High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 46084
Chr: 10
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ449l20 : RP24-381F5 : RP24-440F10 : RP24-422M14 : RP24-482O23 : RP24-512P17 : RP24-271J13 :
Instance: Plate 59: Well G02: BACs RP24-422M14 RP24-482O23 RP24-381F5 RP24-440F10
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 21378252 21378301 50 AATTCAACTTTTTTTCTTCACTGGTAAATTTTAAATCTGTCTTCTAGAGG
U5 21380352 21380401 50 TCACAGGAGCTGGGGTCATTCTCTGGCTTGTCGTTGTACTGCTAGAAGTT
U3 21380471 21380520 50 ACATCCCTAAGAGAATCCGTGGAAAGGAAGAAAGGTTTGGCATATGCTTT
D5 21381098 21381147 50 TCCAGTTTGTCAAATAATCTCTGCCTTTTACTGAAATGGATCGCACTTGA
D3 21381242 21381291 50 AGAAGGCCAAGTCTTGTGGCTGATATGCTCTGCCCCACTGCAATAAGTCA
G3 21388404 21388453 50 AATAACACATATGCACATACCCTAAAGAATTTAATCCTGAAAACAGGTAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 21054768 21085707 30940 TGCCCCAAGCCACAGATATTGATGGAGCAAAGACATTACAAATGCTAGTCCTATATTATTTTTTCTAAATTTAAATTTATTTGCCTTTATTTTATGTGCATTGATGTTTTGCCTGGATGTATGTCTATGTGAGAGTGTCAGATTTTAGAATTATAGACAGTTGTGAGCTGCCATGTGGGAGCTAGGATTTGAACACAGGTCCCTGGAAGAGCAGTCAGTGCCCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAAGTCCTCTGATCTTAAAGTTGAATTTTAATTTGTTGCCACTTGTTTTAGATTTCAGTCTTGTGCTTGCCTTGCCTCTGTCATCTGTGCTGTGAGCCTGTCCCCTAGTCTAAGAAAAGGGTCTGTGCATGGTCCTAGTGCCTTCCTTTTCCAGCCTGTGATGTAAGTTTGCTCCTGTGCACATGCCCTTCTGCTGCAGTGATCACCGCTGCCTTGATTTTCTGATTACTGCTTAGTCTCTAGGCTGAGTAGCACAGTCCTCTCACACAGTAAGTACTTTCTGAGAAACAAGCGGCCTGTGATAAAAATAAAGTAATGCAAGTACATACTGCAGAATACAGATTCTTATTTGGTACAGGTTAAGGCCATCCCAGTTTGCTTGGCTGCCTGCAACTTGGAGTTTCCCTCATCTTGAGCCTATGGGGAATCCCACCCAAAATCCCCTTCTTTTCTCACCTTCTGCACCTGTGTTAGGGCCTGGGTTCCTACTGGGTAATGTGCTGACCGCCCCTGAAGAGAGTCTCCACACTGAAGGCAGTCTGCTCTCAGGAGGGAAGGGCTGCTCTGCCTCTCTCTTGAAGGAGTCCTTAGCTTCTCACATCACATCAGTGTGAACTGCGATGCTCGGGGAAGCACCACACAGGAAGAATGGCGTTACTCAAGATCCATGTTTTCTAGGCTGTCAGGAGTATTTTCCTGTGAGTTACGTCCCCAGCAATCACATGAAGCAGATAAGCAACACAACTTACAAGCAACAGAGACAGGATTTGTTTTTTTCCTTTTTCTTTTCTTTTTTCTTTTGATGCAAGTGTGCCATATTTTCTGTATTTCTTTCTCTTTTTTCATTTTATTTTTATTTATTCACTTTACATCCTGCTCAGTGCCCCTCCTCCCAGTCATCCCCTCCAACAGTCCTTCTTCCCTTCCCTGTCCTCTGAGGGTGGAGGCCTCCCCTGAGTTTCCTCCTCCCCCCTGCCCCCATCCCCGCCCCAACACCGGCACATCAAGTCTGCAGGGTTAGGCATTTCCTCTCCCACTGAGTCCAGACAAGGCAGCCCAGCTATAGGAACATATCCCACAGACAGGCGATAGCTGTAGGGACAGCCCCTGCTCTAGCTGTTCAAGACTCTCATGAAGTTCAAGCTGCACATCTGCTACACATGTGCAGGGGGCCTAGGTCCAGCCCATGTATGCTCTTTGGTTGGAGGCTCAGTCTCTGAGAGCCCCAAGGGCCCAGGTTAGTTGACTCTGTTGGTCTTCCTGTGGAGTTCCTGTCCCCTCTGGGGCCTGCCATCCTTCCCCAGCTCTTCCATAGAGTCCCCAAGCTCCATCCACTGTTGGCTGTGGTGTGGCATCCCTCTGAGTCAGCTGCTGCGTGGAGCCTCTTAGAGGACAGGGTTGTATGTGGGGCTCTTTGTCTGGCTAGATGATTCGGACAACTGTGCGGGGACCTCTTCAGTTGATACTGGCTTATCATACCTACTTTAGAGTTTTTCTCCCTGTACCTGCTACAAGATGTAGTATAACATACTTAGCATGTGTGAGGTCCATGGTTGAATTCTTGAACTGCAAAAATAAATAAATACATTTAAAAAGAGGATTAAGTGTTAGTATCCTGATAATGTTAAACTTTAGTATCATTTACTTTATTAGATAGCTAAACTTCTTGATTTCCCCAAAGAATGGTGAGGTGGCGTGGATTGAGATGGATTTTAGAGCATTATGGGGGATAGGATATAGTGGGCCTGAAGGGCGTGGATAGAGGTTTATTTTAAGACTGGCCTACATACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGATCTTCTTAATAGTTCTTAAATCTAGAATTACTTAAATTCCTTTTAGCCCAGAAAAATTCAAAGGTCTGTGCTTGTGTTTAAAGCGTACACACATGCAATTTTTTCTCCTGGGTTTGGAAGGCTGAGTGGATTTGCTGACTGGGTGTGAGCGCTCACCTTGCCTGTGCTCATCTGTTCCTCCTTTCTCCCCGCACTCCTAACAGGTTGCTGACCAAGGGCCAGAACGCCTTGGTAGAGCTGCAGACACAAAGACCAGTGGCTCTTGAGCTCTACAAAGACTTCAAGGAGCTGGGGCGGTTTATGCTGCGTTATGGTGGCTCCACAGTAGCTGCCGGTGTTGTCACTGAGGTATCTGCTGTGTCCTCTTGACTTTGTCTGTTTCACCTTCCAAAGGTGATTGCGGAGGTTCTGTGGCTGAAGGGAATGCACGGTGTTGGAACAGGAATTAAAATTTATACTAAGTAGTTTTTAAATAAGAGGAGAAAGGTGTCATGTACTTACAGTCACATGAATGGGAGTCCTGACTTTATGTAGTAGAAGAAGCCATATTTCTTTAACTTACTGGCTTTCAGTGACTTTAAATAATTCATCCAAAAACTTGAATGAATGTAGTTGCAAACATTTTCTGAAACATATCTTCTGTATGTGACAAAATACAATGGCATTTGAAGGGGATACCTAGAACTGAAGCAGGAAATCTCAGTAGTTCAGATTTCTTCTACATTCTCATAAGTAATATGAATATTTTATCTTAAGATTAAAAAGCTAGGTATCAGGACAGGGGTGGGAGAACCACCCATGCACTGTCACTGCAGTTGTAAAGTGTCTCATCTTCTTCTTTATTTTACAGATAAAAGAGTGACGGTCCGGTCCTCATCTCACCATGCTTCCAGAGGAGCGAGTCAGCCCCTGGGGCACTCAGTGGTGCAGCTAAGGAAACAGCATGCAGTCATGATTGTTAGATGAGAGACACTAAAGTACAGTTAGCTGCCAACAAGTATTAAGGATTACTCTGCAAAACTTCCCAGTTGCCAGCTGCCAGAGGCCAGCACTGAACTGCCATTTCTTCCCTTTCGGGGTGGCAGTAAATATGTTTGTTGTGCTGAGACTTGTGGGAGGTATCACAAGACACTTAACTCAGTGGACTCGACTTCCAGCCAAACCAAATCCAAACGCTGTTCTGTTTCCATTCTCCTGCTGTGTGTGTTCTAAGGAAGCCTTGAACCTTAGTGGGGCTTGGAGAGTCCGTCTTTGACCTGGTGCTTTTTTTAGTTAACACTAAGAAAAGATTTACTGAAGGTAACAGTGAAGCTGTTTTGTGCTGAAAATAAAACCGTCCATCAAGCCTGCCTTCTGGAGTGTAATGCGAAGTGACAGAAATCTGTTCTTAAGTAACAAAGATGCTACTTAAGTTGAGAAGCCAGCTAATAAAATGCCTTAGTTTGAATGTATTGCAAAAATGTGTTTTATTTCTTAGACATCTCTGAGGGAGTCTCTCCCCCCTCAGCAGCTGAGACTCAGGCGCCGGGTGGGGTCTCTTCACCACGAGTTACTGACTGATGCGCTGCTTTTGCTTTCTATGCTAATGGTGAACCAAGCTTAGTCAGCCTCTTCTAACCAGATCTTGGGGTTCTATTCCTTTGGAATTGGTTATTGACCATGTCTCGGTCATGTCTATATCGAAAGGCTGTGCTCCTTTATGAATAAGACTCTGATTTTCTTCAAAGTATCAGCAACAAACTTGAAGGGTTATTGATTTAATGGTGATTTGTTGGGCCATTTCTCAAGTCAAAGAAATTGAGGTTATCTGATGTCCTTAGCCGAGCCTGGGACTGAAGGACTTTATTGTAGACATTTAGAAATTAGAAAAGGCATGGATTCCCACATTTAATAGGTGCTCTTTTCTGGCTCTTTTTCTTTTTTCTTTTTTAGGGTTTTGCTGTATAGCCTAGATTGGCCTTGAACTTGCAGTGTAGCTCAGTCCTCCAGGCCCTGGGATTGCAGGTGTATGCCACCTTAACTGCTGGGCAGCTGAAGTCCCAGCCACATGGTCTGAATACAGACCCTAAATGTTCTGCTGGGTCCACAGCCCTGTGATTGCTCTCATACCGTGATCCTTTAATAAACAGCATTGTGTGACTGTCAGTTGAGTTGAAACTTACTAAGAACATTCTATTCCTATGTTGTTGAGAAACTTTCTAGATACTTCTGATAGAAAACAACCTTAAGTTGACTTCAAAACAATTTGGCTCACTTAGTTGAAGCGGAGTTAATCCTACCTTTGAGTTAGTCTGGAAGGGACAACTTTCTTGACCTTTGCCCTTCTTATAACTGCAGTCTTTTCTACCCATGACCCAGTTCTCAAATGACTCTGAGACTTCATTGTTTATGAATGAATGCCTCCGCCCTAAGCTTGGGCCCTCTCCCCAGCTAGCTCATAGCTTAAATCACCTGTTTATCCTGTTCTCTCTGTCCAGCATGGCTGGTTACCTCTCCTCAGTGACATCCATCTTCTCAGTATGAGGCAAATGCTTCCTGCCTTTGTCACCCAGAGTCACCTGAAATTTCTCCGAGTCATTGGAGCATCATCTTCAGCCTTCAGGCCCAGAATATCTGACACACTTTTCTGTGACGCAGGAACTATGAAGGACTTGCCTACCTTGTCCTTGCAAAGTTTGGCAGTCTACTTCCCTGTGTCCTATTTGTCCAATGTGACCAGTGGACACCATACTGTCTGCAGTTGAAGCAGGGGAAGTTTGCCACATAGAAGCAAACACCATGTGGAGGTTCTTCAATGCTCATCATCTTTGAAGTGGAATGGGGGTGGCCAGGAGCAGGGCTTCCCTGAAGTCCTGACTGGATCTGTGATGGTGGATGATCTAGCTAACCTTAGAGTTGTTTTGTGCAGGGAAA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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ449l20
Found 6 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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