High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mk2
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 87049
Chr: 4
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-407B22 : RP24-538L20 : RP24-116E24 : RP24-166A16 : RP24-243F14 : RP24-559B3 : RP24-156E6 : RP24-160F13 : RP24-548H13 : RP24-397H3 :
Instance: Plate 86: Well H08: BACs RP24-166A16 RP24-116E24 RP24-407B22 RP24-538L20
Instance: Plate 213: Well A10: BACs RP24-166A16 RP24-116E24 RP24-407B22 RP24-538L20
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 11773812 11773861 50 TTTTGCTCCAACAACATGCCTTAGAGGACACTTGAAATATCCAAGCTGAA
U5 11779390 11779439 50 TATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCATTGGATGGCTGACTAG
U3 11779484 11779533 50 GGGGGGGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCTACCTATAGGGTTGC
D5 11781403 11781452 50 ATCTGAATGCTGTTTTATTGTGCCAATTGTTTTGGACCAAAGTCTCTCAT
D3 11781639 11781688 50 TCTTGCTGAGTATCTCATAAATTGCCTTTGACTTTGGCTTTAAGGAATTC
G3 11785585 11785634 50 TGCTTCTAAACAAAATACTTTCAAGAGATAAAACCTCATCCAGCATGCTA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 11708600 11708785 186 CCTTGGCCCTGTTTAGTCTTGGGTAATGTAGGATGTTTGGAAATATCTCAGACCTCTATCTATGAGATGCCAGGGACACTCCTGTCTCTAAACTGTGACAATAAAAAATGTCTCTAGGAGATCTAGAGAGAAGGCCTAGCAAGAGCCTTTCTGCTCTTCAGAGGATCTGAGTTCAGTTCTGAGCAC
G5 11700959 11701008 50 TTTTGCTCCAACAACATGCCTTAGAGGACACTTGAAATATCCAAGCTGAA
U5 11706537 11706586 50 TATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCATTGGATGGCTGACTAG
U3 11706631 11706680 50 GGGGGGGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCTACCTATAGGGTTGC
D5 11708550 11708599 50 ATCTGAATGCTGTTTTATTGTGCCAATTGTTTTGGACCAAAGTCTCTCAT
D3 11708786 11708835 50 TCTTGCTGAGTATCTCATAAATTGCCTTTGACTTTGGCTTTAAGGAATTC
G3 11712732 11712781 50 TGCTTCTAAACAAAATACTTTCAAGAGATAAAACCTCATCCAGCATGCTA
G5_U5 11700959 11706586 5628 TTTTGCTCCAACAACATGCCTTAGAGGACACTTGAAATATCCAAGCTGAAACCTGGGACAGGAGACCTCCTTGCTCCCAGAGCCCATGTTTGACAAGCTTATACATCACAGGACAAGTCACCATTGTACAGTACAAATGGGCTTGACTTAAGTTTCTGGTCAGAAAGATCTGTCCTTTGACTGAAAGACAGACAGCTAGGGAGATTGCAGGGTCCTGGCTAGGGGGCTGCAGTACAAGTCTTTCTCCTTTTCTGCCCTGCCAGGGAGCTCATGTCAAAGAGTCTCCCTGATATTTTTTAAAAATCTATTTCCTTAGAACATTATACTTTAAAATCTGATATGAAGTTCACACACTAGGCATCACATCTATTTATTTAATTTATTTATTTAGCATAAACAGAATGCCTACTGTGAGGTACAACCAATTTAAACTTATCCACGACTGGCTTACAAGTAAATGAGACTCAGATTATGGTTATTTTATTTGGCTTTGACAATTACTGGGGGGTCACCCCTAATCGACTCTTCTAACTGCTGCCCTGGCTACCTCCCCAGCCGTGTACCCCAGATACTTGCTGTTTCTCCTGGCCATGTGCTTTCCATTCATCTCCCCTCATGGGTGCTTCTACTCTTTTCTTCCTCCTTCTCCACTGGTCTCTCCTCCAACCAGGTCACAGATACCCCAAGAACCTCTAATCCCTTCAGTAACGGAGCTGGTGACCATCAGAAGTCTGTCTGCTGCTCAGCTCAGAATAGAGCAGATCACCGCTTACTCTGTGCTCCCCAGTAGCTCCACTGGCTTTCAGTAAGACATGGACTCCCTTCCCCTCACCTCCACACCATACCATTTCTGTCTCTCATTAGAAAACAAACAGGCTTCTAGGGAATAATAATAAAATAAGATAAAACGAAAACTAACACACCAGAATTGGACAAAATAACCACAAGGAAAAGAGCCCAAGAGAGACATAAGAAACAGAGACCCACTCATGGGCACGTTCAGGAAGCCCATGGGAACACTAGGCTGGAAAACTGGAAGCCATCATATATGTGCAAAGGATCTGTGGGGTAGAAAGAAGAAAAATTATAAAAAATACAATAAATCTTCTTTGAAGGTCTGATAGAACTCTGCAGTAAACCCGTCTGGTCCTGGGCTTTTTTTGCTTGGGAGACTATTATTGGCTGCTTCTATTTCTTTAGGGGATATAGGACTGTTTAGATCATTAACCTGATCTTGATTTAACTTTGGTACCTGGTACCTGTCTAGAAACTTGTCCATTTCATCCAGGTTCTCCAGTTTTGTTGAGTATAGCCTTTTGTAGAAGGATCTGATGGTGTTTTGGATTTCTTCAGGATCTGTTGTTATGTCTCCCTTTTCATTTCTGATTTTGTTAATTAGGATGCTGTCCCTGTGCCCTCTAGTGAGTCTGGCTAAGGGAGTATTCTGTTGGTATAGCTTCAAGTTTGTCTGTGGTGTTATTCCAAGCTTTCTTTCCTTATTGGTTCTTGATTTGCTCTATAATTATTGGAAGTGATGTCTTGAAATTGTCAGTAATGACAGTTTCATGATCATATTTCTGTCCACTCTCCCAGTCTTTGATGCACTTTAGAGGCTGTCTCTAACATTTAGGTGTGCAGATGTTTGCAGTAGCTATAGTTTCCTGGCATGCTAACCCTGCTATATCTTGTCTTTCCTTTTGAATGGGATCTCATTCTGTAGCTCAAGCTATTAACTCATTCTACAGCCCAGGCTAGCAAGAATTTTTCCCCTTAGTTTCCCAAGAGCAGAGATTACAGGGAGGAGCCACCGGCCTAACTCTTACTTTTTATCTATAACAAGTTTGCCTGAAGCTCTGTTTTGTCTGGTTCTAGTTTAACTTCACCCTCACTTTGGGCAACTGTTTTATTGGATTAGAAGTCTTCCTCATCTCACCAACTGTAGCACTTGGGATGTGTTATTTCGTAGCCCTTGGCCTTACTGAGAAACCTCTTCATTTTATTGAAAAGCTCTGTGTGTCCTGATTCACTAGAGTCCTTCCTGCTATTTTTCAGGAAGCTCCGTCTTTCAGATGTTTGATTGTGCTGCATTTGGGATCATGTGTCTGTGCCTTCTGCAGTTCACTGAGCTTCATGGATGGGTCTGCGAGTGTCTTCTTCACATTTGGGGAGTTTTAGGCATTCTGTCTTCAAATCATCTTTTCTCTTCATTCTTCCTCCCCTATGGGAATTTTACAGTACAGGTATGCATTTGCTTGATGGTGCCTTTTCAGGCCTTCATTTTTGTTGTCGGTAGTTCATTTTTCTTTTTTTTTCCATTTTATTAGGTATTTAGCTCTTTTACATTTCCAATGCTATGCCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCCACTTCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTCAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCGGTAGTTCATTTTTCAAGTTCTCTGGTTTTCCACCAGCTCAAATATTTTTTCAAGTTCTCTCAAATGTTTATTTTAACTAATATTCTTTCAACTCCAGAAATCCTACTTAAAAAAAAAAAAACAACAAAATTTTTATGTCTGTATTCTCTATTTGGCATGACTTATTTTTATGCTTTCCCTAGTCTTCTAGAGAAGGCTTCCTTTAATCCTGGATCTATTTAAAATAGATCATTTAGGATCTTTAGCAAGTTCAACATCAGGGCTTTCTTAGGAACAGTTTTTGTATCTACAATGTACGTTAGTTACTTATTTAGCTGTATGTCACACAGACATTTATTGAAGAGTGGACATTTTAAATGATGTGATATGGTAATCTAGGCATCCTGTTGCTTCCTTCCTTAGAGCATATTGCTTCTACTTCTTGCCTAGTGGCTTTTATGGACTAAGTCTGAAAAGTCAGTATTCATTGTTATGTTCAGCCACTGAAGTGCCTGATCACCTTGGTGCTCAGTTAATGATGGGACAGAGATTATGTTAGGTGCATTGGATCAGAAAGTCTCAGCCTTCACCAACATTGGAGCATGTTGGAGCACATTGGAGCATGCCACTAGCAGTGTGGTGGAGAGTTTACAGATTTGGCTTTCCCTTCATTTCATACGTGTGTTGAGCCTCAACATCAGCTGGGGTGAGGGGTTAGAGCCTTCTCTGACCCTTCCTGCACATGCTGGCAGCTCGGTTAAATGGATGATGCTCCAAGGACTAACACACGAGGTTTGCCGAGTCCCCTGTGGGCAGCTTATTCCCCCAGCCTTTCCTTTAAATGTGTGACCAGTTTCTCATTTGCTTCAGCTATCATTCCTGCCTTAAGCTCATCAGTATCCATTGCTGACAGGTCTGAAGATTACTTATTTTAAAAACATTTTTATTTATTCTTGGAAAATGTTACATGTATCATGTATGCAATGTATCTTAATCATATCCAGCTCCCACTCCCCATTCCAGTTTCCCCATCCCAGACCCTTCCCAATGCATCTCCCAAACAATTTCATGTCTTCTTTTTAAATGTTTATTTTTAACCCCTGACTCCAAGTAGAGCTGCATATATGTGTGCATAGTATAAGGTCATCCATTGGGCATGGTGTTCCAGTGGCCACACCTCTCCTAAGTACAGTGACTCTCCCTCCCTGCAGCAACCATCAACTGCAATACTTCCAAAGTGAGGGCTGGGCCATCGTAGCCCTGCCCCTACCCATGGTGGAATTTTAACTTAGTTCATGCGTACAACATCCATGTCTTGTTCAAAAGACAGCATGCACGCGCGCGCGCGCGCGCACACACACACACACACAGACACACACACACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATTTAGTCTTTCTTCAGTGATGTACCCTGTTCCCTAAGCCTTTGGGAGATATTTTATTCACAACAGGGACTTGCTATATAGAACTTGGGTTGGCCCGGTGCTATATCCTAAGCTGACCTCAAACTTACAGCAATCCTCCTGCCTCAAACTCCCAGGTGCTGAGATCTATGTGTGAAGTACTATGCCCACCAGTTTTGCATGGGTCTTTTCAGTAGAAGTCCGTGGACATTAATAGTGATAAGAACTGACTCAGATTAAATAGACACCAGCAGGTTACACAATGACGGTTCTCTGGCAATGGCTCTGGGAGTTACTGTCTTCTCTGCCCACTGCCACACTGTGCTGGTGAGTCTGTCCTGTCCCTTCTATCCTCTTTCACACTGAGCTGGAAGGTCAGTGGGGTAAGGCAAATTAAAACAGCACAGGTTGGTGCTTATTGACATCCAGGAGGGTTTTGGTCAGTTCTGATGCTCTGACAAAGTTGATAAATTGGTGTTTGCCACTATCTACCAACATTTTCATGCTTTACTGGAGGAATAGCAGGGTCTCACTCCATCTCTCCCATTGACGTCATACTCGTCTTAAAACACTAACAGTGGCACTGTTTATTAATAGCCGTAATATCGACAAGAGGATTTGTAAAGCCCTGTCTAGCCATGCTGTTCTCACCTTGTTTGTACACACTGCTGACATGCGCACTTCTGCTTCAGAGGCAACCATGGCCTGGCTTTACTTGTGTGTACTTTTGTTACTTTATTGTATTGTGTCTTTTGCCCTTTATAATGAAGCTTAAAGGATCAATATTGATCATGTTCTCTGCTTTAAGAATTCATGAATTCATAGATATCTGAGTTTTTAACTTTGCTAACATAACAAACATTTCCTCTTGCACTCTAAGAATGTAATTCATGCTTAAAAATTCCAAATTTTTATATTATTGTTTACTATTAAAGATGGTACTTTATACCTCAAGCCATTTCCAGATGGGTCATATAAATTATATCCTATCAACAAAATATCTATTTCTTTGCAGCCTAATATCAATGAAATGTACTTAAAATTATTAGTGAAGTTTAACACCTTTTATATATTCTTAGTTTCATGCAGAATTCCTAATTTTTCACTGTTGTCTTATAAGGAGCTGCATCTACCTCGTGAAGAGTTGTTGATTAGTTTTTCTATGTTGTAGAAAGTCACCATGAAGATTATCATTCAGGAATATGTGATGTTGAAGGCACTTGTAGACTATTTTCTTTAACATTAACTTGTGTCTTCATCTTTGTCACAAGTATTAAAGTACTGAGTGACATCTTTTGGTTTTGGCAATAAAGCTAGAAATCTTAATGTTTCTTAGATGCTGGTAACATCATGGCTCTCACATATTCACTGAAAACTATCTTTTTTAATATAATTTTTTCTTAGGTATTTTCTTATTTTACATTTCAAATGCTATCCCCAAAGTCCCCCATACCCCCCATTCCCCTACCCACCCATCCCACTTTTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGAACTGAGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCATTGGATGGCTGACTAG
U3_D5 11706631 11708599 1969 GGGGGGGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCTACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGAGGCCCTGTGATCTATCCAATAGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCCAGGCACCGGCATAGCCTCAAAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTGGCGTATGCAATGGTGTCTGTGTTTAAAGGCTGATTATGGGATGGATCCCCGGGTGTGGCAGTCTCTAGATGGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTATAACTCCTTCCAAAAACTATCTTTTAGCATTAGCTACAGTTTAAAGCACCACAGCCTTTTCTCGGCATATTGGATTGTATGATGCTTTGTTTATTGAGAGAAATGTGTTCTGAATGCTACATAAAGGATGCACAGACAAGATTTTAGCATTGCCACCATAAAGGGCTCAAGGTTTCTTATTCTGCGATGTACAAATAAAAAAATGGAAATAGGCATCTTTCTACAGATCTACAGCATTGTGCTTTCCTCAGAACCTGATGTGATGGTAATTCTTTTTTCTTTTTCTCAGTTTAAGACCAACCCTCCAGCTGTGACTTTCGAGCTAACGGGAGAGACAGATGGTATATTTAAGATAGAAAAGGATGGACTTCTGTATCACACAAGAGCCCTGGACAGAGAAACAAGAGCGGTTCATCATCTGCAGGTGAGCTGAGACAGTGGGATGACACACAGTGGGATGACACTCAGTGGGATGACATGCAGTGGGACAACACACAGTGGGATGACACACAGGCTTCTGTAGCACGCTCAGTTCCCGAATCCCCTGGGACCATTATCCCTTGCTTCTTGTTCAGTTCTCCTGGCATTAGTACAAAACTGCAGTCCTCATATGACCTCCCTCCCTCCCTCCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCTCCTCTTTCCCCCTTTCCTTTTCCCCTCATTCTCCTCGCCTCTTTGAAACCGACTACAGAGTGATTTTTGACCATAGTAATCCAATTTACATGATCAAAGTCCTCAGATGGCCATACTCATTTGGGTACTGGGGCTGAAGCCCAGCACTGTGCTCCTGGTGTGCCCTGGTGCTTGGTATGTGTGCCTCACACCCACTATGAAGGCAGCATCAGTGCTGCGCAGAGCCACTGCGGCCCCAGAATGCAGAAGGAACTCATGGTCCTACTGGAAATGCTCTTCCTTTCCGTTTCCCCATAGCTTCCTAGTAGGTTTCTGAATAGCTAGAAAGGCAGAGCGCTAACTGAAAAAGAGCAAGCTGAAACCATCTTCACTTTCTGCCATGGGCTCTGTAGACTGACCACTGTGCCAGCTCTGAGGAGTCATAGTACACCATCACCTGAGTAATGTTCTGCATCCAGTACCCTGAACATCTAGAAAGCTACTGCCATCATCAGGGTAGCTTAACTGATTGGACCCTTATTTTAGCAGTATATAATTTGGGCTTTTGTGGGTTCTTCATCTCCTGCAGTCATCAGGTCATTGGTCTTTTGAATTTTAAGTTCCTATAAGTGACTTTGGGGCATGTATCTTAAGTCCAGAGTCACAAGGTAGCTTTCTTTTCTTCAACAACAGCTTGCAGCCTTGGATTCTCATGGAGCTATAGTGGACGGTCCAGTCCCCATCACCATAGAAGTCAAGGACATCAATGACAACCGACCCACGTTTCTCCAGTCAAAATATGAAGGCTCAGTGAGGCAGAACTCTCGCCCAGGTAGAACAGTCAGTCTGAGTATGTCTGTGGGGTGATGAAAGAGTGGAATTGTGTGGCTGACAGTTGTCACTATAGCTCCACAAGACTGACTATCTAATGTAAATTTCATAGCGATCTGAATGCTGTTTTATTGTGCCAATTGTTTTGGACCAAAGTCTCTCAT
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done inserting candidate regions
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AOS Produced 13 oligo candidates altogether
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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