High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 49265
Chr: chr1-02
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-510K9 : RP24-397F2 : RP24-221H12 : RP24-180N2 : RP24-191N24 : RP24-291L11 :
Instance: Plate 73: Well G06: BACs RP24-221H12 RP24-180N2 RP24-510K9 RP24-397F2
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 58443144 58443193 50 GTTGCTTGGGACCTTTACTTGTTATCCACATCTTTACCTCAGAGATGAAG
U5 58438838 58438887 50 ATTTTGAGGTAGAATTTCCTTAAGTTATCCTGGTTGACCGTGAACTTATA
U3 58438736 58438785 50 AGAAATCGTTTAGAAGTTTGAACACAGGACTTGATGTATGCTATTCAAGT
D5 58438137 58438186 50 ATTTTATAATGATTTGAGATAGCCTTGGCTGTCCTGGAACTCACTGTGTA
D3 58438071 58438120 50 CTACAACTGTTGATTAGTTCAACTCTGACATCACCAAGTGTACAAACACT
G3 58433623 58433672 50 CTTAACATCCAAACTTCTCAATAAAACTCTAGCCAAGCAAGGTGACTCTA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 58367617 58398433 30817 ACTGTACAGGACAGGCCATGATGTTGAAAATAAAGCTGTTCAGAGCGGAAGTGACGTACAATCTTAGGGTGTTCCCCTCCTGTTTCCTAAAGGTAAACAACTCCCCCGTTACAACTTTGTTTACAAAGGAAATTTTCTATAACTTTTTTTTTTTTGAGACAGGCTCAAAGGGGATTAAAAGGCGAGCGACAGGCAGTACAGCCCGGCCGTCTTGAGTTTTAATGTTACAAAACCTAAGTAAATCCTAAACCTTCTTAAAAATCACTTGTTCCTCGCTCTCACAAGCGCTGTCCCGGTGTGCCTCGTTTTCATTATGCTCGACTTCGCTATCTATCGACCGCCTCTGAAATTCTTTTCTTCGTCGAAGGCGGAAACTACACAGAACTGAGGTGACAGCCTGCTGTGACGCTGTCCCCGCAGCGCCCATCTCTAACAAGATCAGCGACCGCAGCGTGTGGGGCCGGCCTGGTTACCAAGACCTTTCGCTTCAAATATAAAGAAAAACAGCACCAAAACCTGCGCCGTGCCACCGCCGAGAGCAAAACCAGGACCGACCGAGTCCAAGCGAAGGCCGCGCCCTGGCGCCGCCATGGCGAAGGACGAGCGCGGCCTTCCCCCTACCGCCATCTTAGGTCCCGCCGCGGCAGCTCGGGCTCTTGCAGTCGGCCGGCCCTCCTCGGGACGCGGAGCCTGCGGGCATCGTCCCCGCCTACGCAGAAGCCAGCGGCCAGAGCTCCGCAGCCGGGGCACAGAGCCCCTTCGCGTGGCTCCGCCGTGAAGAGCCGCAGCGGGGTCCTTGGAGGCGGCGGGAAGATACAAGGAAAGGCCCTGACAGACACCGCGTCTTACCTTTCCAACCCTGAAGACAAAGCTTGCAAGGCGAAGACAAAGCTTACAAGGCGACGGCGAGAAGTCTGCAAACGATTACGACGATCTCCCAACACAAAATGGTGCGGACAGACGCAGTGCGAGCTTCTTCTCGGAAAAACTGGTGACGTAGATGGGCGGGGCCTATACCGGTCCTGAGTGCGCAGGCGCGGGCCCGCTGCCCAAATGGGCGAGGGATGGAAGGACTTGGTCCTGACTGTCCTTGCTGTGGCTTCTTGAGGATACTTAGACACTACAGGTTACAGTAATAGTATAATCCACGCTCGCTCTCCCTCTCTCCTTTTTCTCTTCCCTCCTGACTGCAACCTTTTAAACTACACCAACAAAGTATCTCTGGTTAGTAACTCAGTGACTACAGTTATGTTGACCTGTCTTAAACTAGTTTTTAGTGGTTGGGTATGACATGCACTGACGCCAAAAATGTTAGAAATGAGCATGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGACAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATATATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAACCAAACCAAACCAAACAAAACAAAAAGTTAGAAATGGTGGAACAGGAGCGGAATAGTGTAAATAGACAGATTAGTAAGTAGTCTTGAAGACTTTGAGGATGCCCCCCCCCCCCCCATAGTAGCTTCCCCCAGCCTTGAGTAGGCTGGCTTTGACCTTGTTGCCACTGAGAATGAGACTACCTGGGGTGGAACCTTCCAACTTAGATGGCTCTATTGTTCCGTCACCTGCCACTGCTACCTGCTGAGAGGCCCTTTAGATATTCCAGAGACTTCATCCAGCAGATCACCTACAGGCTGGCAACAGGCATCAAGAATGGCTTGGGGGGCGGGGGGTTATGGTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCTTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCCCACGCCAGGCTTAAGCACAGACTCTTAGTAAACTTGGGGGCCTTGAACAGAAATGTGTCTTGGCCTCCATTATTTCTCTCGCCATTTCCTTCCATACAGCTCCGGCCTCCCACTCAGGAACCCAGTTAGTGTGGCCTCAGGCGGCTTAACTCCTATTTCGCTGGTAACTCTAAAAAGGTAGATATTAGGGGGAGGAGAAAAAGGGGGGTGCGTAGGTATCAGTTTTGCAACTCCTTTGCTTTCACCTTTAAGAGTTAATCTAGACCTGGGCATGGTGGCATATCCCAGCACTAAGGAGGCAGAGACAAGGGTTATCTCTGAGTACAAGTTCAGTGTGGTCTATATCGCAAATTCTAGCCAGAACTAAAAACAGGGGAAGAGGAGGGTGCTGGCGTTGGCTTAACAGGTAAAGACACAATGCCACCAAGCCTACCTGAGTTCAATCTCCAGGAAACACATACTGGAAAGAGAGAATCAATTCCTACACACACACACACACAAATAAAGTATTTTTTAAAGAAATTAAAAAATTTTTTAAAAATTTAAAAAATTTTAAATGTACATGTATGAATATTTTGCCTACATGTATATGTTGGGGTCCAGGAGTTGGCTCACAAACCACACAAACACTGATCTCAGTCAGACAGGGATAGTTTATTGAACATATGCCCTAAGACTGATCGATCAGGGCTGCAGCTCAGAATTCGAGGGCTGAGCCATGACTACAAACATTTCTCAGGGACAGCTTATTAAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAGTGCTGTGAATTCATACCCAGGTGCAGGAAGTGCTGCCCGGTAGTTAGCTCTGACTCCAGCCATTTTAGATGTAACATCTCATATTGACTTTTAACTTGATGGGTCCTACATAAAGCTTTGTGGAATTTCTTAACATTAACAAACCTCATACAGAACATAACAGGATATGTGATCAGCATGACCCTGCTCTGAGTCAAGTTATTCTCTGTGTCAACAACTGGCAGGCACATTACAGCAACAGTATGAAATAGCTGGAGGGCATGGAACAAAATGACTACAGCTATGCAGGGGCCAGACCTCAACATATATATATGCACGCCAATGGATGCTTGTTGCCTAAGGAGGCCAGAAAGGAGGGTCAGATCCCTTGGAACTGGATTTACAGATGGATATGAGCCTCATGGAACCTAGATCCTCTGCAAGAACAAATGCTTTTAACCATTTCTCCAGCCCCCTAAAAACAAAACCCAAAAAACAAATTGTAATGTCTATTCCTGGTTGTCAACTTGACTATATCTAGAATGAACTACAACCCAGAATTGGAGGCCTCACTTGTGATACAGATTTTGAGGCTGGGAGATACAAGTTTCTGACCTGGATCTTGGCCTGGAGATCTTGAGGCATAGTGGCTATGAAAAGCTTAGGCCCAATCAAGGTAGTACATGTCTTTAATCCCAGGAGACTAAGGCAAGCAGATCTCAGAGTTCACGTCTAGCCTTGGATAAAGCACGTTCTAGGTGAAAAAAAAATGTTTAAATCTAGGCACGGTGGTACATGCCTTTAATTCCAGCATTACATGAGACAGAGCCATGCAGATCTCTGAGTTCAAGGTCTATGTACAGAGCAAGTTCCATGACAGCCAAGCTTAAGTAGAGAGGGAGTCAGAAAACAGAAAGCTGGTAATAGAATAAGGGGGAGGGGGCATGTTCCAGCTCCTGCAAGCAGCGGAAAAGGGCAGCTTCAGCCATGTGGCTCTGACTTTAGAGTGAAAAATAGAAGGGACTACTGAGACAATTGGTGCTGGTTAGCTGGAGCTAAGAAATTAGTGGTGATTAAGAAGAGATCTGCATCACTGAGGTGAAATCTTCTAGGAAGTGTTTTCTGAGCACAAAGAAGCTGTGTTCCAGAGATAGCCAAGGTTGTACCTCGTGTTGCAGCTATACTTGGTAATGTGTAAGAGTCACCCAGGTGGTACTGGTTTTGAAGGCATAAAGGACTCAAGAAGAGCAGCTGAGGCTCAGCACTGTGAGAGGCCATGGAAGGCCATTGGTGAAGGTGCAACTTCAGTTGCAGTTGACTGCCCAAGACTGAAGGGATCATGCAAAGAAGCTGATGAAGAAAGCCTATGAGAGGCTATTGGTGAAGCCTAGTTGCAACGGAAGGCCCCAGCATATTGGAGATGCCAGTACCATGGGATGATCACCAAGAGCAGCAGCAGCAATGGAATGGACTCAACCAGAACCTAGAGATCTACAGAGAGCAGAGCTGTAGAAGTGAAGCCAGCCTTCTCAGACAACCGGGCAGAACCTACTTGTAGGTGGGGACACATTCTGCAGGATGGACCTTTGCCTACCTTCAGACAAGGGAAGTCCTTGTCACCTCATTCCCTAAAGACCAAAAGTACAACAGGATGCACTGTTCCACCAATCATATTGTGCCTAGTTGCTGTTGCTCTATTTTGCCCCTGGAAACCATATAAAAACTCGCTAACCTGGTGCTGGTGGGAGAGATGGAGAGATAGCTGGATGTGAGGTTCTTTGTTGCTAAGTGAAACTAAGATACACATTGTGTGATGGCTAACATGTTTTAAAATTAAATTACTGTGCTTAAGCGGCCTATAAAACAAAATTGCCTCTAACTTGTAAGCCCCACTTGCCCAAGCACATATAATTTCCTAGAATGCTGGGGCTATTCTTGTACTTGTCTGGCCTTGTTTGTGTGCCTTCTGCTAACCCTTGCTTGAAATAACCAGGACATCTATCTGCAAGGCATCTGTGTGCTAGCCTGCTTGCAGGATGAGTGCCTGAACATAAACAGAATTTAGCCTTATGGCTATGTTTAATTTTTGGACTTTTTGTTTTATTTTTTGTTTTGCCTTTATAAATCCCTAATGTGGCATGGAGTTACATTTGTGTAGCCCTGGTGCCAGTATCTGAATAAACACCTCTTTGTTAAAATACATTTGTGGTCAGAATTTTTGAATGGTGAATTTTTGAATGACTCAAAATCCTTTAACAACTGCAGTAGTCTAACTGGCATTAACCAAAAGGTCCGCAAGT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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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