High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by vvi
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 80473
Chr: 2
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-92I5 : RP24-544I21 : RP24-240L4 : RP24-380M4 : RP24-163N14 : RP24-368K5 : RP24-368K6 : RP24-368G6 : RP24-315E2 : RP24-349I19 :
Instance: Plate 119: Well E04: BACs RP24-92I5 RP24-380M4 RP24-240L4 RP24-544I21
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 34230584 34230633 50 CTGCCATATCACACGCTCAGATTAATTTTACCAGAAACAATAGACTATTT
U5 34225113 34225162 50 CTAGATGTCTTTCTATCACACAATCTCAAAAACAAGATACATTCAGTATA
U3 34224966 34225015 50 TTCCTAAAAAGAAGAAAATAATGCAGACATACAATCATCAAAGTGTGCTT
D5 34224255 34224304 50 ACAAATCCCTTGGTTTTGTACATGCATCATCGTTGCTTATTTTAGTCTAT
D3 34224127 34224176 50 TTAGCAAGAAGGAAGGGCTTGCAGGTGTGGTGGTTAGGGATGAATGTGAG
G3 34220417 34220466 50 GACTCTAGTCGTAGGTACATATTTGAAAAATACAGTAAAGGTATTTTCTA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 34079697 34079774 78 GAGTGAGGAAACTGAGACAATGGAATAGAGGGTTAGCTTTGCACCGAAAGCTCAAAGCACCTTCATTTCATGACTCCC
G5 34086104 34086153 50 CTGCCATATCACACGCTCAGATTAATTTTACCAGAAACAATAGACTATTT
U5 34080633 34080682 50 CTAGATGTCTTTCTATCACACAATCTCAAAAACAAGATACATTCAGTATA
U3 34080486 34080535 50 TTCCTAAAAAGAAGAAAATAATGCAGACATACAATCATCAAAGTGTGCTT
D5 34079775 34079824 50 ACAAATCCCTTGGTTTTGTACATGCATCATCGTTGCTTATTTTAGTCTAT
D3 34079647 34079696 50 TTAGCAAGAAGGAAGGGCTTGCAGGTGTGGTGGTTAGGGATGAATGTGAG
G3 34075937 34075986 50 GACTCTAGTCGTAGGTACATATTTGAAAAATACAGTAAAGGTATTTTCTA
G5_U5 34080633 34086153 5521 CTAGATGTCTTTCTATCACACAATCTCAAAAACAAGATACATTCAGTATAAAGTGATTAACTAGACTTAAATACATATTAAAATGGTATTGTTAGGCACATGCCAGAGGACTGCACAAAGACACCAAATAGAGTTTAAAATGTGCCACTGACACAGCAATTGAGTACTGGGTACAGTAGCCTCAATCTCATTCTGCTTTTAAATCAAGAACCTCCAAGTGATGCCAGTCAGCAACCTCTTCTGAGTACTATAGATCACAGCTGACAATTCATAGGTTTAATCAGGTCACACAGGCTTTCTGCCAACATGTTTTCAACAACACAGAAGACAAAGTTTTAAAATAATTATCATGGTATAAAAAGCACTGGAGTCATGACAGCTCAAAATCAGCATTTTCATTAATGTGTAACACAATCTAAACTATCCCAGCCCAATTAACCTCTGTAAATCTGTTCAGAAGCAGGTTCCCCGCACTAGTTACAAGCCATAGGGAGGGGGAGTTGGCATCTCACATGTTTGCATTTGGATTCTGCCTCTTGCTCGTGTGCCTGTTGTTTATCCACAGTAGCATACACTCTGTGTCTGGTGTAACTTACATGACAGTAACATCTATAAGCTGCCAAGTATTCAGCTGATCACCAGTTCTGAGATTTCGTACACTAACCTACATGTACCGTCAATTCTTTTACGAACAGACTTCATCCACAGACGCCCTGAATTATCCTCACAGCATGACAGAGCTCTTGCTTGCTTTGGCTCAAATACACAACTTTGATTTCCTCCCCCCAAACATTTTAAAGCTGTCACTTTTGCTTAAAAATAATTTCAACTGAATAATATAACTAAGTCACCATAATTTAAAATTATATAAGTTGCCAGTTCAGAGACAAGTAAGATTTAAAAATTATAACATATGAAGGCAATAAATTCATTTAGGAAAACCAAAAGTTAGATAACTCTTTAAGCTAAAATCTCTTTGCTGATAGCAAGAAAGACAAACATGTATTTGCTAATTATTGGGGGACTAAAAAGAACTGCCTCATTGTTCTAGAACTGCTCCATATTGGCTAAGTTTGTGTTTTCTACTTAACGTCTTTCTTTTCTTCCTTCTAAAACTCTAAAATGTTTGAAGTCTTAAGACCATATGACTGGGACCAACTCCTGGCTTACACACCTCATTCTCATGCCCTGGTGTAAGTGAGCTTCCTGGATGACTTCCTCTTGCACTTCCAGTTCTGTTTAATTGTAAATCAAGTTAGGCTCCTTATATTTATCTGTTTTAAGTCAATTTTTACTCACTTTTTTTGTGGGGGAGGTGCTTATTTCTCCTCATTTCTAGATAAGTATATGTCTTCTAAAAAGGGGGATATATATTTTCTGTGTTGGTGAGTGATAGTGTCTTACTACATAGCTCAAGACTGATCCCCCTGCCTTTCCCTTCTGAGGCTGGGATTACCTACAGGTGTGAGCCACCATACCTAGCTGTAATGTGTATATTTTTAAAAGATGACTTCAAGTTTCTGTAAGGTTTCTAATTTCCCCGTTATATTTAAGCACATGAGGCTCTTTCCCTCATGGCATGTGGTAAGGTCCTTTAGCAGTACATCAATAGCCAGAGTTAAAATTATTACACTTCTTGAGTTCCCTGCACAGTGTGGCACACAGGAGTAGATGTTCAATGACCAATACACCAGGGAAACAGACCATGAGGAAGAGGAAATGTGTCAGGACTACGAAAGGCATGAAGTGACTAGGTACCTGTGGCAATCTGATAACACTTAATATTGTATATAGACCAACACTGTGCTACTAAGAGGCTCAGTAACAGTGGCCACAAGAAAATATATAAGAACATATTGTAAAAACTCTAATACTTTCTTATACTGCCTACTTTCTAAAACCATAAGTAAACCATCATGTGCATGCCTCAAGAACAAGAAAGCTGTCTTAACAAAATCCTTCTGCACTTACTTTCTAAATTATGTGCATCAAATCCCATGAGAAAAATCATTTCCTATCAGAAACTTCATACCCTGTCAATAAAAAGAACTGAAGAGCATTGTGCAATTAGGCAGCATTGAGAAGGCTGTTTATCAATAATAAAGTTACTTTCAAAACTGTAGTTTGAAAAGTGAAAATACTTCCTTATTAAGCAAAGAAATAATTATGGGATGCCTAAGCAGTAATACTTGACTTGTAAAGTTACTTTCCGTTTGAATACTTGTATTTGTGTCTTTATTTAATTTCTCAGGCTCCCTAGCTCTCTAGCACTACTACTACTAGGCTCTCTAACCTCCCTAGGGTGCACATGGCTTCCAATCACAACATCTACTCCTCTGGGCACCTATAAACATTTTTAAGAACATAGATTTGCAGAAAGGCCAGAATGAATCAGCCCATGGCATCAAAAGGTCCTGGTAACTTCCCACTGAAACAACAATTAAAAATTTTCAATTCAAAACATGTGTATTCTGGAGCACAAAAATAGGCTTATAAAGTTTTACATCAAGGCTTTTGGTTATCATAGCATATTATTAAGTTTTGTTTTGTAAACTCCATTTACAGTCTACTTATAGCCATGGCATTCATTTCAGTATCCACAAGATCGAGACAAATCATACAAACACAGTAAAACATTGTTTAACAATGAACTTGGCTTTGTTATAAGCACACAGTTTTTGCATATCTTTCAGCAAATCCTAATTAGCTGTCTTTCAACACGCTGTGCACCTGCCCCACAGATAATGGGAGAGAGCATCTGCATAGACAACTGCATCTGAGGGCAATAAATAAATTACGGGTCAAAATTATTATAAAGCTTTCTCCAAATACACACACACCCTTCACAATACTAAGCTGCAGATGTGAAAAGTACCTACAGCCCACTCAAATGGTATGATTACGGGGCTGTTGCAGTTCAATAATCTGACTGTAATTCAGGCATTTTCAACAGCTCATTAAGGGTTCATTAATATATAGGCGAGCTTTTGAATTATAAATAAGTAGATTAGGAATCTGCATTGGCTGGATTGTACAGTGCTAGCCTCCAGCAGCACAACACTATCTACAACAAGGCTTGACCTGAGAGAAGATACAAACTTGGGTCACTAAGCTTTGTGGCTCTCTCTTTTCAAGGACCAAAGCCACTAGGCTATGAGTAAGCTCTGTCTGTCCAGGACCAGAGTGGCTTCAGATCACAGCGACTGCAGATATGTCATTCACATGCTAGGTCCTGCCCTACAGCATCTCCATCCACAATTTTAAAACAGCAATGAATAAAAGTGAGGAAACCATTTTGTTGGTAGAATATGTTATTCCCCCAAAAATGAAACATTATTGTAGAAACTTGGGTTTCTTCCCTAATAAGCAGACTATAAAACAAGACTAACTATACACAAAGCTTGGCCTATAAGGTCTCTGTGTTTTTTTCTGACACACATATTTTTGGTTCATTTGCCTTCCATGCTGCAGATGTAGCTCAGAGGACAGTAGTTTAGCTGAATAATGTAAACAAAGCCAGATCAGATATCTTCAACAGGGCTTGAATTGTTGAGGCTTTAAAACAAGTAACAATTCTAGCATTTCCAGCTGCTCTTATAATTTTGCACAGGTTTTATTTTGTGTCTGTTATGTACTAAGCAAGACTGTGGTCAGAAGCTATGAACCTGACTAATGACAATACCAACTCCATTTTAAAAATTCAAGTCAGCCATCATTTGAGAAATCTAACCACATTATGAAGATTAATATAAACAAGCTTCTACCCAAACACAGGAAACAAACAAACAAAAACCCTGCCTGACGCCTGTAAGGAAGCTGTTAGAGTATGGCACAGAGAGCCTAGAGACAGAATGCCGTTGCATTATTGTATAATTATTGTATGATTCTATTTGAAACTATTAGTTTTTAAATTGGTTTAAATTGTCAAATAATCTGGAAACAAAGTAGAGAAAGGTATTGACAAACTCTGTGTACCACTGACAAGAGGAGATGTGGGAGTTGAGGGATTAGAGGGGGAGGTGAGAGGCTGTGGTTCTCAGGAGAAACAGTGGGAAGAGTAGAGACAGAACTAAGGGCACCAAACCCTTAAATGAAGAGAAAATGGAAAGGCAAAAAGAGAAGAAAGGAAAGAGGGAAAGAGTGGGGAAGAGCGCTTGGGGAGGAGCAAACTGAGCAGCATCAGCATTTCCTGAGCCTCATGAAGAAAGGGCAGGCTTATACTCTTTCACAGATACTAACAGAAAATCAGCTAATTCTTAAAGTATTATGAATGAATGACAGAGAATCCAGCTGCCTAGCTCAACCCTTGGCCCCAATGCCCATCCCACGCCTGCTCCAAACCAACCACCTTTTAAGTCCATGTTAGTGTCTAATTCACTGAATATGGCAGTCATATTACAAGCTAATGTCACTTCCACTCCTGTTTAAGGTGGCTATGTGGTGTGTGCACGTTTTTCATGTCAGGTATATTAAATATAACACGGCAATGCACTGCACATTTCCACGCCAACCTAGTTGTCACTTTCGCTTGACTCATTCTCTATTGAGGAAAAATGCAGCACTGGGAATTTACAAGGCTTTTCAGTTAAATGGACATAAATCACAGGTTTCATTCAAACCGAATAATCACTGGCCATAAAGAGCTACTTGTCTCTTACCATATATTACAGTGAAGTTCCTGTGAGCAATAATGCAGCCATTCATGGCAAAGAAAAACAGAGCGAGACATTAAGAACTGACATGTAATCCTGTTAGGGCCCTGACGTGGAGAGTGTGGCTGACATTTTTATCATATATGTCCATTTCTATTTGGAAAATCAGAGGAATAAAAATGATTACTTCACTGCCCAAATCTACCTTCCTAAAACAGCCCACTGAGGTTTGTTTACATGCTGGGAAACTGCTTACTAGAAATTCATAAATCTAAGATTTTGAAGCATTTCCCCTGATGGTTAAATTGAAGATATGACTAGAAAGATTCCCCATAATGCTTCTCCACA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U3_D5 34079775 34080535 761 