High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 49273
Chr: chr1-02
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-391E18 : RP24-391C18 : RP24-311B2 : RP24-96O24 : RP24-177I3 : RP24-375D11 : RP24-550B22 : RP24-142N9 : RP24-536C17 : RP24-340D21 :
Instance: Plate 73: Well H06: BACs RP24-391E18 RP24-391C18 RP24-96O24 RP24-311B2
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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D3 60090682 60090731 50 AAGATGACTATATAGAAACATAAATTCAAGTTTCTGGTGAGTGGTCAAAG
G3 60086144 60086193 50 ATGTAGAGGAAAGCAATATAAAGTTTACCATGAATACAAGTGACTTGGGA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 60020228 60051175 30948 ACGGTATTCAAGCTATTTAGATTTTTCTGTGCCTCTCCCTCAGTTGGAAACAACCTGCCCCCTCTTTCACCTGTCCAAATGTGGTTCAGCTGCCTCTCAACATGAGATCCTTGACAGCTGACTTCCTTCCCACCGCTGTTTACAGCCTTTTTACTACCTCGTCTTCCTTTCTCTGCACTGGGACACCAGTGAGGCTAACTTCTAATGTCTGCCTCTCACTTTGTGCCTTTTCCCTAACAACATTCTGGAGTTGAATAATTCAGTTTTTCCCTTTAATTGACTTAATTAGGTATATTCAGCCTAAATTTGTGTGTGTGAGCACACCTATTTAACACAAGGCCTCAAACATGTTAACTAATGATATCTATCACTAAGTTATCCTCCACTGCCTAAGCCTAATTTTAAATTGAGGAGTTTTATTATAAACACTAATAACAGATATTGGTTAGGTAGGAGATCCAGTCTCGATGTATTACAGACTCCATTCCTATGAGACAGCATAAATAATCCCTATACTCCAATTTATCCCAGCGATAGGTGAGCAGGTCCAGGTGAACCTCAGAAACAAACTTGTAAAGCCTGTTTCTGCTAGAAGGAAAGGGACCATGGAGAGGAAGACAACGCTTGAAGAAAAAGAAAAGCATGTTAAAAGATGGCTAGATCCTTTAGTCTTGTGTTGGCCTCTTACTTTCCTGGTTAGGGACTAAGTTCTAAGCACTTAAATAGCCCGAAGGAGAAAAGTTTGGCAGATTAAGAGGCTTAGATACAATCCTCGTCAATGATACCTGGCCCCTGGCTTTTCGGGCTTCCCTGTTGAAATGGCCTGAACAGAAATAAGGTTGCCATGGAACCAGGATTGAGATTAAGACTAGGTAAAGGGCCAGTTTCAGATGCCACACCCTTTCTTCCATTTGTCTTTGATACATGGGCCTCCTCACCTTTGTTCTTCGGAATGCTTGAATGCCGTATGCGTACCATTTGTGTCTGGTGCCCAGGAGGCCAAATGTCTGAATCCCAGGAAATGGAGTTTCAGACGGCTGTGAGCTGCCAAATGGATGCAGGAAATGGAATCCAGGTCCTTTGCAGGAGCAGCAAGTGCTCTGAACTGCTGAGCTGCCCCTCCAACCCAGCCTTTTTACCTTAATCTTACTCATTACGTACTGCATTATCAGCCTAGACAGTTAAGTCAGGAAAGACTATTTTTTTTTTTTATTGCGTTTGAGTCAGGGTCTCTCTGTTTATCCCTGGCTGTCCTGAAACTCACCAGGCTATCCTTGAACCCACAGACATCCACCTGCTTCCCAGGTGCTGGCATTAAAGATGTGAACCATCACTGCCCTGCTGCTCAATGAATGGACAAATTAACATCTACATTGTTTTAATGCTCTGAACACTCAACAGTCTTATTTTCTTATACACACTACCTTTTAGTGTGTGGTGTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTACTATTTGCTTTTAATGTTAGATGACTGTTTTCCCCATACTTTTATAAACTTCTTTTTTCTTTAAATTTATTTACAGGTTAGTTGTATGCATGCCACAGTATGTGTGCATGTGTGTGGGGAAAAGGACAGCTTGCAGGAGTTCAGACCTGAGAACTGAACTCACGCTATCAGAATTGGCAGCAAGCATCTTTAGTCACTGAGCCATTTTGATGACCCTCCTATAAGTTTTCATTTTCTTTATTTGAGACCGAGTCTCATCCTGCTCCTGACTTGAACTAGTTATGAAGCCAATCCTACTCAAGTCCCAAGCCTTTTGCTTCTACTTCTTAAATGCTAGGGTTATAAGTGTGTGCTATGATGCCTGGCTCCTATAGCATTATTAGTCTTTTCTAGATGTTTCTCTTCAAATAGCTAACTAAAAAGTCAAACTAAAACAAAACAAAAAGACAAAAAAAAACAAATTTACTACATTTGTACTATATCCCTTTAAAAAGTATACTTTCTGAAATTCAAGTTTTAGGAGTCTACATAGGGTAAAATGTAGACAGAATTCAGACCACATACTTACTGTATTTTATAAGCACGAAGGACAAAGACAGTAAAATGTTGCTATTATGAAAGATGAACTGTTATCCAAATTTTAAAAGGCTGCTTCCTGTCTCTGCATTGACAATGATATCAGAGGATTATCCATTGATTTCTTTCTTATGGAGACAGAGACTCAGGGAACCATGGCTGGCTGCCTTTAAGCTCACTATACAGCAGAGGGTGACCTTGAATTTCTGATGCTCTTGCTTCCAACCTCTAGGACTGGGATTACAGGAATGTGCTACCATGCCCATTTTTCTTTGGGCAGTGCTGGAGATAGCATGCAGGGCTGTGCACATTTTAGGCAAGCATTCTACCAGCTGAGCTGTACTATAAGTCCTCTCTCAAATTTGATTCAGTTTATGAAATAACAGTGAGACACTAAGAATTAAGACAAGACCCAACAAGGAAGTCTCTTCTCAGCCATTCATTTTCAAGCCCCCACATGGGAAGTGGTAGGGGAATAGCTGTAGGAATACAATTTATTGTCTGCTCCTCCACTCAGAAGTAGCTGTGAGAAAAGAAACAAGAAAGTAAATATAAATATACAGTAGTCAGATACGATTAAACATGACTGAGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGAAGACAGTTTCTCTTTGTAGCCTTCATTGTTCTGGAACTCACTCTGTAGACTGGGCTGGCTTCATGCTCTGAGATCTGTCATCCTCTGCTTCCCTAGTGCTCGGATTAAAGGCTTGCACAACCACGCCTGTCGAGACCTTCTTCACAGGAACATGTATATCCTATATACAGACCATTCCTGGCTTCTTTCCCTACTTTCACATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAAATAAATGACTTTATGTATGTATGTAAAACGGCCCAGCTTGAAACAGTATTTAAGGGGACAATTAGAACAAAACTTCTCAATTATATAAGCTGAACATCCTCTGTCTAAAATTATTCAGTATAGGTTGGAAATGTAGCTCACAGGTAGAGCTGAGCCCAGGTGAGCTGTAGCTCACAAGCTGAGCACAAGTGAGGCTCTTGGCCAACAGGCAACAGCAAAAGCAAAAAACTGCAAGCAGAAAAGGTCCCAAAGCAGTAGAATCTTAAGTTTTTTGAGTGTTGACATGAAGCCACAAGTGTATAACCTCTCACCCAACCTTATGTGACAGGTCACAGTCAAAAGACAGGCATGTTCAGAGTCTTTTATAAGATCACCTTCAGACAATGTGCATAAAATACAAAAGAAGCGAAAGAGAAGTTTACATTTAGATTAGGGTTCCATTCTAAAATACCTCTTAAATGTGCAAATATTCCAAAATCTGAAATGCTTTCGATCCAAAGCATTTCAGGTAAGGGATGTTTTCTGAAGACAAGTATTTATTTACACTATAGCATAAGCTGGCCTCAAACTTGCAGTAATCTTCCTGACTCAATCTTCCTGTAACTGAGGTCACAGGGATGAACTACCACACCCAAAAATAATCAAGCCTTTTAAAAGACAGTATATTATTTGCAGGCAAATGTATACATTAATTGTCTAGCAGCTCTAGGACTTGTATCTGGAAAGAATTCTTGGACAACATGCACATAAAAATGATTGTAAAATATAACCCATATTTATTTTGTAAAATATACCTAGCTGGGCATGGTAGCATACATCTGCAATCCCAGCACTTAGGAGGCTGAAAGTGGAGGCTGCTGTGAGCTTGAGGCCAGCCAAGGCTACATAGCAAAACCATGTCTTCCTCCCCAACCCCCCAAAAAACCCCAACAACAACAACAACAAAAAACACCCAAAAATGTAATACCATTAGTCTGAAGTAGTGAATTTATGGACCTAATGGGATTTGTAAAAAATGTCTTATTAATATATCCATGAGGATACCTGGGCCAACACAGGCCTGTAATACCAGCTACTAAAGCTGAGAGGACCACAAATTTAAGAAACATCCCATCTCAAAATAAGAAAAAATAAGAAAAAGGGGACTAGTATACTGGTGCACACCTCTAACCCCAGCATTGGAGATGGAGACAGGAGTCAGTTCAAGGCCATCCTCAGCTACAGATAGACTCTAAGACAGCCTGGCTCCATGAGACCCTGTTATCAAAAACAGGAAAGGAAAGGAAAAAGAAGGGCTGCTATATGACCAATTGGTAGGTCACTTGCCAAGTACAGTGAAAACCCTGGAGTTCTCTGGAATGCTAAAAGAAGTAAAATAATATTCATGAAGAAAAAAAACGCTGTTTTTTTCTTTCAATTTTTAATACTCTAACCTATTAAAAAGCAAATTATTTTTTTAGTATGGGATGTAAAAGACAATAATAAAAATCAGAAATATAAAACTGCTAACTCTTGGGAACTGGAGAGATGGCTCAGTAGTTAAGAGCACTGACTGAAGATGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACAATATGGTGGCTCACAACCATCCGTAATGGAATCCGATGACCTTTTCTGGTGTGGCTGAAGAGAGCGACAGTGTGTGTATTCACATAAATTAAAAAAAAAACACAAAAACCAAAAAACAAAACCCAAAAAAAAACAAAACCCACCAAAAAAACTTAAGTTGAGCAGTGGTGATGGAAAACAGACAGGCAGATCTCTGAGTTCTGGGCCAGCCAGATTTATACATCAAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACAGACTAAGACCCTGTTTTGAAAAACAAAACAAAAACCCCTACTACCTTGAAACATCAGGTTTATCCCTTTTTGTCTTCAAGTAATTTGTAAATTCTTACCCCTGTGTCTGTCCAGTCCACACTTAGAACTTTGTCTTCATGAGCAGCTAGATCGTAGAGAGGAGCCTTACAGCTAAAGGTGAAAACAAACATGGTGTACGTATTTACTGTTTTAATACAAACATAGGAATAATCACTAATACTTTCTCAAAACGTTACTGGA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