGGCTCTCCGTGAGCGAGACAAGCACTATGGCACTGACTCACAACCACAGCCCACACAGGCATCTCATATTTTAACCCATGGGAAAGATCCAATCCACCTTCTCTCTGTGTGTGTACCATGAAGTCACCTTGATCATTCAAGTTTCACCAAATTCTGCACGCCTCTGCCTCTACTGCTTCTGTTCCATCTCCACACAAAGGCAGCGCCACAGCTTGCAACCAAAGTAACGGGTGTTTCTCTGATGCTTAGGGTACTTCACACACTGCTGAAATTGTCACAGACAACATGGGATGGAGTCATACCCGAATTACTATTCTGGAAAGTTCCTAATATTTCAATCCAGAAAATAACTTATCTTATATTTAAATAGGTACTTAGCATGTGCTTTATTTGGGTTGATCAACTGTCATGGAAAATGATCTCTATCTTATTGAAAAGTCTCTGTTTGTCCCTCCACATCTACTCCCCAGTCCAGCACTAGGTCCCCATGCTGATGAGAAAAACCACCCCGAAGGCCACACATAATTGATTTAAATAAGATTTTTGGACTTCTTGGCTGATGATATTTAATGAGATTCTGGGTTTCATCCATTGCACTGGATGTTTTTGTGCCCTGCTGGTGAGTAAATTTACTGGCAGAAAGGATGATTGGAGAAGGGAGTTGGGCTACCTATCCCTTCTCTTCACTCTTAGCTACAAGTATCCAATTGCTTCTAACCTTTTCTTCTCTTTAAGCCTTTGGCAGTAGGACTACATTGTCTCATCATGAGGCCTTGATACTTCTTATTACTTAATTGTCCCCTACCACCCCCCTTGCATACCTCCATTTAAAAAAACCTCACTAACAAACATTTCAGCTAT
U5_15 72827133 72842183 15051 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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 5, start 72826474: end 72826681
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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