ACAAATCCCTTGGTTTTGTACATGCATCATCGTTGCTTATTTTAGTCTATGTGTTAACACCTACCCCTTATGGCCCTCGGAATTGGTTAGTACGGTCTAGTAGAAGAGCAATAGAGGGTTTGTGCAGGACTGAGAGTGGCGGCTGCTGACCTGTTCATATTTCTCCAGTTCTGTGTGATAGATTTGTCTGATCTGGGTCAATTTGGCTCTGTAATCTGAGTGTTCAATAGAGTTATCTGAAGAACCTCCAGAGGCTGCCGCGGCTGCAGCTGCTGCCGCCGATCCCCCACCTTTCTCAGGACCTGAAACCCCTTCTGCCAAAAGCATATTGTCCAGTCTCATTAGCTGGGGGTCGGGAGGGTCTTCCTCCTGGGCTCCTCTGATGCTGAGACCTTCAAGGAGAGAGAAAGACAGAAGAAGCGAGAGACAGAGGACAAACAGTGTGAGTATTTTGTTTATTTGAGAAAATGATCAAACAACATCAGTGTACTACAACTCATGCTGAGAGCTTCACGGCTCACATTTGATAAACAAGCTTGGCTATGAGAATTGTTTTCAAAACACATTTACATGCATCCTAGGACCCCTAATACTCCCCCTTTTGATGTAACTCCAACTTGGACTCTTTAAAAGAGATAAACCTGACTTCTTAGAATATTCTGATTATCTAAATTTCAGCTGTAAATGATTTATGCATAAAGTAGGAAGGAGTTCCTAAAAAGAAGAAAATAATGCAGACATACAATCATCAAAGTGTGCTT
D3_G3 34075937 34079696 3760 GACTCTAGTCGTAGGTACATATTTGAAAAATACAGTAAAGGTATTTTCTAAGACTTGTAGCTAATCAAGAAGATGGAGGCTTGTCTCTCAACAAAAAAGAGCAATAAACTCAAGATGAAGTATTGCAAGGTGTTTGCTGAAAGCCTTGGAAAACTATCAAATCCCAACTAGGTGTCAGATCAATGAGACCAAAGTAGAATGGTATTGTTTCCTGCTGAATGATGGTAATATTAAAAAACCCTCACTGTAACACACAGCCAGTATGTAATATTTCAGAAACATTTATAACTGAAGTTGGATGATTATCCCAAAATTCATTAAATTTCCAAATCTATGAAACAGAGATACAAGATCAAAGAACATTTTCTGGAGGGGAAAAGAATAGAATTCTACAGATAATCCATGCCTAATATGTAAAGCTGAACCTTGTAGCTCAGATTTGATTTTGCTCCTGCTGTAGCTTGCTCAGCTGTGACTGTGGCTGTGCTTGTAACTTGTAGGGTTCTTTAATTTACTGCAGTGGTGATGTTTGTTAATTTTATGGCAATCTAAATCTGAGTAGGCCTCAGATACATTTTCATTACAGCTTCATTGCAAAACACAGCAGAGTAAATACTGCTTAAGATTCTGGTGTAGCTTATTTCTCTGGGACTCACAGAATCTGCCTTGATGAACAAGGCCTTCCTAATTCCTAGTTCCTGATAAACGTTCTGCCATTTGGCATTCCCGTGATCACTTTTAAGAAGAAAATATGATTTTTGGAAAACCTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTCAATATAGTTTATTCTGATGAAGTTACAAAGTAGATACAAAATACGGAAAGTCTTTAAGATACTTGTTTTCATCTTGTTCCCATTTCAAACAAACACCAACATGGGCTGATCCTTGGATGCCTGACTATGATGGCCTGTATTATTTTCCAGCTCTTTGTGTGACAATAAAACTCAATAAACAAGGATGGCCTATGATCAGGAACTGATCTGATGCCTGACTCTGACACTGATGTGTGATCCTGAACAATCAACTCATCTAGAGAATGGAAATACAATATGATCTACTTTAGATGCCATGCCTTCCCCTTACTTAACACTACTTAGCCATTCAAGTAACCAAAGCCCCTTGTTCTTGTCCAAACAAAGGGAAATCTCTTCCTCTAAAACAGCGCTGGCAGAGACACTGTGCTAAAGCTGTCCAAAACCAACACAAGAGGTGAAACACCACAATTTCATCTGTAAACAGCTGAGACTACAAGACAAAGTTTGTAAACTACAGTCCTGCTAAGTCTATCAACACTTCATCATAATCTGTCTGTTCATAGTGCTGCACAGACTCCACATGTCTATACGTGTCCTTCTGACATGTTAAAAACGAGGAAGGAAATATACATTGAAATATCCATGAAACTACTAACTGTATGCAGAAACACAATCCATTATAACATTTAAATTTGATATTCCTTATTTTCTATTTAATTCAAACACAATCTTTTAGTCTATGCAGAACTTGTATATAGTGTGCATTTTTTAAGGCAAAATGTATGAGCGCGCGCACACACGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCCTAGTGAGCTGACTCTGGTATGAGTTGACATTGAAGTTACTAAAGTCTCTTGGAAGACTATTAGGACATTTATAAGATAAGACTGAGTCCTTGCCTTCCATTGATGCCAGCTTTACCCAGCCTCTAACAGGGTGATCTGGATGAAGTAGTGAGTCTGGTGCAAAGAAAGAGTACTGTGACAGGGACAGTCAGGACTGACCAGAACAGTGATGCCATTTGGCTTCAATACACCCGTTGCTATGCAAGGTGACTAGTGGCAGTTGCCTGGAAAATATGCATAGATCTATTTAGCATAAAGTTATACAATTAGGATTATACTACAAATTAGAACCATTTTCTACTGTTTATGCTCAGGGCAACCTTTCAACCATGAGTTATTTTGTTTATTCTCAATTATTCACATCAAGTCAGAAAACTGGATTTTTTTTTCATACACAATAATTTTTCCAAAGTTCTTATCTGAACATTCTCTTCCAAAATGTATGCTTGCAAATGAAACATACTTTTGAATACCAGAAAGTTCTGCTCAGAAAATAGAAAATTTTGTAGCATTAATTTGCATTTCATTTTAATATACACTATATGTATCTTTCTACTCTTCCTTAAAATGCTCACCCCTGGGATAAAGATGTAGCATTTGTTTAATACCATCATGCTCAGAATGTAAGAAAAGGCAAAGGTAGGGACCAACATATACAATTGAAACTCTTCAGAGAACTGTAATAAAAGAGTGGTTTCCAGGGATCAATAGAGTAGGAGTGAAGAGGGGAGGGGGAGAAAGCAGAAGAGTGAGAGGCAGGGGGAACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGAGGGCACACAACAAGGATTGTTAGGGCAATGGGCATGCTCTCTGGTGCTATAAGCTTATGCATCTGTCCAAGTGCACAGACTGTGTGAGACCAAGAGAGCTCCCTAAGAGAATGTGGACCCTGGGTGCTGATGTGTCAGTGCTGGTTCATGAGCTGTAACAGACAGACCTCTCTAGCAGGCCGTGGTGCTAAGTAAGCCATGCAGATGTGGGAACAGTGGAGACATCTCTGAGAAAAGACTGCTGTGATCCTAAAACTGCCCTTAGACTTTCTTTTCTTTAAGGCAAAGACAAGTTCCCAGGAACACTCTCCACCTCACAAACACACAAAAAGTTCCCACTAAAGTGTATGGGCATTTTGAATAACTGCCAACATATAGTATTTGTGGATAAAATTATATATTTAAAAAGTGAAGGGAAAAGTCAGTTGAGATTGGCAGGATGCTGACTGCTTATCTGAGCAACAACTCTATGGTATCGCCTGCATGAAGTGCTGCTGTTTTATGTGAGACAGTAGTCTAGCTTTGCTGTTCAGGCTGGGCTTAAATTCCTGATCAGAAGCAACTGTCTTGCCTTAGTGTCCCCAGTAGCTGAGACTAGAGACAGGCAACTCCACCAGCTTATTGTTTTGACCCCCAAATATGGCAATTTTACAGGATTCATCCTAACTGACCTCTTTACTTTTGTATATGTTCAAAAGTTGACATTATAGTGGATCTTCTAAAAGACCTTTCAAATGAGAATCCAGGCTGAGTGAGAAGTCGTTAAACTAAGGATTTTAACTTTAAATCACTAACTTAAATATGTTGAAAATTGACCACCCACATTTTACCATGTTACACTGAATCCAGGAACCACTTATTTAGGGTTAAACTAGGAATGTGATTTTCTGTTGCTGGCACATAGTACAATAACATAGCTTAAACTCAGATACTTGAGGCTCAATGAAGTATGGCCAATAAGTTTGCTGAGACTTTTAATCTTTAGTCTTTGTGATCAGGGGTTTAGCACACAATGCCTGGTCTGCCCTGCCCTGTTACAATCACAATTAAACAGGAGGCCTCATCCTCAGATGATCCTAGAAACTCCTTCCACATAGCCTAGCACACTCCATAGAATTAATTCCTAGGAGGATCCTAGAACTCTGAGTACATCAAAAGCTCACAAAGCAAGGATGCTTCTTCCCCTTTTATGAACAAAGCCAGTGCCTAGGTCCAATTCGACAGAGTTCTTCAGGGCACCAAGTGAGAGGTTAGCAAGAAGGAAGGGCTTGCAGGTGTGGTGGTTAGGGATGAATGTGAG
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 2, start 34079925: end 34080166
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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